BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143E01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,194,445 - 27,338,797
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700020D12Rik
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143E01.bB6Ng01-143E01.g
ACCDH941238DH941239
length1,149939
definitionDH941238|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143E01, 5' end.DH941239|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,194,445 - 27,195,613)(27,337,865 - 27,338,797)
sequence
gaattcatttcagaaacagatagaaggaggaaaaaagatattgagatgag
ggagctatttggaggcattgtggccaaggagggatgcttcagttttattt
tctgttcttttgattaaatacattgacaaaaggaacttaagggagaaagg
gtttatttggctcacaattctaggtaatagcccatcactgtgggaagtca
aattgacatgaactttaggcatctgctcatgtacacactaaagagtagag
aacagtaaataaatgcatacatgcttgtgttcatcttattctccctgtgt
taggattttgtcaacataactcaatctggagtcatctgggagaaagaatc
ccaatttggaaattgcctctatcagacttacctgtggacaagtctgtgca
gcaatttcttgattaatgattgatgtaaaagtgcccagactatgtgatac
ctctcctagaatgatagtcctaggagttttttaaaaaccaaggtaaggaa
gccatagagagcaagttagtaggtaacactagtttgaggtttctgcttta
gattctgcatcaaggtcccagcttctactcctgccatgatgtctgtgtat
gaaggactgcgataggttgtataagcaaaattaaccctttcctcctcagg
tagcttttgttgttgatgtactgaattcagcatggcttggttctggaaac
ttgactgagttgccagggaaggatgaaaggagcacacacacacacacaca
cacacacacacacacacatagagggaagagagagacagagagagacagag
agagagagatccaaggccaggtaggttgcatagaggacaacaacagtgaa
cctcaatgtgtttcttatgtacatcagaaggaggtggagttaggtattct
tagaagtctttagttagcagtctcaggttgtaattttctgggagagaaag
ctgcagttggctagttcttgcacacatgactcattgttcataaacatatg
tttgcacaactgtagcattcatactcagacataggaaacctctgagctac
tggggaaagctttccattctctatgggtctgaggcatggtcttgatggcc
atgctttgtttaacatacatgatcaccaggattacttgcttttaggtat
gaattccttggcaccatctgtctgtaacattaaagaagcccaggagggca
tggaaggaagaaaggggggaagtgtagggatgaacttaacctcctgcttc
acgtgatgaatgttttttccacagccagtcacaggcccgcgagtctgcag
caccccttagatagctgtggaggctgcgaggctctctgggtagagttacc
cagcaggcatctgggtggagcttttcatgctgagcaatttggaaaactag
gttttaggggcccggctctgttccatccactcttcatggtctacactttc
tctttattatcttataaattttcagtgcgtgttttcattgtacagagtcc
tgtgttccaagggatcagttcacacatgcattagttgagagaaccccaac
ttcctcctctcccagctccgctcaggccccttaccacgctctcctaacct
gtaaattcagcttttggatttgacattgtgacatgacactgatatttgta
aagtttactcttgagcacctgagttacaaagtgaacattcaacaaaactt
acaaacagaccaagttgttgtgttcaaagttagtttctgattttgtgatg
gattacattctattctgtggacgtgagacctgtgatgtgagggctatacg
tacttgaatccttctaaatatgtgatacataagttggatcccggcacctt
cataaaagccaggtgccattgagtgcatcagaaccccttagagacagtct
agtttgaaacaccaagctccttgttcatctaataaagtgaagggctggtg
aaatagctgagctagtaaaagcacttgtcatgcaaacctgcaacttggat
ttgattctcaaaccctatgataaaggcagaagcattctgttgctatcttg
ggcctccaatagtgagatgggaggcatgtgggatggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27194445_27195613
seq2: B6Ng01-143E01.b_46_1194

seq1  GAATTCATTTCAGAAACAGATAGAAGGAGGAAAAAAGATATTGAGATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCAGAAACAGATAGAAGGAGGAAAAAAGATATTGAGATGAG  50

seq1  GGAGCTATTTGGAGGCATTGTGGCCAAGGAGGGATGCTTCAGTTTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTATTTGGAGGCATTGTGGCCAAGGAGGGATGCTTCAGTTTTATTT  100

seq1  TCTGTTCTTTTGATTAAATACATTGACAAAAGGAACTTAAGGGAGAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTTTGATTAAATACATTGACAAAAGGAACTTAAGGGAGAAAGG  150

seq1  GTTTATTTGGCTCACAATTCTAGGTAATAGCCCATCACTGTGGGAAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTGGCTCACAATTCTAGGTAATAGCCCATCACTGTGGGAAGTCA  200

seq1  AATTGACATGAACTTTAGGCATCTGCTCATGTACACACTAAAGAGTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACATGAACTTTAGGCATCTGCTCATGTACACACTAAAGAGTAGAG  250

seq1  AACAGTAAATAAATGCATACATGCTTGTGTTCATCTTATTCTCCCTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAATAAATGCATACATGCTTGTGTTCATCTTATTCTCCCTGTGT  300

seq1  TAGGATTTTGTCAACATAACTCAATCTGGAGTCATCTGGGAGAAAGAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTTTGTCAACATAACTCAATCTGGAGTCATCTGGGAGAAAGAATC  350

seq1  CCAATTTGGAAATTGCCTCTATCAGACTTACCTGTGGACAAGTCTGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTGGAAATTGCCTCTATCAGACTTACCTGTGGACAAGTCTGTGCA  400

seq1  GCAATTTCTTGATTAATGATTGATGTAAAAGTGCCCAGACTATGTGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTCTTGATTAATGATTGATGTAAAAGTGCCCAGACTATGTGATAC  450

seq1  CTCTCCTAGAATGATAGTCCTAGGAGTTTTTTAAAAACCAAGGTAAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTAGAATGATAGTCCTAGGAGTTTTTTAAAAACCAAGGTAAGGAA  500

seq1  GCCATAGAGAGCAAGTTAGTAGGTAACACTAGTTTGAGGTTTCTGCTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGAGAGCAAGTTAGTAGGTAACACTAGTTTGAGGTTTCTGCTTTA  550

seq1  GATTCTGCATCAAGGTCCCAGCTTCTACTCCTGCCATGATGTCTGTGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGCATCAAGGTCCCAGCTTCTACTCCTGCCATGATGTCTGTGTAT  600

seq1  GAAGGACTGCGATAGGTTGTATAAGCAAAATTAACCCTTTCCTCCTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTGCGATAGGTTGTATAAGCAAAATTAACCCTTTCCTCCTCAGG  650

seq1  TAGCTTTTGTTGTTGATGTACTGAATTCAGCATGGCTTGGTTCTGGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTTGTTGTTGATGTACTGAATTCAGCATGGCTTGGTTCTGGAAAC  700

seq1  TTGACTGAGTTGCCAGGGAAGGATGAAAGGAGCACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGAGTTGCCAGGGAAGGATGAAAGGAGCACACACACACACACACA  750

seq1  CACACACACACACACACATAGAGGGAAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACATAGAGGGAAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAG  800

seq1  AGAGAGAGATCCAAGGCCAGGTAGGTTGCATAGAGGACAACAACAGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGATCCAAGGCCAGGTAGGTTGCATAGAGGACAACAACAGTGAA  850

seq1  CCTCAATGTGTTTCTTATGTACATCAG-AGGAGGTGGAGTTAGGTATTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGTGTTTCTTATGTACATCAGAAGGAGGTGGAGTTAGGTATTCT  900

seq1  TAGAAGGTCTTTAGTTTAGCAGTCTCAGGTTGTAAATATCTGGGAGGAGA  949
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||
seq2  TAGAA-GTCTTTAG-TTAGCAGTCTCAGGTTGTAATTTTCTGGGA-GAGA  947

seq1  AAGCTGCAGTT-GCTAGTTCTTGCACACATGACTCAATTGTTCATAAACA  998
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGCTGCAGTTGGCTAGTTCTTGCACACATGACTC-ATTGTTCATAAACA  996

seq1  ATCATGTTTGCACATACTGTTAGCATTCATACTCAGACCAGAGGAAACCT  1048
         ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  --TATGTTTGCACA-ACTG-TAGCATTCATACTCAGA-CATAGGAAACCT  1041

seq1  CTGAGCCTCACTGGGGAAAAGGCTTTTCCAATTCTCCATGGGTCTGAGGC  1098
      ||||||   ||||||||||  |||||  | |||||| |||||||||||||
seq2  CTGAGC--TACTGGGGAAA--GCTTT--CCATTCTCTATGGGTCTGAGGC  1085

seq1  ATTGGTCCTTGAATGGCCATGCCTTTGTTAACAATACATGATCACACAGG  1148
      | |||| |||| ||||||||| ||||||| |  |||||||||||| ||||
seq2  A-TGGT-CTTG-ATGGCCATG-CTTTGTTTAACATACATGATCAC-CAGG  1130

seq1  AATTTACTTGCCTTTATGTAT  1169
      |  |||||||| |||| ||||
seq2  A--TTACTTGCTTTTAGGTAT  1149

seq1: chr12_27337865_27338797
seq2: B6Ng01-143E01.g_66_1004 (reverse)

seq1  CCCCCATCCCAC--TCCTCCCATCTCACTA-TGGAGGGCCAAGATAGCCA  47
      ||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
seq2  CCCCCATCCCACATGCCTCCCATCTCACTATTGGAGGCCCAAGATAGCAA  50

seq1  CAG-ATGCTTCTGGCCTTTTTCATAGGCTCTGAGAATCAAATTCAAGTTG  96
      ||| |||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||
seq2  CAGAATGCTTCT-GCCTTTATCATAGGGTTTGAGAATCAAATCCAAGTTG  99

seq1  CAGGTTTGCATGGCAAGTGCTTTTACTAGCTCAGCTATTTCACCAGCCCT  146
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTGCATGACAAGTGCTTTTACTAGCTCAGCTATTTCACCAGCCCT  149

seq1  TCACTTTATTAGATGAACAAGGAGCTTGGTGTTTC-AACTAGACTGTCTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCACTTTATTAGATGAACAAGGAGCTTGGTGTTTCAAACTAGACTGTCTC  199

seq1  T-AGGGGTTCTGATGCACTCAATGGCACCTGGCTTTTATGAAGGTGCCGG  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGTTCTGATGCACTCAATGGCACCTGGCTTTTATGAAGGTGCCGG  249

seq1  GATCCAACTTATGTATCACATA-TTAGAAGGATTCAAGTACGTATAGCCC  293
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAACTTATGTATCACATATTTAGAAGGATTCAAGTACGTATAGCCC  299

seq1  TCACATCACAGGTCTCACGTCCACAGAATAGAATGTAATCCATCACAAAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCACAGGTCTCACGTCCACAGAATAGAATGTAATCCATCACAAAA  349

seq1  TCAGAAACTAACTTTGAACACAACAACTTGGTCTGTTTGTAAGTTTTGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAACTAACTTTGAACACAACAACTTGGTCTGTTTGTAAGTTTTGTT  399

seq1  GAATGTTCACTTTGTAACTCAGGTGCTCAAGAGTAAACTTTACAAATATC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTCACTTTGTAACTCAGGTGCTCAAGAGTAAACTTTACAAATATC  449

seq1  AGTGTCATGTCACAATGTCAAATCCAAAAGCTGAATTTACAGGTTAGGAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCATGTCACAATGTCAAATCCAAAAGCTGAATTTACAGGTTAGGAG  499

seq1  AGCGTGGTAAGGGGCCTGAGCGGAGCTGGGAGAGGAGGAAGTTGGGGTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGGTAAGGGGCCTGAGCGGAGCTGGGAGAGGAGGAAGTTGGGGTTC  549

seq1  TCTCAACTAATGCATGTGTGAACTGATCCCTTGGAACACAGGACTCTGTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACTAATGCATGTGTGAACTGATCCCTTGGAACACAGGACTCTGTA  599

seq1  CAATGAAAACACGCACTGAAAATTTATAAGATAATAAAGAGAAAGTGTAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAAACACGCACTGAAAATTTATAAGATAATAAAGAGAAAGTGTAG  649

seq1  ACCATGAAGAGTGGATGGAACAGAGCCGGGCCCCTAAAACCTAGTTTTCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAAGAGTGGATGGAACAGAGCCGGGCCCCTAAAACCTAGTTTTCC  699

seq1  AAATTGCTCAGCATGAAAAGCTCCACCCAGATGCCTGCTGGGTAACTCTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTCAGCATGAAAAGCTCCACCCAGATGCCTGCTGGGTAACTCTA  749

seq1  CCCAGAGAGCCTCGCAGCCTCCACAGCTATCTAAGGGGTGCTGCAGACTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAGCCTCGCAGCCTCCACAGCTATCTAAGGGGTGCTGCAGACTC  799

seq1  GCGGGCCTGTGACTGGCTGTGGAAAAAACATTCATCACGTGAAGCAGGAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGCCTGTGACTGGCTGTGGAAAAAACATTCATCACGTGAAGCAGGAG  849

seq1  GTTAAGTTCATCCCTACACTTCCCCCCTTTCTTCCTTCCATGCCCTCCTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTTCATCCCTACACTTCCCCCCTTTCTTCCTTCCATGCCCTCCTG  899

seq1  GGCTTCTTTAATGTTACAGACAGATGGTGCCAAGGAATTC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTAATGTTACAGACAGATGGTGCCAAGGAATTC  939