BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156G15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,266,123 - 28,422,587
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043009
Upstream gene1700020D12Rik, Sox11
Downstream geneLOC669327, 1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156G15.bB6Ng01-156G15.g
ACCDH950924DH950925
length1,0341,062
definitionDH950924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156G15, 5' end.DH950925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,421,549 - 28,422,587)(28,266,123 - 28,267,189)
sequence
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgtggtggtctt
attgacggtgttttttgccttgcagaagctttgcagtttcattaggtccc
atttgtcaattctcgatcttacagcacatgccattgccattctgttcagg
aatttttctcctgtgcccatatcttcaaggcttttccccactttctcctc
tataagttaatgattcttaaagcaatgactgataaataacaagttacttc
ctcaggatcctcccaccactgggctcaaaggatgaaatgactgcgctcac
agccaggggtttttgctagatctctctcccttcccaaccactcagccttc
cctgccctccttttccatgcagtcagacccttaccagtcactcagcttct
gcttccaaccactcaaccccttcccatctccatcactcaaccccctgtcc
cccagttcagctcctttgacattgctgagttcagcacacatgaaaaccca
ctaagccccaggcctcaactgtaaactgtaagaatattaagcttatgtct
aagtacagaaaatagcaaaggcaaaaacttgtttgcacacacatgtgaaa
cttgcgctgtgtccttcctctcaatgtcgagcaacagcagtgacaagaat
ccctacaatggtgatgatccctaggcagggcacagcctcttcccttgctt
ctcaggttataacttgccatctgcacccatcttgagtgggatgtgttatc
tgaggactgtgtcgtgacatgtttcacaatagatgagcagacagcagcat
tctcacacttcaagaacccgtgtgcttttttttttttctaacatatgctt
cttcatctagcacattattcttaaggaatgcacttgggaagattaggagg
caaagctacactttagaagcctgcttttctttgg
gaattccattcctttaccttgtactagagagaggacttgaagggaaccag
gcagccatctgagagtaagtcatatgtttctgtggccaaaaaagaaaaag
ggtttgtgtttttttttccccttttggtaggaacttcctagggtaagttg
tgttaacaagattcagtgaaggtagtgaagaactgaaggttgggcaggca
aaagccattataaccccatattttatatttagctggctcagtcagccaat
gctgtctcaaggggttcaaaaattttgcatgtaaaacgatctaaatctaa
agattgcagtgggtaattttggatttaatttgccatgacagtgatctatc
caacttggcatttttcaagccagcttcagatgtttaaatgcatgccatgc
acagcctggttgaggaatccgcacacattactgctctgctcacctttcat
ttcctagctggctttgtttcacataggaagggtgtgcttgaagaaggaag
tttacttgataaaactttcccaaattatctttatgggccttgcagcctaa
gagacttgcacattctgaatgaacttgtctgccttacttgtctatagact
ccttgggggcacaggacctgactgctcttctttgatccttcaaatatgtt
gttgttggtgagccttgaaggtcagttcaagtggatcttggatcatgagg
cagctaagaagtccatctttgggtagacatatgaggtacttagagatact
tagagaagatacttagactaaaagggggagagtttcccctagagtaggca
gcacatcctgtctcctgtccagctataaggaggtctaaagggaaagcagt
gctctttgcctgcctgcctcactcatttcttctgagtgtatctactcttg
ctacctcagctgctccttccatctgctgttgacttcagagatgcttcttt
gaccttccactaaagaccttcagttcttcaggaatcctcgactccatccc
agctgggactgctggagcatccaacatcctgatggagcaaggaccaggtt
ctcgcctttgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28421549_28422587
seq2: B6Ng01-156G15.b_43_1076 (reverse)

seq1  CCAAAGAAAAGCAGGCTTCTAAAGTGTAGCCTTTTGCCTCCTTATCCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||
seq2  CCAAAGAAAAGCAGGCTTCTAAAGTGTAGC--TTTGCCTCCTAATCTTCC  48

seq1  CAAAGTGCATTCCCTTAAGAATAATGTGCTAGATGAAGAAGCATATGTTA  100
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAGTGCATT-CCTTAAGAATAATGTGCTAGATGAAGAAGCATATGTTA  96

seq1  GAAAAAAAAAAAAGCACACCGGGTTCTTGAAGTGTGAGAATGCTGCTGTC  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAAAGCACA-CGGGTTCTTGAAGTGTGAGAATGCTGCTGTC  145

seq1  TGCTCATCTATTGTGAAACATGTCACGACACAGTCCTCAGATAACACATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATCTATTGTGAAACATGTCACGACACAGTCCTCAGATAACACATC  195

seq1  CCACTCAAGATGGGTGCAGATGGCAAGTTATAACCTGAGAAGCAAGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAAGATGGGTGCAGATGGCAAGTTATAACCTGAGAAGCAAGGGAA  245

seq1  GAGGCTGTGCCCTGCCTAGGGATCATCACCATTGTAGGGATTCTTGTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTGCCCTGCCTAGGGATCATCACCATTGTAGGGATTCTTGTCAC  295

seq1  TGCTGTTGCTCGACATTGAGAGGAAGGACACAGCGCAAGTTTCACATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGCTCGACATTGAGAGGAAGGACACAGCGCAAGTTTCACATGTG  345

seq1  TGTGCAAACAAGTTTTTGCCTTTGCTATTTTCTGTACTTAGACATAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAACAAGTTTTTGCCTTTGCTATTTTCTGTACTTAGACATAAGCT  395

seq1  TAATATTCTTACAGTTTACAGTTGAGGCCTGGGGCTTAGTGGGTTTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTCTTACAGTTTACAGTTGAGGCCTGGGGCTTAGTGGGTTTTCAT  445

seq1  GTGTGCTGAACTCAGCAATGTCAAAGGAGCTGAACTGGGGGACAGGGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGAACTCAGCAATGTCAAAGGAGCTGAACTGGGGGACAGGGGGT  495

seq1  TGAGTGATGGAGATGGGAAGGGGTTGAGTGGTTGGAAGCAGAAGCTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATGGAGATGGGAAGGGGTTGAGTGGTTGGAAGCAGAAGCTGAGT  545

seq1  GACTGGTAAGGGTCTGACTGCATGGAAAAGGAGGGCAGGGAAGGCTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTAAGGGTCTGACTGCATGGAAAAGGAGGGCAGGGAAGGCTGAGT  595

seq1  GGTTGGGAAGGGAGAGAGATCTAGCAAAAACCCCTGGCTGTGAGCGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGAAGGGAGAGAGATCTAGCAAAAACCCCTGGCTGTGAGCGCAGT  645

seq1  CATTTCATCCTTTGAGCCCAGTGGTGGGAGGATCCTGAGGAAGTAACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATCCTTTGAGCCCAGTGGTGGGAGGATCCTGAGGAAGTAACTTG  695

seq1  TTATTTATCAGTCATTGCTTTAAGAATCATTAACTTATAGAGGAGAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATCAGTCATTGCTTTAAGAATCATTAACTTATAGAGGAGAAAGT  745

seq1  GGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGAGAAAAATTCCTGAACAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGAGAAAAATTCCTGAACAGAA  795

seq1  TGGCAATGGCATGTGCTGTAAGATCGAGAATTGACAAATGGGACCTAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATGGCATGTGCTGTAAGATCGAGAATTGACAAATGGGACCTAATG  845

seq1  AAACTGCAAAGCTTCTGCAAGGCAAAAAACACCGTCAATAAGACCACCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCAAAGCTTCTGCAAGGCAAAAAACACCGTCAATAAGACCACCAC  895

seq1  AGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATAT  945

seq1  CCAATATATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTCCAGAAAATCAAATAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTCCAGAAAATCAAATAAC  995

seq1  CCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAACTGAACAAAGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAACTGAACAAAGAATTC  1034

seq1: chr12_28266123_28267189
seq2: B6Ng01-156G15.g_66_1127

seq1  GAATTCCATTCCTTTACCTTGTACTAGAGAGAGGACTTGAAGGGAACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCCTTTACCTTGTACTAGAGAGAGGACTTGAAGGGAACCAG  50

seq1  GCAGCCATCTGAGAGTAAGTCATATGTTTCTGTGGCCAAAAAAGAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATCTGAGAGTAAGTCATATGTTTCTGTGGCCAAAAAAGAAAAAG  100

seq1  GGTTTGTGTTTTTTTTTCCCCTTTTGGTAGGAACTTCCTAGGGTAAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGTTTTTTTTTCCCCTTTTGGTAGGAACTTCCTAGGGTAAGTTG  150

seq1  TGTTAACAAGATTCAGTGAAGGTAGTGAAGAACTGAAGGTTGGGCAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACAAGATTCAGTGAAGGTAGTGAAGAACTGAAGGTTGGGCAGGCA  200

seq1  AAAGCCATTATAACCCCATATTTTATATTTAGCTGGCTCAGTCAGCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCATTATAACCCCATATTTTATATTTAGCTGGCTCAGTCAGCCAAT  250

seq1  GCTGTCTCAAGGGGTTCAAAAATTTTGCATGTAAAACGATCTAAATCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTCAAGGGGTTCAAAAATTTTGCATGTAAAACGATCTAAATCTAA  300

seq1  AGATTGCAGTGGGTAATTTTGGATTTAATTTGCCATGACAGTGATCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCAGTGGGTAATTTTGGATTTAATTTGCCATGACAGTGATCTATC  350

seq1  CAACTTGGCATTTTTCAAGCCAGCTTCAGATGTTTAAATGCATGCCATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGGCATTTTTCAAGCCAGCTTCAGATGTTTAAATGCATGCCATGC  400

seq1  ACAGCCTGGTTGAGGAATCCGCACACATTACTGCTCTGCTCACCTTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGGTTGAGGAATCCGCACACATTACTGCTCTGCTCACCTTTCAT  450

seq1  TTCCTAGCTGGCTTTGTTTCACATAGGAAGGGTGTGCTTGAAGAAGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGCTGGCTTTGTTTCACATAGGAAGGGTGTGCTTGAAGAAGGAAG  500

seq1  TTTACTTGATAAAACTTTCCCAAATTATCTTTATGGGCCTTGCAGCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGATAAAACTTTCCCAAATTATCTTTATGGGCCTTGCAGCCTAA  550

seq1  GAGACTTGCACATTCTGAATGAACTTGTCTGCCTTACTTGTCTATAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGCACATTCTGAATGAACTTGTCTGCCTTACTTGTCTATAGACT  600

seq1  CCTTGGGGGCACAGGACCTGACTGCTCTTCTTTGATCCTTCAAATATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGGCACAGGACCTGACTGCTCTTCTTTGATCCTTCAAATATGTT  650

seq1  GTTGTTGGTGAGCCTTGAAGGTCAGTTCAAGTGGATCTTGGATCATGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGGTGAGCCTTGAAGGTCAGTTCAAGTGGATCTTGGATCATGAGG  700

seq1  CAGCTAAGAAGTCCATCTTTGGGTAGACATATGAGGTACTTAGAGATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGAAGTCCATCTTTGGGTAGACATATGAGGTACTTAGAGATACT  750

seq1  TAGAGAAGATACTTAGACTAAAAGGGGGAGAGTTTCCCCTAGAGTAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGATACTTAGACTAAAAGGGGGAGAGTTTCCCCTAGAGTAGGCA  800

seq1  GCACATCCTGTCTCCTGTCCAGCTATAAGGAGGTCTAAAGGGAAAGCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCCTGTCTCCTGTCCAGCTATAAGGAGGTCTAAAGGGAAAGCAGT  850

seq1  GCTCTTTGCCTGCCTGCCTCACTCATTTCTTCTGAGTGTATCTACTCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTGCCTGCCTGCCTCACTCATTTCTTCTGAGTGTATCTACTCTTG  900

seq1  CTACCTCAGCTGCTCCTTCCATCTGCTGTTGACTTCAGAAGATGCTTCTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTACCTCAGCTGCTCCTTCCATCTGCTGTTGACTTCAG-AGATGCTTCTT  949

seq1  TGACCTTCCACTAAAGACCTTCAGTTCTTCAGGAATCCTCAGACCTCCAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  TGACCTTCCACTAAAGACCTTCAGTTCTTCAGGAATCCTC-GA-CTCCAT  997

seq1  CACCAGCTGGGACTGCTGAGGCATCCAACATCCTGAATGGAGCAAGGACC  1050
      | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  C-CCAGCTGGGACTGCTGGAGCATCCAACATCCTG-ATGGAGCAAGGACC  1045

seq1  AGGTTCTCAGCTTTGCC  1067
      ||||||||  |||||||
seq2  AGGTTCTCGCCTTTGCC  1062