BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158P19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 34,521,391 - 34,693,510
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668806, Ferd3l, Twist1
Upstream genePbef1, LOC100043553, 4933406C10Rik, Sypl, LOC100043109, 1110049B09Rik, Atxn7l4, Atxn7l1, 4930504H06Rik, Twistnb, LOC668801
Downstream geneHdac9, 4921508M14Rik, Prps1l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158P19.bB6Ng01-158P19.g
ACCDH952785DH952786
length1,140937
definitionDH952785|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158P19, 5' end.DH952786|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,692,355 - 34,693,510)(34,521,391 - 34,522,328)
sequence
gaattcaaatctattcacaactacatagcatgttaataccaacttgaact
acaagagactctgtctcagaaaaaaattaaataactgtagagtcatttaa
tcaaaagtgcatcatatatgcaagttacctaaagtgaaattctgataatg
acactgtacaaccaaaacttctggtcttagaacataaaatttatcaaatg
tgttaaaggactgagaatagcatgtcaagatactcaactctatctaacag
acaccattaaatactcataaataaaccatcagagtgaatgagcaatagag
atacctagagagtatttgtattagcttgttgcaaattaggttctccggga
gcataagctaagggttttagggatggagacccacacaatggactaggaaa
aggcagcaagaggcaggaagatgcctgtacacaggatctacaaaccctac
agtgggatctcagaattgtgtaactggacctcaaatggaaagccttttct
aatcatacctgtacgagacagtagatatcacatgcctaacagggcatgag
gtcaggccaaacaattgtctgtagctagagtaaactctgaaggggctgag
ctgtggaggctgcctgccaagaggcatcttctgaagcaaaggttcatctg
tcatagtcttggaaaaagctcaattcatttagccgcataaatcaggatgt
gcaggaagtgtttgctctccgtggcttcttcccagcgcatcacaagaaca
aagcagcacaacatggaaatgagagctgggcagacactagctctactctt
agatgcatctaaaactttagtgtagacatttgcggtctataaattatttt
gtacgtaatcccaggcttccctctgcctgcagacaagagtagcagcagcc
aaggggtgctcataaactttttcatgcccagccaatattttctaatatct
ggatgttttgtcatagtacaaatgcctcatactactgatagatgacttta
aaatgagcaatcttatggatattcattgtgttccagatcatcataaatat
ttgttcttctctatctagccaatgtatttagaagtgaatgcctctatgga
attctactatgcattaaacgctgagataactctggatagc
gaattcaaggcaatgctctgggctccaggcctggttgtgcacttatctga
ctggcaagttacataaccgctacaactctatctcctgttgtttaaaccta
aactcctactcagcgcaccatgagaatgagcctgagagtgatgggcctag
gctgttgagtggcacacaaggaatgctcattaaaacagaagatgggagag
aagagagacaattgaaggcaaaaaaaaaaaaatgagaaggaaagaaatgt
agatgaaaggaagaaaccagagagggaaagggggaaagataaataaagat
ttctgagacacctggggttcatataaataaatatgcattacatgttatat
atgcagagaaagtgtttatagatatatagatatgatctgtttacatatag
agtcaagacatgaacataaacaccataaactcaagagtggaaaatgagac
ttaagtatgtacatctacgcacacacacacacagacacacacacacacac
acacacaaagagcacatgagaaagagagagagaaagactattcagggaat
ataatagggctacaaactcagatttggttttcactgagacttgtgtatat
ttaaaatacaagattcttaaggcttttcaagtgaaaagagattccttctc
tttttaatattttgttatcacttgataattttatatatgccaataatgtg
atttgatcaaaaccactcccattccctcctctccagttcttccctatccc
cctcccaccaatgcgtttccctcccaactctgtgtattcattttttgttg
tcaatctacagagcccagctatgactatttgtctatgcatggccatcaga
gcatggataacttcttgtggctgcatcccagaagaaaatgccttctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctcgtctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_34692355_34693510
seq2: B6Ng01-158P19.b_50_1189 (reverse)

seq1  GCTATCCAGAG-TAACTCAGCGTATTAATAGCATTAAGTTAGGAATTCAT  49
      ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||  || ||| | | |||
seq2  GCTATCCAGAGTTATCTCAGCGT-TTAAT-GCAT--AG-TAGAATTCCAT  45

seq1  AGAGCAATTCACTTCTTTAAATACATTTGCTAGATTAGAGAAGAACAAAT  99
      ||||  |||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGGCATTCACTTC--TAAATACATTGGCTAGA-TAGAGAAGAACAAAT  92

seq1  ATTTAATGATGAATTCTGGAACAACAATGAATATCCATAAGGATTGCTCA  149
      |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTT-ATGATGA--TCTGGAAC-ACAATGAATATCCATAA-GATTGCTCA  137

seq1  TTTTAAAAGTCATCTTATCAGTAGTATGAGGCATTTTGTACTATGACAAA  199
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTTT-AAAGTCATC-TATCAGTAGTATGAGGCA-TTTGTACTATGAC-AA  183

seq1  AACATCCAGATATTAGAAAATATTGGCTGGGCATGAAAAAGTTTATGAGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCAGATATTAGAAAATATTGGCTGGGCATGAAAAAGTTTATGAGC  233

seq1  ACCCCTTGGCTGCTGCTACTCTTGTCTGCAGGCAGAGGGAAGCCTGGGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTGGCTGCTGCTACTCTTGTCTGCAGGCAGAGGGAAGCCTGGGAT  283

seq1  TACGTACAAAATAATTTATAGACCGCAAATGTCTACACTAAAGTTTTAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTACAAAATAATTTATAGACCGCAAATGTCTACACTAAAGTTTTAGA  333

seq1  TGCATCTAAGAGTAGAGCTAGTGTCTGCCCAGCTCTCATTTCCATGTTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTAAGAGTAGAGCTAGTGTCTGCCCAGCTCTCATTTCCATGTTGT  383

seq1  GCTGCTTTGTTCTTGTGATGCGCTGGGAAGAAGCCACGGAGAGCAAACAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTGTTCTTGTGATGCGCTGGGAAGAAGCCACGGAGAGCAAACAC  433

seq1  TTCCTGCACATCCTGATTTATGCGGCTAAATGAATTGAGCTTTTTCCAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCACATCCTGATTTATGCGGCTAAATGAATTGAGCTTTTTCCAAG  483

seq1  ACTATGACAGATGAACCTTTGCTTCAGAAGATGCCTCTTGGCAGGCAGCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGACAGATGAACCTTTGCTTCAGAAGATGCCTCTTGGCAGGCAGCC  533

seq1  TCCACAGCTCAGCCCCTTCAGAGTTTACTCTAGCTACAGACAATTGTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCTCAGCCCCTTCAGAGTTTACTCTAGCTACAGACAATTGTTTG  583

seq1  GCCTGACCTCATGCCCTGTTAGGCATGTGATATCTACTGTCTCGTACAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACCTCATGCCCTGTTAGGCATGTGATATCTACTGTCTCGTACAGG  633

seq1  TATGATTAGAAAAGGCTTTCCATTTGAGGTCCAGTTACACAATTCTGAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTAGAAAAGGCTTTCCATTTGAGGTCCAGTTACACAATTCTGAGA  683

seq1  TCCCACTGTAGGGTTTGTAGATCCTGTGTACAGGCATCTTCCTGCCTCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGTAGGGTTTGTAGATCCTGTGTACAGGCATCTTCCTGCCTCTT  733

seq1  GCTGCCTTTTCCTAGTCCATTGTGTGGGTCTCCATCCCTAAAACCCTTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTTTCCTAGTCCATTGTGTGGGTCTCCATCCCTAAAACCCTTAG  783

seq1  CTTATGCTCCCGGAGAACCTAATTTGCAACAAGCTAATACAAATACTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTCCCGGAGAACCTAATTTGCAACAAGCTAATACAAATACTCTC  833

seq1  TAGGTATCTCTATTGCTCATTCACTCTGATGGTTTATTTATGAGTATTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATCTCTATTGCTCATTCACTCTGATGGTTTATTTATGAGTATTTA  883

seq1  ATGGTGTCTGTTAGATAGAGTTGAGTATCTTGACATGCTATTCTCAGTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCTGTTAGATAGAGTTGAGTATCTTGACATGCTATTCTCAGTCC  933

seq1  TTTAACACATTTGATAAATTTTATGTTCTAAGACCAGAAGTTTTGGTTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACACATTTGATAAATTTTATGTTCTAAGACCAGAAGTTTTGGTTGT  983

seq1  ACAGTGTCATTATCAGAATTTCACTTTAGGTAACTTGCATATATGATGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTCATTATCAGAATTTCACTTTAGGTAACTTGCATATATGATGCA  1033

seq1  CTTTTGATTAAATGACTCTACAGTTATTTAATTTTTTTCTGAGACAGAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGATTAAATGACTCTACAGTTATTTAATTTTTTTCTGAGACAGAGT  1083

seq1  CTCTTGTAGTTCAAGTTGGTATTAACATGCTATGTAGTTGTGAATAGATT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTAGTTCAAGTTGGTATTAACATGCTATGTAGTTGTGAATAGATT  1133

seq1  TGAATTC  1156
      |||||||
seq2  TGAATTC  1140

seq1: chr12_34521391_34522328
seq2: B6Ng01-158P19.g_67_1003

seq1  GAATTCAAGGCAATGCTCTGGGCTCCAGGCCTGGTTGTGCACTTATCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAATGCTCTGGGCTCCAGGCCTGGTTGTGCACTTATCTGA  50

seq1  CTGGCAAGTTACATAACCGCTACAACTCTATCTCCTGTTGTTTAAACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAGTTACATAACCGCTACAACTCTATCTCCTGTTGTTTAAACCTA  100

seq1  AACTCCTACTCAGCGCACCATGAGAATGAGCCTGAGAGTGATGGGCCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTACTCAGCGCACCATGAGAATGAGCCTGAGAGTGATGGGCCTAG  150

seq1  GCTGTTGAGTGGCACACAAGGAATGCTCATTAAAACAGAAGATGGGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGAGTGGCACACAAGGAATGCTCATTAAAACAGAAGATGGGAGAG  200

seq1  AAGAGAGACAATTGAAGGCAAAAAAAAAAAAATGAGAAGGAAAGAAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGACAATTGAAGGCAAAAAAAAAAAAATGAGAAGGAAAGAAATGT  250

seq1  AGATGAAAGGAAGAAACCAGAGAGGGAAAGGGGGAAAGATAAATAAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAGGAAGAAACCAGAGAGGGAAAGGGGGAAAGATAAATAAAGAT  300

seq1  TTCTGAGACACCTGGGGTTCATATAAATAAATATGCATTACATGTTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGACACCTGGGGTTCATATAAATAAATATGCATTACATGTTATAT  350

seq1  ATGCAGAGAAAGTGTTTATAGATATATAGATATGATCTGTTTACATATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGAAAGTGTTTATAGATATATAGATATGATCTGTTTACATATAG  400

seq1  AGTCAAGACATGAACATAAACACCATAAACTCAAGAGTGGAAAATGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGACATGAACATAAACACCATAAACTCAAGAGTGGAAAATGAGAC  450

seq1  TTAAGTATGTACATCTACGCACACACACACACAGACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTATGTACATCTACGCACACACACACACAGACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACAAAGAGCACATGAGAAAGAGAGAGAGAAAGACTATTCAGGGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAAGAGCACATGAGAAAGAGAGAGAGAAAGACTATTCAGGGAAT  550

seq1  ATAATAGGGCTACAAACTCAGATTTGGTTTTCACTGAGACTTGTGTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGGGCTACAAACTCAGATTTGGTTTTCACTGAGACTTGTGTATAT  600

seq1  TTAAAATACAAGATTCTTAAGGCTTTTCAAGTGAAAAGAGATTCCTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACAAGATTCTTAAGGCTTTTCAAGTGAAAAGAGATTCCTTCTC  650

seq1  TTTTTAATATTTTGTTATCACTTGATAATTTTATATATGCCAATAATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATATTTTGTTATCACTTGATAATTTTATATATGCCAATAATGTG  700

seq1  ATTTGATCAAAACCACTCCCATTCCCTCCTCTCCAGTTCTTCCCTATCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATCAAAACCACTCCCATTCCCTCCTCTCCAGTTCTTCCCTATCCC  750

seq1  CCTCCCACCAATGCGTTTCCCTCCCAACTCTGTGTATTCATTTTTTGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCACCAATGCGTTTCCCTCCCAACTCTGTGTATTCATTTTTTGTTG  800

seq1  TCAATCTACAGAGCCCAGCTATGACTATTTGTCTATGCATGGCCATCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTACAGAGCCCAGCTATGACTATTTGTCTATGCATGGCCATCAGA  850

seq1  GCATGGATAACTTCTTGTGGCTGCATCCCAGAAGAAAATTGCCTTTCTCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  GCATGGATAACTTCTTGTGGCTGCATCCCAGAAGAAAA-TGCC-TTCTCT  898

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC-TCTCT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTCTCT  937