BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162A08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 26,383,465 - 26,528,625
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668726
Upstream geneRrm2, LOC668719, Mboat2, EG629397, C330002I19Rik, Id2, LOC100042973, LOC100042974
Downstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162A08.bB6Ng01-162A08.g
ACCDH954971DH954972
length1,2031,123
definitionDH954971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162A08, 5' end.DH954972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,527,419 - 26,528,625)(26,383,465 - 26,384,595)
sequence
gaattcagggttttgtgcatgctagacaaactctccatgaactaagccat
acccacagcccctctctgtgattttaaatagagacccaccttggaagggt
ggtacacagtgggaattcctgcaactggaggctgagatgggaggatggca
cagtcaacagcattctggcctcatttacacaaattctgcttagttaggga
gatcctattagatcttatcattgacaatgttttattgcaaatcctacagt
gcatgaatcgttagcattttggaaagtaactcggtgctaagcctccttgc
ccagatcaggagatttgagagttgtgcactaaatagttcaactcttatac
accatacttctcaactattgaattccaacatctctgaggactgttacatg
actttgacttgaagacatgatatcagagaatgattctcatgtaactcagt
aacagtgacttctgatatagaaactgctgttaggattcaaatgtcaaatt
ctaactctagaataccactctgatgcaaagtagacaaaggataaccctga
gtcttagactcacagcccctacgtcaaagacactgatggtatggctgtaa
cagaaatatgtttctaatggtgcagactttttttaaaaaagacattggag
atcttgtttcacacatagataagatagaatgaaaatacaaatttaaggag
agctgcaaacagagagagagagagagagagagagagagagatgcatatct
ctgggctagtagacatagtttaaagttgatgctcttgacccaagcaagca
ttcttcccatccactgtaaaactgggtccagacaacatgcaccctgttct
gatctcagggaccccagtgatctcaaaacaagggctggacaggggacagc
cagctttctgtccatataggcactggggtgccactacaggtacacagtta
gaaccacggatgacagctgcttagttaacagtgatgcctgttgcttctct
aaagagtcctttctgtggacttagtgtcttgctcaaggcaattgacttca
aagagtctaccacagtactattgctctcagttcgaaaataaaaccaatca
tcagtcacttggtctttgaatcatgatcaaaagatctttggaaaactaaa
cttatttattggtagtcccacccccacccatccttgtactcatatatcct
ccc
gaattcagtgactgaccctgtggcaagtcaacattgtcaagcttagtgga
tttatgggaaataagcgttctgtatgaagccgactttgaagtgagcaggt
aggtttacagagccccacaggttctgttcgtcacttctagctctgatgag
aacagctgggttatcttatccagtctgccatgttccattccctgcctggg
aagtggggactatcatggccaagcaccaggtcagtgcaaggtcagcctct
taatgaacaagatactgttctctttatacctgtcattgtcagaattctcc
ttctgtgattcttgtcctgaaccttacacaaactcttctgcagtcaggaa
aactgcagccactctaggtgtcccaagctggaatagatttgtaatatata
cttctaattaaagaaaaaatattggggctgataagatgccttggcactta
tctgttcttccagaagacctgctttctattcccatatcccacttcatggc
tcactatcatctgtagctctacttttagaagacctaatgccatcttctgg
cctctataagattcagacaggcataagggcacagacatacatttaggcaa
agcacctatatacatacaaagtaaagtataaaattattgtacatatattt
tttgaaatatgtatatttctattggtatatacatgttattaatgtataga
gttgaaataattagaatatgttacatatatatgtatatgtgtacacacac
gcacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatatgc
ttacttttagcagaaaatgccaattttacaatattttgcaactaacccta
aagatggttgcggagatttacacccgtatcagctcttggttttacatatc
ttttaaattacatattttttcttatgacagttgtaactgcatttgtctga
tggttaataaaatagagaaattttagcatgttttgagtacttattatttt
gagatgcctactcagtctttctcctctcgggagtctgccttatgtggtat
gatttaaaaggttacttatgtacctcagtaaatagttttcaagcctatgt
ctgaagcgtattatcctattttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_26527419_26528625
seq2: B6Ng01-162A08.b_48_1250 (reverse)

seq1  GGGAGGATAT-TGAGTAACAAGGATGGGGTGGGGGTGGGGACTA-CAAT-  47
      |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| 
seq2  GGGAGGATATATGAGT-ACAAGGAT-GGGTGGGGGT-GGGACTACCAATA  47

seq1  AATAAGTTTAGTTTTTCCAAAGGATCTTTTTGATCCTGATTCAAAGGACC  97
      ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  AATAAGTTTAG-TTTTCCAAA-GATC-TTTTGATCATGATTCAAA-GACC  93

seq1  AAGTGACTGATGATGGGTTTTA-TGTCGAACTGGGAAGCAATAGTACTGT  146
      |||||||||||||| ||||||| | |||||||| | ||||||||||||||
seq2  AAGTGACTGATGATTGGTTTTATTTTCGAACTGAG-AGCAATAGTACTGT  142

seq1  GGTAGGCTCCTTGAAGTC-ACTGCCTGGAGCAAGACACTAAGTCCACAGA  195
      ||||| ||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACTCTTTGAAGTCAATTGCCTTGAGCAAGACACTAAGTCCACAGA  192

seq1  AAGGACTCTTTAGAGAAGCAACAGGCATCACTGTTAACCTAAGCAGCTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGGACTCTTTAGAGAAGCAACAGGCATCACTGTTAA-CTAAGCAGCTGT  241

seq1  CATCCGTGGTTCTAACTGTGTACCTGTAGTGGCACCCCAGTGCCTATATG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGTGGTTCTAACTGTGTACCTGTAGTGGCACCCCAGTGCCTATATG  291

seq1  GACAGAAAGCTGGCTGTCCCCTGTCCAGCCCTTGTTTTGAGATCACTGGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAGCTGGCTGTCCCCTGTCCAGCCCTTGTTTTGAGATCACTGGG  341

seq1  GTCCCTGAGATCAGAACAGGGTGCATGTTGTCTGGACCCAGTTTTACAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGAGATCAGAACAGGGTGCATGTTGTCTGGACCCAGTTTTACAGT  391

seq1  GGATGGGAAGAATGCTTGCTTGGGTCAAGAGCATCAACTTTAAACTATGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGAAGAATGCTTGCTTGGGTCAAGAGCATCAACTTTAAACTATGT  441

seq1  CTACTAGCCCAGAGATATGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGCCCAGAGATATGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  491

seq1  CTGTTTGCAGCTCTCCTTAAATTTGTATTTTCATTCTATCTTATCTATGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGCAGCTCTCCTTAAATTTGTATTTTCATTCTATCTTATCTATGT  541

seq1  GTGAAACAAGATCTCCAATGTCTTTTTTAAAAAAAGTCTGCACCATTAGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACAAGATCTCCAATGTCTTTTTTAAAAAAAGTCTGCACCATTAGA  591

seq1  AACATATTTCTGTTACAGCCATACCATCAGTGTCTTTGACGTAGGGGCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTTCTGTTACAGCCATACCATCAGTGTCTTTGACGTAGGGGCTG  641

seq1  TGAGTCTAAGACTCAGGGTTATCCTTTGTCTACTTTGCATCAGAGTGGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTAAGACTCAGGGTTATCCTTTGTCTACTTTGCATCAGAGTGGTA  691

seq1  TTCTAGAGTTAGAATTTGACATTTGAATCCTAACAGCAGTTTCTATATCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGTTAGAATTTGACATTTGAATCCTAACAGCAGTTTCTATATCA  741

seq1  GAAGTCACTGTTACTGAGTTACATGAGAATCATTCTCTGATATCATGTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACTGTTACTGAGTTACATGAGAATCATTCTCTGATATCATGTCT  791

seq1  TCAAGTCAAAGTCATGTAACAGTCCTCAGAGATGTTGGAATTCAATAGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCAAAGTCATGTAACAGTCCTCAGAGATGTTGGAATTCAATAGTT  841

seq1  GAGAAGTATGGTGTATAAGAGTTGAACTATTTAGTGCACAACTCTCAAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTATGGTGTATAAGAGTTGAACTATTTAGTGCACAACTCTCAAAT  891

seq1  CTCCTGATCTGGGCAAGGAGGCTTAGCACCGAGTTACTTTCCAAAATGCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGATCTGGGCAAGGAGGCTTAGCACCGAGTTACTTTCCAAAATGCT  941

seq1  AACGATTCATGCACTGTAGGATTTGCAATAAAACATTGTCAATGATAAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATTCATGCACTGTAGGATTTGCAATAAAACATTGTCAATGATAAGA  991

seq1  TCTAATAGGATCTCCCTAACTAAGCAGAATTTGTGTAAATGAGGCCAGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAGGATCTCCCTAACTAAGCAGAATTTGTGTAAATGAGGCCAGAA  1041

seq1  TGCTGTTGACTGTGCCATCCTCCCATCTCAGCCTCCAGTTGCAGGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGACTGTGCCATCCTCCCATCTCAGCCTCCAGTTGCAGGAATTC  1091

seq1  CCACTGTGTACCACCCTTCCAAGGTGGGTCTCTATTTAAAATCACAGAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGTACCACCCTTCCAAGGTGGGTCTCTATTTAAAATCACAGAGA  1141

seq1  GGGGCTGTGGGTATGGCTTAGTTCATGGAGAGTTTGTCTAGCATGCACAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGTGGGTATGGCTTAGTTCATGGAGAGTTTGTCTAGCATGCACAA  1191

seq1  AACCCTGAATTC  1207
      ||||||||||||
seq2  AACCCTGAATTC  1203

seq1: chr12_26383465_26384595
seq2: B6Ng01-162A08.g_68_1190

seq1  GAATTCAGTGACTGACCCTGTGGCAAGTCAACATTGTCAAGCTTAGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGACTGACCCTGTGGCAAGTCAACATTGTCAAGCTTAGTGGA  50

seq1  TTTATGGGAAATAAGCGTTCTGTATGAAGCCGACTTTGAAGTGAGCAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGAAATAAGCGTTCTGTATGAAGCCGACTTTGAAGTGAGCAGGT  100

seq1  AGGTTTACAGAGCCCCACAGGTTCTGTTCGTCACTTCTAGCTCTGATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTACAGAGCCCCACAGGTTCTGTTCGTCACTTCTAGCTCTGATGAG  150

seq1  AACAGCTGGGTTATCTTATCCAGTCTGCCATGTTCCATTCCCTGCCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTGGGTTATCTTATCCAGTCTGCCATGTTCCATTCCCTGCCTGGG  200

seq1  AAGTGGGGACTATCATGGCCAAGCACCAGGTCAGTGCAAGGTCAGCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGACTATCATGGCCAAGCACCAGGTCAGTGCAAGGTCAGCCTCT  250

seq1  TAATGAACAAGATACTGTTCTCTTTATACCTGTCATTGTCAGAATTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACAAGATACTGTTCTCTTTATACCTGTCATTGTCAGAATTCTCC  300

seq1  TTCTGTGATTCTTGTCCTGAACCTTACACAAACTCTTCTGCAGTCAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGATTCTTGTCCTGAACCTTACACAAACTCTTCTGCAGTCAGGAA  350

seq1  AACTGCAGCCACTCTAGGTGTCCCAAGCTGGAATAGATTTGTAATATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGCCACTCTAGGTGTCCCAAGCTGGAATAGATTTGTAATATATA  400

seq1  CTTCTAATTAAAGAAAAAATATTGGGGCTGATAAGATGCCTTGGCACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAATTAAAGAAAAAATATTGGGGCTGATAAGATGCCTTGGCACTTA  450

seq1  TCTGTTCTTCCAGAAGACCTGCTTTCTATTCCCATATCCCACTTCATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTCCAGAAGACCTGCTTTCTATTCCCATATCCCACTTCATGGC  500

seq1  TCACTATCATCTGTAGCTCTACTTTTAGAAGACCTAATGCCATCTTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATCATCTGTAGCTCTACTTTTAGAAGACCTAATGCCATCTTCTGG  550

seq1  CCTCTATAAGATTCAGACAGGCATAAGGGCACAGACATACATTTAGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATAAGATTCAGACAGGCATAAGGGCACAGACATACATTTAGGCAA  600

seq1  AGCACCTATATACATACAAAGTAAAGTATAAAATTATTGTACATATATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTATATACATACAAAGTAAAGTATAAAATTATTGTACATATATTT  650

seq1  TTTGAAATATGTATATTTCTATTGGTATATACATGTTATTAATGTATAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATATGTATATTTCTATTGGTATATACATGTTATTAATGTATAGA  700

seq1  GTTGAAATAATTAGAATATGTTACATATATATGTATATGTGTACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATAATTAGAATATGTTACATATATATGTATATGTGTACACACAC  750

seq1  GCACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATGC  800

seq1  TTACTTTTAGCAGAAAATGCCAATTTTACAATATTTTGCAACTAACCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTTAGCAGAAAATGCCAATTTTACAATATTTTGCAACTAACCCTA  850

seq1  AAGATGGTTGCGGAGATTTACACCCGTATCAGCTCTTGGTTTTACATATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTTGCGGAGATTTACACCCGTATCAGCTCTTGGTTTTACATATC  900

seq1  TTTTAAATTACATATTTTTTCTTATGACAGTTTGTAACTGCATTTGTCTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTACATATTTTTTCTTATGACAG-TTGTAACTGCATTTGTCTG  949

seq1  ATGGTTAATAAAATAGAGAAATTTTAGCATGTTTTTGAGTACTTATTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  ATGGTTAATAAAATAGAGAAATTTTAGCATG-TTTTGAGTACTTATTA-T  997

seq1  TTTGAGATGCCTACTCAGTTCTTTCTCCTCTTCGGGGAGGTCTGCCTTAT  1050
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||
seq2  TTTGAGATGCCTACTCAG-TCTTTCTCCTC-TCGGG--AGTCTGCCTTAT  1043

seq1  GTTGTATGATTTATAAGGTTACTTATGTA-CTCAGTATATAGTTTTCAAG  1099
      || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGTATGATTTAAAAGGTTACTTATGTACCTCAGTAAATAGTTTTCAAG  1093

seq1  CTTATGTCTGAAGCGTATTATTTCCTATTTTG  1131
      | ||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  CCTATGTCTGAAGCGTATTA--TCCTATTTTG  1123