BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164H23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 22,876,228 - 23,044,720
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668662, LOC668664, 2410018L13Rik
Upstream geneEG668645, EG668646, LOC100043416, LOC668650, EG668496, LOC668653, EG432637, LOC668656, EG629133, EG668660
Downstream geneLOC77114, EG668669, EG668670, LOC668680, LOC100042895, LOC100043435, EG628081, LOC100042903
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164H23.bB6Ng01-164H23.g
ACCDH956805DH956806
length9171,121
definitionDH956805|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164H23, 5' end.DH956806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164H23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,876,228 - 22,877,138)(23,043,614 - 23,044,720)
sequence
gaattcagtacctagtctgaggaagtgctctgaacaaaacaggaccagag
tctgaaggtagatgagaattgatgctaatcctagaggcctcttccaagag
aaagcacatatacctgaggactgaccctctctgaaacagacagcaagaag
ggcagagaggtggaggatctgcagatgcagagaccctggggctgaaacag
acttaccagggtccaaagtggggggcacagtaatgatgtcccaaaagtat
aagtcttaacagaaggtcagaaatgccattcaggatgttggagagagtga
ccatggagtctgagaaatccgcccccaaaaagtggtgggatgtttgtgtc
tgaacaggctgcagggtgtgagtaggagcttcctgggtgactggagtggg
tgtgacccagatgagcctagcttagtgaggagagtcacccacatggctcc
ctccctgttacagtagcagtttctgttatgaaaaaagttcttggggattt
cctgttcttttctccacctcctctggttccgtaactcttgtggggcctct
cagacttgggaaagagcagagggagagaggtctggcaatgcagggtgggg
ctttccatgcagccttgccagctgcccctctttttccttttacattgcac
ttttaccttgttgcttaagttttatgcatatggattagtttgtgtgtggt
gggcaagtgatccagtgaatgtaggtcagagggacacaacctctgggatt
cagttctctcctcctacccacgtgagttctcatgctggtgcctttaccag
ggagtcatttcaatggctctgctaccttttttttttaaacatcattgagg
ctctggggaattgggagtgttgagctcctggattgtggtcttgggagtca
ggattggttttggcagt
gaattctgaggtgatcctaaactgagtcaagttgacagttaaaactatca
cagtgcccccctagtgtagactcttgccagcttcgggtgttgagagctat
ccacctttgctgtcctattctggtcctattctgtaccagtttctctgaca
gcccagacttctcatctcttgagtgctagcaagtggcccctggcttacag
ggcagagaatgcgctcaatggcctccatagtgagacacatacaattggac
aagtgcacagtgggagcacggtctacactctgaaactgctaaagctcctg
gctttgacaatcagaaacaatggccctccatgttaagtttgccaccaaca
tagtgctacttcagcctcacacccacaccagtgggcttatccccatttca
cagagaagaaagccaaacctgggaagtgggcaagcctcagtatggtctgt
tggaacacaagcctccgtgtcagagtacacaagatagtaaagaacacttt
agaaaatggctgaaaggcagcaccaggcaagaggctgcattgctttgtgt
gcattgaaaagcatttccttggtgtctggaaagcttttgctgtctacagt
tccacaggagccttgagtcccgctgagcacggtcctcagctcacctgcac
agagcactggaggctgttcactgctctttcctatgcattagcttacattc
aatctaagtgcgacctggggagcctttcacaccttaatgctgcatttcct
gttggaacaaaacccaaccagtcttggctctacaaagccacagactggca
gaatcaactcaccatgcagctacctcacccttgctgaggtcctgtgagaa
actcagcccaaggcacagcaggacctctcaccacctcacctcctcctgag
acctgccttttttgcatctgtggtagaacctcagactcctagtaagatga
ggctcagtgggcttctatgttgatgagccccaatgagaatccgcagtgcc
tccacatcccaggatggatggcctggttcagaatctcaggactcaaaagc
cccttgattcagtgggtctcacctctcagccaccaagtggttgaccttcc
ttcccctcttgccatatatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_22876228_22877138
seq2: B6Ng01-164H23.b_46_962

seq1  GAATTCAGTACCTAGTCTGAGGAAGTGCTCTGAACAAAACAGGACCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACCTAGTCTGAGGAAGTGCTCTGAACAAAACAGGACCAGAG  50

seq1  TCTGAAGGTAGATGAGAATTGATGCTAATCCTAGAGGCCTCTTCCAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTAGATGAGAATTGATGCTAATCCTAGAGGCCTCTTCCAAGAG  100

seq1  AAAGCACATATACCTGAGGACTGACCCTCTCTGAAACAGACAGCAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACATATACCTGAGGACTGACCCTCTCTGAAACAGACAGCAAGAAG  150

seq1  GGCAGAGAGGTGGAGGATCTGCAGATGCAGAGACCCTGGGGCTGAAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGGTGGAGGATCTGCAGATGCAGAGACCCTGGGGCTGAAACAG  200

seq1  ACTTACCAGGGTCCAAAGTGGGGGGCACAGTAATGATGTCCCAAAAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCAGGGTCCAAAGTGGGGGGCACAGTAATGATGTCCCAAAAGTAT  250

seq1  AAGTCTTAACAGAAGGTCAGAAATGCCATTCAGGATGTTGGAGAGAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTAACAGAAGGTCAGAAATGCCATTCAGGATGTTGGAGAGAGTGA  300

seq1  CCATGGAGTCTGAGAAATCCGCCCCCAAAAAGTGGTGGGATGTTTGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGTCTGAGAAATCCGCCCCCAAAAAGTGGTGGGATGTTTGTGTC  350

seq1  TGAACAGGCTGCAGGGTGTGAGTAGGAGCTTCCTGGGTGACTGGAGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGGCTGCAGGGTGTGAGTAGGAGCTTCCTGGGTGACTGGAGTGGG  400

seq1  TGTGACCCAGATGAGCCTAGCTTAGTGAGGAGAGTCACCCACATGGCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCAGATGAGCCTAGCTTAGTGAGGAGAGTCACCCACATGGCTCC  450

seq1  CTCCCTGTTACAGTAGCAGTTTCTGTTATGAAAAAAGTTCTTGGGGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTTACAGTAGCAGTTTCTGTTATGAAAAAAGTTCTTGGGGATTT  500

seq1  CCTGTTCTTTTCTCCACCTCCTCTGGTTCCGTAACTCTTGTGGGGCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTTTTCTCCACCTCCTCTGGTTCCGTAACTCTTGTGGGGCCTCT  550

seq1  CAGACTTGGGAAAGAGCAGAGGGAGAGAGGTCTGGCAATGCAGGGTGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGGGAAAGAGCAGAGGGAGAGAGGTCTGGCAATGCAGGGTGGGG  600

seq1  CTTTCCATGCAGCCTTGCCAGCTGCCCCTCTTTTTCCTTTTACATTGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATGCAGCCTTGCCAGCTGCCCCTCTTTTTCCTTTTACATTGCAC  650

seq1  TTTTACCTTGTTGCTTAAGTTTTATGCATATGGATTAGTTTGTGTGTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTTGTTGCTTAAGTTTTATGCATATGGATTAGTTTGTGTGTGGT  700

seq1  GGGCAAGTGATCCAGTGAATGTAGGTCAGA-GGACACAACCTCTGGGATT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGTGATCCAGTGAATGTAGGTCAGAGGGACACAACCTCTGGGATT  750

seq1  CAGTTCTCTCCTCCTA-CCACGTGAGTTCTCATGCTGGTGCCTTTACCCA  798
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGTTCTCTCCTCCTACCCACGTGAGTTCTCATGCTGGTGCCTTTA-CCA  799

seq1  GGGAGTCATTTCAATGGCTCTGCTACC--TTTTTTTTAAACAGTCATTGA  846
      |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||
seq2  GGGAGTCATTTCAATGGCTCTGCTACCTTTTTTTTTTAAACA-TCATTGA  848

seq1  GGCTCTGGGGAATTGGGAGTG-TGAGCTCCTGGAATGTGG-CTTGGGAGT  894
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GGCTCTGGGGAATTGGGAGTGTTGAGCTCCTGGATTGTGGTCTTGGGAGT  898

seq1  CAGGA-TGGTTTT-GCAGT  911
      ||||| ||||||| |||||
seq2  CAGGATTGGTTTTGGCAGT  917

seq1: chr12_23043614_23044720
seq2: B6Ng01-164H23.g_69_1189 (reverse)

seq1  GTATATATG--CAGAGGGG-AGGAAGGTCA--CAC-TGGTGGCTGAGAGG  44
      |||||||||   ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||
seq2  GTATATATGGCAAGAGGGGAAGGAAGGTCAACCACTTGGTGGCTGAGAGG  50

seq1  TGAGA--CACTGAATCAAGGGGC-TTTGAGTCTTGAGATTCTGAACCAGG  91
      |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAGACCCACTGAATCAAGGGGCTTTTGAGTCCTGAGATTCTGAACCAGG  100

seq1  CCAT-CATCCTGGGATGT-GAGGCACTGCGGATTCTCA-TGGGGCTCATC  138
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCATCCATCCTGGGATGTGGAGGCACTGCGGATTCTCATTGGGGCTCATC  150

seq1  AAACATAGAAG-CCACTGAGCCTCATCTTACTAGGAGTCTGAGGTTCTAC  187
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AACATAGAAGCCCACTGAGCCTCATCTTACTAGGAGTCTGAGGTTCTAC  199

seq1  CACAGATGC-AAAAAGGCAGGTCTCAGGAGGAGGTGAGGTGGTGAGAGGT  236
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGCAAAAAAGGCAGGTCTCAGGAGGAGGTGAGGTGGTGAGAGGT  249

seq1  CCTGCTGTGCCTT-GGCTGAGTTTCTCACAGGACCTCAGCAAGGGTGAGG  285
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGTGCCTTGGGCTGAGTTTCTCACAGGACCTCAGCAAGGGTGAGG  299

seq1  TAGCTGCATGGTGAGTTGATTCTGCCAGTCTGTGGCTTTGTAGAGCCAAG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCATGGTGAGTTGATTCTGCCAGTCTGTGGCTTTGTAGAGCCAAG  349

seq1  ACTGGTTGGGTTTTGTTCCAACAGGAAATGCAGCATTAAGGTGTGAAAGG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTGGGTTTTGTTCCAACAGGAAATGCAGCATTAAGGTGTGAAAGG  399

seq1  CTCCCCAGGTCGCACTTAGATTGAATGTAAGCTAATGCATAGGAAAGAGC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGGTCGCACTTAGATTGAATGTAAGCTAATGCATAGGAAAGAGC  449

seq1  AGTGAACAGCCTCCAGTGCTCTGTGCAGGTGAGCTGAGGACCGTGCTCAG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACAGCCTCCAGTGCTCTGTGCAGGTGAGCTGAGGACCGTGCTCAG  499

seq1  CGGGACTCAAGGCTCCTGTGGAACTGTAGACAGCAAAAGCTTTCCAGACA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACTCAAGGCTCCTGTGGAACTGTAGACAGCAAAAGCTTTCCAGACA  549

seq1  CCAAGGAAATGCTTTTCAATGCACACAAAGCAATGCAGCCTCTTGCCTGG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAAATGCTTTTCAATGCACACAAAGCAATGCAGCCTCTTGCCTGG  599

seq1  TGCTGCCTTTCAGCCATTTTCTAAAGTGTTCTTTACTATCTTGTGTACTC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTTTCAGCCATTTTCTAAAGTGTTCTTTACTATCTTGTGTACTC  649

seq1  TGACACGGAGGCTTGTGTTCCAACAGACCATACTGAGGCTTGCCCACTTC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACGGAGGCTTGTGTTCCAACAGACCATACTGAGGCTTGCCCACTTC  699

seq1  CCAGGTTTGGCTTTCTTCTCTGTGAAATGGGGATAAGCCCACTGGTGTGG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTTGGCTTTCTTCTCTGTGAAATGGGGATAAGCCCACTGGTGTGG  749

seq1  GTGTGAGGCTGAAGTAGCACTATGTTGGTGGCAAACTTAACATGGAGGGC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGGCTGAAGTAGCACTATGTTGGTGGCAAACTTAACATGGAGGGC  799

seq1  CATTGTTTCTGATTGTCAAAGCCAGGAGCTTTAGCAGTTTCAGAGTGTAG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTCTGATTGTCAAAGCCAGGAGCTTTAGCAGTTTCAGAGTGTAG  849

seq1  ACCGTGCTCCCACTGTGCACTTGTCCAATTGTATGTGTCTCACTATGGAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGCTCCCACTGTGCACTTGTCCAATTGTATGTGTCTCACTATGGAG  899

seq1  GCCATTGAGCGCATTCTCTGCCCTGTAAGCCAGGGGCCACTTGCTAGCAC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGAGCGCATTCTCTGCCCTGTAAGCCAGGGGCCACTTGCTAGCAC  949

seq1  TCAAGAGATGAGAAGTCTGGGCTGTCAGAGAAACTGGTACAGAATAGGAC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGATGAGAAGTCTGGGCTGTCAGAGAAACTGGTACAGAATAGGAC  999

seq1  CAGAATAGGACAGCAAAGGTGGATAGCTCTCAACACCCGAAGCTGGCAAG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAGGACAGCAAAGGTGGATAGCTCTCAACACCCGAAGCTGGCAAG  1049

seq1  AGTCTACACTAGGGGGGCACTGTGATAGTTTTAACTGTCAACTTGACTCA  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACACTAGGGGGGCACTGTGATAGTTTTAACTGTCAACTTGACTCA  1099

seq1  GTTTAGGATCACCTCAGAATTC  1107
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGATCACCTCAGAATTC  1121