BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169K19
Chromosome12 (Build37)3 (Build37)
Map Location 102,242,068 - 102,242,857156,785,226 - 156,785,276
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap gene0610010D24Rik
Upstream geneKcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1, Ttc7b, Rps6ka5, LOC100040123, 9030617O03Rik, EG667148, Gpr68
Downstream geneLOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5, Trip11, Atxn3, LOC100040305, LOC100040297, Cpsf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169K19.bB6Ng01-169K19.g
ACCDH960590DH960591
length79066
definitionDH960590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169K19, 5' end.DH960591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169K19, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,242,068 - 102,242,857)(156,785,226 - 156,785,276)
sequence
gaattccaagctagccttgtttatgtagtaagacccaggaaggtatagca
gcctcagcgagaaagggaaaggggtcttactacagagcttgggctggcct
ggaattctccatcttccgggtggctctgccacactgttggaactggcagg
aatatgcatcatagtcctgatgcagtggagggaagtggaacctaggagtt
tatgttgaagtcactcccgggtcaggagaactgtgaatctggtaggacat
gagaaagctccctgatgccctttttctggttgcgagccgtgattggtgga
ctctagggaagctgctagcctatggagtttacatcccacctgcatttcta
atagtttgggtcctacacccctgaggacccagacttcaaagcaagaccag
cctggggtgctatgttatgtgaaaagaagtgttaatgcgttaatgcaggt
ccttagtgtggtgcattaagaggcacctggagatctgtgaggccaaggcg
gggagtagggaatattgcattaaataacaggaaaggatgaagtctgtcat
cttcggaagataggaattgtattatgctttgatactgagtggctggggac
ctaagtgccacccctctctatgggcttgagggacagatttaagagactgc
tgcctaaggaatgaagcgagtgaggacctcaagaccagagtccagcatct
ggctctttagccccaccatggcatgcccagttcaccagttagccctgtgt
gatggaatagctgtttgggtgttaggtgttggtggaagga
caggtgctgctggacatgaccttataagggaagagaaagtttaacctggc
ttgagggctatgtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_102242068_102242857
seq2: B6Ng01-169K19.b_44_833 (reverse)

seq1  TCCTTCCACCAACACCTAACACCCAAACAGCTATTCCATCACACAGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCACCAACACCTAACACCCAAACAGCTATTCCATCACACAGGGCT  50

seq1  AACTGGTGAACTGGGCATGCCATGGTGGGGCTAAAGAGCCAGATGCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGTGAACTGGGCATGCCATGGTGGGGCTAAAGAGCCAGATGCTGGA  100

seq1  CTCTGGTCTTGAGGTCCTCACTCGCTTCATTCCTTAGGCAGCAGTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCTTGAGGTCCTCACTCGCTTCATTCCTTAGGCAGCAGTCTCTT  150

seq1  AAATCTGTCCCTCAAGCCCATAGAGAGGGGTGGCACTTAGGTCCCCAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTCCCTCAAGCCCATAGAGAGGGGTGGCACTTAGGTCCCCAGCC  200

seq1  ACTCAGTATCAAAGCATAATACAATTCCTATCTTCCGAAGATGACAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTATCAAAGCATAATACAATTCCTATCTTCCGAAGATGACAGACT  250

seq1  TCATCCTTTCCTGTTATTTAATGCAATATTCCCTACTCCCCGCCTTGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTTCCTGTTATTTAATGCAATATTCCCTACTCCCCGCCTTGGCC  300

seq1  TCACAGATCTCCAGGTGCCTCTTAATGCACCACACTAAGGACCTGCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATCTCCAGGTGCCTCTTAATGCACCACACTAAGGACCTGCATTA  350

seq1  ACGCATTAACACTTCTTTTCACATAACATAGCACCCCAGGCTGGTCTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATTAACACTTCTTTTCACATAACATAGCACCCCAGGCTGGTCTTGC  400

seq1  TTTGAAGTCTGGGTCCTCAGGGGTGTAGGACCCAAACTATTAGAAATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGTCTGGGTCCTCAGGGGTGTAGGACCCAAACTATTAGAAATGCA  450

seq1  GGTGGGATGTAAACTCCATAGGCTAGCAGCTTCCCTAGAGTCCACCAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGATGTAAACTCCATAGGCTAGCAGCTTCCCTAGAGTCCACCAATC  500

seq1  ACGGCTCGCAACCAGAAAAAGGGCATCAGGGAGCTTTCTCATGTCCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTCGCAACCAGAAAAAGGGCATCAGGGAGCTTTCTCATGTCCTACC  550

seq1  AGATTCACAGTTCTCCTGACCCGGGAGTGACTTCAACATAAACTCCTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCACAGTTCTCCTGACCCGGGAGTGACTTCAACATAAACTCCTAGG  600

seq1  TTCCACTTCCCTCCACTGCATCAGGACTATGATGCATATTCCTGCCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTCCCTCCACTGCATCAGGACTATGATGCATATTCCTGCCAGTT  650

seq1  CCAACAGTGTGGCAGAGCCACCCGGAAGATGGAGAATTCCAGGCCAGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTGTGGCAGAGCCACCCGGAAGATGGAGAATTCCAGGCCAGCCC  700

seq1  AAGCTCTGTAGTAAGACCCCTTTCCCTTTCTCGCTGAGGCTGCTATACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGTAGTAAGACCCCTTTCCCTTTCTCGCTGAGGCTGCTATACCT  750

seq1  TCCTGGGTCTTACTACATAAACAAGGCTAGCTTGGAATTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTCTTACTACATAAACAAGGCTAGCTTGGAATTC  790

seq1: chr3_156785226_156785276
seq2: B6Ng01-169K19.g_86_136 (reverse)

seq1  GTCACATAGCCCAGGAGCCAGGTTAAACTTCCTCTCCCCTTATAAGGTCA  50
      ||||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  GTCACATAGCCCTCAAGCCAGGTTAAACTTTCTCTTCCCTTATAAGGTCA  50

seq1  T  51
      |
seq2  T  51