BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172E09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 107,845,247 - 107,982,441
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2410024A21Rik, 4933433P14Rik, Ak7, Papola, Vrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451
Downstream geneLOC673604, LOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172E09.bB6Ng01-172E09.g
ACCGA000934GA000935
length9911,021
definitionB6Ng01-172E09.b B6Ng01-172E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,845,247 - 107,846,235)(107,981,582 - 107,982,441)
sequence
gaattcatgtacacatatttacatacatacatgcatgcatgcatacacac
atgcacacacacgcacgcacgcaagcacagtcacagatatatgcatacat
gcatacgcacatatacaggcacatacacatacatagtcatgcatgataca
tacacacacatgcatgcatacatgcacatacatacgcacaggtgcacata
catgcatacacatgcacacagtcatacacacacatgtacactcacacaca
tccatacactcatgcatggacacatgcacacacatgaatgtactcacaca
caaagtatatacagtgtaatttaattgtgaaatgcataagaacaatcttg
agactgctgcaggaggaagtgcttgtgacccctgctggtcatttcataaa
catccctccatagtcctctctgaggtgatgattgtgccagtgaatggtga
cattagatgcacccatcagctcatcaactgcaactgactttttattcttc
cccagcagaagtcatcttagaggcaataggattaccatctttaacccatt
ggacagatgagaaaactgaggagcaagtagccagtacctggatcctggtg
acacaaaaagtctgtgatcctggccagcagatgtccttgtgggaattcct
gggtggggaatccctcctggagttccatcgttcagatggaagtatgtcag
cagcaacaacctcaccttgctctcctgcaggcaaaactgctcaggggcca
gtctgcatacatcagcagagccaccggtcctcctggaagccagacagtgc
atcactatgctggggtggctgcaggagacaaagcaatttgcatcgatcct
ttgtgagctttccctcacagtggtacaaactcattaaaatctcatgaaat
tctcccacagaacatgtggagcaatgcaagctgccgccctaaaagttaat
aatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgtgtgtg

gaattctcagcagctgagaggaggcagagctgctatgtgtctaggccaat
gtgcctgtcttgggaacatgagctctgcttgctcagctgcatgaaaagcc
aatgcaatgtcaccaaggaagaagtggtaggaaattatctgggatattag
aagcaaagcatctcagtttcataaggactcttctaagaaactcgaagatg
ctctatttgccttctatttgatctttcttttcttttggtaaaacccaacc
gaagtctactgggtcctgccaccttccccaccccccacacccccacacac
aaatatgaaacacctagctagcacaccatgttaaatatccttattttgaa
cactgaagctatcttactcactctactgttgctgtgataaaatatcctga
taaaaacaacctaaggggaacagcttattttggcttatagttccagataa
agtccatcacaacagggaagacctgggttgggggtagcaacatgaccaaa
tcaatactctacagtatttatagtcaagaagcagacaggaagtagggtaa
actataaaagctcaaggaccaccccctacccctagtggcccactttcttc
ttccagtaagtctcacctagtaaaggttccattatctttccagaactgcg
tctccaatggagaaccaggcgttggagcacatgagcctgtaggaaatagt
ttacaggcaagacacagcagagtcttactgccatttcataatgctgagtg
taagaccctgggtgacaatccaaatttgctttcctcttgagactagataa
agtactatgatccaaaacaatttttggaagaaaatgtttatttgacgtat
agatcacagttatatagaaaccatggaagaaccctgattactggattact
ccctttgggcctgctcagttaccttcctcaaacaacacagacccaccttc
ctaggggatggttagcaccaacagtggattatgttttttctcaagtagca
atttaggaaaatgcccccata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_107845247_107846235
seq2: B6Ng01-172E09.b_46_1034

seq1  GAATTCATGTACACATATTTACATACATACATGCATGCATGCATACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTACACATATTTACATACATACATGCATGCATGCATACACAC  50

seq1  ATGCACACACACGCACGCACGCAAGCACAGTCACAGATATATGCATACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACACGCACGCACGCAAGCACAGTCACAGATATATGCATACAT  100

seq1  GCATACGCACATATACAGGCACATACACATACATAGTCATGCATGATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACGCACATATACAGGCACATACACATACATAGTCATGCATGATACA  150

seq1  TACACACACATGCATGCATACATGCACATACATACGCACAGGTGCACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACATGCATGCATACATGCACATACATACGCACAGGTGCACATA  200

seq1  CATGCATACACATGCACACAGTCATACACACACATGTACACTCACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATACACATGCACACAGTCATACACACACATGTACACTCACACACA  250

seq1  TCCATACACTCATGCATGGACACATGCACACACATGAATGTACTCACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACACTCATGCATGGACACATGCACACACATGAATGTACTCACACA  300

seq1  CAAAGTATATACAGTGTAATTTAATTGTGAAATGCATAAGAACAATCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATATACAGTGTAATTTAATTGTGAAATGCATAAGAACAATCTTG  350

seq1  AGACTGCTGCAGGAGGAAGTGCTTGTGACCCCTGCTGGTCATTTCATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCTGCAGGAGGAAGTGCTTGTGACCCCTGCTGGTCATTTCATAAA  400

seq1  CATCCCTCCATAGTCCTCTCTGAGGTGATGATTGTGCCAGTGAATGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTCCATAGTCCTCTCTGAGGTGATGATTGTGCCAGTGAATGGTGA  450

seq1  CATTAGATGCACCCATCAGCTCATCAACTGCAACTGACTTTTTATTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGATGCACCCATCAGCTCATCAACTGCAACTGACTTTTTATTCTTC  500

seq1  CCCAGCAGAAGTCATCTTAGAGGCAATAGGATTACCATCTTTAACCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAGAAGTCATCTTAGAGGCAATAGGATTACCATCTTTAACCCATT  550

seq1  GGACAGATGAGAAAACTGAGGAGCAAGTAGCCAGTACCTGGATCCTGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGATGAGAAAACTGAGGAGCAAGTAGCCAGTACCTGGATCCTGGTG  600

seq1  ACACAAAAAGTCTGTGATCCTGGCCAGCAGATGTCCTTGTGGGAATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAAAGTCTGTGATCCTGGCCAGCAGATGTCCTTGTGGGAATTCCT  650

seq1  GGGTGGGGAATCCCTCCTGGAGTTCCATCGTTCAGATGGAAGTATGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGAATCCCTCCTGGAGTTCCATCGTTCAGATGGAAGTATGTCAG  700

seq1  CAGCAACAACCTCACCTTGCTCTCCTGCAGGCAAAACTGCTCAGGGGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACAACCTCACCTTGCTCTCCTGCAGGCAAAACTGCTCAGGGGCCA  750

seq1  GTCTGCATACATCAGCAGAGCCACCGGTCCTCCTGGAAGCCAGACAGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATACATCAGCAGAGCCACCGGTCCTCCTGGAAGCCAGACAGTGC  800

seq1  ATCACTATGCTGGGGTGGCTGCAGGAGACAAAGCAATTTGCATCGATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTATGCTGGGGTGGCTGCAGGAGACAAAGCAATTTGCATCGATCCT  850

seq1  TTGTGAGCTTTCCCTCACAGTGGTACAAACTCATTAAAATCTCATGAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCTTTCCCTCACAGTGGTACAAACTCATTAAAATCTCATGAAAT  900

seq1  TCTCCCACAGAACATGTGGAGCAATGCAAGCTGCCGCCCTAAAAGTTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACAGAACATGTGGAGCAATGCAAGCTGCCGCCCTAAAAGTTAAT  950

seq1  -ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  989
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT-TGTGTGTGTG  989


seq1: chr12_107981582_107982441
seq2: B6Ng01-172E09.g_66_926 (reverse)

seq1  AACTGTGATCTATACGTCAAATAAACATTTTCTTCCAAAAATTGTTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGATCTATACGTCAAATAAACATTTTCTTCCAAAAATTGTTTTGG  50

seq1  ATCATAGTACTTTATCTAGTCTCAAGAGGAAAGCAAATTTGGATTGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGTACTTTATCTAGTCTCAAGAGGAAAGCAAATTTGGATTGTCAC  100

seq1  CCAGGGTCTTACACTCAGCATTATG-AATGGCAGTAAGACTCTGCTGTGT  149
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTCTTACACTCAGCATTATGAAATGGCAGTAAGACTCTGCTGTGT  150

seq1  CTTGCCTGTAAACTATTTCCTACAGGCTCATGTGCTCCAACGCCTGGTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGTAAACTATTTCCTACAGGCTCATGTGCTCCAACGCCTGGTTC  200

seq1  TCCATTGGAGACGCAGTTCTGGAAAGATAATGGAACCTTTACTAGGTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGGAGACGCAGTTCTGGAAAGATAATGGAACCTTTACTAGGTGAG  250

seq1  ACTTACTGGAAGAAGAAAGTGGGCCACTAGGGGTAGGGGGTGGTCCTTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTGGAAGAAGAAAGTGGGCCACTAGGGGTAGGGGGTGGTCCTTGA  300

seq1  GCTTTTATAGTTTACCCTACTTCCTGTCTGCTTCTTGACTATAAATACTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATAGTTTACCCTACTTCCTGTCTGCTTCTTGACTATAAATACTG  350

seq1  TAGAGTATTGATTTGGTCATGTTGCTACCCCCAACCCAGGTCTTCCCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTATTGATTTGGTCATGTTGCTACCCCCAACCCAGGTCTTCCCTGT  400

seq1  TGTGATGGACTTTATCTGGAACTATAAGCCAAAATAAGCTGTTCCCCTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGACTTTATCTGGAACTATAAGCCAAAATAAGCTGTTCCCCTTA  450

seq1  GGTTGTTTTTATCAGGATATTTTATCACAGCAACAGTAGAGTGAGTAAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTTTATCAGGATATTTTATCACAGCAACAGTAGAGTGAGTAAGA  500

seq1  TAGCTTCAGTGTTCAAAATAAGGATATTTAACATGGTGTGCTAGCTAGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCAGTGTTCAAAATAAGGATATTTAACATGGTGTGCTAGCTAGGT  550

seq1  GTTTCATATTTGTGTGTGGGGGTGTGGGGGGTGGGGAAGGTGGCAGGACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATATTTGTGTGTGGGGGTGTGGGGGGTGGGGAAGGTGGCAGGACC  600

seq1  CAGTAGACTTCGGTTGGGTTTTACCAAAAGAAAAGAAAGATCAAATAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGACTTCGGTTGGGTTTTACCAAAAGAAAAGAAAGATCAAATAGAA  650

seq1  GGCAAATAGAGCATCTTCGAGTTTCTTAGAAGAGTCCTTATGAAACTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATAGAGCATCTTCGAGTTTCTTAGAAGAGTCCTTATGAAACTGAG  700

seq1  ATGCTTTGCTTCTAATATCCCAGATAATTTCCTACCACTTCTTCCTTGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTGCTTCTAATATCCCAGATAATTTCCTACCACTTCTTCCTTGGT  750

seq1  GACATTGCATTGGCTTTTCATGCAGCTGAGCAAGCAGAGCTCATGTTCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGCATTGGCTTTTCATGCAGCTGAGCAAGCAGAGCTCATGTTCCC  800

seq1  AAGACAGGCACATTGGCCTAGACACATAGCAGCTCTGCCTCCTCTCAGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGCACATTGGCCTAGACACATAGCAGCTCTGCCTCCTCTCAGCT  850

seq1  GCTGAGAATTC  860
      |||||||||||
seq2  GCTGAGAATTC  861


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |