BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173L02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,728,938 - 118,863,119
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef5, A930023M06Rik
Upstream genePtprn2, LOC627375, LOC432713, LOC100042461
Downstream geneCdca7l, Dnahc11, Sp4, LOC100042993, LOC668611
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173L02.bB6Ng01-173L02.g
ACCGA001973GA001974
length1,0881,086
definitionB6Ng01-173L02.b B6Ng01-173L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,862,031 - 118,863,119)(118,728,938 - 118,730,034)
sequence
gaattcttaattcatcaaagctacaaatccctgctgggcctaagttgagg
tctctaaaggatgaaaggaagacttcaggacgctgagggtagagtgcaaa
gctatgtctttgccccctccctggttacactgccactcaacatttattct
tcattagatcactaagagaggaagtggctattcaagagaacatcaagata
catttttgtctttcttgtttgggtttgtttgttttgcttagtttttttgg
agacagagtttctctgcatagctctggctgtcctaaaaactcactacata
gagcaggctggcctcaaactcagagatctgcctgccactgcctcctgaag
gctgggatctaaggtgtgtgccaccaccacccagcactttttgtcttaaa
agcatttttcaaatgttagtatataggatcagaaagatacaagaaattag
gctaataactacagcagttggtaaaacttttgtgttacttcttgatttat
taagatagactcttcagtccaatttgtcacacagccttctaaatataaga
tcaaatacaattctttattaaaagaggatattgtcaacaaaagaacccag
atctcttttccttgttctgtagtctcaacagcagagtacgacatttctac
cacctcagacctcacagaagcatcctgaaccagcatacaactttcccaat
cttacatacacctgtaagggggaggaataagtgattaaattttcctaaaa
tgtgttgctggtgaccagtgattgcagctaccagtaggcccgcaaagctg
aacatccacagggactgccagcgtgattaaatccacccatactgcccagc
ccgctgctcatcaggtcaactgcatggccagaaatagccaccaggtcttc
agaaccatgcttggatcagaaatgcttattttataagcacttattgaaat
tcttaaagcgtaggactcgagatggtggaagatagtcttcaacatagggt
tcaaaatgatttttttaaaaagtagtctagaaaaacaattaaataatgcc
aagcactggccttccctctcctttttttctgggatcat

gaattcttttctaacaaaagatttcattgtggattctttaaaacatagtt
ctgtattcagcatgcaatgtacttcacacaaatttgacctaaaaatgtcc
tggggccacctatcacgtggagcaccatgcgtccttatcccactgtggac
tcctgcatgttaaagggatattcttggctttgtttctcaccatatttata
taaagaagtgcagtgatagtgccttagtgctctttttagggagtaaattc
acataagggcttggggacaaatgttggacatggggacaggggctgtgagt
tgttgtctccacttgagagatagcagagttcaggaaatgactacaggcgt
ggagcttgtcatgatttgaactctactgacagccattctatttgctaaaa
cccagtttttaactcttggtatgactcacagggtgggcaccactagtgtc
taccatgcatggttctacctgttcacaagtggcttatctagattttcatt
tccttttctataacgtggggccaatggtttctacctggttagttacattg
ctggtaagaatcaatgaataataataaaaaaacaacaaaaacagaacaaa
acagaggtgagtttagagttaagaccccaacaattgacctgagcacacct
cacttagcatgatttcatttcctatttacctttctttcataccagaagat
gccctcaaaatctgaatgtccttccagagacagcaagcaaagcaatgcac
tcttagggttgatagctgagaattgggggtcaaattctttcatttaagac
cttcacctctaaaagccagtattttctggcatgtagcacaggaactcttg
cctgccatttacacttttttaagcaacctagaacttttcctcacgtctga
ccctaatatatgtgggaaaaggtagacatcacaaagtaagggacctttga
ggaactaggcaggagttcaggggaaaaaaagtgatatcagggtaaagcac
attgacaacagaagatgctacccataaagagttctagatttatagctgtt
gatctatggaatcttagaataccagaggggtgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118862031_118863119
seq2: B6Ng01-173L02.b_43_1130 (reverse)

seq1  ATGAT-CCAGAAAAAA--GAGAGGGAA-GCCAGTGCTTTGCATTATTAAA  46
      ||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||| ||
seq2  ATGATCCCAGAAAAAAAGGAGAGGGAAGGCCAGTGCTTGGCATTATTTAA  50

seq1  TTGTTTTTTCTAGACTTACTTTTTTAAAAAAATCATTTTTGAACCCTATG  96
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTG-TTTTTCTAGAC-TAC-TTTTTAAAAAAATCA-TTTTGAACCCTATG  96

seq1  TTTAAAGACTATCTTCCACCATCTTCGAGTCCTACGCTTTAAGAATTTCA  146
       || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGAAGACTATCTTCCACCATC-TCGAGTCCTACGCTTTAAGAATTTCA  144

seq1  ATAAGTGCTTATAAAATAAGCATTTCTGATCC-AGCATGGTTCTGAAGAC  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGCTTATAAAATAAGCATTTCTGATCCAAGCATGGTTCTGAAGAC  194

seq1  CTGGTGGCTATTTCTGGCCATGCAGTTGACCTGATGAGCAGCGGGCTGGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCTATTTCTGGCCATGCAGTTGACCTGATGAGCAGCGGGCTGGG  244

seq1  CAGTATGGGTGGATTTAATCACGCTGGCAGTCCCTGTGGATGTTCAGCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGGGTGGATTTAATCACGCTGGCAGTCCCTGTGGATGTTCAGCTT  294

seq1  TGCGGGCCTACTGGTAGCTGCAATCACTGGTCACCAGCAACACATTTTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGGCCTACTGGTAGCTGCAATCACTGGTCACCAGCAACACATTTTAG  344

seq1  GAAAATTTAATCACTTATTCCTCCCCCTTACAGGTGTATGTAAGATTGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTAATCACTTATTCCTCCCCCTTACAGGTGTATGTAAGATTGGG  394

seq1  AAAGTTGTATGCTGGTTCAGGATGCTTCTGTGAGGTCTGAGGTGGTAGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGTATGCTGGTTCAGGATGCTTCTGTGAGGTCTGAGGTGGTAGAA  444

seq1  ATGTCGTACTCTGCTGTTGAGACTACAGAACAAGGAAAAGAGATCTGGGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCGTACTCTGCTGTTGAGACTACAGAACAAGGAAAAGAGATCTGGGT  494

seq1  TCTTTTGTTGACAATATCCTCTTTTAATAAAGAATTGTATTTGATCTTAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTTGACAATATCCTCTTTTAATAAAGAATTGTATTTGATCTTAT  544

seq1  ATTTAGAAGGCTGTGTGACAAATTGGACTGAAGAGTCTATCTTAATAAAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGGCTGTGTGACAAATTGGACTGAAGAGTCTATCTTAATAAAT  594

seq1  CAAGAAGTAACACAAAAGTTTTACCAACTGCTGTAGTTATTAGCCTAATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTAACACAAAAGTTTTACCAACTGCTGTAGTTATTAGCCTAATT  644

seq1  TCTTGTATCTTTCTGATCCTATATACTAACATTTGAAAAATGCTTTTAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATCTTTCTGATCCTATATACTAACATTTGAAAAATGCTTTTAAG  694

seq1  ACAAAAAGTGCTGGGTGGTGGTGGCACACACCTTAGATCCCAGCCTTCAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAGTGCTGGGTGGTGGTGGCACACACCTTAGATCCCAGCCTTCAG  744

seq1  GAGGCAGTGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGCTCTATGTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGTGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGCTCTATGTA  794

seq1  GTGAGTTTTTAGGACAGCCAGAGCTATGCAGAGAAACTCTGTCTCCAAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTTTAGGACAGCCAGAGCTATGCAGAGAAACTCTGTCTCCAAAA  844

seq1  AAACTAAGCAAAACAAACAAACCCAAACAAGAAAGACAAAAATGTATCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGCAAAACAAACAAACCCAAACAAGAAAGACAAAAATGTATCTT  894

seq1  GATGTTCTCTTGAATAGCCACTTCCTCTCTTAGTGATCTAATGAAGAATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTCTTGAATAGCCACTTCCTCTCTTAGTGATCTAATGAAGAATA  944

seq1  AATGTTGAGTGGCAGTGTAACCAGGGAGGGGGCAAAGACATAGCTTTGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGAGTGGCAGTGTAACCAGGGAGGGGGCAAAGACATAGCTTTGCA  994

seq1  CTCTACCCTCAGCGTCCTGAAGTCTTCCTTTCATCCTTTAGAGACCTCAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCCTCAGCGTCCTGAAGTCTTCCTTTCATCCTTTAGAGACCTCAA  1044

seq1  CTTAGGCCCAGCAGGGATTTGTAGCTTTGATGAATTAAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCCCAGCAGGGATTTGTAGCTTTGATGAATTAAGAATTC  1088


seq1: chr12_118728938_118730034
seq2: B6Ng01-173L02.g_66_1151

seq1  GAATTCTTTTCTAACAAAAGATTTCATTGTGGATTCTTTAAAACATAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTAACAAAAGATTTCATTGTGGATTCTTTAAAACATAGTT  50

seq1  CTGTATTCAGCATGCAATGTACTTCACACAAATTTGACCTAAAAATGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTCAGCATGCAATGTACTTCACACAAATTTGACCTAAAAATGTCC  100

seq1  TGGGGCCACCTATCACGTGGAGCACCATGCGTCCTTATCCCACTGTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCACCTATCACGTGGAGCACCATGCGTCCTTATCCCACTGTGGAC  150

seq1  TCCTGCATGTTAAAGGGATATTCTTGGCTTTGTTTCTCACCATATTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATGTTAAAGGGATATTCTTGGCTTTGTTTCTCACCATATTTATA  200

seq1  TAAAGAAGTGCAGTGATAGTGCCTTAGTGCTCTTTTTAGGGAGTAAATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAGTGCAGTGATAGTGCCTTAGTGCTCTTTTTAGGGAGTAAATTC  250

seq1  ACATAAGGGCTTGGGGACAAATGTTGGACATGGGGACAGGGGCTGTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGGCTTGGGGACAAATGTTGGACATGGGGACAGGGGCTGTGAGT  300

seq1  TGTTGTCTCCACTTGAGAGATAGCAGAGTTCAGGAAATGACTACAGGCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCTCCACTTGAGAGATAGCAGAGTTCAGGAAATGACTACAGGCGT  350

seq1  GGAGCTTGTCATGATTTGAACTCTACTGACAGCCATTCTATTTGCTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTGTCATGATTTGAACTCTACTGACAGCCATTCTATTTGCTAAAA  400

seq1  CCCAGTTTTTAACTCTTGGTATGACTCACAGGGTGGGCACCACTAGTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTTTTAACTCTTGGTATGACTCACAGGGTGGGCACCACTAGTGTC  450

seq1  TACCATGCATGGTTCTACCTGTTCACAAGTGGCTTATCTAGATTTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGCATGGTTCTACCTGTTCACAAGTGGCTTATCTAGATTTTCATT  500

seq1  TCCTTTTCTATAACGTGGGGCCAATGGTTTCTACCTGGTTAGTTACATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTATAACGTGGGGCCAATGGTTTCTACCTGGTTAGTTACATTG  550

seq1  CTGGTAAGAATCAATGAATAATAATAAAAAAACAACAAAAACAGAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAGAATCAATGAATAATAATAAAAAAACAACAAAAACAGAACAAA  600

seq1  ACAGAGGTGAGTTTAGAGTTAAGACCCCAACAATTGACCTGAGCACACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTGAGTTTAGAGTTAAGACCCCAACAATTGACCTGAGCACACCT  650

seq1  CACTTAGCATGATTTCATTTCCTATTTACCTTTCTTTCATACCAGAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCATGATTTCATTTCCTATTTACCTTTCTTTCATACCAGAAGAT  700

seq1  GCCCTCAAAATCTGAATGTCCTTCCAGAGACAGCAAGCAAAGCAATGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAAAATCTGAATGTCCTTCCAGAGACAGCAAGCAAAGCAATGCAC  750

seq1  TCTTAGGGTTGATAGCTGAGAATTGGGGGTCAAATTCTTTCATTTAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGGTTGATAGCTGAGAATTGGGGGTCAAATTCTTTCATTTAAGAC  800

seq1  CTTCACCTCTAAAAGCCAGTA-TTTCTGGCATGTAGCACAGGAACTCTTG  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTCTAAAAGCCAGTATTTTCTGGCATGTAGCACAGGAACTCTTG  850

seq1  CCTGCCATTTACAC-TTTTTAAGCAACCTAGAACTTTTCCTCACGTCTGA  898
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATTTACACTTTTTTAAGCAACCTAGAACTTTTCCTCACGTCTGA  900

seq1  CCCTAATATATGTGGGAAAAGGAAGACATCACAAAGTAAAGGAACCTTTG  948
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CCCTAATATATGTGGGAAAAGGTAGACATCACAAAGT-AAGGGACCTTTG  949

seq1  AGGAACTAGGCAAGAGTTCAGGGGGAAAAAAAGGTGATATTCAAGGTAAG  998
      |||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||| ||| ||||| 
seq2  AGGAACTAGGCAGGAGTTCAGGGG--AAAAAAAGTGATA-TCAGGGTAAA  996

seq1  GCACAATGACAAACAGAAAGGATGCTAACCATAAACAGAGTTCTAGATTT  1048
      ||||| |||| |||||||  ||||||| ||||||  ||||||||||| ||
seq2  GCACATTGAC-AACAGAA--GATGCTACCCATAA--AGAGTTCTAGA-TT  1040

seq1  TATAGCTGTTGAATCCTATGGAAATCTAGAAATACAAGAGGGGTGTTGT  1097
      ||||||||||||   |||||| |||||   ||||| |||||||||||||
seq2  TATAGCTGTTGA--TCTATGG-AATCTTAGAATACCAGAGGGGTGTTGT  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |