BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173O17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,656,836 - 27,807,839
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173O17.bB6Ng01-173O17.g
ACCGA002139GA002140
length1,021389
definitionB6Ng01-173O17.b B6Ng01-173O17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,656,836 - 27,657,844)(27,807,445 - 27,807,839)
sequence
gaattctcacttacaaaacatcttttccaggcttcttcatcctcctttta
ccattgtattattgatctttatatttactacacattagacatagactaga
ggatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatttaca
taagccttatgtataaaatatatacctattttagatatagttaatataaa
ttatccataggatttatccatagaagatagaattcttctctgatgcacta
cactcatgatgtgtaagggagtctcaaataagtcaggtcaataatatcca
aatgcattctacccatgtataaaataaccaaagaacaaataaaagtatgt
tttagaatcatttgtagtttgcttcctatgagtctattgcaaataaaatg
taggcccaggatcattttcaagaaccttaagactgcaggtcggagaacac
cctaaggaccaggcatcccctcttcctgctcctcctctcagattacagcc
tcccacatggccagcacttagccgaagaaccaaaagaaaatcccaagcat
tcatcagaattttctgatgagaaagcttacaaagttcagggaggaataca
agatgaactgcaagtcacttgtgctctgtacagccattgtgagaagctca
catctgccctggaagcagaggtagaccatgacctgcagctataaacctgg
gagcctaaccctacctctgtctgtggagcttgcaggcacaaagaaacctt
attctttgattgattctctagcaggtcaccttcctcctgaccatcggtaa
ccagagctgcctcaattataccccatcaagaagaacagataacaggaaag
ccagggttcatggagacggctgtaattttagaagcacttccttgtcatga
aggcttgacttttgatctcccggatggtgcaggtcagtggaggtggaagc
caaggcaatgcatgcatcactgtctctggctgctgagaacctgggtgtgt
gcatgactagagtccctacag
tatgaagatttttgcatgccatgaaagaattctatgaagatacactgaag
cacaaagaggatgtgatcaattctgcctagagcccaggaaaggctctgta
agatggagatgggctggggatgtggttcaggaagtagagtgattgcctaa
cacactcaaaacctgggtttaattcctagcaccgcatgcattggatgtgg
tagtataagcctgtgataccggtgctcaagtggtggacacaggaagatca
caagttagttcaaggttatcttggcctacacagcaagattcagggcaaca
ctgactatgtgaggtctcatgtgtgtgtgtgtgtgtgacagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27656836_27657844
seq2: B6Ng01-173O17.b_50_1070

seq1  GAATTCTCACTTACAAAACATCTTTTCCAGGCTTCTTCATCCTCCTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTTACAAAACATCTTTTCCAGGCTTCTTCATCCTCCTTTTA  50

seq1  CCATTGTATTATTGATCTTTATATTTACTACACATTAGACATAGACTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTATTATTGATCTTTATATTTACTACACATTAGACATAGACTAGA  100

seq1  GG--ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTACA  148
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTACA  150

seq1  TAAGCCTTATGTATAAAATATATACCTATTTTAGATATAGTTAATATAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTATGTATAAAATATATACCTATTTTAGATATAGTTAATATAAA  200

seq1  TTATCCATAGGATTTATCCATAGAAGATAGAATTCTTCTCTGATGCACTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATAGGATTTATCCATAGAAGATAGAATTCTTCTCTGATGCACTA  250

seq1  CACTCATGATGTGTAAGGGAGTCTCAAATAAGTCAGGTCAATAATATCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATGATGTGTAAGGGAGTCTCAAATAAGTCAGGTCAATAATATCCA  300

seq1  AATGCATTCTACCCATGTATAAAATAACCAAAGAACAAATAAAAGTATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATTCTACCCATGTATAAAATAACCAAAGAACAAATAAAAGTATGT  350

seq1  TTTAGAATCATTTGTAGTTTGCTTCCTATGAGTCTATTGCAAATAAAATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATCATTTGTAGTTTGCTTCCTATGAGTCTATTGCAAATAAAATG  400

seq1  TAGGCCCAGGATCATTTTCAAGAACCTTAAGACTGCAGGTCGGAGAACAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCAGGATCATTTTCAAGAACCTTAAGACTGCAGGTCGGAGAACAC  450

seq1  CCTAAGGACCAGGCATCCCCTCTTCCTGCTCCTCCTCTCAGATTACAGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGACCAGGCATCCCCTCTTCCTGCTCCTCCTCTCAGATTACAGCC  500

seq1  TCCCACATGGCCAGCACTTAGCCGAAGAACCAAAAGAAAATCCCAAGCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACATGGCCAGCACTTAGCCGAAGAACCAAAAGAAAATCCCAAGCAT  550

seq1  TCATCAGAATTTTCTGATGAGAAAGCTTACAAAGTTCAGGGAGGAATACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGAATTTTCTGATGAGAAAGCTTACAAAGTTCAGGGAGGAATACA  600

seq1  AGATGAACTGCAAGTCACTTGTGCTCTGTACAGCCATTGTGAGAAGCTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACTGCAAGTCACTTGTGCTCTGTACAGCCATTGTGAGAAGCTCA  650

seq1  CATCTGCCCTGGAAGCAGAGGTAGACCATGACCTGCAGCTATAAACCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCCCTGGAAGCAGAGGTAGACCATGACCTGCAGCTATAAACCTGG  700

seq1  GAGCCTAACCCTACCTCTGTCTGTGGAGCTTGCAGGCACAAAGAAACCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTAACCCTACCTCTGTCTGTGGAGCTTGCAGGCACAAAGAAACCTT  750

seq1  ATTCTTTGATTGATTCTCTAGCAGGTCACCTTCCTCCTGACCATCGGTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGATTGATTCTCTAGCAGGTCACCTTCCTCCTGACCATCGGTAA  800

seq1  CCAGAGCTGCCTCAATTATACCCCATCAAGAAGAACAGATAACAGGAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTGCCTCAATTATACCCCATCAAGAAGAACAGATAACAGGAAAG  850

seq1  CCA-GGTTCATGGAGACGGCTGTAATTTTAGAAGCACTTCC-TGTCATG-  895
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CCAGGGTTCATGGAGACGGCTGTAATTTTAGAAGCACTTCCTTGTCATGA  900

seq1  AGGC-TGACTTTTGATCT-CCGGATGGTGCAGGTCAGTG--AGTTGAAGC  941
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   || |||||
seq2  AGGCTTGACTTTTGATCTCCCGGATGGTGCAGGTCAGTGGAGGTGGAAGC  950

seq1  CAAGGC-ATGCATGCATCACTGTCTCTGGCTGCTGAGAACCT-GGTGTGT  989
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAGGCAATGCATGCATCACTGTCTCTGGCTGCTGAGAACCTGGGTGTGT  1000

seq1  GCATGACTAGAGT-CCTACAG  1009
      ||||||||||||| |||||||
seq2  GCATGACTAGAGTCCCTACAG  1021

seq1: chr12_27807445_27807839
seq2: B6Ng01-173O17.g_69_463 (reverse)

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50

seq1  GTCACACACACACACACACATGAGACCTCACATAGTCAGTGTTGCCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACACACACACACACATGAGACCTCACATAGTCAGTGTTGCCCTGA  100

seq1  ATCTTGCTGTGTAGGCCAAGATAACCTTGAACTAACTTGTGATCTTCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTGTGTAGGCCAAGATAACCTTGAACTAACTTGTGATCTTCCTG  150

seq1  TGTCCACCACTTGAGCACCGGTATCACAGGCTTATACTACCACATCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCACCACTTGAGCACCGGTATCACAGGCTTATACTACCACATCCAAT  200

seq1  GCATGCGGTGCTAGGAATTAAACCCAGGTTTTGAGTGTGTTAGGCAATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCGGTGCTAGGAATTAAACCCAGGTTTTGAGTGTGTTAGGCAATCA  250

seq1  CTCTACTTCCTGAACCACATCCCCAGCCCATCTCCATCTTACAGAGCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTCCTGAACCACATCCCCAGCCCATCTCCATCTTACAGAGCCTT  300

seq1  TCCTGGGCTCTAGGCAGAATTGATCACATCCTCTTTGTGCTTCAGTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCTCTAGGCAGAATTGATCACATCCTCTTTGTGCTTCAGTGTAT  350

seq1  CTTCATAGAATTCTTTCATGGCATGCAAAAATCTTCATAGAATTC  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGAATTCTTTCATGGCATGCAAAAATCTTCATAGAATTC  395