BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-174M20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 47,238,216 - 47,239,171
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC664952, Nova1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174M20.g
ACCGA002779
length963
definitionB6Ng01-174M20.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcaaactgactgtggattggttaaatgtgctggtatagccaaagtt
gacttttttgcatctaattaagaaaggaaatagacccccccacacacaca
ctcacacacacaatacatgtacatttgcacatacacacacatacattgtc
tggtcatctctctctctctctctctctctctctctctctttgtgtgtgtg
tgtgtgtgtttaaagttagcaaaattaagaaatggtttacatagaatagt
cacacatatgtgcacacctggttattcataaaatatgtcttaaatattca
accgatttttgtttatgctggaaaacgaatgaactctgaaagcaagaaat
attactcttccttgtatagccctcagaattatttatttctaccatattat
agattacttttcagataaaatattaataatgacattggaaagggcaatat
ataatctggattccattttcttgcctgagtttgaaacaaaataaaaataa
aacagaaaaatggaaaatgtagctgtcggcatattatctaacttgtgtac
tggtgctctatacttaaaataggctaaatatgcaaacaaagactcactgg
gcaaacatacatgccttgtaagagcatgatagccatagaagatctatgtt
ttatggatttataagttttgaaatataccaagatataagtgtgatctaat
tccatatgtttcgatatctatcctatattcttttattgggtattttattt
atttacatttcaaattcttcaatatattcttatcaacaaggttctgcttt
ccaacttacagtaattttccttttcattaattctccccaggtaataggaa
aaatagggaagtaaattatttttgctaacagcagattaaaacttaaataa
tattgtaccattgtagaacctgtctcatttccaacatgaacttgacctaa
atttaccccataa
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_47238216_47239171
seq2: B6Ng01-174M20.g_68_1030

seq1  GAATTCAAACTGACTGTGGATTGGTTAAATGTGCTGGTATAGTCAAAGTT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
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      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CTCACACACACAATACATGTACATTTGCACATACACACACATACATTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACACAATACATGTACATTTGCACATACACACACATACATTGTC  150

seq1  TGGTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGTGTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGTGTGTGTG  200

seq1  TGTGTGTGTTTAAAGTTAGCAAAATTAAGAAATGGTTTACATAGAATAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTTTAAAGTTAGCAAAATTAAGAAATGGTTTACATAGAATAGT  250

seq1  CACACATATGTGCACACATGGTTATTCATAGAATATTTCTTAAATATTCC  300
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| 
seq2  CACACATATGTGCACACCTGGTTATTCATAAAATATGTCTTAAATATTCA  300

seq1  AGCAATAGTTGTTTAGTCTGGAAAACAGATTAAATCTGAAAGCAAGAAGT  350
      | | ||  |||||||  |||||||||  || || |||||||||||||| |
seq2  ACCGATTTTTGTTTATGCTGGAAAACGAATGAACTCTGAAAGCAAGAAAT  350

seq1  ATTACTCTTCCTTGTATAGCCCTCAGAATTATTTATTTCTACCATATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCTTCCTTGTATAGCCCTCAGAATTATTTATTTCTACCATATTAT  400

seq1  ATATTACTTTTCAGATAAAATATTAATAATGACATTGGAAAGGGCAATAT  450
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACTTTTCAGATAAAATATTAATAATGACATTGGAAAGGGCAATAT  450

seq1  ATAATCTGGATTCCATTTTCTTGCCTGAGTTTGAAACAAAATAAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTGGATTCCATTTTCTTGCCTGAGTTTGAAACAAAATAAAAATAA  500

seq1  AACAGAAAAATGGAAAATGTAGCTGTCGGCATATTATCTAACTTGTGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAAATGGAAAATGTAGCTGTCGGCATATTATCTAACTTGTGTAC  550

seq1  TGGTGCTCTATACTTAAAATAGGCTAAATATGCAAACAAAGACTCACTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTCTATACTTAAAATAGGCTAAATATGCAAACAAAGACTCACTGG  600

seq1  GCAAACATACATGCCTTGTAAGAGCATGATAGCCATAGAAGATCTATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACATACATGCCTTGTAAGAGCATGATAGCCATAGAAGATCTATGTT  650

seq1  TTATGGATTTATAAG-TTTGAAATATACCAAGATATAAGTGTGATCTAAT  699
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGATTTATAAGTTTTGAAATATACCAAGATATAAGTGTGATCTAAT  700

seq1  TCCATATGTTTCGATATCTATCCTATATTCTTTTTATTGGGTATTTTATT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCATATGTTTCGATATCTATCCTATATTC-TTTTATTGGGTATTTTATT  749

seq1  TATTTACATTTCAAATTCTTCAATATATTCTTATCAACAAGGTCCTGC-T  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TATTTACATTTCAAATTCTTCAATATATTCTTATCAACAAGGTTCTGCTT  799

seq1  TCCAACTTACAGTAATTTTCC-TTTCA-TAATTCTCCCCAAGTAATAGGA  846
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TCCAACTTACAGTAATTTTCCTTTTCATTAATTCTCCCCAGGTAATAGGA  849

seq1  AAAATA-GGAAGTAAATTA-TTTTGCTAACAGCAGATTAAAACTTTAAAT  894
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAATAGGGAAGTAAATTATTTTTGCTAACAGCAGATTAAAAC-TTAAAT  898

seq1  AATATTGTA-CATTGTAGAACCTGTCTCA-TTCCAACATGAAACTGACCT  942
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||
seq2  AATATTGTACCATTGTAGAACCTGTCTCATTTCCAACATGAACTTGACCT  948

seq1  -AATTTAACCCATAA  956
       |||||| |||||||
seq2  AAATTTACCCCATAA  963