BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176D24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,647,328 - 105,881,670
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSerpina3n, Gsc
Upstream geneDdx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m
Downstream geneDicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik, Bdkrb2, Bdkrb1, 2410024A21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176D24.bB6Ng01-176D24.g
ACCGA003836GA003837
length1,1651,059
definitionB6Ng01-176D24.b B6Ng01-176D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,880,510 - 105,881,670)(105,647,328 - 105,648,370)
sequence
gaattcaacagcttcttataacattggccctagagccccaaggcagtaaa
ggttcccctgaaaaagaagcaatagtggggtaaagttccctggatgctgt
caagactatgaaatcaccattgcgccatgaagatgacgtggtacatagtc
aaagatggacacgcagcccaaaagagcagaaaagatatccagggacacag
gaagacactgtgcagatctacatgtgacaagctgaccagcatcttgaggg
aaatgacggctgaatagaccaatgaaaggggctagaacaactgacgtaca
atgggaggagctagaacaactgaggacatacaatgggaggggctagaact
actgacatcttacaatgggaggggctggaactactgacagcttatgacgg
gaggggccagaacaactgacagcttacaatgggataaaagaactaggcac
ctacctcacgccatgaacacagatttgataaacttaaggtaaaattttgg
caaagtcaacgttttcagtcctttcttttgcccagttggttgattgcatt
gcagtctaggctggccttgatggattcatgatcctcctgcctcagtctcc
aaatgttggttccgagcttgaaccaccgtggtgtctagccagcttctcca
gtctgctcttgattgcacgccttgaacatccattattttgtccaaacaca
ttgatgttcccaccttagccttcagggtgagctttcccaaaggctgctgg
cactccacagggccgcacatgcacttctcagcacccgatggacttacagg
aacagcttgctgcaaggaacatctcggtgcactcagctttgccttccatt
gcagtctgttctccccgccccagcatgctgtctccagggtggcaatgtcg
ccccaagcctgggattacagccacagcctttgaacactttgccaagctgg
gtttcctcccaagtctcacggattcttcccttgctcactggccttgggct
acaacataccattgccaggagtttatctgctgttcaaacaattctttgct
aagtaagtggcttctgttaaaggactgcactttgcctgaaggttaaatat
tcgattccattccaacctgtatgtcccttttcttccgattgctctcttgg
cttcaagctcagaaa
gaattccaggagaaggcaagggctctgtaccaggctgaggccttcacagc
agacttccagcagcctcgtcaggccaaaaagctcatcaatgactatgtga
ggaaacagacccaggggatgatcaaggaactggtctcagacctggataaa
aggacattgatggtgctggtgaattatatctactttaaaggtgagcgtgg
tcactgcctggggagtggagggaaggagtcttggctgggtacctgtatca
ataggatgacaactcaataggaggtgctctaagtcttgtaggcataggtg
cctagcttcttattacccaaaggccttacttttcttctagtatttttttt
tttgaaatggtatggttcatggcatgtagtcaacataaaccctaatctgt
ccatctaagagggctgacctgggctgtgacttagccttagttaccaacag
aacaccatagcccacacatccagttctacctgcatgttcagaagccatgg
ctactccctacagagatggattccctcaggcatttcaaacatgttcctgt
aggaaatatccatccctgtaggagagcctctgtctctagggtccaggtga
gatggggaattgttgccctaaggaggctgactgtcctaatcttaagagag
aaagtagcatagcccacagctagtgaagagccctgctggcaattactata
caggacttctcccatgagccccttctgtaacaagctagtccttaacacaa
gaagcagggactcggtaaaaaaacattaagagatggggaagtgtcatcca
ggtaagtattctgtgtttagtgaatgtctttcttcatggaaaattgcttt
tgtaaaataacctagccacttaagcatgaaaaggtcagaattcccaagac
acatttcctgagccagagattcccatgagacttgtgtgcaagatagatgg
aagacctcagctatacgcaatgttataggtaacggtactggggggaaaag
cccagaaatcccacacccaccaacatcttgcctgatatgaaacaagggag
ccaagtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105880510_105881670
seq2: B6Ng01-176D24.b_49_1213 (reverse)

seq1  TTTCTGAGCTTTGAAGCCAAAGAGAGCATTTCAGAAGAAA---GGCATAC  47
      ||||||||| |||||||| |||||||||  || |||||||   | |||||
seq2  TTTCTGAGC-TTGAAGCC-AAGAGAGCA-ATCGGAAGAAAAGGGACATAC  47

seq1  AGTTTGG-ATGAAATCGAATA-TAAACTCTCA-GCCAAGTGCAGTCC-TT  93
      || |||| ||| ||||||||| | |||  ||| || ||||||||||| ||
seq2  AGGTTGGAATGGAATCGAATATTTAACCTTCAGGCAAAGTGCAGTCCTTT  97

seq1  AACAG-AGCCACTTTACTTAGCAAAAGAAATTGTTTGAACAGCAGATAAA  142
      ||||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGCCAC-TTACTTAGCAAA--GAATTGTTTGAACAGCAGATAAA  144

seq1  CTCCTGGCAATGGTATGTTGTAGCCCAAGGCCAGTGAGCAAGGGAAGAAT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCAATGGTATGTTGTAGCCCAAGGCCAGTGAGCAAGGGAAGAAT  194

seq1  CCGTGAGACTTTGGAGGAAA-CCAGCTTGGCAAAGTG-TCAAAGGCTGTG  240
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCGTGAGACTTGGGAGGAAACCCAGCTTGGCAAAGTGTTCAAAGGCTGTG  244

seq1  GCTGTAATCCCAGGCTTGGGGCGACATTGCCACCCTGGAGACAGCATGCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAATCCCAGGCTTGGGGCGACATTGCCACCCTGGAGACAGCATGCT  294

seq1  GGGGCGGGGAGAACAGACTGCAATGGAAGGCAAAGCTGAGTGCACCGAGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGGGGAGAACAGACTGCAATGGAAGGCAAAGCTGAGTGCACCGAGA  344

seq1  TGTTCCTTGCAGCAAGCTGTTCCTGTAAGTCCATCGGGTGCTGAGAAGTG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTGCAGCAAGCTGTTCCTGTAAGTCCATCGGGTGCTGAGAAGTG  394

seq1  CATGTGCGGCCCTGTGGAGTGCCAGCAGCCTTTGGGAAAGCTCACCCTGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCGGCCCTGTGGAGTGCCAGCAGCCTTTGGGAAAGCTCACCCTGA  444

seq1  AGGCTAAGGTGGGAACATCAATGTGTTTGGACAAAATAATGGATGTTCAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGGTGGGAACATCAATGTGTTTGGACAAAATAATGGATGTTCAA  494

seq1  GGCGTGCAATCAAGAGCAGACTGGAGAAGCTGGCTAGACACCACGGTGGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGCAATCAAGAGCAGACTGGAGAAGCTGGCTAGACACCACGGTGGT  544

seq1  TCAAGCTCGGAACCAACATTTGGAGACTGAGGCAGGAGGATCATGAATCC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTCGGAACCAACATTTGGAGACTGAGGCAGGAGGATCATGAATCC  594

seq1  ATCAAGGCCAGCCTAGACTGCAATGCAATCAACCAACTGGGCAAAAGAAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGCCAGCCTAGACTGCAATGCAATCAACCAACTGGGCAAAAGAAA  644

seq1  GGACTGAAAACGTTGACTTTGCCAAAATTTTACCTTAAGTTTATCAAATC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAAAACGTTGACTTTGCCAAAATTTTACCTTAAGTTTATCAAATC  694

seq1  TGTGTTCATGGCGTGAGGTAGGTGCCTAGTTCTTTTATCCCATTGTAAGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCATGGCGTGAGGTAGGTGCCTAGTTCTTTTATCCCATTGTAAGC  744

seq1  TGTCAGTTGTTCTGGCCCCTCCCGTCATAAGCTGTCAGTAGTTCCAGCCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTTGTTCTGGCCCCTCCCGTCATAAGCTGTCAGTAGTTCCAGCCC  794

seq1  CTCCCATTGTAAGATGTCAGTAGTTCTAGCCCCTCCCATTGTATGTCCTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGTAAGATGTCAGTAGTTCTAGCCCCTCCCATTGTATGTCCTC  844

seq1  AGTTGTTCTAGCTCCTCCCATTGTACGTCAGTTGTTCTAGCCCCTTTCAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTCTAGCTCCTCCCATTGTACGTCAGTTGTTCTAGCCCCTTTCAT  894

seq1  TGGTCTATTCAGCCGTCATTTCCCTCAAGATGCTGGTCAGCTTGTCACAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTATTCAGCCGTCATTTCCCTCAAGATGCTGGTCAGCTTGTCACAT  944

seq1  GTAGATCTGCACAGTGTCTTCCTGTGTCCCTGGATATCTTTTCTGCTCTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATCTGCACAGTGTCTTCCTGTGTCCCTGGATATCTTTTCTGCTCTT  994

seq1  TTGGGCTGCGTGTCCATCTTTGACTATGTACCACGTCATCTTCATGGCGC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGCGTGTCCATCTTTGACTATGTACCACGTCATCTTCATGGCGC  1044

seq1  AATGGTGATTTCATAGTCTTGACAGCATCCAGGGAACTTTACCCCACTAT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGATTTCATAGTCTTGACAGCATCCAGGGAACTTTACCCCACTAT  1094

seq1  TGCTTCTTTTTCAGGGGAACCTTTACTGCCTTGGGGCTCTAGGGCCAATG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTTTTCAGGGGAACCTTTACTGCCTTGGGGCTCTAGGGCCAATG  1144

seq1  TTATAAGAAGCTGTTGAATTC  1161
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGAAGCTGTTGAATTC  1165

seq1: chr12_105647328_105648370
seq2: B6Ng01-176D24.g_65_1123

seq1  GAATTCCAGGAGAAGGCAAGGGCTCTGTACCAGGCTGAGGCCTTCACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGAAGGCAAGGGCTCTGTACCAGGCTGAGGCCTTCACAGC  50

seq1  AGACTTCCAGCAGCCTCGTCAGGCCAAAAAGCTCATCAATGACTATGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCCAGCAGCCTCGTCAGGCCAAAAAGCTCATCAATGACTATGTGA  100

seq1  GGAAACAGACCCAGGGGATGATCAAGGAACTGGTCTCAGACCTGGATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGACCCAGGGGATGATCAAGGAACTGGTCTCAGACCTGGATAAA  150

seq1  AGGACATTGATGGTGCTGGTGAATTATATCTACTTTAAAGGTGAGCGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTGATGGTGCTGGTGAATTATATCTACTTTAAAGGTGAGCGTGG  200

seq1  TCACTGCCTGGGGAGTGGAGGGAAGGAGTCTTGGCTGGGTACCTGTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCCTGGGGAGTGGAGGGAAGGAGTCTTGGCTGGGTACCTGTATCA  250

seq1  ATAGGATGACAACTCAATAGGAGGTGCTCTAAGTCTTGTAGGCATAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATGACAACTCAATAGGAGGTGCTCTAAGTCTTGTAGGCATAGGTG  300

seq1  CCTAGCTTCTTATTACCCAAAGGCCTTACTTTTCTTCTAGTATTTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTTCTTATTACCCAAAGGCCTTACTTTTCTTCTAGTATTTTTTTT  350

seq1  TTTGAAATGGTATGGTTCATGGCATGTAGTCAACATAAACCCTAATCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATGGTATGGTTCATGGCATGTAGTCAACATAAACCCTAATCTGT  400

seq1  CCATCTAAGAGGGCTGACCTGGGCTGTGACTTAGCCTTAGTTACCAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAAGAGGGCTGACCTGGGCTGTGACTTAGCCTTAGTTACCAACAG  450

seq1  AACACCATAGCCCACACATCCAGTTCTACCTGCATGTTCAGAAGCCATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATAGCCCACACATCCAGTTCTACCTGCATGTTCAGAAGCCATGG  500

seq1  CTACTCCCTACAGAGATGGATTCCCTCAGGCATTTCAAACATGTTCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCCTACAGAGATGGATTCCCTCAGGCATTTCAAACATGTTCCTGT  550

seq1  AGGAAATATCCATCCCTGTAGGAGAGCCTCTGTCTCTAGGGTCCAGGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATATCCATCCCTGTAGGAGAGCCTCTGTCTCTAGGGTCCAGGTGA  600

seq1  GATGGGGAATTGTTGCCCTAAGGAGGCTGACTGTCCTAATCTTAAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGAATTGTTGCCCTAAGGAGGCTGACTGTCCTAATCTTAAGAGAG  650

seq1  AAAGTAGCATAGCCCACAGCTAGTGAAGAGCCCTGCTGGCAATTACTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGCATAGCCCACAGCTAGTGAAGAGCCCTGCTGGCAATTACTATA  700

seq1  CAGGACTTCTCCCATGAGCCCCTTCTGTAACAAGCTAGTCCTTAACACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTTCTCCCATGAGCCCCTTCTGTAACAAGCTAGTCCTTAACACAA  750

seq1  GAAGCAGGGACTCGGT-AAAAAACATT-AGAGATGGGGAAGTGTCATCCA  798
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGGACTCGGTAAAAAAACATTAAGAGATGGGGAAGTGTCATCCA  800

seq1  GGT-AGTATTCTGTGTTTAGTGAATGTC-TTCTTCATGG-AAATTGCTTT  845
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GGTAAGTATTCTGTGTTTAGTGAATGTCTTTCTTCATGGAAAATTGCTTT  850

seq1  TGTAAAATAA-CTAGCCACTT-AGCATG-AAAGGTCAGAATTCCCAAGAC  892
      |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATAACCTAGCCACTTAAGCATGAAAAGGTCAGAATTCCCAAGAC  900

seq1  ACA-TTCCTGAGCCAGAGATTCCAATGAGACTTGTGTGCAAGATAGATGG  941
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCTGAGCCAGAGATTCCCATGAGACTTGTGTGCAAGATAGATGG  950

seq1  -AGA-CTCAGCTATACGCAATGTTATAGGTAACGGTACTGGGGG--AAAG  987
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  AAGACCTCAGCTATACGCAATGTTATAGGTAACGGTACTGGGGGGAAAAG  1000

seq1  CCCAGAGATCCCACACCCA-CAACATCCTGCCTGATA-GAGACAA-GGAG  1034
      |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||| ||||
seq2  CCCAGAAATCCCACACCCACCAACATCTTGCCTGATATGAAACAAGGGAG  1050

seq1  CAAAGTGAC  1043
      | |||||||
seq2  CCAAGTGAC  1059