BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176J05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 11,945,406 - 12,095,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043209
Upstream geneKcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110
Downstream geneD12Ertd553e, LOC100043215, Mycn, EG668473
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176J05.bB6Ng01-176J05.g
ACCGA004077GA004078
length9511,173
definitionB6Ng01-176J05.b B6Ng01-176J05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,094,141 - 12,095,086)(11,945,406 - 11,946,591)
sequence
gaattcacctatatacataaagatagattaattaaaattgtgtaaccaca
gtaactctaaagacattaacagtcagattggtataatatgatttgttaat
atcacatgaagaagaatttgaagcaattccttgcgttaactttggctaat
ggagtcatatggtagagagtatatggaattactatgatactgttttatta
ttacaattcattctgccaatatgaaacgagggactcacaaaaatggtgaa
gaaaaagaaggtgcaggttggtgacagtatgagacaaggattcggcaaac
tcaatcatatagaaggattcttccaacactttataaaatattaaagttgc
tagcagtaatgaagagtataccaacaacaatggctttacctgtcatcttg
caacttccattctgatgagtaaatgtcagagtgatatacctcagaaagta
tgattgacagaattttccctgttaaaagtagttgccaagttctctagtgt
agtctctagtcataaacatatttcagactttgcatagtgtgtagaaagtg
ggggtagtgaatgtgaatggcaaccatgatcttgaccatatggtacatct
ggtgtaattcagggagctctcatgcatgatctcatgccactgttcagatt
taatttctatgctaaaggagaattcttatttaaacagaatttcagtataa
atgcttaacatttcaagttggacactctcctgaactctctttggatgttt
aaggcaatatgcaaatacagtttattaattttataatagttatctgaata
atggatatcctttacacattttaaaacaattgaccctcccttagaacacc
caggagaatgatcctataggattacactgaggacattttggatctgctga
agttgtgtttaggacattggtgtgctgatgccccaaccaggtcctatttg
g

gaattcatttctctacctggaggaagatggacttgtttggtcattgtgta
catttgaactatccagaatgcaacaaatcctgttccagacatctgatgct
caaagtaatttctctgttttattattctccctgaacagtgttgagagctg
gagagtatataatttcagcaatgacatgaaataactctgccatggttatc
attagatcactgtcttgggaaaggagcctctggagtcattgcctttatca
cttcaaggatgtgcaagttcaggaatctatgtgacgtagcaggggtgtga
aggtcctctggtgtagtgtcatccctccccaggaagattaccactttttg
gcatcccagacattgaattgccatactctgtccaattactctcagatgag
gaatagcaggctatgattgccatgtatacaagttcattaggaaaggagga
aagaccaagagatggtatgtggtattcctacagtacaatattggctcctg
gtcttgggaatatttctatgctcacaaggggaccagccttctacaaaatc
cacaagaatctgaaatgcttcatctttcaaatatatgatgtgtgcttggc
aagctagctgctgtgagtgcacattatttccctgtccttccactccaagg
tcaacaaatctgacaaagtaacttacacagacacttaaaaagaaagcata
agaaacatggttctcaacctccctaatactgtaaccttttaatatagttc
ctcatgttgtggtgactgaaccataaaattactttgttgctacttcatat
ctatcattttgttactcttatgaactttaatattatcatctgctatgcag
gacatctgatacttgacccccacagtggttgtgacacactgccttagaca
gactgataggagttgatcccctaaagaagatgacattctaaagcatggga
actttgagctcacattctcatcctcagattgcaataatactgaatgcctc
attctaccttatgctctctgtctctcattatctggaatatttactgtcat
ttcagagaagatgttagcctccagaacatacccttctatcaccttatttt
tcttcctctaatagcaggtctcataccttccaaatctatctacatggcat
cttatgtgaccagttagtggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_12094141_12095086
seq2: B6Ng01-176J05.b_44_994 (reverse)

seq1  CCAAATA-GACCTGGTTTGGGCATCAGCACACC-ATGTCCTAAACACAAC  48
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAAATAGGACCTGGTTGGGGCATCAGCACACCAATGTCCTAAACACAAC  50

seq1  TTCAGCAGATCC-AAATGTCCTCAGTGTAATCCTATA-GATCATTCTCCT  96
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCAGCAGATCCAAAATGTCCTCAGTGTAATCCTATAGGATCATTCTCCT  100

seq1  GGGTGTTCTAAGGGAGGGTCAATTGTTTTAAAATGTGTAAAGGATATCCA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTCTAAGGGAGGGTCAATTGTTTTAAAATGTGTAAAGGATATCCA  150

seq1  TTATTCAGATAACTATTATAAAATTAATAAACTGTATTTGCATATTGCCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAGATAACTATTATAAAATTAATAAACTGTATTTGCATATTGCCT  200

seq1  TAAACATCCAAAGAGAGTTCAGGAGAGTGTCCAACTTGAAATGTTAAGCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCCAAAGAGAGTTCAGGAGAGTGTCCAACTTGAAATGTTAAGCA  250

seq1  TTTATACTG-AATTCTGTTTAAATAAGAATTCTCCTTTAGCATAGAAATT  295
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTGAAATTCTGTTTAAATAAGAATTCTCCTTTAGCATAGAAATT  300

seq1  AAATCTGAACAGTGGCATGAGATCATGCATGAGAGCTCCCTGAATTACAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGAACAGTGGCATGAGATCATGCATGAGAGCTCCCTGAATTACAC  350

seq1  CAGATGTACCATATGGTCAAGATCATGGTTGCCATTCACATTCACTACCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTACCATATGGTCAAGATCATGGTTGCCATTCACATTCACTACCC  400

seq1  CCACTTTCTACACACTATGCAAAGTCTGAAATATGTTTATGACTAGAGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTCTACACACTATGCAAAGTCTGAAATATGTTTATGACTAGAGAC  450

seq1  TACACTAGAGAACTTGGCAACTACTTTTAACAGGGAAAATTCTGTCAATC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTAGAGAACTTGGCAACTACTTTTAACAGGGAAAATTCTGTCAATC  500

seq1  ATACTTTCTGAGGTATATCACTCTGACATTTACTCATCAGAATGGAAGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCTGAGGTATATCACTCTGACATTTACTCATCAGAATGGAAGTT  550

seq1  GCAAGATGACAGGTAAAGCCATTGTTGTTGGTATACTCTTCATTACTGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATGACAGGTAAAGCCATTGTTGTTGGTATACTCTTCATTACTGCT  600

seq1  AGCAACTTTAATATTTTATAAAGTGTTGGAAGAATCCTTCTATATGATTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTTTAATATTTTATAAAGTGTTGGAAGAATCCTTCTATATGATTG  650

seq1  AGTTTGCCGAATCCTTGTCTCATACTGTCACCAACCTGCACCTTCTTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCCGAATCCTTGTCTCATACTGTCACCAACCTGCACCTTCTTTTT  700

seq1  CTTCACCATTTTTGTGAGTCCCTCGTTTCATATTGGCAGAATGAATTGTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCATTTTTGTGAGTCCCTCGTTTCATATTGGCAGAATGAATTGTA  750

seq1  ATAATAAAACAGTATCATAGTAATTCCATATACTCTCTACCATATGACTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAACAGTATCATAGTAATTCCATATACTCTCTACCATATGACTC  800

seq1  CATTAGCCAAAGTTAACGCAAGGAATTGCTTCAAATTCTTCTTCATGTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCCAAAGTTAACGCAAGGAATTGCTTCAAATTCTTCTTCATGTGA  850

seq1  TATTAACAAATCATATTATACCAATCTGACTGTTAATGTCTTTAGAGTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACAAATCATATTATACCAATCTGACTGTTAATGTCTTTAGAGTTA  900

seq1  CTGTGGTTACACAATTTTAATTAATCTATCTTTATGTATATAGGTGAATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTACACAATTTTAATTAATCTATCTTTATGTATATAGGTGAATT  950

seq1  C  946
      |
seq2  C  951


seq1: chr12_11945406_11946591
seq2: B6Ng01-176J05.g_66_1238

seq1  GAATTCATTTCTCTACCTGGAGGAAGATGGACTTGTTTGGTCATTGTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCTCTACCTGGAGGAAGATGGACTTGTTTGGTCATTGTGTA  50

seq1  CATTTGAACTATCCAGAATGCAACAAATCCTGTTCCAGACATCTGATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAACTATCCAGAATGCAACAAATCCTGTTCCAGACATCTGATGCT  100

seq1  CAAAGTAATTTCTCTGTTTTATTATTCTCCCTGAACAGTGTTGAGAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAATTTCTCTGTTTTATTATTCTCCCTGAACAGTGTTGAGAGCTG  150

seq1  GAGAGTATATAATTTCAGCAATGACATGAAATAACTCTGCCATGGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTATATAATTTCAGCAATGACATGAAATAACTCTGCCATGGTTATC  200

seq1  ATTAGATCACTGTCTTGGGAAAGGAGCCTCTGGAGTCATTGCCTTTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATCACTGTCTTGGGAAAGGAGCCTCTGGAGTCATTGCCTTTATCA  250

seq1  CTTCAAGGATGTGCAAGTTCAGGAATCTATGTGACGTAGCAGGGGTGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGATGTGCAAGTTCAGGAATCTATGTGACGTAGCAGGGGTGTGA  300

seq1  AGGTCCTCTGGTGTAGTGTCATCCCTCCCCAGGAAGATTACCACTTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTCTGGTGTAGTGTCATCCCTCCCCAGGAAGATTACCACTTTTTG  350

seq1  GCATCCCAGACATTGAATTGCCATACTCTGTCCAATTACTCTCAGATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCAGACATTGAATTGCCATACTCTGTCCAATTACTCTCAGATGAG  400

seq1  GAATAGCAGGCTATGATTGCCATGTATACAAGTTCATTAGGAAAGGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCAGGCTATGATTGCCATGTATACAAGTTCATTAGGAAAGGAGGA  450

seq1  AAGACCAAGAGATGGTATGTGGTATTCCTACAGTACAATATTGGCTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAGAGATGGTATGTGGTATTCCTACAGTACAATATTGGCTCCTG  500

seq1  GTCTTGGGAATATTTCTATGCTCACAAGGGGACCAGCCTTCTACAAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGAATATTTCTATGCTCACAAGGGGACCAGCCTTCTACAAAATC  550

seq1  CACAAGAATCTGAAATGCTTCATCTTTCAAATATATGATGTGTGCTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAATCTGAAATGCTTCATCTTTCAAATATATGATGTGTGCTTGGC  600

seq1  AAGCTAGCTGCTGTGAGTGCACATTATTTCCCTGTCCTTCCACTCCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGCTGCTGTGAGTGCACATTATTTCCCTGTCCTTCCACTCCAAGG  650

seq1  TCAACAAATCTGACAAAGTAACTTACACAGACACTTAAAAAGAAAGCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAATCTGACAAAGTAACTTACACAGACACTTAAAAAGAAAGCATA  700

seq1  AGAAACATGGTTCTCAACCTCCCTAATACTGTAACCTTTTAATATAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATGGTTCTCAACCTCCCTAATACTGTAACCTTTTAATATAGTTC  750

seq1  CTCATGTTGTGGTGACTGAACCATAAAATTACTTTGTTGCTACTTCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTTGTGGTGACTGAACCATAAAATTACTTTGTTGCTACTTCATAT  800

seq1  CTATCATTTTGTTACTCTTATGAACTTTAATATTATCATCTGCTATGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATTTTGTTACTCTTATGAACTTTAATATTATCATCTGCTATGCAG  850

seq1  GACATCTGATACTTGACCCCCACAGTGGTTGTGACACACTGCCTTAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTGATACTTGACCCCCACAGTGGTTGTGACACACTGCCTTAGACA  900

seq1  GACTGATAGGAGTTGATCCCCTAAAGAAGATGACATTCTAAAGCATGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATAGGAGTTGATCCCCTAAAGAAGATGACATTCTAAAGCATGGGA  950

seq1  ACTTTGAGCTCACATTCTCATCCTCAGATTGCAAATTAATACTGAATGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGCTCACATTCTCATCCTCAGATTGCAA--TAATACTGAATGCC  998

seq1  TCATTCTACCTTATGCTCTCCTGTTCTCTCATTATCTGGAATATTTACTT  1050
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCATTCTACCTTATGCTCT-CTG-TCTCTCATTATCTGGAATATTTACT-  1045

seq1  GTTCATTTCCAGAGGAAGATG-TAGCCTCCAAGAACATACCCTCTAATCA  1099
        |||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||   ||||
seq2  -GTCATTT-CAGA-GAAGATGTTAGCCTCC-AGAACATACCCTTCTATCA  1091

seq1  CCT--ATTTTCTTCCTCTAATAAAGGCCAAGTCTCATAC--TTCAAATCA  1145
      |||   ||||||||||||||||     || |||||||||  | |||||| 
seq2  CCTTATTTTTCTTCCTCTAATA----GCAGGTCTCATACCTTCCAAATC-  1136

seq1  TCCCTAACAATGGCATCTTATGTGAACCCAGTAAGTGGAAA  1186
      |  |||   ||||||||||||||||  ||||| ||||||||
seq2  TATCTA--CATGGCATCTTATGTGA--CCAGTTAGTGGAAA  1173


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |