BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181I04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,440,395 - 29,595,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTssc1
Upstream geneLOC669327, 1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15
Downstream gene4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181I04.bB6Ng01-181I04.g
ACCGA007651GA007652
length1,1391,168
definitionB6Ng01-181I04.b B6Ng01-181I04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,594,726 - 29,595,858)(29,440,395 - 29,441,564)
sequence
gaattccactgaccccaacccaacacacacacacacacacacacacacac
acacaccatgccgctcacaggacagatcagcagagccccaagcaccacca
tgcactgctgtctgtggccaggatttaccagaagccgttgtctcctcctt
tatgacagaaacagtgccagaagctgcagtcgtagctcagtgtggccctg
aggctgccgcagagtgtcacgcctgtgccaccattccagatggctaacag
acgtggcctccacaggcaggggccagcttaccaaactacccaacatcctg
aacaaagtgcactgggcttcctcccaggacggagccgaggactgctgggt
cataaagccatccttagacacagcagctctgtcatagtcagggacactta
cagggaggggaaacagcttcacaaagaagtgtgccagccactgctgatct
ttgtccgtctctgtgacagatgctgaagtgccagctagtcaaaacgatgc
tttggggctgacagctgccactgtgcccattactgctatcccatacacgt
gtgagcacattcacacagacatgtgcatagcatggaatgtgtacactctg
taacccatcttctctaggcattctctttagagcccatgtttcttcttaac
tgtggtcactttacctccctacagaatgagcttcgcatctgtatcttccc
atctgcatctgtatcttcccatctgcatctaccggacaggcatctctccc
aggaggaagagtactagttccaaggagtggtactacgtgctgctcggaaa
ggccaaaccatctgctcgcctctcatccacagagactgtatgggctgcca
gatgttacactgtccctgaatgtcctccctgctgaacagccacaggcaga
accagagaagagatgccctgtggagttgaaaggctggtggcgtggagcag
ccacccacaatgaagatacccaggtgcagctcagagccaggcctgctggg
cagttctcagtgccatgctctactgtccagggaccgagccaccatgcacc
tcaaggtttgcagttctcagcctccaagggaaagaacagaatccatccaa
taattagtcatcaaaacacagacaccttattgcacatgc

gaattcaggatgcaggctgctgaggacagtggtgagcttggtgagggagg
ggcttgctgttgctgctgtgacaaattgcagaagtttagaggcttctacc
tttccgtaggtgagaagccccacactaaacccaattcactggggtctttg
tcactttggggtggttccatgtgagcatttgtagccgtgccttttccagc
atccagtggtacccacattcctgggcacatggctacttcttccatcttta
gagccagccacagctgcccgagtccttgcaattacctgtctttctaagct
accattagtgttactggaggctcatcttactaaaaaccccgtgtctgaga
gatgtgttaaggatcaagaacataaaaggaaaagagggagggagctttgc
tcacaaatcaacatctctcatccaagaggaccatagagggaatgatgagg
agagaagctaagaaatggaggaacatccatgtcttttctgagaatgagga
gatcttccaggaacacagggtgtcccctctcttccctcctttcatggtct
ggagtgtccagtcacagtcatggctgcttaagaatcttttaactttgacc
ttaagtctaggtcaactaagcgtcgtaattcagttctggacaaaatactt
aatcagtgaccaatgtttctgtgcagagcataataggatctggcctaaag
gcaaggctgccaaggagaccggcaccaaacctcttgctgctctagtcacc
catgcaaagctgtcatttaagtgaagaataacttctctgtaaaagtcggc
tgggaaacttgtaactctacatagtagagctgttatttctggcaaactaa
taatatgtggtttagctgtgtgacctccagattgtctggtcccttttttc
tcaatatctgagggagggtctcatgtagcccaggatgggccttgacctca
tggcctctgtgcctgggatcatgggcattcagtggccacaatgcagtagt
agcaatgaactgagggttgattgagtccccccttgtagctcaccctgact
ctgctgtattttccatgtgttggtgactgtagcacaagggtgattacatt
cttgcacttcctcccctcctcagcttgactgattgatgcgtacacaggcc
cttcactgtgtgctctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29594726_29595858
seq2: B6Ng01-181I04.b_42_1180 (reverse)

seq1  GCATGTGCAATA--GTGTCTGTG-TTTGATGACTAATTATGGGATGGA-T  46
      ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GCATGTGCAATAAGGTGTCTGTGTTTTGATGACTAATTATTGGATGGATT  50

seq1  CTG-TCTTT-CCTTGGAGGCTGAGAACTGCAAACCTTGGAGGTGCATGGT  94
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTTCTTTCCCTTGGAGGCTGAGAACTGCAAACCTT-GAGGTGCATGGT  99

seq1  GGCTCGGTCCCTGGACAGTAGAGCATGGCACTGAGAACTGCCCAGCAGGC  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGGTCCCTGGACAGTAGAGCATGGCACTGAGAACTGCCCAGCAGGC  149

seq1  CTGGCTCTGAGCTGCACCTGGGTATCTTCATTGTGGGT-GCTGCTCCACG  193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGCTCTGAGCTGCACCTGGGTATCTTCATTGTGGGTGGCTGCTCCACG  199

seq1  CCACCAGCCTTTCAACTCCACAGGGCATCTCTTCTCTGGTTCTGCCTGTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGCCTTTCAACTCCACAGGGCATCTCTTCTCTGGTTCTGCCTGTG  249

seq1  GCTGTTCAGCAGGGAGGACATTCAGGGACAGTGTAACATCTGGCAGCCCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCAGCAGGGAGGACATTCAGGGACAGTGTAACATCTGGCAGCCCA  299

seq1  TACAGTCTCTGTGGATGAGAGGCGAGCAGATGGTTTGGCCTTTCCGAGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTCTGTGGATGAGAGGCGAGCAGATGGTTTGGCCTTTCCGAGCA  349

seq1  GCACGTAGTACCACTCCTTGGAACTAGTACTCTTCCTCCTGGGAGAGATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTAGTACCACTCCTTGGAACTAGTACTCTTCCTCCTGGGAGAGATG  399

seq1  CCTGTCCGGTAGATGCAGATGGGAAGATACAGATGCAGATGGGAAGATAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCGGTAGATGCAGATGGGAAGATACAGATGCAGATGGGAAGATAC  449

seq1  AGATGCGAAGCTCATTCTGTAGGGAGGTAAAGTGACCACAGTTAAGAAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGAAGCTCATTCTGTAGGGAGGTAAAGTGACCACAGTTAAGAAGA  499

seq1  AACATGGGCTCTAAAGAGAATGCCTAGAGAAGATGGGTTACAGAGTGTAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGGCTCTAAAGAGAATGCCTAGAGAAGATGGGTTACAGAGTGTAC  549

seq1  ACATTCCATGCTATGCACATGTCTGTGTGAATGTGCTCACACGTGTATGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCATGCTATGCACATGTCTGTGTGAATGTGCTCACACGTGTATGG  599

seq1  GATAGCAGTAATGGGCACAGTGGCAGCTGTCAGCCCCAAAGCATCGTTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCAGTAATGGGCACAGTGGCAGCTGTCAGCCCCAAAGCATCGTTTT  649

seq1  GACTAGCTGGCACTTCAGCATCTGTCACAGAGACGGACAAAGATCAGCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGCTGGCACTTCAGCATCTGTCACAGAGACGGACAAAGATCAGCAG  699

seq1  TGGCTGGCACACTTCTTTGTGAAGCTGTTTCCCCTCCCTGTAAGTGTCCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCACACTTCTTTGTGAAGCTGTTTCCCCTCCCTGTAAGTGTCCC  749

seq1  TGACTATGACAGAGCTGCTGTGTCTAAGGATGGCTTTATGACCCAGCAGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGACAGAGCTGCTGTGTCTAAGGATGGCTTTATGACCCAGCAGT  799

seq1  CCTCGGCTCCGTCCTGGGAGGAAGCCCAGTGCACTTTGTTCAGGATGTTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGCTCCGTCCTGGGAGGAAGCCCAGTGCACTTTGTTCAGGATGTTG  849

seq1  GGTAGTTTGGTAAGCTGGCCCCTGCCTGTGGAGGCCACGTCTGTTAGCCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTTGGTAAGCTGGCCCCTGCCTGTGGAGGCCACGTCTGTTAGCCA  899

seq1  TCTGGAATGGTGGCACAGGCGTGACACTCTGCGGCAGCCTCAGGGCCACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATGGTGGCACAGGCGTGACACTCTGCGGCAGCCTCAGGGCCACA  949

seq1  CTGAGCTACGACTGCAGCTTCTGGCACTGTTTCTGTCATAAAGGAGGAGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTACGACTGCAGCTTCTGGCACTGTTTCTGTCATAAAGGAGGAGA  999

seq1  CAACGGCTTCTGGTAAATCCTGGCCACAGACAGCAGTGCATGGTGGTGCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGCTTCTGGTAAATCCTGGCCACAGACAGCAGTGCATGGTGGTGCT  1049

seq1  TGGGGCTCTGCTGATCTGTCCTGTGAGCGGCATGGTGTGTGTGTGTGTGT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTCTGCTGATCTGTCCTGTGAGCGGCATGGTGTGTGTGTGTGTGT  1099

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGTTGGGGTCAGTGGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGTTGGGGTCAGTGGAATTC  1139


seq1: chr12_29440395_29441564
seq2: B6Ng01-181I04.g_68_1235

seq1  GAATTCAGGATGCAGGCTGCTGAGGACAGTGGTGAGCTTGGTGAGGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATGCAGGCTGCTGAGGACAGTGGTGAGCTTGGTGAGGGAGG  50

seq1  GGCTTGCTGTTGCTGCTGTGACAAATTGCAGAAGTTTAGAGGCTTCTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCTGTTGCTGCTGTGACAAATTGCAGAAGTTTAGAGGCTTCTACC  100

seq1  TTTCCGTAGGTGAGAAGCCCCACACTAAACCCAATTCACTGGGGTCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGTAGGTGAGAAGCCCCACACTAAACCCAATTCACTGGGGTCTTTG  150

seq1  TCACTTTGGGGTGGTTCCATGTGAGCATTTGTAGCCGTGCCTTTTCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTGGGGTGGTTCCATGTGAGCATTTGTAGCCGTGCCTTTTCCAGC  200

seq1  ATCCAGTGGTACCCACATTCCTGGGCACATGGCTACTTCTTCCATCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTGGTACCCACATTCCTGGGCACATGGCTACTTCTTCCATCTTTA  250

seq1  GAGCCAGCCACAGCTGCCCGAGTCCTTGCAATTACCTGTCTTTCTAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCCACAGCTGCCCGAGTCCTTGCAATTACCTGTCTTTCTAAGCT  300

seq1  ACCATTAGTGTTACTGGAGGCTCATCTTACTAAAAACCCCGTGTCTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTAGTGTTACTGGAGGCTCATCTTACTAAAAACCCCGTGTCTGAGA  350

seq1  GATGTGTTAAGGATCAAGAACATAAAAGGAAAAGAGGGAGGGAGCTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTTAAGGATCAAGAACATAAAAGGAAAAGAGGGAGGGAGCTTTGC  400

seq1  TCACAAATCAACATCTCTCATCCAAGAGGACCATAGAGGGAATGATGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAATCAACATCTCTCATCCAAGAGGACCATAGAGGGAATGATGAGG  450

seq1  AGAGAAGCTAAGAAATGGAGGAACATCCATGTCTTTTCTGAGAATGAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTAAGAAATGGAGGAACATCCATGTCTTTTCTGAGAATGAGGA  500

seq1  GATCTTCCAGGAACACAGGGTGTCCCCTCTCTTCCCTCCTTTCATGGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCCAGGAACACAGGGTGTCCCCTCTCTTCCCTCCTTTCATGGTCT  550

seq1  GGAGTGTCCAGTCACAGTCATGGCTGCTTAAGAATCTTTTAACTTTGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTCCAGTCACAGTCATGGCTGCTTAAGAATCTTTTAACTTTGACC  600

seq1  TTAAGTCTAGGTCAACTAAGCGTCGTAATTCAGTTCTGGACAAAATACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCTAGGTCAACTAAGCGTCGTAATTCAGTTCTGGACAAAATACTT  650

seq1  AATCAGTGACCAATGTTTCTGTGCAGAGCATAATAGGATCTGGCCTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTGACCAATGTTTCTGTGCAGAGCATAATAGGATCTGGCCTAAAG  700

seq1  GCAAGGCTGCCAAGGAGACCGGCACCAAACCTCTTGCTGCTCTAGTCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTGCCAAGGAGACCGGCACCAAACCTCTTGCTGCTCTAGTCACC  750

seq1  CATGCAAAGCTGTCATTTAAGTGAAGAATAACTTCTCTGTAAAAGTCGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAAGCTGTCATTTAAGTGAAGAATAACTTCTCTGTAAAAGTCGGC  800

seq1  TGGGAAACTTGTAACTCTACATAGTAGAGCTGTTATTTCTGGCAAACTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAACTTGTAACTCTACATAGTAGAGCTGTTATTTCTGGCAAACTAA  850

seq1  TAATATGTGGTTTAGCTGTGTGACCTCCAGATTGTCTGGTCCCTTTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTGGTTTAGCTGTGTGACCTCCAGATTGTCTGGTCCCTTTTTTC  900

seq1  TCAATATCTGAGGGAGGGTCTCATGTAGCCCAGGAT-GGCCTTGACCTCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCAATATCTGAGGGAGGGTCTCATGTAGCCCAGGATGGGCCTTGACCTCA  950

seq1  TGGCCTCTGTGCCTGGGATCATGGGCATTCAGTGG-CAC-ATGCAGGTAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  TGGCCTCTGTGCCTGGGATCATGGGCATTCAGTGGCCACAATGCA-GTAG  999

seq1  TAGCAAATGAAACTGGAGGGTTGATTGAGGTCCCCCCTGTAGCTCACCCT  1047
      |||| |||| |||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||
seq2  TAGC-AATG-AACT-GAGGGTTGATTGAGTCCCCCCTTGTAGCTCACCCT  1046

seq1  GACTCTGCTGTA-TTTCCATGTGTTTGTGACTGTAGCACAAGGGTGAATA  1096
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACTCTGCTGTATTTTCCATGTGTTGGTGACTGTAGCACAAGGGTGATTA  1096

seq1  ACATCCTGGACATTCTCCCCTCCTCCAGCCCTTGACTGAGTGGATGC-TG  1145
         || || || | |||||||||| |||  ||||||||| | ||||| | 
seq2  CATTCTTGCACTTCCTCCCCTCCT-CAG--CTTGACTGA-TTGATGCGTA  1142

seq1  CACAAGCCCTTCACTGTGTG-TCTGA  1170
      |||| ||||||||||||||| |||||
seq2  CACAGGCCCTTCACTGTGTGCTCTGA  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |