BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188J10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,123,016 - 108,297,734
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC673604
Upstream geneVrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451
Downstream geneLOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188J10.bB6Ng01-188J10.g
ACCGA012851GA012852
length4621,054
definitionB6Ng01-188J10.b B6Ng01-188J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,123,016 - 108,123,483)(108,296,699 - 108,297,734)
sequence
tcattcatggtatttgctgctttgcataaatttatttctccattggcccc
agactgcacgggatgaggggaatacaagtccagagccttttgaaactcag
ttgtgagagtcttaatgttctttcacagtcctgggaagctggttctgggg
cactatctttgccgtgtcataaaagacagacacatcaaataaaaatatgg
gtggataattaaactggaaatttaattaatatgttttgtccaagcttaag
tttgccccatgtagtacatggaaaaaacttgaatccctaaataatagctc
aaacccccctgttatcacgcgagtgaattccaaaagcagacatgaaatcc
agtgagtcccttatagcctcgggagccccactaagctagaggtgaaaagc
ccacttcacaggctgctgacccacagataccttgtcaaatagtaacttat
tagtggtgtgtg

gaattctctagagttttcatccttcacaaggtaagcagcgagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaa
agagagagttctagaccaaagtacagcaaatggctagagcaagctagtga
gcttccaccatcccagatcatagtagttccgttgctaattcttgaagccg
catcaacatcagcaattaagtcaccatcaggttttatgaagctttgaaac
ttgagagtttatccgttggtccaaagctgagcctactgacatcaatttgg
ggtacaacttttatcgccattgtggatacttggaaaccgaacgattctac
tatcgacatatctccaactgtcttgatctccattgtctttcttgtgtctt
aaatagaacctccaggaaaaagaattctaggaaagaagcaggacaggtgg
cttggttcaagaaagtactttctacgtcagccacataaccagagtttgag
ccccagaacaacataaagatgtaggagacagaccctgaaaagtgtcctcc
tgacttccacatacatacttaggtatgtgtatgccacatagacatatcca
cacaataacaatgactatcaagctaatcacagctttataaaaaatccaac
tcattttcccattctccatgactgacacaccagcacacacaatgagccag
accagctatgaacatccttctttggtgaactccttactctgctggatgtc
ccaccctctggactaggctgtgggagtgtctcctggccttgcggtgtgcc
tgatacttttacaggagtatgtactttgttactaccaaatctaacacatg
gcaagaaagttacttggagggtagaaggaatttacttggtttcttgggat
tggagggtacagtcctggttgttgttgaaggaatacacagggcggagggg
tggttgttgactgggcagaagggactttgtctaatcctgaagaaacatct
acatttgcactggcctggatatttccagaagaagactgtggttggttgac
caga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108123016_108123483
seq2: B6Ng01-188J10.b_47_514

seq1  GAATTCTCATTCATGGTATTTGCTGCTTTGCATAAATTTATTTCTCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTCATGGTATTTGCTGCTTTGCATAAATTTATTTCTCCATT  50

seq1  GGCCCCAGACTGCACGGGATGAGGGGAATACAAGTCCAGAGCCTTTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCAGACTGCACGGGATGAGGGGAATACAAGTCCAGAGCCTTTTGAA  100

seq1  ACTCAGTTGTGAGAGTCTTAATGTTCTTTCACAGTCCTGGGAAGCTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTTGTGAGAGTCTTAATGTTCTTTCACAGTCCTGGGAAGCTGGTT  150

seq1  CTGGGGCACTATCTTTGCCGTGTCATAAAAGACAGACACATCAAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCACTATCTTTGCCGTGTCATAAAAGACAGACACATCAAATAAAA  200

seq1  ATATGGGTGGATAATTAAACTGGAAATTTAATTAATATGTTTTGTCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGTGGATAATTAAACTGGAAATTTAATTAATATGTTTTGTCCAAG  250

seq1  CTTAAGTTTGCCCCATGTAGTACATGGAAAAAACTTGAATCCCTAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTTGCCCCATGTAGTACATGGAAAAAACTTGAATCCCTAAATAA  300

seq1  TAGCTCAAACCCCCCTGTTATCACGCGAGTGAATTCCAAAAGCAGACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAAACCCCCCTGTTATCACGCGAGTGAATTCCAAAAGCAGACATG  350

seq1  AAATCCAGTGAGTCCCTTATAGCCTCGGGAGCCCCACTAAGCTAGAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGTGAGTCCCTTATAGCCTCGGGAGCCCCACTAAGCTAGAGGTG  400

seq1  AAAAGCCCACTTCACAGGCTGCTGACCCACAGATACCTTGTCAAATAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCACTTCACAGGCTGCTGACCCACAGATACCTTGTCAAATAGTA  450

seq1  ACTTATTAGTGGTGTGTG  468
      ||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTAGTGGTGTGTG  468


seq1: chr12_108296699_108297734
seq2: B6Ng01-188J10.g_68_1121 (reverse)

seq1  TCTGGTCAACAAACCACAGTTCTCATCTGGAAATATCCAGG-CAGTGCAA  49
      |||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGGTCAACCAACCACAGTCTTCTTCTGGAAATATCCAGGCCAGTGCAA  50

seq1  ATGTAGATGTCTCTTCCAGGTATGACAAAGTCCC-TCTG-CCAGTC-ACA  96
      |||||||||| |||||  | |  ||||||||||| |||| |||||| |||
seq2  ATGTAGATGTTTCTTCAGGATTAGACAAAGTCCCTTCTGCCCAGTCAACA  100

seq1  A-CACCCCT-CGCCCTGTGTATTCCT--CACAACAAC--AGACTGTACCC  140
      | ||||||| ||||||||||||||||   ||||||||   ||||||||||
seq2  ACCACCCCTCCGCCCTGTGTATTCCTTCAACAACAACCAGGACTGTACCC  150

seq1  TCCA--TCCAAGAAA-CAAGTAAATTCC-TCTACCCT-CAAGTAAC-TTC  184
      ||||   |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||
seq2  TCCAATCCCAAGAAACCAAGTAAATTCCTTCTACCCTCCAAGTAACTTTC  200

seq1  TTGCCATGTG-TAGA-TTGGTAGT-ACAAAGTACATACTCCTGTAAAAGT  231
      |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGTGTTAGATTTGGTAGTAACAAAGTACATACTCCTGTAAAAGT  250

seq1  ATCAGGCACACCGCAAGGCCAGGAGACACTCCCACAGCCTAGTCCAGAGG  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCACACCGCAAGGCCAGGAGACACTCCCACAGCCTAGTCCAGAGG  300

seq1  GTGGGACATCCAGCAGAGTAAGGAGTTCACC-AAGAAGGATGTTCATAGC  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACATCCAGCAGAGTAAGGAGTTCACCAAAGAAGGATGTTCATAGC  350

seq1  TGGTCTGGCTCATTGTGTGTGCTGGTGTGTCAGTCATGGAGAATGGGAAA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGGCTCATTGTGTGTGCTGGTGTGTCAGTCATGGAGAATGGGAAA  400

seq1  ATGAGTTGGATTTTTTATAAAGCTGTGATTAGCTTGATAGTCATTGTTAT  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTGGATTTTTTATAAAGCTGTGATTAGCTTGATAGTCATTGTTAT  450

seq1  TGTGTGGATATGTCTATGTGGCATACACATACCTAAGTATGTATGTGGAA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGATATGTCTATGTGGCATACACATACCTAAGTATGTATGTGGAA  500

seq1  GTCAGGAGGACACTTTTCAGGGTCTGTCTCCTACATCTTTATGTTGTTCT  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAGGACACTTTTCAGGGTCTGTCTCCTACATCTTTATGTTGTTCT  550

seq1  GGGGCTCAAACTCTGGTTATGTGGCTGACGTAGAAAGTACTTTCTTGAAC  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTCAAACTCTGGTTATGTGGCTGACGTAGAAAGTACTTTCTTGAAC  600

seq1  CAAGCCACCTGTCCTGCTTCTTTCCTAGAATTCTTTTTCCTGGAGGTTCT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACCTGTCCTGCTTCTTTCCTAGAATTCTTTTTCCTGGAGGTTCT  650

seq1  ATTTAAGACACAAGAAAGACAATGGAGATCAAGACAGTTGGAGATATGTC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGACACAAGAAAGACAATGGAGATCAAGACAGTTGGAGATATGTC  700

seq1  GATAGTAGAATCGTTCGGTTTCCAAGTATCCACAATGGCGATAAAAGTTG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTAGAATCGTTCGGTTTCCAAGTATCCACAATGGCGATAAAAGTTG  750

seq1  TACCCCAAATTGATGTCAGTAGGCTCAGCTTTGGACCAACGGATAAACTC  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCAAATTGATGTCAGTAGGCTCAGCTTTGGACCAACGGATAAACTC  800

seq1  TCAAGTTTCAAAGCTTCATAAAACCTGATGGTGACTTAATTGCTGATGTT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTCAAAGCTTCATAAAACCTGATGGTGACTTAATTGCTGATGTT  850

seq1  GATGCGGCTTCAAGAATTAGCAACGGAACTACTATGATCTGGGATGGTGG  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCGGCTTCAAGAATTAGCAACGGAACTACTATGATCTGGGATGGTGG  900

seq1  AAGCTCACTAGCTTGCTCTAGCCATTTGCTGTACTTTGGTCTAGAACTCT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACTAGCTTGCTCTAGCCATTTGCTGTACTTTGGTCTAGAACTCT  950

seq1  CTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  980
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTT--TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  998

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGCTTACCTTGTGAAGGATGAAAACTCTAGA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGCTTACCTTGTGAAGGATGAAAACTCTAGA  1048

seq1  GAATTC  1036
      ||||||
seq2  GAATTC  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |