BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189G10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 35,966,012 - 36,040,022
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHdac9, 4921508M14Rik, Prps1l1, Snx13
Downstream geneAhr, LOC100043575, LOC629758, LOC100043579, LOC669866, Agr3, Agr2, Tspan13, EG432649, Bzw2, Ankmy2, 1700108M19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189G10.bB6Ng01-189G10.g
ACCGA013432GA013433
length1,111918
definitionB6Ng01-189G10.b B6Ng01-189G10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,038,905 - 36,040,022)(35,966,012 - 35,966,928)
sequence
gaattcaaagatggcatctgttgaggggatgcagacatagtgtatgtatg
tatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtataaaaattctgtcaat
gaagacctcttaaagggacaaagcaaacagtgattaataaaaaaaaagtt
gtaaaggggtgttatgtctgttagaatctgtgaaaacaacttaccatcat
tacaacataaatcaacataatcaaaaatcagaaggtaaaagagcttgctt
tgctacacaagcctaacaacatgaggttggtcccaaaacccagagcagaa
agagagaattaactacagagttgtcttctgactcacaccacaggctgctg
tacatctatgtgcatagtcacacatacacaataataaaacacaaattaaa
taaatgcaattacatcatatggctacttaagtactactaacacacacaca
cattatgctaaatatcttttctctaaatttgtaagaatatttgcaactat
ctaatttaaaaccaacccaagtgataaggatggtattcagtgctggaccc
agaagcaatcatacagtgacagtcagtcaagaaagaagtgacattaatgt
taaatattataaactgcagaacatatggtttctatgtgatctgtgaaagt
gtcatgtgtcttaatatactaatatgttaaaaaaaaaagtaggggggaaa
tcaattacctactcacaacatctccacacttgtaggcctggctctggttg
ttttttctcttactctggctcaacccaagaaataactcttatccctcctc
agcaaaacttctcttgacaacagatggagactattacaaagactcacacc
tagtcaaaatgcagagaaaagggactgtgggctgtgcagcaaaatctaaa
atgcaaatactacccctaaaggtccagagtgcatcatggtaaagggggca
gaaagattagaagagccagagaccagaacattttgaaatgatatcttctc
tagaagacgggaaaatgcaacacaaatctcagaatacactcccggagtac
aatctcatacagcacagtcgacatgctgatatgaatgtgcgggaatgtga
tatgttctttc
gaattctgctctcctgtgtgtgctagtaatttagtggcttcctttatatt
tagatcttttcctgatgtcacatatttcctacacattcctttcctgtgca
tttaattattatttttttaatattctttgcttatttggtccagatcctct
actttgtccaaaccctgatattccatctccttcttgcttcattctacttg
tgtgactttctctccttttctatttgggttattgagtttttcaattctgg
cttcattttagcttgaggccccatttccacatatacctgttaaactgcta
ttcagacccaaatatcagtatatatttaaaaagagatgatgatgatgatg
atagtgttgcttttgttattcagcctcgggatatacatatgtacagagac
aaagtttggagctgtgatgggaaggaggactatgcagatactgccccatt
catatatatatgagtgacatgcactcctaaggataggattaactgagttg
ttgaatcaagctgatccaccatccattgcttcttgtacaatcagttttgt
gccatttcttgatttggaagcaaacacagacatgttccttgtctctcatt
tgaagtcttaccaggaggcatcatcttttatacttattccttttcatttt
cagttgagtcacactgaggaatactcgtatttcatgttgcaacccagtcc
tttgcataattggcccaaggcttcctttatctgtgtggccatgagcatag
tctggatatttagaacaatgcaagtcatttagaaaagtaaagtgtgattt
ctgctatgctttggaagtattttaaagtcagttgttatctgtaagctgcc
cttaggccagttccttaaatagggtaaaaactggtatggacctgggattg
gggtgggagagggaggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_36038905_36040022
seq2: B6Ng01-189G10.b_44_1154 (reverse)

seq1  GAAAGACCTTATCACATTTCC-CACATTCATATCAGCATGTCGACTGGTG  49
      |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAAAGAACATATCACATTCCCGCACATTCATATCAGCATGTCGACT-GTG  49

seq1  CTGTTATGAAGATTGTACTTCGGGAAGTGTATTCTTGAGATTTTGTGGTT  99
      ||| |||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  CTG-TATG-AGATTGTACTCCGGG-AGTGTATTC-TGAGA-TTTGT-GTT  93

seq1  GCATTTTCCCGGTCTTCTAGAGAAGATATCATTTCAAAATGTTCTGGTTC  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCATTTTCCC-GTCTTCTAGAGAAGATATCATTTCAAAATGTTCTGG-TC  141

seq1  TCTGGCTCTTCTAATCTTTCTGCCCCCTTTACCATGATGCACTCTGGACC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTCTTCTAATCTTTCTGCCCCCTTTACCATGATGCACTCTGGACC  191

seq1  -TTAGGGGTAGTATTTGCATTTTAGATTTTGCTGCACAGCCCACAGTCCC  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGGTAGTATTTGCATTTTAGATTTTGCTGCACAGCCCACAGTCCC  241

seq1  TTTTCTCTGCATTTTGACTAGGTGTGAGTCTTTGTAATAGTCTCCATCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTGCATTTTGACTAGGTGTGAGTCTTTGTAATAGTCTCCATCTG  291

seq1  TTGTCAAGAGAAGTTTTGCTGAGGAGGGATAAGAGTTATTTCTTGGGTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAGAGAAGTTTTGCTGAGGAGGGATAAGAGTTATTTCTTGGGTTG  341

seq1  AGCCAGAGTAAGAGAAAAAACAACCAGAGCCAGGCCTACAAGTGTGGAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGTAAGAGAAAAAACAACCAGAGCCAGGCCTACAAGTGTGGAGA  391

seq1  TGTTGTGAGTAGGTAATTGATTTCCCCCCTACTTTTTTTTTTAACATATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAGTAGGTAATTGATTTCCCCCCTACTTTTTTTTTTAACATATT  441

seq1  AGTATATTAAGACACATGACACTTTCACAGATCACATAGAAACCATATGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTAAGACACATGACACTTTCACAGATCACATAGAAACCATATGT  491

seq1  TCTGCAGTTTATAATATTTAACATTAATGTCACTTCTTTCTTGACTGACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTTTATAATATTTAACATTAATGTCACTTCTTTCTTGACTGACT  541

seq1  GTCACTGTATGATTGCTTCTGGGTCCAGCACTGAATACCATCCTTATCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTATGATTGCTTCTGGGTCCAGCACTGAATACCATCCTTATCAC  591

seq1  TTGGGTTGGTTTTAAATTAGATAGTTGCAAATATTCTTACAAATTTAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTGGTTTTAAATTAGATAGTTGCAAATATTCTTACAAATTTAGAG  641

seq1  AAAAGATATTTAGCATAATGTGTGTGTGTGTTAGTAGTACTTAAGTAGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATATTTAGCATAATGTGTGTGTGTGTTAGTAGTACTTAAGTAGCC  691

seq1  ATATGATGTAATTGCATTTATTTAATTTGTGTTTTATTATTGTGTATGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGTAATTGCATTTATTTAATTTGTGTTTTATTATTGTGTATGTG  741

seq1  TGACTATGCACATAGATGTACAGCAGCCTGTGGTGTGAGTCAGAAGACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGCACATAGATGTACAGCAGCCTGTGGTGTGAGTCAGAAGACAA  791

seq1  CTCTGTAGTTAATTCTCTCTTTCTGCTCTGGGTTTTGGGACCAACCTCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGTTAATTCTCTCTTTCTGCTCTGGGTTTTGGGACCAACCTCAT  841

seq1  GTTGTTAGGCTTGTGTAGCAAAGCAAGCTCTTTTACCTTCTGATTTTTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGGCTTGTGTAGCAAAGCAAGCTCTTTTACCTTCTGATTTTTGA  891

seq1  TTATGTTGATTTATGTTGTAATGATGGTAAGTTGTTTTCACAGATTCTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTGATTTATGTTGTAATGATGGTAAGTTGTTTTCACAGATTCTAA  941

seq1  CAGACATAACACCCCTTTACAACTTTTTTTTTATTAATCACTGTTTGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATAACACCCCTTTACAACTTTTTTTTTATTAATCACTGTTTGCTT  991

seq1  TGTCCCTTTAAGAGGTCTTCATTGACAGAATTTTTATACATACATACATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTTAAGAGGTCTTCATTGACAGAATTTTTATACATACATACATA  1041

seq1  CATACATACATACATACATACATACATACACTATGTCTGCATCCCCTCAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACATACATACATACATACATACACTATGTCTGCATCCCCTCAA  1091

seq1  CAGATGCCATCTTTGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCCATCTTTGAATTC  1111

seq1: chr12_35966012_35966928
seq2: B6Ng01-189G10.g_66_983

seq1  GAATTCTGCTCTCCTGTGTGTGCTAGTAATTTAGTGGCTTCCTTTATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTCTCCTGTGTGTGCTAGTAATTTAGTGGCTTCCTTTATATT  50

seq1  TAGATCTTTTCCTGATGTCACATATTTCCTACACATTCCTTTCCTGTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTTTTCCTGATGTCACATATTTCCTACACATTCCTTTCCTGTGCA  100

seq1  TTTAATTATTATTTTTTTAATATTCTTTGCTTATTTGGTCCAGATCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTATTTTTTTAATATTCTTTGCTTATTTGGTCCAGATCCTCT  150

seq1  ACTTTGTCCAAACCCTGATATTCCATCTCCTTCTTGCTTCATTCTACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCCAAACCCTGATATTCCATCTCCTTCTTGCTTCATTCTACTTG  200

seq1  TGTGACTTTCTCTCCTTTTCTATTTGGGTTATTGAGTTTTTCAATTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTTCTCTCCTTTTCTATTTGGGTTATTGAGTTTTTCAATTCTGG  250

seq1  CTTCATTTTAGCTTGAGGCCCCATTTCCACATATACCTGTTAAACTGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTAGCTTGAGGCCCCATTTCCACATATACCTGTTAAACTGCTA  300

seq1  TTCAGACCCAAATATCAGTATATATTTAAAAAGAGATGATGATGATGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCCAAATATCAGTATATATTTAAAAAGAGATGATGATGATGATG  350

seq1  ATAGTGTTGCTTTTGTTATTCAGCCTCGGGATATACATATGTACAGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTTGCTTTTGTTATTCAGCCTCGGGATATACATATGTACAGAGAC  400

seq1  AAAGTTTGGAGCTGTGATGGGAAGGAGGACTATGCAGATACTGCCCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGGAGCTGTGATGGGAAGGAGGACTATGCAGATACTGCCCCATT  450

seq1  CATATATATATGAGTGACATGCACTCCTAAGGATAGGATTAACTGAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATATATGAGTGACATGCACTCCTAAGGATAGGATTAACTGAGTTG  500

seq1  TTGAATCAAGCTGATCCACCATCCATTGCTTCTTGTACAATCAGTTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCAAGCTGATCCACCATCCATTGCTTCTTGTACAATCAGTTTTGT  550

seq1  GCCATTTCTTGATTTGGAAGCAAACACAGACATGTTCCTTGTCTCTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTCTTGATTTGGAAGCAAACACAGACATGTTCCTTGTCTCTCATT  600

seq1  TGAAGTCTTACCAGGAGGCATCATCTTTTATACTTATTCCTTTTCATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTTACCAGGAGGCATCATCTTTTATACTTATTCCTTTTCATTTT  650

seq1  CAGTTGAGTCACACTGAGGAATACTCGTATTTCATGTTGCAACCCAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAGTCACACTGAGGAATACTCGTATTTCATGTTGCAACCCAGTCC  700

seq1  TTTGCATAATTGGCCCAAGGCTTCCTTTATCTGTGTGGCCATGAGCATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATAATTGGCCCAAGGCTTCCTTTATCTGTGTGGCCATGAGCATAG  750

seq1  TCTGGATATTTAGAACAATGCAAGTCATTTAGAAAAGTAAAGTGTGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATATTTAGAACAATGCAAGTCATTTAGAAAAGTAAAGTGTGATTT  800

seq1  CTGCTATGCTTTGGAAGTATTTTAAAGTCAGTTGTTATCTGTAAGCTG-C  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGCTATGCTTTGGAAGTATTTTAAAGTCAGTTGTTATCTGTAAGCTGCC  850

seq1  CTTAGGCCAGTTCCTTAAATAGGGTAAAAACTGGTATGGACCTGGGATTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCCAGTTCCTTAAATAGGGTAAAAACTGGTATGGACCTGGGATTG  900

seq1  GGGTGGGAGAGGGAGGTG  917
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGAGAGGGAGGTG  918