BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203I18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 12,206,856 - 12,342,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD12Ertd553e
Upstream geneMsgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209
Downstream geneLOC100043215, Mycn, EG668473, LOC628449, Ddx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203I18.bB6Ng01-203I18.g
ACCGA023731GA023732
length1,211140
definitionB6Ng01-203I18.b B6Ng01-203I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,341,061 - 12,342,277)(12,206,856 - 12,206,995)
sequence
gaattcctataccgaaccactttctagcactctgcaaggactcagagtaa
ccaagggcagagggagagaagaaaatggtggtcttaaaagagtttgtttt
acaacagtttattttattttattttatctgttttgttttgttttgttttg
ttttgttttgtgttttgaaacatctaaggcaggaactcgtcagtgcttcc
atcagaaagggtggtatttgctagcactttgaatgaaccacagttgtctt
gaatctagggtatttatttggtcttttggtgctaagactttaagaatcaa
agactcacatcatctgtagctgcatattttgggaattaaaagttatgaag
gatatagctttagtgtactcataagccataaataaaccagtatacatata
ttcatatgaatggtatatattcctgtgacaccacatctgtgtcaatgatg
tatctaggcacattaatctttagcataagcttgtacgaggctcattttac
atagtagaatgccatgacgttggagatagcaagtgttccattcttaggca
cttcagatggagtctggacttcctggtctgcagtctcagtgcatctcaaa
ttctccaagaaggcactgcgcattaacactggagcctctttttcagtatc
ttaatttagaggacaaaagacatgagttctgtccatggattaaagccagg
agcccagatgtcaagtatcacaatctcacactttgttccctgtcacagaa
gtaacagggtgtccccttttaaagacataacattgtaagttatgacatgt
tcctgtcttccaagggtgtgtactccctgttagacgtgtctctcccatgc
ctgctgactgagcaggcccagttctcccctgacaggaacgtcctgagtgg
gaattcagaagctttgcacactgttctactgactgaagctcatcagtagg
gcttattctgtgcccgcaaagagcgtggagtccaactgtcccaagcttag
tccgtctttacccttcccattcatctcacgctgctcactgcacaaccgtt
cttgacgtaagcttcatagtccatgtatactcacctatctgtaggccaca
gcacaaaatgcatgcccctgacacagaaatcttgccttgcgttgctctct
ggccaatttccatctaacctgctcccattcactctagacacaagccaaat
ccttatccata

tcattaagcacattcacagatccactctattctattggaaaagcctttcc
tttcctttcctttcctttcctttcctttcctttcctttcctttcctttcc
tttcctttcctttcctctcctctcctctcctctccactcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_12341061_12342277
seq2: B6Ng01-203I18.b_46_1256 (reverse)

seq1  TATGGA-AAGGATT--GCTTGTGGCTAGAGTGAA-GGGAGCAGG-TAGAA  45
      |||||| |||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||| |||| 
seq2  TATGGATAAGGATTTGGCTTGTGTCTAGAGTGAATGGGAGCAGGTTAGAT  50

seq1  GGAAAAAAGGACAGAAGAAGCAAGCAAAGGCCAGGATTTCTGTGTCCAGG  95
      || |||  || ||||   |||||   |||| || ||||||||||||  ||
seq2  GG-AAATTGGCCAGA--GAGCAACGCAAGG-CAAGATTTCTGTGTCAGGG  96

seq1  GCATGCATTTTGGTGCCTGTTGCCCTACAGATA-GTGAGTATACATGGGA  144
      ||||||||||| ||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||  
seq2  GCATGCATTTT-GTG-CTG-TGGCCTACAGATAGGTGAGTATACATGG--  141

seq1  ACTTATGAAGGCTTACGTTCAGAACGGTTGTGCAGTGAGCAGCGTGGAGA  194
      || |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AC-TATGAA-GCTTACGTCAAGAACGGTTGTGCAGTGAGCAGCGT-GAGA  188

seq1  TGAATGGGAAGGGTAAAGACGGACTAAGCTTGGGACAGTTGGACTCCACG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGGAAGGGTAAAGACGGACTAAGCTTGGGACAGTTGGACTCCACG  238

seq1  CTCTTTGCGGGGCACAG-ATAAGCCCTACTGATGAGCTTCAGTCAGTAGA  293
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGC-GGGCACAGAATAAGCCCTACTGATGAGCTTCAGTCAGTAGA  287

seq1  ACAGTGTGCAAAGCTTCTGAATTCCCACTCAGGACGTTCCTGTCAGGGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGCAAAGCTTCTGAATTCCCACTCAGGACGTTCCTGTCAGGGGA  337

seq1  GAACTGGGCCTGCTCAGTCAGCAGGCATGGGAGAGACACGTCTAACAGGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGCCTGCTCAGTCAGCAGGCATGGGAGAGACACGTCTAACAGGG  387

seq1  AGTACACACCCTTGGAAGACAGGAACATGTCATAACTTACAATGTTATGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACACCCTTGGAAGACAGGAACATGTCATAACTTACAATGTTATGT  437

seq1  CTTTAAAAGGGGACACCCTGTTACTTCTGTGACAGGGAACAAAGTGTGAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAGGGGACACCCTGTTACTTCTGTGACAGGGAACAAAGTGTGAG  487

seq1  ATTGTGATACTTGACATCTGGGCTCCTGGCTTTAATCCATGGACAGAACT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATACTTGACATCTGGGCTCCTGGCTTTAATCCATGGACAGAACT  537

seq1  CATGTCTTTTGTCCTCTAAATTAAGATACTGAAAAAGAGGCTCCAGTGTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTTTGTCCTCTAAATTAAGATACTGAAAAAGAGGCTCCAGTGTT  587

seq1  AATGCGCAGTGCCTTCTTGGAGAATTTGAGATGCACTGAGACTGCAGACC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCGCAGTGCCTTCTTGGAGAATTTGAGATGCACTGAGACTGCAGACC  637

seq1  AGGAAGTCCAGACTCCATCTGAAGTGCCTAAGAATGGAACACTTGCTATC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTCCAGACTCCATCTGAAGTGCCTAAGAATGGAACACTTGCTATC  687

seq1  TCCAACGTCATGGCATTCTACTATGTAAAATGAGCCTCGTACAAGCTTAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACGTCATGGCATTCTACTATGTAAAATGAGCCTCGTACAAGCTTAT  737

seq1  GCTAAAGATTAATGTGCCTAGATACATCATTGACACAGATGTGGTGTCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGATTAATGTGCCTAGATACATCATTGACACAGATGTGGTGTCAC  787

seq1  AGGAATATATACCATTCATATGAATATATGTATACTGGTTTATTTATGGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATATACCATTCATATGAATATATGTATACTGGTTTATTTATGGC  837

seq1  TTATGAGTACACTAAAGCTATATCCTTCATAACTTTTAATTCCCAAAATA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGTACACTAAAGCTATATCCTTCATAACTTTTAATTCCCAAAATA  887

seq1  TGCAGCTACAGATGATGTGAGTCTTTGATTCTTAAAGTCTTAGCACCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTACAGATGATGTGAGTCTTTGATTCTTAAAGTCTTAGCACCAAA  937

seq1  AGACCAAATAAATACCCTAGATTCAAGACAACTGTGGTTCATTCAAAGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAATAAATACCCTAGATTCAAGACAACTGTGGTTCATTCAAAGTG  987

seq1  CTAGCAAATACCACCCTTTCTGATGGAAGCACTGACGAGTTCCTGCCTTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAATACCACCCTTTCTGATGGAAGCACTGACGAGTTCCTGCCTTA  1037

seq1  GATGTTTCAAAACACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAGATA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTCAAAACACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAGATA  1087

seq1  AAATAAAATAAAATAAACTGTTGTAAAACAAACTCTTTTAAGACCACCAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATAAAATAAACTGTTGTAAAACAAACTCTTTTAAGACCACCAT  1137

seq1  TTTCTTCTCTCCCTCTGCCCTTGGTTACTCTGAGTCCTTGCAGAGTGCTA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCTCCCTCTGCCCTTGGTTACTCTGAGTCCTTGCAGAGTGCTA  1187

seq1  GAAAGTGGTTCGGTATAGGAATTC  1217
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGGTTCGGTATAGGAATTC  1211


seq1: chr12_12206856_12206995
seq2: B6Ng01-203I18.g_68_207

seq1  TCATTAAGCACATTCACAGATCCACTCTATTCTATTGGAAAAGCCTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAGCACATTCACAGATCCACTCTATTCTATTGGAAAAGCCTTTCC  50

seq1  TTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCC  100

seq1  TTTCCTTTCCTTTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCC  140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTCCTTTCCTTTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCACTCC  140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |