BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218K23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,773,596 - 27,932,192
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218K23.bB6Ng01-218K23.g
ACCGA034747GA034748
length1,1521,151
definitionB6Ng01-218K23.b B6Ng01-218K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,931,043 - 27,932,192)(27,773,596 - 27,774,753)
sequence
gaattcattcaagtacatctcagttcactagattgtgtataaaaattaac
ttcatgcattttctttccttctgaggcaggaatttccacttgcaaactgg
acaagaacagtcaggaatcctacttttctgctcttctagaattccttaaa
tattcagggaagggctgaaaggatgaccccaaactaggagtgatggtcta
agtgcaatgaatgacagaggtagcagaagttgtccatgtggcattgtggg
cataaggaatatctgtacttgaatcaagccttggatgtaggcacctaaaa
gagccatagattcctagccacacacttgcctattagaaaagaaggagccc
ctcactgaagaggaatgggagggcagatggtgcaacaggataggaagaaa
gaagggaagaaggaaaaaaggatcgaggaaccagtatgagagtgaggtta
gctaggagactggaggagacaaagagataacacatgcctattgagattct
actatgtgtgtcaatcaaatgtgatcatctcagaaaaatacaaccagtga
tacatccaggtggggaattgattgcatggcattgaagtcgaagaaatttc
tacatggcacacattcctggaagaagtgctcattctgttgctctgggtag
aggatagtggttgcagcccaggtacatggcaaggccatgccctggtgatg
accaaagagtggccaatttagtaaacctttccagtgagcacaaggtggag
gaggctagatagccaggtaagtatatcctcagggtctcagagcagcagga
tcctgagagatcataataccactgtcacctctaagtgaagcacctgtgga
agatagttcacaatcgtgaggggtctgcctctgtgacttctgtctatgcc
aaagctcttcccaccactctccaccttcctaccaatacgaagtacatgca
acagacaactgatttgcagagggcatgtgtgggttatggagtacactctc
ctgaggatgatgtgactaggcattgtcattgggagtggagcttcgtggct
tgagccctgagaataaccatctgaaatgatatctcaccctggtggttagc
accaataaaagagacttcttttgtagaagcactgctacaaatggtcctcg
ga

gaattcaacggctgtccatggttagaacaaagacaagcaaggagaaaaga
atctgaacatgggatgtccttggttctcctttacaacaatcagccttgtt
tcccttttcaccttgcctaggggaccctgatgagccctgcttgaatccat
ccaccaggaagtaaatgggtgaatccagtaggaaccacagtctctgtctc
ctgtagaatgatctatccagcccacatagacaccttgaacagtgttacgg
ttttcagctctggttcaaaccggggttcaaaggaacctgaatcttctgtc
ttccctagctcagtcctgatgcaaattgcttctaattggcgaatgtctac
taggttagtttagttgtggctcacccctttattttcctacttcagagttg
taggcttgtctcctatttgctgttgtctgaccttgcaaggctttgtattt
ataggtggtgatataaaagctgaccatgctgtcattttagtatggtaaca
aaacaggggtcccgttaaatctgccacattcaaggtcaactttgtacctt
ggtttttgctttgacttttgtggaaggagaatggatggggtaaccatgga
gactttctcttcttttgatcttgcttcctgccagtctgttcagcaccatc
tctaatccatcagcaggtgtccctctgaccagcccaactggtccatgaag
ggaactgaaagcagccactggaggagcctctctcaccttcaatggatagg
gaccaggctggatgcaagcaattgaactgttctctttcaaagaaataaag
gactttgaggatgagattatttttttttaacaaaagcaggcctttatagt
cattataactgtattaaattcaaactctgttatgtgcttactatgtagtc
tttcaagagtctctgaagcctcaatgttttttacctatacaaagagggat
ttatgaaattcatgggaaatgaaaatgtagaaagcctagaactatgtttt
ggcaagtagaactcctaaaaagaaaagtattcgggttcttctggcagtag
catatttctcctggcctccttctagaggagatgatttatatctaggagaa
atatttgttctgttgactaattcaaatggttattctgatttttttttagc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27931043_27932192
seq2: B6Ng01-218K23.b_43_1194 (reverse)

seq1  TCCGAGGGCC-TTTGTAGCCAGTGCTTCTACAAAAGAGTTCT-TTTTATT  48
      ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||
seq2  TCCGAGGACCATTTGTAG-CAGTGCTTCTACAAAAGAAGTCTCTTTTATT  49

seq1  GTTGCCTTAACCAC--AGGTGAGATATTCATTCAGATGGTTA-TCTCAGG  95
      | |||  |||||||   ||||||||||   |||||||||||| |||||||
seq2  GGTGC--TAACCACCAGGGTGAGATATCATTTCAGATGGTTATTCTCAGG  97

seq1  CCTCAAGCACCGAAGCT-CACTCCCAATGACAATGCCTAGTCACATCATT  144
       |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCTCAAGCCACGAAGCTCCACTCCCAATGACAATGCCTAGTCACATCA-T  146

seq1  CCTCAGGAGAGTGTACTCCAT-ACCCACACATGCCCTCCTGCAAATCAGT  193
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTCAGGAGAGTGTACTCCATAACCCACACATGCCCT-CTGCAAATCAGT  195

seq1  TGTCTGTTGCATGTACTTCGTATTGGTAGGAAGGTGGAGAGTGGTGGGAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTGCATGTACTTCGTATTGGTAGGAAGGTGGAGAGTGGTGGGAA  245

seq1  GAGCTTTGGCATAGACAGAAGTCACAGAGGCAGACCCCTCACGATTGTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGGCATAGACAGAAGTCACAGAGGCAGACCCCTCACGATTGTGA  295

seq1  ACTATCTTCCACAGGTGCTTCACTTAGAGGTGACAGTGGTATTATGATCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTTCCACAGGTGCTTCACTTAGAGGTGACAGTGGTATTATGATCT  345

seq1  CTCAGGATCCTGCTGCTCTGAGACCCTGAGGATATACTTACCTGGCTATC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATCCTGCTGCTCTGAGACCCTGAGGATATACTTACCTGGCTATC  395

seq1  TAGCCTCCTCCACCTTGTGCTCACTGGAAAGGTTTACTAAATTGGCCACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCCTCCACCTTGTGCTCACTGGAAAGGTTTACTAAATTGGCCACT  445

seq1  CTTTGGTCATCACCAGGGCATGGCCTTGCCATGTACCTGGGCTGCAACCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTCATCACCAGGGCATGGCCTTGCCATGTACCTGGGCTGCAACCA  495

seq1  CTATCCTCTACCCAGAGCAACAGAATGAGCACTTCTTCCAGGAATGTGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTCTACCCAGAGCAACAGAATGAGCACTTCTTCCAGGAATGTGTG  545

seq1  CCATGTAGAAATTTCTTCGACTTCAATGCCATGCAATCAATTCCCCACCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGAAATTTCTTCGACTTCAATGCCATGCAATCAATTCCCCACCT  595

seq1  GGATGTATCACTGGTTGTATTTTTCTGAGATGATCACATTTGATTGACAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATCACTGGTTGTATTTTTCTGAGATGATCACATTTGATTGACAC  645

seq1  ACATAGTAGAATCTCAATAGGCATGTGTTATCTCTTTGTCTCCTCCAGTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTAGAATCTCAATAGGCATGTGTTATCTCTTTGTCTCCTCCAGTC  695

seq1  TCCTAGCTAACCTCACTCTCATACTGGTTCCTCGATCCTTTTTTCCTTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCTAACCTCACTCTCATACTGGTTCCTCGATCCTTTTTTCCTTCT  745

seq1  TCCCTTCTTTCTTCCTATCCTGTTGCACCATCTGCCCTCCCATTCCTCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTTTCTTCCTATCCTGTTGCACCATCTGCCCTCCCATTCCTCTT  795

seq1  CAGTGAGGGGCTCCTTCTTTTCTAATAGGCAAGTGTGTGGCTAGGAATCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGGGGCTCCTTCTTTTCTAATAGGCAAGTGTGTGGCTAGGAATCT  845

seq1  ATGGCTCTTTTAGGTGCCTACATCCAAGGCTTGATTCAAGTACAGATATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTTTTAGGTGCCTACATCCAAGGCTTGATTCAAGTACAGATATT  895

seq1  CCTTATGCCCACAATGCCACATGGACAACTTCTGCTACCTCTGTCATTCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGCCCACAATGCCACATGGACAACTTCTGCTACCTCTGTCATTCA  945

seq1  TTGCACTTAGACCATCACTCCTAGTTTGGGGTCATCCTTTCAGCCCTTCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTTAGACCATCACTCCTAGTTTGGGGTCATCCTTTCAGCCCTTCC  995

seq1  CTGAATATTTAAGGAATTCTAGAAGAGCAGAAAAGTAGGATTCCTGACTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATTTAAGGAATTCTAGAAGAGCAGAAAAGTAGGATTCCTGACTG  1045

seq1  TTCTTGTCCAGTTTGCAAGTGGAAATTCCTGCCTCAGAAGGAAAGAAAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCCAGTTTGCAAGTGGAAATTCCTGCCTCAGAAGGAAAGAAAAT  1095

seq1  GCATGAAGTTAATTTTTATACACAATCTAGTGAACTGAGATGTACTTGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGTTAATTTTTATACACAATCTAGTGAACTGAGATGTACTTGAA  1145

seq1  TGAATTC  1150
      |||||||
seq2  TGAATTC  1152


seq1: chr12_27773596_27774753
seq2: B6Ng01-218K23.g_65_1215

seq1  GAATTCAACGGCTGTCCATGGTTAGAACAAAGACAAGCAAGGAGAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACGGCTGTCCATGGTTAGAACAAAGACAAGCAAGGAGAAAAGA  50

seq1  ATCTGAACATGGGATGTCCTTGGTTCTCCTTTACAACAATCAGCCTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAACATGGGATGTCCTTGGTTCTCCTTTACAACAATCAGCCTTGTT  100

seq1  TCCCTTTTCACCTTGCCTAGGGGACCCTGATGAGCCCTGCTTGAATCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTCACCTTGCCTAGGGGACCCTGATGAGCCCTGCTTGAATCCAT  150

seq1  CCACCAGGAAGTAAATGGGTGAATCCAGTAGGAACCACAGTCTCTGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGAAGTAAATGGGTGAATCCAGTAGGAACCACAGTCTCTGTCTC  200

seq1  CTGTAGAATGATCTATCCAGCCCACATAGACACCTTGAACAGTGTTACGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAATGATCTATCCAGCCCACATAGACACCTTGAACAGTGTTACGG  250

seq1  TTTTCAGCTCTGGTTCAAACCGGGGTTCAAAGGAACCTGAATCTTCTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCTCTGGTTCAAACCGGGGTTCAAAGGAACCTGAATCTTCTGTC  300

seq1  TTCCCTAGCTCAGTCCTGATGCAAATTGCTTCTAATTGGCGAATGTCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAGCTCAGTCCTGATGCAAATTGCTTCTAATTGGCGAATGTCTAC  350

seq1  TAGGTTAGTTTAGTTGTGGCTCACCCCTTTATTTTCCTACTTCAGAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAGTTTAGTTGTGGCTCACCCCTTTATTTTCCTACTTCAGAGTTG  400

seq1  TAGGCTTGTCTCCTATTTGCTGTTGTCTGACCTTGCAAGGCTTTGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTGTCTCCTATTTGCTGTTGTCTGACCTTGCAAGGCTTTGTATTT  450

seq1  ATAGGTGGTGATATAAAAGCTGACCATGCTGTCATTTTAGTATGGTAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGGTGATATAAAAGCTGACCATGCTGTCATTTTAGTATGGTAACA  500

seq1  AAACAGGGGTCCCGTTAAATCTGCCACATTCAAGGTCAACTTTGTACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGGGTCCCGTTAAATCTGCCACATTCAAGGTCAACTTTGTACCTT  550

seq1  GGTTTTTGCTTTGACTTTTGTGGAAGGAGAATGGATGGGGTAACCATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTGCTTTGACTTTTGTGGAAGGAGAATGGATGGGGTAACCATGGA  600

seq1  GACTTTCTCTTCTTTTGATCTTGCTTCCTGCCAGTCTGTTCAGCACCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCTCTTCTTTTGATCTTGCTTCCTGCCAGTCTGTTCAGCACCATC  650

seq1  TCTAATCCATCAGCAGGTGTCCCTCTGACCAGCCCAACTGGTCCATGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCCATCAGCAGGTGTCCCTCTGACCAGCCCAACTGGTCCATGAAG  700

seq1  GGAACTGAAAGCAGCCACTGGAGGAGCCTCTCTCACCTTCAATGGATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGAAAGCAGCCACTGGAGGAGCCTCTCTCACCTTCAATGGATAGG  750

seq1  GACCAGGCTGGATGCAAGCAATTGAACTGTTCTCTTTCAAAGAAATAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGCTGGATGCAAGCAATTGAACTGTTCTCTTTCAAAGAAATAAAG  800

seq1  GACTTTGAGGATGAGATTA-TTTTTTTTAACAAAAGCAGGCCTTTATAGT  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAGGATGAGATTATTTTTTTTTAACAAAAGCAGGCCTTTATAGT  850

seq1  CATTATAACTGTATTAAAATTCAAACTCTGTTATGTGCTTACTATGTAGT  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAACTGTATT-AAATTCAAACTCTGTTATGTGCTTACTATGTAGT  899

seq1  CTTTCAAGAGTCTCTGAAGCCTCAATG-TTTTTACCTATACAAAGA-GGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CTTTCAAGAGTCTCTGAAGCCTCAATGTTTTTTACCTATACAAAGAGGGA  949

seq1  TTTATGAAAATCAATGGAAATGAAAATGTAGAAAGCCTAGAACTATG-TT  996
      ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTATGAAATTCATGGGAAATGAAAATGTAGAAAGCCTAGAACTATGTTT  999

seq1  TGGCAAGTAGGAACTCCTAAAAAGAAAAGTATTC-GGTTCTTCCTTGCAG  1045
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||
seq2  TGGCAAGTA-GAACTCCTAAAAAGAAAAGTATTCGGGTTCTT-CTGGCAG  1047

seq1  TAGCATA-TTCTCCTGCCCTCCCTCCTAAAGAGAAAGAATTTATA-CTAA  1093
      ||||||| |||||||| ||| ||| ||| || || |  ||||||| ||| 
seq2  TAGCATATTTCTCCTGGCCT-CCTTCTAGAG-GAGATGATTTATATCTAG  1095

seq1  GAGAAAATATTATGTTCTGTTGGAATTAAAATTCAAATAGTTATATCTGA  1143
      ||| ||||||| ||||||||||  | |  ||||||||| ||||| |||||
seq2  GAG-AAATATT-TGTTCTGTTG--ACT--AATTCAAATGGTTAT-TCTGA  1138

seq1  TTTTTTTTTTTAGCA  1158
        |||||||||||||
seq2  --TTTTTTTTTAGCA  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |