BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219O16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 45,926,076 - 46,132,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStxbp6
Upstream geneENSMUSG00000066507, LOC100039081, LOC664854, Dnajb9, LOC100039062, Pnpla8, Nrcam, EG620025
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219O16.bB6Ng01-219O16.g
ACCGA035614GA035615
length1,1671,053
definitionB6Ng01-219O16.b B6Ng01-219O16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,131,590 - 46,132,761)(45,926,076 - 45,927,101)
sequence
gaattctgggaatagactatctcattaaagtgatacttactcagcatgcc
ttaaggtgaacctgtcttccgagggagtgagcacttagccaaggcactga
gaaccccagctggaatgttaagtgtccacccaggccagcggtttcagtgt
ccagccagaaggagacagttttaccttaatgggcctttgctgccacggtg
acacatgcagtggctgtcctatttatttctgagattcctagcacagactt
ggcacatagtagatccacaatgacacacttgactggaagcaagaaagcat
aaccaagtcatatttgccatgaagttccgtggaatgtcagcatttatttg
agacttcaactaggatatcagaggaagacaaccaccaggcaggtatttct
ttttttctttttaaaaaatttttattttatttatttttttttttacttat
tcactttatatcatactcacttcccctctccttctcaaccccttacacaa
tctccccccttctcttctgagtaggcccccctcccccatagctatccccc
aaccctggcacttcaagtctctgcaaggctcggcatctcctactgaggcc
agacaaagcagcccagctattagaacatatcccacggacaggcaagagat
tttgggatagctgttcccagttgtttgctacccacgtgaaggccaagcta
cacatctgagtggggaggcctacgtcaagcccatgtatgttttttggttg
ttgcttcaacttgactctgttggtcttcctgtggagttcctagccccttc
agaatccgccatccttcctcaaattcttcagtaagagttcccaatttcta
ttcaccatttggctgtgggtgtctcaatctgtctgtgtcagctgctgggt
tgcacccctcagaggaaaactcaagcagttatttctaatgcccaatgaag
tagagacacattctaagagtatgcatcttttttctactcattcggtgatc
tactcaggaaaaaatcttttttgagcagcttgctgtgtgcctgtgtgtgc
caatttcaaaagtttttcttgtcttataaatagaactgaatgtcttccac
agtttattcagattggccacacatgtgtcttgcctatacccacattctgc
tcatgacatagtcatgg

gaattctaagaagtctttaatttctttcttgacccagtgagtgatcatta
agtagagagttgtatattctgttgtttctgttgtccttgaagtcccagct
ttaatccatggtcatctgataagatacaaattgttatttcttgcaagaga
ctttgctttgtgaccatgtatatggttaatttcagagaaggttccgtgag
gtgctgaaaagaaaatatattcttttgtgattagatgaaatgttccgtag
atatgttaggtttatttgtttcactatttctgttagctccaatatttctc
tgtttagtttctttctggataacctggatattggcgagagtgggaaattg
aagtctcccactatttatgagtgtgatataagctttactaatgtttattc
tacaaatttggaagtacttacactttaggcatagatgtgaataattgaaa
tgtgtatttatttttctttgctgagtatgaaagtgtccttcattgcatct
cttgattaatttgggtttaaagtttattttttgtttatttacatttttta
aaaatttaattttatttgcaattcacttttacactccatatttcattccc
tgcccctccctaccctccaactgctccacatcccacacctcctcccctcc
ccactctgtctccaggtggatgcctccacccccaaccctatctgacctct
aaacttccttgattctccagtctcttgagtggatcatcttgaggtacatc
atgtctgaatgaacacagtcttggaattcctttactctatgtgtgcttgc
agcctcatatcagctggtgtatgttgtctgtttggtcgtccagtgtttga
aagatctcaagggtctagattaattaagactgatggtcctcctataggat
cacccatctcctcagcttcttccaggcttccctaattcaacaacaggtgt
cagctgcttctgtccatggtttggtgaaatatctgcatctgactctttca
gctgctgtgggtctttttggagggcagtcatgatagattccttttttgtg
agt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_46131590_46132761
seq2: B6Ng01-219O16.b_47_1213 (reverse)

seq1  CCATGAACTATGTCATGGAGGCGAGAGGAATGTGGGTATTAGC-AGACAC  49
      ||||| ||||||||||      |||  ||||||||||||  || ||||||
seq2  CCATG-ACTATGTCAT------GAGCAGAATGTGGGTATAGGCAAGACAC  43

seq1  ATGTGTGGCCAACTGGAATAAACTTGTGGAGGACATTTCAGTTCTATTTA  99
      ||||||||||||   |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||
seq2  ATGTGTGGCCAATCTGAATAAAC-TGTGGAAGACA-TTCAGTTCTATTTA  91

seq1  TAAGACAAGAAAAACTTTTGAAATTGGCACACACA-GCACAACAGCAAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| 
seq2  TAAGACAAGAAAAACTTTTGAAATTGGCACACACAGGCAC-ACAGCAAG-  139

seq1  CTGCTC-AAAAAGATTTTTTCCTGAGTAGATCACCGAATGAGTAG-AAAA  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGCTCAAAAAAGATTTTTTCCTGAGTAGATCACCGAATGAGTAGAAAAA  189

seq1  AGATGCATACTC-TAGAATGTGTCTCTACTTCA-TGGGCATTAGAAATAA  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGATGCATACTCTTAGAATGTGTCTCTACTTCATTGGGCATTAGAAATAA  239

seq1  CTGCCTGAGTTTTCCTCTGAGGGGTGCAACCCAGCAGCTGACACAGACAG  294
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGAGTTTTCCTCTGAGGGGTGCAACCCAGCAGCTGACACAGACAG  289

seq1  ATTGAGACACCCACAGCCAAATGGTGAATAGAAATTGGGAACTCTTACTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGACACCCACAGCCAAATGGTGAATAGAAATTGGGAACTCTTACTG  339

seq1  AAGAATTTGAGGAAGGATGGCGGATTCTGAAGGGGCTAGGAACTCCACAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTGAGGAAGGATGGCGGATTCTGAAGGGGCTAGGAACTCCACAG  389

seq1  GAAGACCAACAGAGTCAAGTTGAAGCAACAACCAAAAAACATACATGGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAACAGAGTCAAGTTGAAGCAACAACCAAAAAACATACATGGGC  439

seq1  TTGACGTAGGCCTCCCCACTCAGATGTGTAGCTTGGCCTTCACGTGGGTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGTAGGCCTCCCCACTCAGATGTGTAGCTTGGCCTTCACGTGGGTA  489

seq1  GCAAACAACTGGGAACAGCTATCCCAAAATCTCTTGCCTGTCCGTGGGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAACTGGGAACAGCTATCCCAAAATCTCTTGCCTGTCCGTGGGAT  539

seq1  ATGTTCTAATAGCTGGGCTGCTTTGTCTGGCCTCAGTAGGAGATGCCGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTAATAGCTGGGCTGCTTTGTCTGGCCTCAGTAGGAGATGCCGAG  589

seq1  CCTTGCAGAGACTTGAAGTGCCAGGGTTGGGGGATAGCTATGGGGGAGGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCAGAGACTTGAAGTGCCAGGGTTGGGGGATAGCTATGGGGGAGGG  639

seq1  GGGCCTACTCAGAAGAGAAGGGGGGAGATTGTGTAAGGGGTTGAGAAGGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTACTCAGAAGAGAAGGGGGGAGATTGTGTAAGGGGTTGAGAAGGA  689

seq1  GAGGGGAAGTGAGTATGATATAAAGTGAATAAGTAAAAAAAAAAATAAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAAGTGAGTATGATATAAAGTGAATAAGTAAAAAAAAAAATAAAT  739

seq1  AAAATAAAAATTTTTTAAAAAGAAAAAAAGAAATACCTGCCTGGTGGTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAATTTTTTAAAAAGAAAAAAAGAAATACCTGCCTGGTGGTTG  789

seq1  TCTTCCTCTGATATCCTAGTTGAAGTCTCAAATAAATGCTGACATTCCAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCTGATATCCTAGTTGAAGTCTCAAATAAATGCTGACATTCCAC  839

seq1  GGAACTTCATGGCAAATATGACTTGGTTATGCTTTCTTGCTTCCAGTCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTCATGGCAAATATGACTTGGTTATGCTTTCTTGCTTCCAGTCAA  889

seq1  GTGTGTCATTGTGGATCTACTATGTGCCAAGTCTGTGCTAGGAATCTCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCATTGTGGATCTACTATGTGCCAAGTCTGTGCTAGGAATCTCAG  939

seq1  AAATAAATAGGACAGCCACTGCATGTGTCACCGTGGCAGCAAAGGCCCAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAGGACAGCCACTGCATGTGTCACCGTGGCAGCAAAGGCCCAT  989

seq1  TAAGGTAAAACTGTCTCCTTCTGGCTGGACACTGAAACCGCTGGCCTGGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAAAACTGTCTCCTTCTGGCTGGACACTGAAACCGCTGGCCTGGG  1039

seq1  TGGACACTTAACATTCCAGCTGGGGTTCTCAGTGCCTTGGCTAAGTGCTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACTTAACATTCCAGCTGGGGTTCTCAGTGCCTTGGCTAAGTGCTC  1089

seq1  ACTCCCTCGGAAGACAGGTTCACCTTAAGGCATGCTGAGTAAGTATCACT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTCGGAAGACAGGTTCACCTTAAGGCATGCTGAGTAAGTATCACT  1139

seq1  TTAATGAGATAGTCTATTCCCAGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAGATAGTCTATTCCCAGAATTC  1167


seq1: chr12_45926076_45927101
seq2: B6Ng01-219O16.g_98_1120

seq1  GACCCAGTGAGTGATCATTAAGTAGAGAGTTGTATATTCTGTTGTTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGTGAGTGATCATTAAGTAGAGAGTTGTATATTCTGTTGTTTCTG  50

seq1  TTGTCCTTGAAGTCCCAGCTTTAATCCATGGTCATCTGATAAGATACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTTGAAGTCCCAGCTTTAATCCATGGTCATCTGATAAGATACAAA  100

seq1  TTGTTATTTCTTGCAAGAGACTTTGCTTTGTGACCATGTATATGGTTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTCTTGCAAGAGACTTTGCTTTGTGACCATGTATATGGTTAAT  150

seq1  TTCAGAGAAGGTTCCGTGAGGTGCTGAAAAGAAAATATATTCTTTTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGAAGGTTCCGTGAGGTGCTGAAAAGAAAATATATTCTTTTGTGA  200

seq1  TTAGATGAAATGTTCCGTAGATATGTTAGGTTTATTTGTTTCACTATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGAAATGTTCCGTAGATATGTTAGGTTTATTTGTTTCACTATTTC  250

seq1  TGTTAGCTCCAATATTTCTCTGTTTAGTTTCTTTCTGGATAACCTGGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCTCCAATATTTCTCTGTTTAGTTTCTTTCTGGATAACCTGGATA  300

seq1  TTGGCGAGAGTGGGAAATTGAAGTCTCCCACTATTTATGAGTGTGATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGAGAGTGGGAAATTGAAGTCTCCCACTATTTATGAGTGTGATATA  350

seq1  AGCTTTACTAATGTTTATTCTACAAATTTGGAAGTACTTACACTTTAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTACTAATGTTTATTCTACAAATTTGGAAGTACTTACACTTTAGGC  400

seq1  ATAGATGTGAATAATTGAAATGTGTATTTATTTTTCTTTGCTGAGTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTGAATAATTGAAATGTGTATTTATTTTTCTTTGCTGAGTATGA  450

seq1  AAGTGTCCTTCATTGCATCTCTTGATTAATTTGGGTTTAAAGTTTATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCCTTCATTGCATCTCTTGATTAATTTGGGTTTAAAGTTTATTTT  500

seq1  TTGTTTATTTACATTTTTTAAAAATTTAATTTTATTTGCAATTCACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATTTACATTTTTTAAAAATTTAATTTTATTTGCAATTCACTTTT  550

seq1  ACACTCCATATTTCATTCCCTGCCCCTCCCTACCCTCCAACTGCTCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCATATTTCATTCCCTGCCCCTCCCTACCCTCCAACTGCTCCACA  600

seq1  TCCCACACCTCCTCCCCTCCCCACTCTGTCTCCAGGTGGATGCCTCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACCTCCTCCCCTCCCCACTCTGTCTCCAGGTGGATGCCTCCACC  650

seq1  CCCAACCCTATCTGACCTCTAAACTTCCTTGATTCTCCAGTCTCTTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCCTATCTGACCTCTAAACTTCCTTGATTCTCCAGTCTCTTGAGT  700

seq1  GGATCATCTTGAGGTACATCATGTCTGAATGAACACAGTCTTGGAATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATCTTGAGGTACATCATGTCTGAATGAACACAGTCTTGGAATTCC  750

seq1  TTTACTCTATGTGTGCTTGCAGCCTCATATCAGCTGGTGTATGTTGTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCTATGTGTGCTTGCAGCCTCATATCAGCTGGTGTATGTTGTCTG  800

seq1  TTTGGTCGTCCAGTGTTTGAAAGATCTCAGGGGTCTAGATTAATTAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCGTCCAGTGTTTGAAAGATCTCAAGGGTCTAGATTAATTAAGAC  850

seq1  TGATGGTCCTCCTATAGGATCACCCATCTCCTCAGCTTCTTCCAGGCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTCCTCCTATAGGATCACCCATCTCCTCAGCTTCTTCCAGGCTTC  900

seq1  CCTAATTCAACAACAGGTGTCAGCTGCTTCTGTCCATTGGTTTGGTGAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  CCTAATTCAACAACAGGTGTCAGCTGCTTCTGTCCA-TGGTTTGGTG-AA  948

seq1  ATATCTGCATCTGACTCTTTCAGCTGCTTGTTGGGTC-TTTTGGAGGGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||
seq2  ATATCTGCATCTGACTCTTTCAGCTGCT--GTGGGTCTTTTTGGAGGGCA  996

seq1  GTCATGATAGATCCCTTTTTTGTGAGT  1026
      |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCATGATAGATTCCTTTTTTGTGAGT  1023


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |