BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221P21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,606,293 - 10,721,285
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382567, Nt5c1b, Rdh14
Downstream geneLOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221P21.bB6Ng01-221P21.g
ACCGA037135GA037136
length1,1711,075
definitionB6Ng01-221P21.b B6Ng01-221P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,606,293 - 10,607,448)(10,720,209 - 10,721,285)
sequence
gaattctgtgttgcttttgttaaaatggcagacagacaatttgccctgaa
ctagagagactagtcatggtgttgttaactccacaccacctctccagttt
ggatgctgagtgcaagatgttagtgaacagaggtcctgacctttaacctt
tgctagcctatggaagtggaaagtgctcctagtgtttgctgttgccccat
ctgcatccttcctatgtatggagatattggtgccttcagaaatctttatt
ctgctttcaacacttattgcaactttgatcttaccttcagatggttctca
atacgtaaacagacaaacaaacaaaaagcatgcaaaatatacttctttga
gatcggtatatgataagggatctttcctagtttctaaaattaagatttgc
tacttcatgccaataaagaccctcttggtaatgtctgattactttgtcac
gtaaaaggcaaatctttgctaaataaatagataaataaataaaggcaaag
tccttgtgttgttcctccgctactatgaatgcagaagattccagtgtcag
aggtctcctggtcctcctcagttacatgctgggttgctgtgagtaacttg
gcattttctgtaattaagtcactgtgattatccgttcgcagccctttcaa
ggttaccactactgtaacactggtatttccaaagaggctgtaatgtagga
aggaaatggtctttaaacagactcgagagatctttaattgagatccatag
tgcacattaaaatgcaaatgtttgtgctgttccattgcaagaaagtacac
tactgtgtattgcaatatttaagagcccacagtggtacccctggtaccgt
ttcacttacaagcacattccaaaggatatgtgctgcgttgcccctagcac
agaaaacattttctatttaagcatggagtataaaatgaaatgatagctct
cttggttaatggtgggtcaattgcaaatacttccttttaaaacattttta
taaaatttagttatcgagattacaaaaggcttgtgcacatcatcaacctg
atgagtctaagatggagcacaataatttggaaatcatcacagtatacctt
aagcctgttaacatattcatcccctctataattttttcctctcaccctac
tgagaagtacaattctttaaa

gaattcactcccatttatagattagtcaggtaaaatagtgtgagaataaa
gctttaggatttggcttcttagccgtggaggagaagtgcaaaacaccaaa
gcctttgtaaatcgtattaaaattcactagacagccccctgaggagtgac
accctgggtcatcaccccagatttgctgtatttattgctataccaaatta
ttgttagtaaatcgattaggctgacacaccagcggggaagcctatgggga
agcatcaccttttcaaattactgtggaccaccagagagttaagaagaatt
accttaatacttaaaaataagtaaaaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaca
aaaatgtcgacacctgtcttttcaaaatcatggcatatcaagaccattta
gtactccaaggctttaagtttttaagttgcctagaatttggttctgcact
gtcctaatgccatgatgctttactgtggtcccttaagttgtggcgaccct
caaccataaaattactttgttgatccttcataactacaattttacaaata
caatttgtagtgcaaatacctgatctgcatcccccaatggggttgtaacc
cacaggttgaaaaccactgctctagaaggtattcacagaagaagttatac
attaaattgtggaattttgtcctgtagagatcaaatgtttctgctcatcc
aaaaagataaaagcacacgctgaagtctcattgctctgtgagcatgagtc
atgtatctagctcgacaaccttcatcctgatgttggcttttatcatccac
gcgcatccatattcatctgtaagtatttttgaatcctctcatgagccaga
tttatctgggccagatcctttactagctaagtgacatgtttttatcctga
aatattgtgaagttgtatttctaactctgaattatattttgacacctctt
atcttcatctagcctttggtattatgctaagctaaaaaaaatcagtgatt
tttctcttaatttattattttctctttttttctgaatggtgacagatttt
gaactatagttgacaatgcaatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10606293_10607448
seq2: B6Ng01-221P21.b_48_1218

seq1  GAATTCTGTGTTGCTTTTGTTAAAATGGCAGACAGACAATTTGCCCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTTGCTTTTGTTAAAATGGCAGACAGACAATTTGCCCTGAA  50

seq1  CTAGAGAGACTAGTCATGGTGTTGTTAACTCCACACCACCTCTCCAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAGACTAGTCATGGTGTTGTTAACTCCACACCACCTCTCCAGTTT  100

seq1  GGATGCTGAGTGCAAGATGTTAGTGAACAGAGGTCCTGACCTTTAACCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGAGTGCAAGATGTTAGTGAACAGAGGTCCTGACCTTTAACCTT  150

seq1  TGCTAGCCTATGGAAGTGGAAAGTGCTCCTAGTGTTTGCTGTTGCCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCCTATGGAAGTGGAAAGTGCTCCTAGTGTTTGCTGTTGCCCCAT  200

seq1  CTGCATCCTTCCTATGTATGGAGATATTGGTGCCTTCAGAAATCTTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCCTTCCTATGTATGGAGATATTGGTGCCTTCAGAAATCTTTATT  250

seq1  CTGCTTTCAACACTTATTGCAACTTTGATCTTACCTTCAGATGGTTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCAACACTTATTGCAACTTTGATCTTACCTTCAGATGGTTCTCA  300

seq1  ATACGTAAACAGACAAACAAACAAAAAGCATGCAAAATATACTTCTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTAAACAGACAAACAAACAAAAAGCATGCAAAATATACTTCTTTGA  350

seq1  GATCGGTATATGATAAGGGATCTTTCCTAGTTTCTAAAATTAAGATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGGTATATGATAAGGGATCTTTCCTAGTTTCTAAAATTAAGATTTGC  400

seq1  TACTTCATGCCAATAAAGACCCTCTTGGTAATGTCTGATTACTTTGTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATGCCAATAAAGACCCTCTTGGTAATGTCTGATTACTTTGTCAC  450

seq1  GTAAAAGGCAAATCTTTGCTAAATAAATAGATAAATAAATAAAGGCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGGCAAATCTTTGCTAAATAAATAGATAAATAAATAAAGGCAAAG  500

seq1  TCCTTGTGTTGTTCCTCCGCTACTATGAATGCAGAAGATTCCAGTGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTGTTGTTCCTCCGCTACTATGAATGCAGAAGATTCCAGTGTCAG  550

seq1  AGGTCTCCTGGTCCTCCTCAGTTACATGCTGGGTTGCTGTGAGTAACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCCTGGTCCTCCTCAGTTACATGCTGGGTTGCTGTGAGTAACTTG  600

seq1  GCATTTTCTGTAATTAAGTCACTGTGATTATCCGTTCGCAGCCCTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTGTAATTAAGTCACTGTGATTATCCGTTCGCAGCCCTTTCAA  650

seq1  GGTTACCACTACTGTAACACTGGTATTTCCAAAGAGGCTGTAATGTAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACCACTACTGTAACACTGGTATTTCCAAAGAGGCTGTAATGTAGGA  700

seq1  AGGAAATGGTCTTTAAACAGACTCGAGAGATCTTTAATTGAGATCCATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGGTCTTTAAACAGACTCGAGAGATCTTTAATTGAGATCCATAG  750

seq1  TGCACATTAAAATGCAAATGTTTGTGCTGTT-CATTGCAAGAAAGTACAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCACATTAAAATGCAAATGTTTGTGCTGTTCCATTGCAAGAAAGTACAC  800

seq1  TACTGTGTATTGCAATATTTAAGAGCCCACAGTGGTACCCCTGGTACCG-  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACTGTGTATTGCAATATTTAAGAGCCCACAGTGGTACCCCTGGTACCGT  850

seq1  TTCACTTACAAGCACATTCCAAAGGATATGTGCTGCGTTGCCCCTAGCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTACAAGCACATTCCAAAGGATATGTGCTGCGTTGCCCCTAGCAC  900

seq1  AGAAAACA-TTTCTA-TTAAGCATGGAGTATAAAATGAAATGATAGCTCT  946
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACATTTTCTATTTAAGCATGGAGTATAAAATGAAATGATAGCTCT  950

seq1  CTGGTTTAATG--TGGTCAATTGCAAATACTTCCTTTTAAAAACATTTTA  994
      || | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CTTGGTTAATGGTGGGTCAATTGCAAATACTTCCTTTTAAAACATTTTTA  1000

seq1  TAAAA-TTAG-TATCGAGA-TACAAAAGGC-TGTGCACAATCATCAACCT  1040
      ||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TAAAATTTAGTTATCGAGATTACAAAAGGCTTGTGCAC-ATCATCAACCT  1049

seq1  GATGAGTCTAAAGAT-GAGCACAAATATTT-GAAACCATCACAGTA-ACC  1087
      ||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||| |||
seq2  GATGAGTCT-AAGATGGAGCACAATAATTTGGAAATCATCACAGTATACC  1098

seq1  -TAAG-CTGTAAACATATTCATCCCCTCTATAATTTTT--CTCTCACCCT  1133
       |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TTAAGCCTGTTAACATATTCATCCCCTCTATAATTTTTTCCTCTCACCCT  1148

seq1  ACTTAGGAAGTAC-ATTCTTTAAA  1156
      ||| | ||||||| ||||||||||
seq2  ACTGA-GAAGTACAATTCTTTAAA  1171


seq1: chr12_10720209_10721285
seq2: B6Ng01-221P21.g_66_1140 (reverse)

seq1  AAGA-TGCATTGTCAACCTATAGTTTCAAAAATCTGTCAC--ATCAGAAA  47
      |||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||   |||||||
seq2  AAGATTGCATTGTCAA-CTATAGTT--CAAAATCTGTCACCATTCAGAAA  47

seq1  AAGAGAAAAATAAATAAATTAAGAGAAAAATCACTTGATTTTTTTTTTAG  97
      || ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||
seq2  AAAAGAGAAAATAATAAATTAAGAGAAAAATCAC-TGA--TTTTTTTTAG  94

seq1  CTTAGCATAATACCAAA-GCTAGATGAAGATAAGA-GTGTCAAAATATAA  145
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTTAGCATAATACCAAAGGCTAGATGAAGATAAGAGGTGTCAAAATATAA  144

seq1  TTTCAGAGTTAGAAATACAACTTTCACAATATTTCAGGATAAAAACATGT  195
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCAGAGTTAGAAATACAAC-TTCACAATATTTCAGGATAAAAACATGT  192

seq1  CACTTAGCTAGTAAAGGATCTGG-CCAGATAAATCTGGCTCATGAGAGGA  244
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCTAGTAAAGGATCTGGCCCAGATAAATCTGGCTCATGAGAGGA  242

seq1  TTCAAAAATACTTACAGATGAATATGGATGCGCGTGGATGATAAAAGCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAATACTTACAGATGAATATGGATGCGCGTGGATGATAAAAGCCA  292

seq1  ACATCAGGATGAAGGTTGTCGAGCTAGATACATGACTCATGCTCACAGAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGATGAAGGTTGTCGAGCTAGATACATGACTCATGCTCACAGAG  342

seq1  CAATGAGACTTCAGCGTGTGCTTTTATCTTTTTGGATGAGCAGAAACATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGACTTCAGCGTGTGCTTTTATCTTTTTGGATGAGCAGAAACATT  392

seq1  TGATCTCTACAGGACAAAATTCCACAATTTAATGTATAACTTCTTCTGTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCTACAGGACAAAATTCCACAATTTAATGTATAACTTCTTCTGTG  442

seq1  AATACCTTCTAGAGCAGTGGTTTTCAACCTGTGGGTTACAACCCCATTGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTTCTAGAGCAGTGGTTTTCAACCTGTGGGTTACAACCCCATTGG  492

seq1  GGGATGCAGATCAGGTATTTGCACTACAAATTGTATTTGTAAAATTGTAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCAGATCAGGTATTTGCACTACAAATTGTATTTGTAAAATTGTAG  542

seq1  TTATGAAGGATCAACAAAGTAATTTTATGGTTGAGGGTCGCCACAACTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGGATCAACAAAGTAATTTTATGGTTGAGGGTCGCCACAACTTA  592

seq1  AGGGACCACAGTAAAGCATCATGGCATTAGGACAGTGCAGAACCAAATTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCACAGTAAAGCATCATGGCATTAGGACAGTGCAGAACCAAATTC  642

seq1  TAGGCAACTTAAAAACTTAAAGCCTTGGAGTACTAAATGGTCTTGATATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAACTTAAAAACTTAAAGCCTTGGAGTACTAAATGGTCTTGATATG  692

seq1  CCATGATTTTGAAAAGACAGGTGTCGACATTTTTGTTTTTGTTTTTGTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATTTTGAAAAGACAGGTGTCGACATTTTTGTTTTTGTTTTTGTTT  742

seq1  TTGTTTTTTTTACTTATTTTTAAGTATTAAGGTAATTCTTCTTAACTCTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTTTACTTATTTTTAAGTATTAAGGTAATTCTTCTTAACTCTC  792

seq1  TGGTGGTCCACAGTAATTTGAAAAGGTGATGCTTCCCCATAGGCTTCCCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCCACAGTAATTTGAAAAGGTGATGCTTCCCCATAGGCTTCCCC  842

seq1  GCTGGTGTGTCAGCCTAATCGATTTACTAACAATAATTTGGTATAGCAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGTGTCAGCCTAATCGATTTACTAACAATAATTTGGTATAGCAAT  892

seq1  AAATACAGCAAATCTGGGGTGATGACCCAGGGTGTCACTCCTCAGGGGGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGCAAATCTGGGGTGATGACCCAGGGTGTCACTCCTCAGGGGGC  942

seq1  TGTCTAGTGAATTTTAATACGATTTACAAAGGCTTTGGTGTTTTGCACTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTGAATTTTAATACGATTTACAAAGGCTTTGGTGTTTTGCACTT  992

seq1  CTCCTCCACGGCTAAGAAGCCAAATCCTAAAGCTTTATTCTCACACTATT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCACGGCTAAGAAGCCAAATCCTAAAGCTTTATTCTCACACTATT  1042

seq1  TTACCTGACTAATCTATAAATGGGAGTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGACTAATCTATAAATGGGAGTGAATTC  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |