BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226F13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 81,730,694 - 81,849,379
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErh, Slc39a9, 3830431G21Rik
Upstream geneRad51l1, LOC100041968, LOC435309, LOC100041674, LOC666754, Zfp36l1, Actn1, Wdr22, Exdl2, 2310002D06Rik, Galntl1, LOC100041715
Downstream geneGm1568, 4933426M11Rik, Sfrs5, Slc10a1, Smoc1, Slc8a3, LOC100042143, LOC100042148, EG214321, Hspe1-ps2, Adam4, 1810020G14Rik, Synj2bp, Adam21, Med6, Ttc9, LOC100041821, Map3k9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226F13.bB6Ng01-226F13.g
ACCGA040312GA040313
length1,1321,052
definitionB6Ng01-226F13.b B6Ng01-226F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,848,245 - 81,849,379)(81,730,694 - 81,731,747)
sequence
gaattcccactccagacactccatgcattgtgatgtatgggctggctgca
aggatccagaactcagattccaagtatctccaggttttctggaagacttt
gtcctactgataaaacaaatcaattaattgaaaaaaattaaagtggttag
agtactagagtaataaaaagaaactccacctctttggtctcaatattttg
aggcctgccattattccattgttttttttctgggtgccatcagtattgcc
agctatgataagctactccttcagacacaggtaagcacttgtttccacta
ttatgtgaagcctgcttccttcctgaagtgggggttcctctgaactcgtc
tgcacctcacttgaaacacgtgtggctttagccaaagaagcccttcctgc
ttcttgactaagattcacagcagaaagggatggggaatgaagcagttttc
atctccttaatgtgggtgtagcaaagccctgggttacgaagtcagactct
gttgccacaggtaaagggagagaaggaggaagtgaataaaacttctctag
caagataagggctagctatggaaggttattaaaacaagtaaaaggaaggt
tagggagaaggaagaaaggagaaaggaagaaaggggggaaaaaaagaaaa
ggagggctagagtaatggcccagaggttaaaagcactggctgctcgtcca
gcggacctggcctccatcctcagcacccatagggcagcccctaaccctct
gtaaccccagccacaggcccagtcatgggagttctgatgctctcttttgg
tctctgatgacactacatgcaggtggaacactgcatgtaggcaaagcacc
cagacacttaaaatgagagagagacgagagagagagagagagagagagag
agagaggagtatgtgaacattttgtggtagtgcagaaattccagggcatc
ctggtttacaatagcaagaatcctgcctcaaaaaaaacataaaagtgtgg
gagggacaatagctcaatcgttaaatcgcctaatggtgcagcaagcatga
ggacctgaactcagtgccccaagaagtctttgtaggaaagcaggcatggc
ggcatgtacttgcaatccagccttgggaatgg
gaattcaggtctggaactcaagcagggcaaggagcaggagctgacgcaga
ggccatggagggatgtttcttactggcttgcctcccctggcttgctcaac
ctgctctcttatagaacccaggactaccagctcagagatggccccacccc
ttgatcactaattgagaaaatgccttacaattggatctcatgaaggcatt
tcctcaactgaagctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagttg
acacaaaactagccagtacaggggccaaggcaggagagctgctcccaggg
gagagaagacccaaattccccaaatttagaaagaggtgtttcctttgtgg
agctggctactgtgccatcttatatacttctgtgtctgcagataagggat
taatacaactgctccacagacaaccttgatggtgggttttttcaattctt
tctttttttaaaattcactttatgtgagtacactgtaggctgtatagatg
gttgtgagccttcatgtggttgttgggaatttaatttttaggacctctgc
tcactctggtcaaccccgcttgctcaggtccaaagatttatttattatta
tacataagtacactgtagctgactttagacacaccagaagggggcgtcag
atctcattatgggtggttgtgagccaccatatggttgctgggatttgaac
tcaggaccttcagaagagcagtcggtgctcttaccggctgagccatctcg
ccagcccttcagctttattctggagaggatgtaatgatatactactaggc
aagactgtcgattatgtaagcaatggcccttatatggcaaattataccca
aaccgggaaaaaaattacaggtccaaagtgggaaacagctatttctctca
atagtgactctcataactggggtgcccctgcctcttgctctaggacactc
agctatgagaagtgatacttgtggaaggtgtctaggctagggttgctctt
actcaagtcatctcttgtacagagcttttgttcttttgtgctgagatact
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_81848245_81849379
seq2: B6Ng01-226F13.b_47_1178 (reverse)

seq1  CCATTCCCAGGGCTGGGATTGCAAGTACATGCCGCCATGCCTGGCTTTCC  50
      ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCATTCCCAAGGCT-GGATTGCAAGTACATGCCGCCATGCCT-GCTTTCC  48

seq1  TACAAAGACT--CTGGGGCACTGAGTTCAGGTCCTCATGCTTGCTGCA-C  97
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TACAAAGACTTCTTGGGGCACTGAGTTCAGGTCCTCATGCTTGCTGCACC  98

seq1  ATTAAGCGATTTACCGATTGAGCTA-TGTCCCT-CCACACTTTTTTTTTT  145
      |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||       |||
seq2  ATTAGGCGATTTAACGATTGAGCTATTGTCCCTCCCACAC-------TTT  141

seq1  TTTTTTTTTTTTGAGGCAGGA-TCTTGCTA-TGTAAAACAGGATGCCCTG  193
      | | ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TATGTTTTTTTTGAGGCAGGATTCTTGCTATTGTAAACCAGGATGCCCTG  191

seq1  GAATTTCTGCACTACCACAAAATGTTCACATACTCCTCTCTCTCTCTCTC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTGCACTACCACAAAATGTTCACATACTCCTCTCTCTCTCTCTC  241

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCATTTTAAGTGTCTGGGTGCTTT  293
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTC-GTCTCTCTCTCATTTTAAGTGTCTGGGTGCTTT  290

seq1  GCCTACATGCAGTGTTCCACCTGCATGTAGTGTCATCAGAGACCAAAAGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATGCAGTGTTCCACCTGCATGTAGTGTCATCAGAGACCAAAAGA  340

seq1  GAGCATCAGAACTCCCATGACTGGGCCTGTGGCTGGGGTTACAGAGGGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCAGAACTCCCATGACTGGGCCTGTGGCTGGGGTTACAGAGGGTT  390

seq1  AGGGGCTGCCCTATGGGTGCTGAGGATGGAGGCCAGGTCCGCTGGACGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGCCCTATGGGTGCTGAGGATGGAGGCCAGGTCCGCTGGACGAG  440

seq1  CAGCCAGTGCTTTTAACCTCTGGGCCATTACTCTAGCCCTCCTTTTCTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTGCTTTTAACCTCTGGGCCATTACTCTAGCCCTCCTTTTCTTT  490

seq1  TTTTCCCCCCTTTCTTCCTTTCTCCTTTCTTCCTTCTCCCTAACCTTCCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCCCTTTCTTCCTTTCTCCTTTCTTCCTTCTCCCTAACCTTCCT  540

seq1  TTTACTTGTTTTAATAACCTTCCATAGCTAGCCCTTATCTTGCTAGAGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGTTTTAATAACCTTCCATAGCTAGCCCTTATCTTGCTAGAGAA  590

seq1  GTTTTATTCACTTCCTCCTTCTCTCCCTTTACCTGTGGCAACAGAGTCTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTCACTTCCTCCTTCTCTCCCTTTACCTGTGGCAACAGAGTCTG  640

seq1  ACTTCGTAACCCAGGGCTTTGCTACACCCACATTAAGGAGATGAAAACTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGTAACCCAGGGCTTTGCTACACCCACATTAAGGAGATGAAAACTG  690

seq1  CTTCATTCCCCATCCCTTTCTGCTGTGAATCTTAGTCAAGAAGCAGGAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCCCCATCCCTTTCTGCTGTGAATCTTAGTCAAGAAGCAGGAAG  740

seq1  GGCTTCTTTGGCTAAAGCCACACGTGTTTCAAGTGAGGTGCAGACGAGTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTGGCTAAAGCCACACGTGTTTCAAGTGAGGTGCAGACGAGTT  790

seq1  CAGAGGAACCCCCACTTCAGGAAGGAAGCAGGCTTCACATAATAGTGGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAACCCCCACTTCAGGAAGGAAGCAGGCTTCACATAATAGTGGAA  840

seq1  ACAAGTGCTTACCTGTGTCTGAAGGAGTAGCTTATCATAGCTGGCAATAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGCTTACCTGTGTCTGAAGGAGTAGCTTATCATAGCTGGCAATAC  890

seq1  TGATGGCACCCAGAAAAAAAACAATGGAATAATGGCAGGCCTCAAAATAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCACCCAGAAAAAAAACAATGGAATAATGGCAGGCCTCAAAATAT  940

seq1  TGAGACCAAAGAGGTGGAGTTTCTTTTTATTACTCTAGTACTCTAACCAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCAAAGAGGTGGAGTTTCTTTTTATTACTCTAGTACTCTAACCAC  990

seq1  TTTAATTTTTTTCAATTAATTGATTTGTTTTATCAGTAGGACAAAGTCTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTTTTCAATTAATTGATTTGTTTTATCAGTAGGACAAAGTCTT  1040

seq1  CCAGAAAACCTGGAGATACTTGGAATCTGAGTTCTGGATCCTTGCAGCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAACCTGGAGATACTTGGAATCTGAGTTCTGGATCCTTGCAGCCA  1090

seq1  GCCCATACATCACAATGCATGGAGTGTCTGGAGTGGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATACATCACAATGCATGGAGTGTCTGGAGTGGGAATTC  1132

seq1: chr12_81730694_81731747
seq2: B6Ng01-226F13.g_69_1120

seq1  GAATTCAGGTCTGGAACTCAAGCAGGGCAAGGAGCAGGAGCTGACGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCTGGAACTCAAGCAGGGCAAGGAGCAGGAGCTGACGCAGA  50

seq1  GGCCATGGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCCTCCCCTGGCTTGCTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCCTCCCCTGGCTTGCTCAAC  100

seq1  CTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACCAGCTCAGAGATGGCCCCACCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACCAGCTCAGAGATGGCCCCACCCC  150

seq1  TTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAATTGGATCTCATGAAGGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAATTGGATCTCATGAAGGCATT  200

seq1  TCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTG  250

seq1  ACACAAAACTAGCCAGTACAGGGGCCAAGGCAGGAGAGCTGCTCCCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAACTAGCCAGTACAGGGGCCAAGGCAGGAGAGCTGCTCCCAGGG  300

seq1  GAGAGAAGACCCAAATTCCCCAAATTTAGAAAGAGGTGTTTCCTTTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGACCCAAATTCCCCAAATTTAGAAAGAGGTGTTTCCTTTGTGG  350

seq1  AGCTGGCTACTGTGCCATCTTATATACTTCTGTGTCTGCAGATAAGGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTACTGTGCCATCTTATATACTTCTGTGTCTGCAGATAAGGGAT  400

seq1  TAATACAACTGCTCCACAGACAACCTTGATGGTGGGTTTTTTCAATTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAACTGCTCCACAGACAACCTTGATGGTGGGTTTTTTCAATTCTT  450

seq1  TCTTTTTTTAAAATTCACTTTATGTGAGTACACTGTAGGCTGTATAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTAAAATTCACTTTATGTGAGTACACTGTAGGCTGTATAGATG  500

seq1  GTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTTAATTTTTAGGACCTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTTAATTTTTAGGACCTCTGC  550

seq1  TCACTCTGGTCAACCCCGCTTGCTCAGGTCCAAAGATTTATTTATTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGGTCAACCCCGCTTGCTCAGGTCCAAAGATTTATTTATTATTA  600

seq1  TACATAAGTACACTGTAGCTGACTTTAGACACACCAGAAGGGGGCGTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGTACACTGTAGCTGACTTTAGACACACCAGAAGGGGGCGTCAG  650

seq1  ATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATATGGTTGCTGGGATTTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATATGGTTGCTGGGATTTGAAC  700

seq1  TCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCGGTGCTCTTACCGGCTGAGCCATCTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCGGTGCTCTTACCGGCTGAGCCATCTCG  750

seq1  CCAGCCCTTCAGCTTTATTCTGGAGAGGATGTAATGATATACTACTAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTTCAGCTTTATTCTGGAGAGGATGTAATGATATACTACTAGGC  800

seq1  AAGACTGTCGATTATGTAAGCAATGGCCCTTATATGGCAAATTATACCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGTCGATTATGTAAGCAATGGCCCTTATATGGCAAATTATACCCA  850

seq1  AACCGGGAAAAAAAATTACAGGTCCAAAGTGGGAAACAGCTATTTCTCTC  900
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGGG-AAAAAAATTACAGGTCCAAAGTGGGAAACAGCTATTTCTCTC  899

seq1  AATAGTGACTCTCATAACTGGGGTGCCCCTGCCTCTTGCTCTAAGACACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  AATAGTGACTCTCATAACTGGGGTGCCCCTGCCTCTTGCTCTAGGACACT  949

seq1  CAGCTATGAGAGGTGATACTTGTGGAAGGGGTGTCTAGGCTAGGGTGGCT  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||
seq2  CAGCTATGAGAAGTGATACTTGTGGAA--GGTGTCTAGGCTAGGGTTGCT  997

seq1  CTTACTCAAGTCATCTCTTGTACAGGAGC---TGTGTCTTTGTGCTGAGG  1047
      |||||||||||||||||||||||| ||||   |||   |||||||||| |
seq2  CTTACTCAAGTCATCTCTTGTACA-GAGCTTTTGTTCTTTTGTGCTGA-G  1045

seq1  ATACTCC  1054
      |||||||
seq2  ATACTCC  1052