BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226O10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,525,269 - 27,526,416
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226O10.bB6Ng01-226O10.g
ACCGA040710GA040711
length1,160327
definitionB6Ng01-226O10.b B6Ng01-226O10.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcaggtcagatgttaatatgttagaaggagaaagtggactgccttt
aatatttagaactatgaagaccaaaattgattcaggaattttttttctaa
taaacaatttgattcttagctaatagaatattttcatgtgtaagatttag
acttgtggtcttcctgtgtaaaggacctcacctccacatacaaattaact
ccaggcaagtcagggatcggtgtgtcaaacccaaaacctgaaaatatgta
gatgaaagcaaagaataaataacattatgtgcacatatatctaattttat
gaattaaattagagtcagtttagataattatagatacatgtagtacctaa
agtatgattcacaaaaggcaaatgaggtctggagagtgctttagagcact
ggctgcttttccagaagagtgaagttctcttcccagctctcaggtcaggc
agctcacaacacaatcaccagtaattccttgacttcttcctctggatacc
atgggcatttgcataggcatgtgcaaacatgtgcacccacacatagtcct
ttaatgtaaaatctaagtaaacccttataaaaatcaagaatgtctactct
ttaaaagaaaccactgaaaactgactaggtggctagagagatggctcagc
tgttaagagcacttgttgctcttccagttctgtttcaagcacccatatca
ggtagttcacaagtatctaaaactctggctccagagacacttcaataaca
tcctcaacagagtaacatgtcatgtataataccatgtctccactcctcca
gtaccattatgcttgtgtgttaatgtgaaatggctcaccaggccagtgag
aacttcccacacagagacaagtcacattctcctctgcttttctctgttct
tgagcagtgagctctgctttactattcataaaggtcaagtcttgggtcta
ccatctccaccaggcataccatgacacatgcattccacctttccacagag
cacatgtacccatgaccagacacataacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacccttacataagtaaaagtataaaaatgttcttaagc
cactgtaacaaagggagaacaggaaaggtgtcaccaatagaattacttta
aaataaaaac

ttctcttgatgaagcgtccgtttccatttatttttattacttttgattga
aagtctattttatcagttggtagaaaggctctaccagcttgtttcttcag
cccatttgcttggaaagccttttttcctgtcttctaccctgaggtaatgc
ctatctttgttgctgaagtgtgttacttgtttgtggatgaacaatagatc
cagttcaaacatccattctgttagcctgtgtctttttattggggaattag
tcaatttatattgagagatattaatgaacaatgattgttaatttcttata
gtttggtggtgatggtagtggtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27525269_27526416
seq2: B6Ng01-226O10.b_47_1206 (reverse)

seq1  GTTTTTATTTT-AAGTA--TCTATTGTTGACAC--TTCCTG-TCT-CCTT  43
      ||||||||||| |||||  ||||||| ||||||  |||||| ||| ||||
seq2  GTTTTTATTTTAAAGTAATTCTATTGGTGACACCTTTCCTGTTCTCCCTT  50

seq1  TG-TACAGT-GCTTAAGAACATTTTATTACTTTTACTTATGT-AGTGTGT  90
      || |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||
seq2  TGTTACAGTGGCTTAAGAACATTTTTATACTTTTACTTATGTAAGGGTGT  100

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATGTGTCTGGTCAT  140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TTATGTGTCTGGTCAT  149

seq1  GGGTACATGTGCTCTTGTGG-AAGGTGGAATGCATGTGTCATGGTATGCC  189
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACATGTGCTC-TGTGGAAAGGTGGAATGCATGTGTCATGGTATGCC  198

seq1  T-GTGGAGATGGTAGA-CCAAGACTTGACC-TTATGAATAGTAAAGCAGA  236
      | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGATGGTAGACCCAAGACTTGACCTTTATGAATAGTAAAGCAGA  248

seq1  GCTCACTGCTCAAGAACAGAGAAAAGCAGAGGAGAATGTGACTTGTCTCT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTGCTCAAGAACAGAGAAAAGCAGAGGAGAATGTGACTTGTCTCT  298

seq1  GTGTGGGAAGTTCTCACTGGCCTGGTGAGCCATTTCACATTAACACACAA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGAAGTTCTCACTGGCCTGGTGAGCCATTTCACATTAACACACAA  348

seq1  GCATAATGGTACTGGAGGAGTGGAGACATGGTATTATACATGACATGTTA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATGGTACTGGAGGAGTGGAGACATGGTATTATACATGACATGTTA  398

seq1  CTCTGTTGAGGATGTTATTGAAGTGTCTCTGGAGCCAGAGTTTTAGATAC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGAGGATGTTATTGAAGTGTCTCTGGAGCCAGAGTTTTAGATAC  448

seq1  TTGTGAACTACCTGATATGGGTGCTTGAAACAGAACTGGAAGAGCAACAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACTACCTGATATGGGTGCTTGAAACAGAACTGGAAGAGCAACAA  498

seq1  GTGCTCTTAACAGCTGAGCCATCTCTCTAGCCACCTAGTCAGTTTTCAGT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTAACAGCTGAGCCATCTCTCTAGCCACCTAGTCAGTTTTCAGT  548

seq1  GGTTTCTTTTAAAGAGTAGACATTCTTGATTTTTATAAGGGTTTACTTAG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTTTTAAAGAGTAGACATTCTTGATTTTTATAAGGGTTTACTTAG  598

seq1  ATTTTACATTAAAGGACTATGTGTGGGTGCACATGTTTGCACATGCCTAT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACATTAAAGGACTATGTGTGGGTGCACATGTTTGCACATGCCTAT  648

seq1  GCAAATGCCCATGGTATCCAGAGGAAGAAGTCAAGGAATTACTGGTGATT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCCCATGGTATCCAGAGGAAGAAGTCAAGGAATTACTGGTGATT  698

seq1  GTGTTGTGAGCTGCCTGACCTGAGAGCTGGGAAGAGAACTTCACTCTTCT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTGAGCTGCCTGACCTGAGAGCTGGGAAGAGAACTTCACTCTTCT  748

seq1  GGAAAAGCAGCCAGTGCTCTAAAGCACTCTCCAGACCTCATTTGCCTTTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGCAGCCAGTGCTCTAAAGCACTCTCCAGACCTCATTTGCCTTTT  798

seq1  GTGAATCATACTTTAGGTACTACATGTATCTATAATTATCTAAACTGACT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCATACTTTAGGTACTACATGTATCTATAATTATCTAAACTGACT  848

seq1  CTAATTTAATTCATAAAATTAGATATATGTGCACATAATGTTATTTATTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAATTCATAAAATTAGATATATGTGCACATAATGTTATTTATTC  898

seq1  TTTGCTTTCATCTACATATTTTCAGGTTTTGGGTTTGACACACCGATCCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTCATCTACATATTTTCAGGTTTTGGGTTTGACACACCGATCCC  948

seq1  TGACTTGCCTGGAGTTAATTTGTATGTGGAGGTGAGGTCCTTTACACAGG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGCCTGGAGTTAATTTGTATGTGGAGGTGAGGTCCTTTACACAGG  998

seq1  AAGACCACAAGTCTAAATCTTACACATGAAAATATTCTATTAGCTAAGAA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCACAAGTCTAAATCTTACACATGAAAATATTCTATTAGCTAAGAA  1048

seq1  TCAAATTGTTTATTAGAAAAAAAATTCCTGAATCAATTTTGGTCTTCATA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTGTTTATTAGAAAAAAAATTCCTGAATCAATTTTGGTCTTCATA  1098

seq1  GTTCTAAATATTAAAGGCAGTCCACTTTCTCCTTCTAACATATTAACATC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAATATTAAAGGCAGTCCACTTTCTCCTTCTAACATATTAACATC  1148

seq1  TGACCTGAATTC  1148
      ||||||||||||
seq2  TGACCTGAATTC  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |