BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228J11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 18,799,267 - 18,913,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042641, LOC668568
Upstream geneEG668525, LOC673341, EG245297, LOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553, LOC668558
Downstream geneLOC668570, EG668413, LOC671401, EG546524, EG668584, EG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228J11.bB6Ng01-228J11.g
ACCGA041966GA041967
length775801
definitionB6Ng01-228J11.b B6Ng01-228J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,799,267 - 18,800,038)(18,912,204 - 18,913,003)
sequence
gaattccctagggactctttatggctaagctgcattccacagcaccagtg
catggcagctgaattaccaagtcactattgaaagatatctggacagcgct
taaggacattacacacaatcattgtgaatacttacaaaaaggtgtatctg
tgaacatgagtttccatgtctctgggataactacctgggagcacgatggt
tggactcacagcaattgtatgctcagctcaattgcttgttttaaaatttt
attcatttacttctttcatatgtggagtgtgtgaatgtggaggtcagaag
acaaattgaaggagtcagttttgctacattgatcctgggttttagcctta
ggttatcaagcaccattacccacttagccatcttaccagcttgtgtgctg
ttggacattgggctatacaaagacagtctggtctccagtcaagctgaggt
gtaaccccggaacccagtggtgataattcacctacatggaacggaagttc
tctcatgtctcctggaactctggctcctttcaaacttaccgcccccacag
cccccacaagagaagcatggctttagtcacataggcaatgccccaagctt
ctgaccttcaggttaaactcctccccagttacctagcaacagtaaagata
acagcataccataagagttgctattaggcccctctccattctcttgctct
cttgctctttatccccttatacttactctcccactctcctctcctctcat
cttttttctctcctcgcccctctcc
gaattcagtggacaacttgtggaagctggttctcttttcctaccatgtgg
gtcttagggatagaacccaggctgccaggcttggaagcaagtacctttac
ccacagagtcagcccactggaccaaatacagagatggtttagagcatgga
gcaggaaggatacagtgtgcacataagcatcgctcctgtgaagaactgac
tgctgactcatcctttactgtgtcgttctgatttctataggaagccctat
agacagctaatgtgtgtgtatgttatacatgtgtgtgcagatgaacactc
atctgtgcagaggccaaacaggaataccggtgttcacaatattccctttt
ctctctcactgaacccggccggggcttaccattttagctagggtgcctgc
tcagcaagcttctgggactcacttgtcccctagttctagggtttcgggca
tgctcagccactcctgacttttccgtgggtgttgggatcagaactcatgt
cctcatgctgggcatcaagcgttcttcaacactgagccattttaccagtt
cttgctttgacaattcttaatcacctatctgagcctcagatctcattaga
gcttaaaaaaaagacgcattttatagaattgtgtgaataaaccttatgga
tgagctcagctggggcctgatgtccagcaagcaatcaatagatgcttggc
ttttatcgttactctctgcaaagacatgcagtcctttagtacaccaggta
gcaagtgggcagaggaatgacctggtgtatggggtttggggatgggggtt
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_18799267_18800038
seq2: B6Ng01-228J11.b_43_817

seq1  GAATTCCCTAGGGACTCTTTATGGCTAAGCTGCATTCCACAGCACCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAGGGACTCTTTATGGCTAAGCTGCATTCCACAGCACCAGTG  50

seq1  CATGGCAGCTGAATTACCAAGTCACTATTGAAAGATATCTGGACAGCGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCTGAATTACCAAGTCACTATTGAAAGATATCTGGACAGCGCT  100

seq1  TAAGGACATTACACACAATCATTGTGAATACTTACAAAAAGGTGTATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACATTACACACAATCATTGTGAATACTTACAAAAAGGTGTATCTG  150

seq1  TGAACATGAGTTTCCATGTCTCTGGGATAACTACCTGGGAGCACGATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATGAGTTTCCATGTCTCTGGGATAACTACCTGGGAGCACGATGGT  200

seq1  TGGACTCACAGCAATTGTATGCTCAGCTCAATTGCTTGTTTTAAAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCACAGCAATTGTATGCTCAGCTCAATTGCTTGTTTTAAAATTTT  250

seq1  ATTCATTTACTTCTTTCATATGTGGAGTGTGTGAATGTGGAGGTCAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTACTTCTTTCATATGTGGAGTGTGTGAATGTGGAGGTCAGAAG  300

seq1  ACAAATTGAAGGAGTCAGTTTTGCTACATTGATCCTGGGTTTTAGCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGAAGGAGTCAGTTTTGCTACATTGATCCTGGGTTTTAGCCTTA  350

seq1  GGTTATCAAGCACCATTACCCACTTAGCCATCTTACCAGCTTGTGTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCAAGCACCATTACCCACTTAGCCATCTTACCAGCTTGTGTGCTG  400

seq1  TTGGACATTGGGCTATACAAAGACAGTCTGGTCTCCAGTCAAGCTGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACATTGGGCTATACAAAGACAGTCTGGTCTCCAGTCAAGCTGAGGT  450

seq1  GTAACCCCGGAACCCAGTGGTGATAATTCACCTACATGGAACGGAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCCCGGAACCCAGTGGTGATAATTCACCTACATGGAACGGAAGTTC  500

seq1  TCTCATGTCTCCTGGAACTCTGGCTCCTTTCAAACTTACCGCCCCCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTCTCCTGGAACTCTGGCTCCTTTCAAACTTACCGCCCCCACAG  550

seq1  CCCCCACAAGAGAATCATGGCTTTAGTCACATAGGCAATGCCCCAAGCTT  600
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACAAGAGAAGCATGGCTTTAGTCACATAGGCAATGCCCCAAGCTT  600

seq1  CTGACCTTCAGGTTAAACTCCTCCCCAGTTACCTAGCAACAGTAAAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTCAGGTTAAACTCCTCCCCAGTTACCTAGCAACAGTAAAGATA  650

seq1  ACAGCATACCATAAGAGTTGCTATTAGGCCCCTCTCCATTCTCTTGCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATACCATAAGAGTTGCTATTAGGCCCCTCTCCATTCTCTTGCTCT  700

seq1  CTTGCTC-TTATCCCCTTATACTTACTCT-CCACTCTCCTCTCCTCTCAT  748
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCTTTATCCCCTTATACTTACTCTCCCACTCTCCTCTCCTCTCAT  750

seq1  C-TTTTTCTCTCCTCGCCCCTCTCC  772
      | |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCTCTCCTCGCCCCTCTCC  775

seq1: chr12_18912204_18913003
seq2: B6Ng01-228J11.g_69_869 (reverse)

seq1  GGACCCCCATCCCC-AACCCCATACACCAGGTCATTCCTCTGCCCACTTG  49
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCCATCCCCAAACCCCATACACCAGGTCATTCCTCTGCCCACTTG  50

seq1  CTACCTGGTGTACTAAAGGACTGCATGTCTTTGCAGAGAGTAACGATAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGGTGTACTAAAGGACTGCATGTCTTTGCAGAGAGTAACGATAAA  100

seq1  AGCCAAGCATCTATTGATTGCTTGCTGGACATCAGGCCCCAGCTGAGCTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGCATCTATTGATTGCTTGCTGGACATCAGGCCCCAGCTGAGCTC  150

seq1  ATCCATAAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAATGCGTCTTTTTTTTAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAATGCGTCTTTTTTTTAAG  200

seq1  CTCTAATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTAAGAATTGTCAAAGCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTAAGAATTGTCAAAGCAA  250

seq1  GAACTGGTAAAATGGCTCAGTGTTGAAGAACGCTTGATGCCCAGCATGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTAAAATGGCTCAGTGTTGAAGAACGCTTGATGCCCAGCATGAG  300

seq1  GACATGAGTTCTGATCCCAACACCCACGGAAAAGTCAGGAGTGGCTGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGTTCTGATCCCAACACCCACGGAAAAGTCAGGAGTGGCTGAGC  350

seq1  ATGCCCGAAACCCTAGAACTAGGGGACAAGTGAGTCCCAGAAGCTTGCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCGAAACCCTAGAACTAGGGGACAAGTGAGTCCCAGAAGCTTGCTG  400

seq1  AGCAGGCACCCTAGCTAAAATGGTAAGCCCCGGCCGGGTTCAGTGAGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCACCCTAGCTAAAATGGTAAGCCCCGGCCGGGTTCAGTGAGAGA  450

seq1  GAAAAGGGAATATTGTGAACACCGGTATTCCTGTTTGGCCTCTGCACAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGGAATATTGTGAACACCGGTATTCCTGTTTGGCCTCTGCACAGA  500

seq1  TGAGTGTTCATCTGCACACACATGTATAACATACACACACATTAGCTGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTTCATCTGCACACACATGTATAACATACACACACATTAGCTGTC  550

seq1  TATAGGGCTTCCTATAGAAATCAGAACGACACAGTAAAGGATGAGTCAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGCTTCCTATAGAAATCAGAACGACACAGTAAAGGATGAGTCAGC  600

seq1  AGTCAGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACACTGTATCCTTCCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACACTGTATCCTTCCTG  650

seq1  CTCCATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGGGCTGACTCTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGGGCTGACTCTGTG  700

seq1  GGTAAAGGTACTTGCTTCCAAGCCTGGCAGCCTGGGTTCTATCCCTAAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGGTACTTGCTTCCAAGCCTGGCAGCCTGGGTTCTATCCCTAAGA  750

seq1  CCCACATGGTAGGAAAAGAGAACCAGCTTCCACAAGTTGTCCACTGAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATGGTAGGAAAAGAGAACCAGCTTCCACAAGTTGTCCACTGAATT  800

seq1  C  800
      |
seq2  C  801