BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230E11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 8,846,421 - 9,020,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLaptm4a, Matn3, Wdr35
Upstream geneEG668388, Apob, 1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2, F730043H23, Sdc1
Downstream geneTtc32, LOC633030, LOC100042238, Osr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230E11.bB6Ng01-230E11.g
ACCGA043183GA043184
length1,0931,057
definitionB6Ng01-230E11.b B6Ng01-230E11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,846,421 - 8,847,520)(9,019,735 - 9,020,783)
sequence
gaattcaaccttcttttcgggtattctctttaccagttagcactaaaaca
ggaaggacagtgctgttggaacctaaaagatgaccaccaggccttgcgtt
ctgatttctgcctgctctgtactccagtgagctttgcccatttatagaaa
ctctgtgggatttggaagcccaggcaattccggccgtcccatggccatcg
gcatgcccatgatcaaggcaggcccattgggtacagatggcagagcttgc
cagcaaataggaagtgacagggtggtctgtggggaattcatttgccaatt
agtgacttgtctcagcccagtctctggtctccacatgtccacggtttata
tcttaccccgtgcagctgaggtttgcatgcagatctgccaggcaaccctg
gaaaagccagccatgaacaccaaatgaacctcagccccagaagttttcca
tatccttctagacgttcacagactaagtcctctccatatgcttcaggaaa
tgtaccaggaagaaatcaaattaactccaccattgtcccctcacttaagg
gggcatgtgtctcccatctaaatggctacgaggcagtgagcagcctttca
agtaagccttatatcctcattgatttttattataaaattgggatttcttt
ttttctggaggccaaaaagccaaaacaaaacaactctggccatctaaata
caacttttaaacatcctacttgaggtctagaagacctaagcatatcatgt
atggaaaatgtaaacacagaagaaactcaataagatatacatattaataa
cacaagcccataaaacagtgattctcaacttgtggattatgacccattta
ggggttgagtggctctttcacagggtgacctaagaccatcagaaatacag
attatgattcataacaatggcaaatcacaaagtagcatgaaaataattgt
atgttgaggatcacacaaagtgaggaactattattaaagggtcacagcat
cagaagttgagaatcactgctgatagagaagaacaagacattgactactg
tcttcagtcagtcttgtaacattgtgaggtctggagcagagag
gaattccttatttgaatcctttattttcagattgtttgattaaaatgaaa
gctaatatagaagggtgttttggacaacggtgctaacctgaatacttgat
ttctgtcccttcatcccagccttcttcacacttctcaatgagagctgaga
ggacagactctatggtgctcaggcaatgttaatgattaaaattgctgccc
aggagaatttccactagttcttaaaactttgttttcaagttttctatatt
gatttaattctatacagcaaccacactttttaaaaaataaagtcattatt
catttttcaaatggacataaatacaatggctaaaaattactaatagagca
cacttgtgctagacgaagaggattccagaagctgactctgtcaaagcatg
cacatgagtcactttagatagtctccctacttctgactatgtttataaaa
gggcactggagggggctggagagatggctcagtggttaagagcactgatt
gctcttccagaggtcctgagtttagttcccagcaaccacatggtggctca
cagccatctgtaatgggatccgatgccctcttctggtgtgtctaaagaca
gttacagtgtactcatatacataaaataaaggaatcttttaaaacaaaac
aaacaaacaaacaaacaaaattaaataagtaaataaatggggcattggaa
aaaaaacgcaccttctaaagagctcccaacacctaagacttgaaccaaac
aaagacaactgataaaaagatgcttttctttgcatatgcaaggataatgg
ggggagggctactctctgatgtccctgtgtgtgagtgaaaggcaagaaac
aagctcactatatcacagaccatgtacctttaatcacgggaaagatctct
cttctttactttgcaaaagaaaggatactttgctattcatacagaagaac
ccaccagtcaacttttgctggacgctttaagcttcacccttctccccact
tctgcccaacagcaaattgattaaaaagcccaaggtgtccccttctttat
gggcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_8846421_8847520
seq2: B6Ng01-230E11.b_45_1137

seq1  GAATTCAACCTTCTTTTCGGGTATTCTCTTTACCAGTTAGCACTAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTTCTTTTCGGGTATTCTCTTTACCAGTTAGCACTAAAACA  50

seq1  GGAAGGACAGTGCTGTTGGAACCTAAAAGATGACCACCAGGCCTTGCGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGACAGTGCTGTTGGAACCTAAAAGATGACCACCAGGCCTTGCGTT  100

seq1  CTGATTTCTGCCTGCTCTGTACTCCAGTGAGCTTTGCCCATTTATAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTCTGCCTGCTCTGTACTCCAGTGAGCTTTGCCCATTTATAGAAA  150

seq1  CTCTGTGGGATTTGGAAGCCCAGGCAATTCCGGCCGTCCCATGGCCATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGGATTTGGAAGCCCAGGCAATTCCGGCCGTCCCATGGCCATCG  200

seq1  GCATGCCCATGATCAAGGCAGGCCCATTGGGTACAGATGGCAGAGCTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCCATGATCAAGGCAGGCCCATTGGGTACAGATGGCAGAGCTTGC  250

seq1  CAGCAAATAGGAAGTGACAGGGTGGTCTGTGGGGAATTCATTTGCCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAATAGGAAGTGACAGGGTGGTCTGTGGGGAATTCATTTGCCAATT  300

seq1  AGTGACTTGTCTCAGCCCAGTCTCTGGTCTCCACATGTCCACGGTTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTGTCTCAGCCCAGTCTCTGGTCTCCACATGTCCACGGTTTATA  350

seq1  TCTTACCCCGTGCAGCTGAGGTTTGCATGCAGATCTGCCAGGCAACCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCCCGTGCAGCTGAGGTTTGCATGCAGATCTGCCAGGCAACCCTG  400

seq1  GAAAAGCCAGCCATGAACACCAAATGAACCTCAGCCCCAGAAGTTTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCCAGCCATGAACACCAAATGAACCTCAGCCCCAGAAGTTTTCCA  450

seq1  TATCCTTCTAGACGTTCACAGACTAAGTCCTCTCCATATGCTTCAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCTAGACGTTCACAGACTAAGTCCTCTCCATATGCTTCAGGAAA  500

seq1  TGTACCAGGAAGAAATCAAATTAACTCCACCATTGTCCCCTCACTTAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAGGAAGAAATCAAATTAACTCCACCATTGTCCCCTCACTTAAGG  550

seq1  GGGCATGTGTCTCCCATCTAAATGGCTACGAGGCAGTGAGCAGCCTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGTGTCTCCCATCTAAATGGCTACGAGGCAGTGAGCAGCCTTTCA  600

seq1  AGTAAGCCTTATATCCTCATTGATTTTTATTATAAAATTGGGATTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCCTTATATCCTCATTGATTTTTATTATAAAATTGGGATTTCTTT  650

seq1  TTTTCTGGAGGCCAAAAAGCCAAAACAAAACAACTCTGGCCATCTAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGAGGCCAAAAAGCCAAAACAAAACAACTCTGGCCATCTAAATA  700

seq1  CAACTTTTAAACATCCTACTTGAGGTCTAGAAGACCTAAGCATATCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTAAACATCCTACTTGAGGTCTAGAAGACCTAAGCATATCATGT  750

seq1  ATGGAAAATGTAAACACAGAAGAAACTCAATAAGATATACATATTAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAATGTAAACACAGAAGAAACTCAATAAGATATACATATTAATAA  800

seq1  CACAAGCCCATAAAACAGTGATTCTCAACTTGTGGATTATGACCCATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCCCATAAAACAGTGATTCTCAACTTGTGGATTATGACCCATTTA  850

seq1  GGGGTTGAGTGGCTCTTTCACAGGGGTGACCTAAGACCATCAGAAAATAC  900
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGGTTGAGTGGCTCTTTCACA-GGGTGACCTAAGACCATCAG-AAATAC  898

seq1  AGATTATGATTCATAACAATGGCAAAATCACAAAGTAGCAATGAAAATAA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGATTATGATTCATAACAATGGC-AAATCACAAAGTAGC-ATGAAAATAA  946

seq1  TTGTATGGTTGAGGATCACCACAAAGTGAGGAACTA-TATTAAAGGGTCA  999
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGTAT-GTTGAGGATCA-CACAAAGTGAGGAACTATTATTAAAGGGTCA  994

seq1  CAGCATCAGGAAGGTTGAGAACCACTGCTGATAGAGAAG-ACAAGACATT  1048
      |||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGCATCAG--AAGTTGAGAATCACTGCTGATAGAGAAGAACAAGACATT  1042

seq1  GACTACTGTCTTCAAGTCAGTCTTGT-ACA-TGTGAGGTCGGGGAGGCAG  1096
      ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||   ||||
seq2  GACTACTGTCTTC-AGTCAGTCTTGTAACATTGTGAGGTCTGG--AGCAG  1089

seq1  AGAG  1100
      ||||
seq2  AGAG  1093

seq1: chr12_9019735_9020783
seq2: B6Ng01-230E11.g_67_1123 (reverse)

seq1  GGTGCCCATAAAGAAGGGGACACC-TGGGCTTTCTAATCAGTCTGCTGTG  49
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||| 
seq2  GGTGCCCATAAAGAAGGGGACACCTTGGGCTTTTTAATCAATTTGCTGTT  50

seq1  GGGCAGAAGTGGGGAGAAGGGTGAAGCTTAAAGCTGTCAGCAAAGTTTGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  ||||
seq2  GGGCAGAAGTGGGGAGAAGGGTGAAGCTTAAAGCGTCCAGCAAAAGTTGA  100

seq1  CTGGTGGGTTCTTCTGTATGGATAGCAAGTTATCCTTCCTTTTGCAAGGT  149
      |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| ||
seq2  CTGGTGGGTTCTTCTGTATGAATAGCAAAGTATCCTTTCTTTTGCAAAGT  150

seq1  AAAG-AGAGAGATCTTTCCCGTGATT-AAGGTACATGGTCTGTGATATAG  197
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAGAGATCTTTCCCGTGATTAAAGGTACATGGTCTGTGATATAG  200

seq1  TGAGCTTGTTTCTTGCCTTTCACTCACACACAGGGACATCAGAGAGTAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGTTTCTTGCCTTTCACTCACACACAGGGACATCAGAGAGTAGC  250

seq1  CCTTCCCCCATTATCCTTGCATATGC-AAGAAAAGCATCTTTTTATCAGT  296
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCCATTATCCTTGCATATGCAAAGAAAAGCATCTTTTTATCAGT  300

seq1  TGTCTTTGTTTGGTTCAAGTCTTAGGTGTTGGGAGCTCTTTAGAAGGTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGTTTGGTTCAAGTCTTAGGTGTTGGGAGCTCTTTAGAAGGTGC  350

seq1  GTTTTTTTTCCAATG-CCCATTTATTTACTTATTTA--TTTGTTTGTTTG  393
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  GTTTTTTTTCCAATGCCCCATTTATTTACTTATTTAATTTTGTTTGTTTG  400

seq1  TTTGTTTG-TTTGTTTTAAAAGATTCCTTTATTTTATGTATATGAGTACA  442
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTTGTTTTAAAAGATTCCTTTATTTTATGTATATGAGTACA  450

seq1  CTGTAACTGTCTTTAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTGTCTTTAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAG  500

seq1  ATGGCTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAACTAAACTCAGGACCTCTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAACTAAACTCAGGACCTCTG  550

seq1  GAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCTCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCTCC  600

seq1  AGTGCCCTTTTATAAACATAGTCAGAAGTAGGGAGACTATCTAAAGTGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCTTTTATAAACATAGTCAGAAGTAGGGAGACTATCTAAAGTGAC  650

seq1  TCATGTGCATGCTTTGACAGAGTCAGCTTCTGGAATCCTCTTCGTCTAGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGCATGCTTTGACAGAGTCAGCTTCTGGAATCCTCTTCGTCTAGC  700

seq1  ACAAGTGTGCTCTATTAGTAATTTTTAGCCATTGTATTTATGTCCATTTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGTGCTCTATTAGTAATTTTTAGCCATTGTATTTATGTCCATTTG  750

seq1  AAAAATGAATAATGACTTTATTTTTTAAAAAGTGTGGTTGCTGTATAGAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAATAATGACTTTATTTTTTAAAAAGTGTGGTTGCTGTATAGAA  800

seq1  TTAAATCAATATAGAAAACTTGAAAACAAAGTTTTAAGAACTAGTGGAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAATATAGAAAACTTGAAAACAAAGTTTTAAGAACTAGTGGAAA  850

seq1  TTCTCCTGGGCAGCAATTTTAATCATTAACATTGCCTGAGCACCATAGAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGGGCAGCAATTTTAATCATTAACATTGCCTGAGCACCATAGAG  900

seq1  TCTGTCCTCTCAGCTCTCATTGAGAAGTGTGAAGAAGGCTGGGATGAAGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCTCAGCTCTCATTGAGAAGTGTGAAGAAGGCTGGGATGAAGG  950

seq1  GACAGAAATCAAGTATTCAGGTTAGCACCGTTGTCCAAAACACCCTTCTA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAATCAAGTATTCAGGTTAGCACCGTTGTCCAAAACACCCTTCTA  1000

seq1  TATTAGCTTTCATTTTAATCAAACAATCTGAAAATAAAGGATTCAAATAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTTTCATTTTAATCAAACAATCTGAAAATAAAGGATTCAAATAA  1050

seq1  GGAATTC  1049
      |||||||
seq2  GGAATTC  1057