BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239H13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 95,996,246 - 96,117,775
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2610022K04Rik-ps, EG633639
Downstream geneLOC217786, LOC100039603, LOC667688, Flrt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239H13.bB6Ng01-239H13.g
ACCGA049888GA049889
length9631,114
definitionB6Ng01-239H13.b B6Ng01-239H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,116,817 - 96,117,775)(95,996,246 - 95,997,351)
sequence
gaattctgcataaagcccaacatgtggctagtgtctacctttttggaaat
ttgaactctaaagtaggaatttcaatttttatacaggcagtatcactaaa
gtgataacttaagctttagcatagacatggagggcaaaggagagttaatc
tttctgtcagagttggccttctctataccaaggattaattgatgcatttt
gaaataaggaatgacaagtttcccttttatgtgtagatttagagtgaaga
acttaactgcctagggagggtgttgagttttcttactgtgacaaattaat
aacatgttttgaagatgatttaaaggagtaggattgacaggcactgcttg
agtttgaggggaaaaatcatataactctgcccattattttggaatgtagg
atggggagatttatggatagacatttggcatttgcccatagagatgatcc
tatcccccagcagttagggaagttatttcttcctactcatcttatactct
cctgactgtgcataattaacatctcctgggatggaggaggatttttaaga
atatgcttgaaggaatttaaagaacatggtttagttttctttctgtcctt
ggacaagttgttcttagaaaagaggaacataaactggggagaaacacatg
cccttgttcattctgctctagttaggctgtgtgttagtccccgccctgct
ctcctccatgtggatatccctctatatggtgttgagggaactcaccccat
agttacttcaataacattgcatccctccagaggttgatgatcttttaatt
taccaagttcttaaggtaccttatttgtgttagaagtcagtgaatgctca
ctgaaatgtacataggagttaaataacttgaattctgtctatgtgtcttt
ctttcttctttctttctttctttcttcatttcttcttcttccctcctctc
tctctcctcttct

gaattcactgaagaccaccgtgactcaactttgatgaatgtaccagtcag
atacatctccatgcaggtctttgtatggatggaggagacaactactactg
tgcctgcatggggagtgggttcacagggatacagtgtgagacattgatgg
ttcattgttagtcaaggccttgtcacaatgatgcaacatgtgaagacact
gttgatagctatatttgtcattgctggccaggaattgcaagtgccctgtg
tgagacagacataaatgaatgccgaatcattccctttccaatttgcggtg
gtcgggaggtggaattatgctgagctgtcctcagaggatcatgagggcca
catggcaggcttgccttcttcaactactttggtgtatcaggctatatttg
tatctgtcacctggattcaaaaacaggagcctagcataattgtcctctga
gaggcttcacccagcagctgacctaaacagatgcagagaccacaaacatt
agccagagctctgaaagtcttgtgaaagagctggggaaaataactgagga
acctgaaaaggataaagactacaaaagaagaccaacagagttaactaacc
catacccttggggggttctcagagacttatccaccaatcaaatactgaac
caccaccaaaatagggctgtatctaagctctctacacaaatgaaggcaca
gcttggtcttcatgcgtgttccttaacaactggagcagggcttaccctga
ttctgttgcctgcctgtgaatcctgttccccgaattggtctgccttgttt
ggcttcagtaagagagaaccatgcctagtccttctgtgacttgaagcaac
aggatgtgttggaacccagggagggcctccaccttttcaaatgtaagggt
agaagtggggagatgcacagtttacatagagggactgggaggagaaagaa
ggctgtgatcagttatcagggaataaattaataggaaaagaataagtagc
agtagaaaataaattataatttgttgtttttataatttacatgaatttca
agaataataaagtgtcctacataatatattttgtatagaataaaatactt
atttccaggttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96116817_96117775
seq2: B6Ng01-239H13.b_42_1004 (reverse)

seq1  AGAAGA--AGAGAGAGAGAAAGAAAGA--AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA  46
      ||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||  |||||||||||||
seq2  AGAAGAGGAGAGAGAGAGGAGGGAAGAAGAAGAAATGAAGAAAGAAAGAA  50

seq1  AGAAAGAAAGAAAGAAAGACACATAGACAGAATTCAAGTTATTTAACTCC  96
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAG-AAGAAAGAAAGACACATAGACAGAATTCAAGTTATTTAACTCC  99

seq1  TATGTACATTTCAGTGAGCATTCACTGACTTCTAACAC-AATAAGGTACC  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATGTACATTTCAGTGAGCATTCACTGACTTCTAACACAAATAAGGTACC  149

seq1  TTAAGAACTTGGTAAATTAAAAGATCATCAACCTCTGGAGGGATGCAATG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAACTTGGTAAATTAAAAGATCATCAACCTCTGGAGGGATGCAATG  199

seq1  TTATTGAAGTAACTATGGGGTGAGTTCCCTCAACACCATATAGAGGGATA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAAGTAACTATGGGGTGAGTTCCCTCAACACCATATAGAGGGATA  249

seq1  TCCACATGGAGGAGAGCAGGGCGGGGACTAACACACAGCCTAACTAGAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGGAGGAGAGCAGGGCGGGGACTAACACACAGCCTAACTAGAGC  299

seq1  AGAATGAACAAGGGCATGTGTTTCTCCCCAGTTTATGTTCCTCTTTTCTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAACAAGGGCATGTGTTTCTCCCCAGTTTATGTTCCTCTTTTCTA  349

seq1  AGAACAACTTGTCCAAGGACAGAAAGAAAACTAAACCATGTTCTTTAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAACTTGTCCAAGGACAGAAAGAAAACTAAACCATGTTCTTTAAAT  399

seq1  TCCTTCAAGCATATTCTTAAAAATCCTCCTCCATCCCAGGAGATGTTAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAAGCATATTCTTAAAAATCCTCCTCCATCCCAGGAGATGTTAAT  449

seq1  TATGCACAGTCAGGAGAGTATAAGATGAGTAGGAAGAAATAACTTCCCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGTCAGGAGAGTATAAGATGAGTAGGAAGAAATAACTTCCCTA  499

seq1  ACTGCTGGGGGATAGGATCATCTCTATGGGCAAATGCCAAATGTCTATCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGGGGGATAGGATCATCTCTATGGGCAAATGCCAAATGTCTATCC  549

seq1  ATAAATCTCCCCATCCTACATTCCAAAATAATGGGCAGAGTTATATGATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTCCCCATCCTACATTCCAAAATAATGGGCAGAGTTATATGATT  599

seq1  TTTCCCCTCAAACTCAAGCAGTGCCTGTCAATCCTACTCCTTTAAATCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTCAAACTCAAGCAGTGCCTGTCAATCCTACTCCTTTAAATCAT  649

seq1  CTTCAAAACATGTTATTAATTTGTCACAGTAAGAAAACTCAACACCCTCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAACATGTTATTAATTTGTCACAGTAAGAAAACTCAACACCCTCC  699

seq1  CTAGGCAGTTAAGTTCTTCACTCTAAATCTACACATAAAAGGGAAACTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAGTTAAGTTCTTCACTCTAAATCTACACATAAAAGGGAAACTTG  749

seq1  TCATTCCTTATTTCAAAATGCATCAATTAATCCTTGGTATAGAGAAGGCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCTTATTTCAAAATGCATCAATTAATCCTTGGTATAGAGAAGGCC  799

seq1  AACTCTGACAGAAAGATTAACTCTCCTTTGCCCTCCATGTCTATGCTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGACAGAAAGATTAACTCTCCTTTGCCCTCCATGTCTATGCTAAA  849

seq1  GCTTAAGTTATCACTTTAGTGATACTGCCTGTATAAAAATTGAAATTCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGTTATCACTTTAGTGATACTGCCTGTATAAAAATTGAAATTCCT  899

seq1  ACTTTAGAGTTCAAATTTCCAAAAAGGTAGACACTAGCCACATGTTGGGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGAGTTCAAATTTCCAAAAAGGTAGACACTAGCCACATGTTGGGC  949

seq1  TTTATGCAGAATTC  959
      ||||||||||||||
seq2  TTTATGCAGAATTC  963


seq1: chr12_95996246_95997351
seq2: B6Ng01-239H13.g_66_1179

seq1  GAATTCACTGAAGACCACCGTGACTCAACTTTGATGAATGTACCAGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAAGACCACCGTGACTCAACTTTGATGAATGTACCAGTCAG  50

seq1  ATACATCTCCATGCAGGTCTTTGTATGGATGGAGGAGACAACTACTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTCCATGCAGGTCTTTGTATGGATGGAGGAGACAACTACTACTG  100

seq1  TGCCTGCATGGGGAGTGGGTTCACAGGGATACAGTGTGAGACATTGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCATGGGGAGTGGGTTCACAGGGATACAGTGTGAGACATTGATGG  150

seq1  TTCATTGTTAGTCAAGGCCTTGTCACAATGATGCAACATGTGAAGACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGTTAGTCAAGGCCTTGTCACAATGATGCAACATGTGAAGACACT  200

seq1  GTTGATAGCTATATTTGTCATTGCTGGCCAGGAATTGCAAGTGCCCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAGCTATATTTGTCATTGCTGGCCAGGAATTGCAAGTGCCCTGTG  250

seq1  TGAGACAGACATAAATGAATGCCGAATCATTCCCTTTCCAATTTGCGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGACATAAATGAATGCCGAATCATTCCCTTTCCAATTTGCGGTG  300

seq1  GTCGGGAGGTGGAATTATGCTGAGCTGTCCTCAGAGGATCATGAGGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGGAGGTGGAATTATGCTGAGCTGTCCTCAGAGGATCATGAGGGCCA  350

seq1  CATGGCAGGCTTGCCTTCTTCAACTACTTTGGTGTATCAGGCTATATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGGCTTGCCTTCTTCAACTACTTTGGTGTATCAGGCTATATTTG  400

seq1  TATCTGTCACCTGGATTCAAAAACAGGAGCCTAGCATAATTGTCCTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTCACCTGGATTCAAAAACAGGAGCCTAGCATAATTGTCCTCTGA  450

seq1  GAGGCTTCACCCAGCAGCTGACCTAAACAGATGCAGAGACCACAAACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCACCCAGCAGCTGACCTAAACAGATGCAGAGACCACAAACATT  500

seq1  AGCCAGAGCTCTGAAAGTCTTGTGAAAGAGCTGGGGAAAATAACTGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGCTCTGAAAGTCTTGTGAAAGAGCTGGGGAAAATAACTGAGGA  550

seq1  ACCTGAAAAGGATAAAGACTACAAAAGAAGACCAACAGAGTTAACTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAAAGGATAAAGACTACAAAAGAAGACCAACAGAGTTAACTAACC  600

seq1  CATACCCTTGGGGGGTTCTCAGAGACTTATCCACCAATCAAATACTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTTGGGGGGTTCTCAGAGACTTATCCACCAATCAAATACTGAAC  650

seq1  CACCACCAAAATAGGGCTGTATCTAAGCTCTCTACACAAATGAAGGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCAAAATAGGGCTGTATCTAAGCTCTCTACACAAATGAAGGCACA  700

seq1  GCTTGGTCTTCATGCGTGTTCCTTAACAACTGGAGCAGGGCTTACCCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTCTTCATGCGTGTTCCTTAACAACTGGAGCAGGGCTTACCCTGA  750

seq1  TTCTGTTGCCTGCCTGTGAATCCTGTTCCCCGAATTGGTCTGCCTTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGCCTGCCTGTGAATCCTGTTCCCCGAATTGGTCTGCCTTGTTT  800

seq1  GGCTTCAGTAAGAGAGAACCATGCCTAGTCCTTCTGTGACTTGAAGCAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAGTAAGAGAGAACCATGCCTAGTCCTTCTGTGACTTGAAGCAAC  850

seq1  AGGATGTGTTGGAACCCAGGGAGGGCCTCCACCTTTTCAAATGTAAGGGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGATGTGTTGGAACCCAGGGAGGGCCTCCACCTTTTCAAATGTAA-GGG  899

seq1  TAGAAGTGGGGAGATGCACAGTTTACATAGAGGGACTGGGAGGAGAAAG-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAGAAGTGGGGAGATGCACAGTTTACATAGAGGGACTGGGAGGAGAAAGA  949

seq1  AGGCTGTGATCAGGTTATCAAGGGAATAAA-TAATAGGAAAAG-ATAAGT  997
      |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  AGGCTGTGATCA-GTTATC-AGGGAATAAATTAATAGGAAAAGAATAAGT  997

seq1  AGCAGTAAGAAAATAAATTATAATTTGT--GTTTTATAATTTACATGAA-  1044
      |||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| 
seq2  AGCAGT-AGAAAATAAATTATAATTTGTTGTTTTTATAATTTACATGAAT  1046

seq1  TTCAAGA--TATAAAGTGTTCTACAT-ATATA-TTTGTATAG-ATAAAAT  1089
      |||||||   ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  TTCAAGAATAATAAAGTGTCCTACATAATATATTTTGTATAGAATAAAAT  1096

seq1  ACTTATTTTCAGTTTTT-  1106
      |||||||| ||| |||| 
seq2  ACTTATTTCCAGGTTTTT  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |