BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240A12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 55,902,854 - 56,050,785
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCfl2, Baz1a
Upstream geneNpas3, Egln3, EG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik, Eapp, LOC673582, LOC100039735, LOC100039764, Snx6
Downstream geneLOC100039804, 2700097O09Rik, LOC665144, EG665137, Srp54, 1700047I17Rik, LOC100039815, LOC665155, LOC100039830, Ppp2r3c, 1110008L16Rik, LOC673593, LOC665366, Psma6, LOC100039871, Nfkbia, Aldoa-ps1, Insm2, Garnl1, Brms1l, LOC100039915
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240A12.bB6Ng01-240A12.g
ACCGA050303GA050304
length1,0041,147
definitionB6Ng01-240A12.b B6Ng01-240A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,902,854 - 55,903,847)(56,049,643 - 56,050,785)
sequence
gaattcagcacctcaggaagagcagtcagtgctcttaactgttgagccat
ctctccagccccctaaatttcttatttattaatatttgtgtgtgtgatgt
gagtgagtgtgggtaggcacatgtggaggtcagagacaacttttgagagt
tgtttctctctttttaccatgtgttcaaagtcttgagctgatctagtcag
ctctgtatataagcatctttacccatgagccatctcaggggccctacatc
agtcattacccaaaagccttaaatgtcatttaaaggaagcccagagacac
tgtaatctttatatgccaaagattatatgttttatatgttaaaatcctta
cttataaaaaacatacaggacaggattgaaaatgcaattagcataattta
aatgactaaaaagacctatggtactcactgcagctgtattccatagcaga
aaactcatgtgcataaagagaatttgtccttgaaacaataacttggttag
ctaatacccaagctttccctactgagtaaaggtcacaagctgtattctgt
gagtgatttaaaatgtaattatcagcagaactcggaggtacacatcctta
atcttagcactggaagccggaggcaggtgggtctcttcaaattcaaggtc
agtcctatctacatagtgaattccaggactgactatctcaaaaaacaaaa
gcagtaagtatcagtaactgatattactaacacacaaaaagttataaaag
ttaaggagaggcctggagaggtggttccaggctcaaatgcatgggctgct
ctctattttgtttggttttgtttttgtttttcaagacagggttttctctg
tatagccctggctttcacttttgtagaccaggctggcctcgaactcaaaa
atcctgcctgcctctgccctcccgagtgctgggattaagggcatgcgccc
accatgcttcggctttgggcctgctctttttaaaacacccacattcttgt
aact
gaattccttttgtataatatactctgatgtcatgataactggattgttag
ttaagatgatgtggtcttttgtctgtgtgtgggggagattgtatgtaaaa
tcagaggacaccttgccggattagttctttccttctatgtgggccacagg
gctgaagtcaggcttgatgatagcaaacacctttacctgctcagccatct
cagcaaagatattttgaaagaactgatcctaatcattttgttatttgtag
ttctgtgcatgaaagtgtaatatgtaagctgaggtggacattaaatataa
tatgtatgtgtgagtattattgtaaatagctgtctatgctgaaacagtac
tcatttatgggttctcattgcagaagagttgtagtgaacataacttgata
atttcttaaaaagaaactttatattgaaaatacagtagattttttttggt
tacttctagactattgaaattttagtttttcccctttatcaaatataaat
acattgctttttagtaaaaattatattgtgtatatatagatagatagata
tagatatatatacacatgcatatgagagagaaacaattttgttgttagta
aatggaatgaattgtcccagtatccatggaaaatttccaggaacttacta
ccacccttttcctcaaataaagaagttgtaggtgctcagtagagctcctt
aggaagtgcacagtatttgcatagacacgtgtacttaactcgtccataga
cgacttgtaatttcagataaactgtacgtgctctgtaactagcattagac
tgtactgtttagagaatagtggcagagaaaaatgttctgtatccttagta
cagatgaacatacccccccaccccaaatacttgttttttgagtcatggtc
tcactatgcctggagctccttaatgttcgatcaggctggccttgaactca
tacaactccattgggcctcagcctcaaagggctgggagtacagaacatgc
accaccacgcctggaatctctggtatagaggtctgacttacctgggccca
gtgatttaacactcggagaagatacgttgtggtttaagatgtcactgtta
cataggaccggaccttggcccttgtcagtcctgctgggtgggatcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_55902854_55903847
seq2: B6Ng01-240A12.b_44_1047

seq1  GAATTCAGCACCTCAGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGTTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCACCTCAGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGTTGAGCCAT  50

seq1  CTCTCCAGCCCCCTAAATTTCTTATTTATTAATATTTGTGTGTGTGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGCCCCCTAAATTTCTTATTTATTAATATTTGTGTGTGTGATGT  100

seq1  GAGTGAGTGTGGGTAGGCACATGTGGAGGTCAGAGACAACTTTTGAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTGTGGGTAGGCACATGTGGAGGTCAGAGACAACTTTTGAGAGT  150

seq1  TGTTTCTCTCTTTTTACCATGTGTTCAAAGTCTTGAGCTGATCTAGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCTCTTTTTACCATGTGTTCAAAGTCTTGAGCTGATCTAGTCAG  200

seq1  CTCTGTATATAAGCATCTTTACCCATGAGCCATCTCAGGGGCCCTACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATATAAGCATCTTTACCCATGAGCCATCTCAGGGGCCCTACATC  250

seq1  AGTCATTACCCAAAAGCCTTAAATGTCATTTAAAGGAAGCCCAGAGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTACCCAAAAGCCTTAAATGTCATTTAAAGGAAGCCCAGAGACAC  300

seq1  TGTAATCTTTATATGCCAAAGATTATATGTTTTATATGTTAAAATCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCTTTATATGCCAAAGATTATATGTTTTATATGTTAAAATCCTTA  350

seq1  CTTATAAAAAACATACAGGACAGGATTGAAAATGCAATTAGCATAATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAAAACATACAGGACAGGATTGAAAATGCAATTAGCATAATTTA  400

seq1  AATGACTAAAAAGACCTATGGTACTCACTGCAGCTGTATTCCATAGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTAAAAAGACCTATGGTACTCACTGCAGCTGTATTCCATAGCAGA  450

seq1  AAACTCATGTGCATAAAGAGAATTTGTCCTTGAAACAATAACTTGGTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATGTGCATAAAGAGAATTTGTCCTTGAAACAATAACTTGGTTAG  500

seq1  CTAATACCCAAGCTTTCCCTACTGAGTAAAGGTCACAAGCTGTATTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACCCAAGCTTTCCCTACTGAGTAAAGGTCACAAGCTGTATTCTGT  550

seq1  GAGTGATTTAAAATGTAATTATCAGCAGAACTCGGAGGTACACATCCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATTTAAAATGTAATTATCAGCAGAACTCGGAGGTACACATCCTTA  600

seq1  ATCTTAGCACTGGAAGCCGGAGGCAGGTGGGTCTCTTCAAATTCAAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGCACTGGAAGCCGGAGGCAGGTGGGTCTCTTCAAATTCAAGGTC  650

seq1  AGTCCTATCTACATAGTGAATTCCAGGACTGACTATCTCAAAAAACAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTATCTACATAGTGAATTCCAGGACTGACTATCTCAAAAAACAAAA  700

seq1  GCAGTAAGTATCAGTAACTGATATTACTAACACACAAAAAGTTATAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAGTATCAGTAACTGATATTACTAACACACAAAAAGTTATAAAAG  750

seq1  TTAAGGAGAGGCCTGGAGAGGTGGTTCCAGGCTCAAATGCATGGGCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGAGGCCTGGAGAGGTGGTTCCAGGCTCAAATGCATGGGCTGCT  800

seq1  CTCTATTTTGTTTGGTTTTGTTTTTGTTTTTCAAGACAGGG-TTTCTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTATTTTGTTTGGTTTTGTTTTTGTTTTTCAAGACAGGGTTTTCTCTG  850

seq1  TATAGCCCTGGCTTTCAC-TTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAAAA  898
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCCTGGCTTTCACTTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAAAA  900

seq1  AT-CTGCCTGCCTCTG-CCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCG-CC  945
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  ATCCTGCCTGCCTCTGCCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAGGGCATGCGCCC  950

seq1  ACCATGC-TCGGCTT--GGGCTGCTC-TTTTAAAACACCCACA-TCTTGT  990
      ||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCATGCTTCGGCTTTGGGCCTGCTCTTTTTAAAACACCCACATTCTTGT  1000

seq1  AACT  994
      ||||
seq2  AACT  1004

seq1: chr12_56049643_56050785
seq2: B6Ng01-240A12.g_65_1211 (reverse)

seq1  CTGATCCCCCACCAGCAAAGAACTGACAAGGGC--AGGTCTGTTTCTATT  48
      |||||||| | |||||  || ||||||||||||  ||||| | | |||| 
seq2  CTGATCCCAC-CCAGC--AGGACTGACAAGGGCCAAGGTCCGGTCCTATG  47

seq1  TGTACAGTGACATCTTAACACCA-AACGTA-CTTCTC--GGTGTTAAATC  94
      |  ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||   ||||||||||
seq2  T-AACAGTGACATCTTAA-ACCACAACGTATCTTCTCCGAGTGTTAAATC  95

seq1  ACT-GGCCCA-GTTAGTCAGCCCTCTATACCAGAAGATTCCAGGCGTGGT  142
      ||| |||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCCCAGGTAAGTCAGACCTCTATACCAG-AGATTCCAGGCGTGGT  144

seq1  GGTGCATG-TCTGTACTCCCAGCCCTTTGAGGCTG-GGGCCAATGGAGTT  190
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  GGTGCATGTTCTGTACTCCCAGCCCTTTGAGGCTGAGGCCCAATGGAGTT  194

seq1  GTATGAGTTCAAGGCCAGCCTGATCGAACA-TAAGGAGCTCCAGGCATAG  239
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGTTCAAGGCCAGCCTGATCGAACATTAAGGAGCTCCAGGCATAG  244

seq1  TGAGACCATGACTCAAAAAAACAAGTATTTGGGGTGGGGGGGTATGTTCA  289
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCATGACTC-AAAAAACAAGTATTTGGGGTGGGGGGGTATGTTCA  293

seq1  TCTGTACTAAGGATACAGAACATTTTTCTCTGCCACTATTCTCTAAACAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTAAGGATACAGAACATTTTTCTCTGCCACTATTCTCTAAACAG  343

seq1  TACAGTCTAATGCTAGTTACAGAGCACGTACAGTTTATCTGAAATTACAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTAATGCTAGTTACAGAGCACGTACAGTTTATCTGAAATTACAA  393

seq1  GTCGTCTATGGACGAGTTAAGTACACGTGTCTATGCAAATACTGTGCACT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTCTATGGACGAGTTAAGTACACGTGTCTATGCAAATACTGTGCACT  443

seq1  TCCTAAGGAGCTCTACTGAGCACCTACAACTTCTTTATTTGAGGAAAAGG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGGAGCTCTACTGAGCACCTACAACTTCTTTATTTGAGGAAAAGG  493

seq1  GTGGTAGTAAGTTCCTGGAAATTTTCCATGGATACTGGGACAATTCATTC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGTAAGTTCCTGGAAATTTTCCATGGATACTGGGACAATTCATTC  543

seq1  CATTTACTAACAACAAAATTGTTTCTCTCTCATATGCATGTGTATATATA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTAACAACAAAATTGTTTCTCTCTCATATGCATGTGTATATATA  593

seq1  TCTATATCTATCTATCTATATATACACAATATAATTTTTACTAAAAAGCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATCTATCTATCTATATATACACAATATAATTTTTACTAAAAAGCA  643

seq1  ATGTATTTATATTTGATAAAGGGGAAAAACTAAAATTTCAATAGTCTAGA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTATATTTGATAAAGGGGAAAAACTAAAATTTCAATAGTCTAGA  693

seq1  AGTAACCAAAAAAAATCTACTGTATTTTCAATATAAAGTTTCTTTTTAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACCAAAAAAAATCTACTGTATTTTCAATATAAAGTTTCTTTTTAAG  743

seq1  AAATTATCAAGTTATGTTCACTACAACTCTTCTGCAATGAGAACCCATAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCAAGTTATGTTCACTACAACTCTTCTGCAATGAGAACCCATAA  793

seq1  ATGAGTACTGTTTCAGCATAGACAGCTATTTACAATAATACTCACACATA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTACTGTTTCAGCATAGACAGCTATTTACAATAATACTCACACATA  843

seq1  CATATTATATTTAATGTCCACCTCAGCTTACATATTACACTTTCATGCAC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATATTTAATGTCCACCTCAGCTTACATATTACACTTTCATGCAC  893

seq1  AGAACTACAAATAACAAAATGATTAGGATCAGTTCTTTCAAAATATCTTT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACAAATAACAAAATGATTAGGATCAGTTCTTTCAAAATATCTTT  943

seq1  GCTGAGATGGCTGAGCAGGTAAAGGTGTTTGCTATCATCAAGCCTGACTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGATGGCTGAGCAGGTAAAGGTGTTTGCTATCATCAAGCCTGACTT  993

seq1  CAGCCCTGTGGCCCACATAGAAGGAAAGAACTAATCCGGCAAGGTGTCCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTGTGGCCCACATAGAAGGAAAGAACTAATCCGGCAAGGTGTCCT  1043

seq1  CTGATTTTACATACAATCTCCCCCACACACAGACAAAAGACCACATCATC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTACATACAATCTCCCCCACACACAGACAAAAGACCACATCATC  1093

seq1  TTAACTAACAATCCAGTTATCATGACATCAGAGTATATTATACAAAAGGA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAACAATCCAGTTATCATGACATCAGAGTATATTATACAAAAGGA  1143

seq1  ATTC  1143
      ||||
seq2  ATTC  1147