BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249L07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,453,564 - 27,565,416
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249L07.bB6Ng01-249L07.g
ACCGA057453GA057454
length574996
definitionB6Ng01-249L07.b B6Ng01-249L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,564,837 - 27,565,416)(27,453,564 - 27,454,551)
sequence
tttgaaacctcatgtccattgggagctccaatcccagtgagggatattga
ccttggaaaagctcaagtgaaactggttacgagcaaaggcagtggcaatg
gactctggttcaccctgggctatgtcagcacacagtatggggtttgataa
gtgggggtgtgaattcaaatgcacttttcatgccaggcaaagctgtgcaa
tggaaatgatgtagtgcggacttcagcacaccacacataaggtcatgggt
acccaaggtactctgtagttaagcctgatctttcaattcaggtggggttg
ctgattgataaacaagcctctgatatacaaaataacaagtacccccaccc
agtctttacaataaaatgtaacagacaaccaattaagaaatctttgggga
catgtttatagagcctctagtacacagctatagctacagggactgggaaa
ttgaatctgtgggtaagagctcttaatgcataagcctgagagctcaagtt
agcattctcagtatatgtgtaaaaactcaggaatttacatgcatgacttt
caccccagtagggtgtgtgtgtgt

gaattctacagctcattttttagactacttgatctctatcctattactag
aacccacttattaaaaattttatatgacagtgtgatttttaaaatatctg
cactgactttagacattaatttgcaaaagacttatcttttatgccatata
aatttacagttaagaagcagaatctctatggtctgttctaccttttgatg
tatatttcctgctaagttcctgtgatttgtcaatactttgatacttctgg
gtacttttgtttttctggttacacaatggttgctagaaattaaacttaat
attatgctgctgaatagtgcattttctagttaactgttaggagaaaagga
actaattcatcttgcatgtttctagaaagatctctattgtcattcatgtc
ttaattcctgttgtatgataattttatggttttatgataaaacgtgacta
taccaaggcagcttataaaagaaataatttatattgacttgtgaagtgga
aactttatgggttctttggaaagttgtgctggctggtgttttgctggggc
acacacatgaaggtgtgttgtcctgaagtggacacaggtaaaaggctaag
gcagactcgtaaaggtatgtttggctaaagcagaaacaggagaaaggatg
ttctaataatcaagcatgtgaaaggacacatgatggatcccttgctaaca
acacacacatattgtcagccttaccttgtgtagttgaactctgttgggat
tccatagagagaaaggcactaaaaacttctggtggtgtgctgcagtttct
tgcctcttccaccaactcaggttgattggcagagtgatgtcaactgagac
agacatatgtgttgaggcaagacccatggaggaagtgtgaagttagaggg
tataaatagggcttgagggacaatgatagaggctgagctgggcttgctat
tgagctagctggataatgcctgtgtcttgtatccttacttaccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27564837_27565416
seq2: B6Ng01-249L07.b_49_628 (reverse)

seq1  ACACACACACACCCTACTGGGGTGAAAGTCATGCATGTAAATTCCTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACCCTACTGGGGTGAAAGTCATGCATGTAAATTCCTGAGT  50

seq1  TTTTACACATATACTGAGAATGCTAACTTGAGCTCTCAGGCTTATGCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACACATATACTGAGAATGCTAACTTGAGCTCTCAGGCTTATGCATT  100

seq1  AAGAGCTCTTACCCACAGATTCAATTTCCCAGTCCCTGTAGCTATAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCTTACCCACAGATTCAATTTCCCAGTCCCTGTAGCTATAGCTG  150

seq1  TGTACTAGAGGCTCTATAAACATGTCCCCAAAGATTTCTTAATTGGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAGAGGCTCTATAAACATGTCCCCAAAGATTTCTTAATTGGTTGT  200

seq1  CTGTTACATTTTATTGTAAAGACTGGGTGGGGGTACTTGTTATTTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACATTTTATTGTAAAGACTGGGTGGGGGTACTTGTTATTTTGTAT  250

seq1  ATCAGAGGCTTGTTTATCAATCAGCAACCCCACCTGAATTGAAAGATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGCTTGTTTATCAATCAGCAACCCCACCTGAATTGAAAGATCAG  300

seq1  GCTTAACTACAGAGTACCTTGGGTACCCATGACCTTATGTGTGGTGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACTACAGAGTACCTTGGGTACCCATGACCTTATGTGTGGTGTGCT  350

seq1  GAAGTCCGCACTACATCATTTCCATTGCACAGCTTTGCCTGGCATGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCGCACTACATCATTTCCATTGCACAGCTTTGCCTGGCATGAAAA  400

seq1  GTGCATTTGAATTCACACCCCCACTTATCAAACCCCATACTGTGTGCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTTGAATTCACACCCCCACTTATCAAACCCCATACTGTGTGCTGA  450

seq1  CATAGCCCAGGGTGAACCAGAGTCCATTGCCACTGCCTTTGCTCGTAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCCAGGGTGAACCAGAGTCCATTGCCACTGCCTTTGCTCGTAACC  500

seq1  AGTTTCACTTGAGCTTTTCCAAGGTCAATATCCCTCACTGGGATTGGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCACTTGAGCTTTTCCAAGGTCAATATCCCTCACTGGGATTGGAGC  550

seq1  TCCCAATGGACATGAGGTTTCAAAGAATTC  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATGGACATGAGGTTTCAAAGAATTC  580


seq1: chr12_27453564_27454551
seq2: B6Ng01-249L07.g_64_1047

seq1  GAATTCTACAGCTCATTTTTTAGACTACTTGATCTCTATCCTATTACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAGCTCATTTTTTAGACTACTTGATCTCTATCCTATTACTAG  50

seq1  AACCCACTTATTAAAAATTTTATATGACAGTGTGATTTTTAAAATATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACTTATTAAAAATTTTATATGACAGTGTGATTTTTAAAATATCTG  100

seq1  CACTGACTTTAGACATTAATTTGCAAAAGACTTATCTTTTATGCCATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTTAGACATTAATTTGCAAAAGACTTATCTTTTATGCCATATA  150

seq1  AATTTACAGTTAAGAAGCAGAATCTCTATGGTCTGTTCTACCTTTTGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACAGTTAAGAAGCAGAATCTCTATGGTCTGTTCTACCTTTTGATG  200

seq1  TATATTTCCTGCTAAGTTCCTGTGATTTGTCAATACTTTGATACTTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTCCTGCTAAGTTCCTGTGATTTGTCAATACTTTGATACTTCTGG  250

seq1  GTACTTTTGTTTTTCTGGTTACACAATGGTTGCTAGAAATTAAACTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTTGTTTTTCTGGTTACACAATGGTTGCTAGAAATTAAACTTAAT  300

seq1  ATTATGCTGCTGAATAGTGCATTTTCTAGTTAACTGTTAGGAGAAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCTGCTGAATAGTGCATTTTCTAGTTAACTGTTAGGAGAAAAGGA  350

seq1  ACTAATTCATCTTGCATGTTTCTAGAAAGATCTCTATTGTCATTCATGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTCATCTTGCATGTTTCTAGAAAGATCTCTATTGTCATTCATGTC  400

seq1  TTAATTCCTGTTGTATGATAATTTTATGGTTTTATGATAAAACGTGACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCCTGTTGTATGATAATTTTATGGTTTTATGATAAAACGTGACTA  450

seq1  TACCAAGGCAGCTTATAAAAGAAATAATTTATATTGACTTGTGAAGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGGCAGCTTATAAAAGAAATAATTTATATTGACTTGTGAAGTGGA  500

seq1  AACTTTATGGGTTCTTTGGAAAGTTGTGCTGGCTGGTGTTTTGCTGGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTATGGGTTCTTTGGAAAGTTGTGCTGGCTGGTGTTTTGCTGGGGC  550

seq1  ACACACATGAAGGTGTGTTGTCCTGAAGTGGACACAGGTAAAAGGCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGAAGGTGTGTTGTCCTGAAGTGGACACAGGTAAAAGGCTAAG  600

seq1  GCAGACTCGTAAAGGTATGTTTGGCTAAAGCAGAAACAGGAGAAAGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTCGTAAAGGTATGTTTGGCTAAAGCAGAAACAGGAGAAAGGATG  650

seq1  TTCTAATAATCAAGCATGTGAAAGGACACATGATGGATCCCTTGCTAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAATCAAGCATGTGAAAGGACACATGATGGATCCCTTGCTAACA  700

seq1  ACACACACATATTGTCAGCCTTACCTTGTGTAGTTGAACTCTGTTGGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATATTGTCAGCCTTACCTTGTGTAGTTGAACTCTGTTGGGAT  750

seq1  TCCATAGAGAGAAAGGCACTAAAAACTTCTGGTGGTGTGCTGCAGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGAGAGAAAGGCACTAAAAACTTCTGGTGGTGTGCTGCAGTTTCT  800

seq1  TGCCTCTTCCACCAACTCAGGTTGATTGGCAGAGTGATGTCAACTGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTTCCACCAACTCAGGTTGATTGGCAGAGTGATGTCAACTGAGAC  850

seq1  AGACATATGTGTTGAGGCAAGACCCATGGAGGAAGTGTGAAGTTTAGAGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGACATATGTGTTGAGGCAAGACCCATGGAGGAAGTGTGAAG-TTAGAGG  899

seq1  GTATAAATAGGGCTTGAGGGACAATGATAGAGGCTGAGCTGGGCTTGCTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTATAAATAGGGCTTGAGGGACAATGATAGAGGCTGAGCTGGGCTTGC-T  948

seq1  ATTGAGCTAGCTGGATAATGCCTGTTGTTCTTGTATCC  988
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  ATTGAGCTAGCTGGATAATGCCTGT--GTCTTGTATCC  984


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |