BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250D01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,998,930 - 28,112,708
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox11
Upstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneLOC100043009, LOC669327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250D01.bB6Ng01-250D01.g
ACCGA057807GA057808
length1,1681,051
definitionB6Ng01-250D01.b B6Ng01-250D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,111,540 - 28,112,708)(27,998,930 - 27,999,975)
sequence
gaattcattagtcaactctctttcagggtttctgggggtttgactttatt
tcattctttgatgggctcaaatgttattttattttcttctaagtctctaa
actaatattaccattttctcagcaatcttcctagcttggcactcttagag
ttaaaggtgtgcttttcctgaagctgtatgaactgaggctttggaaaatt
cacaaccatctatatgtgtcaatgatacagtgaaggtagaccagttggtt
ttggctatagacaatgaaataattgaaagagctaaaagaaagagaatcaa
aactcaaaagtccctctaaaagctagatggaaactataaacataaggatt
ccaaagggaaaatcagggggggaacgcctcattcgtgaggcagtaagtaa
agttgactatagacatgtggaagttctgggatgctggctaactcagaaga
aatgtctgaaaggcacagagatgcctgaaatttattaagcacaaagtctg
tgccaagatttttacaagatactgctaagcctcacaataatcgtgtaaag
ttgatgttttcgttctcttttatatataaaaaatcaagataaaaagataa
gttatcttgttcaactagtgagagacagaactggaatgtagctgggaggc
ccatcttctttacaagcctggaagacacccaaggttaaaatgctttcctg
ttgcaagtggctgagaccttctcacccagattaaatgaagggaactcaaa
gttcacaccccttctactggaatttaccttgtatttgtagaccaggtctg
tgctgtttaccaagttgggttttgtttgtttattgtttgttttcacaagt
aaagtgagtctggatggtatgcttcactgctggagaggggcagggttaga
aagggactcacttgtcattgtggaccttgcttgagaggatttaactattt
acgccaaggggcatccatccctttccccatgcctctctacctccccaata
caagggcttaaaatactaaccattgttcaaaccttctagcttcaggttca
aactatctacgttgccagacatccctgttgatgatgctagatgtattcct
gtggttcgggaggtatcagtgttccttaaactatgagtctcgacaaaagt
ctggagcaggggaattat

gaattcttaattcttaatatttggttgagtcacagcgttacctgggaagc
ctactgcctctaaattcacacaatcctctagtctgggcccctaaccctgt
tgctatagccatactgtttggaagtagatggtgatggaatatctaatctg
tcctctacttcaaatttggagcttttggttactgctgcacatggaaggac
tgattcttaaatgcatgagttaattaatgaatgaatacacacatgcatgt
atatcaatgcatgcatgagtgaatttatttcaaaataaaacacatagagt
ttgttacagaggcttaagcctgtaatcctagcccttggaaagtagggatg
atactattgggtttgaggccagcatgggccatatagagaaatctggcctc
ataaaataaatgaaagcataaataaaatactaaaaattcagtaaaagtaa
aaattgtatgaatattcccattctgatgcactcctatagctcatgaggaa
aggtcctttctggtgaataaggaacttgagcaaatcttaaaacatggaca
aaagataaacaacaaagactggcacttaagacaagatctcaaagacttta
catctccctgtcagacaacaaaatgctggactaactggttattttccttt
tccttcttcataatatgtatgagacttagctgagtagccacaaggacaaa
aataaacaaatgatttctcacccaactcgaaggacaaattccacctaaat
cagagatttcaattatatgtccttgcaacagtttgctttctgtaattgag
acaaattgccatgaccacaagcatcgcatcttggtagaccaaagggtgta
ttcagcttacagcttacagttcatcatcaagagggggccatggcagaaac
acagagcagagcctgaagcagaacccaaatagaggaacctctgctttcca
gctttctcacattcagcagctatttttatgacacagcccaggcccacctg
cccagggttgagctgccccaatggaggttgttattgagcaatcaattagc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28111540_28112708
seq2: B6Ng01-250D01.b_44_1211 (reverse)

seq1  ATAAATCCCCTGCTCCAAGGCTTTTGTTTGAGACTAATAATTTTTAAAGA  50
      |||| ||||||||||| || |||||| | |||||| |||   ||||| ||
seq2  ATAATTCCCCTGCTCC-AGACTTTTG-TCGAGACTCATA--GTTTAAGGA  46

seq1  ACACTGAATACCTCCCGGAACCACAAGAAATACATCTAGCAATTCATCAA  100
      |||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||  |||||||
seq2  ACACTG-ATACCTCCC-GAACCAC-AGGAATACATCTAGCA--TCATCAA  91

seq1  CA-GGATGTCTTGGCAAACGTAGATTAGTTTGAACCTG-AGCTAGA--GT  146
      || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  ||
seq2  CAGGGATGTC-TGGC-AACGTAGA-TAGTTTGAACCTGAAGCTAGAAGGT  138

seq1  TTGGACAATGG-TAGTATTTT-AGCCCTTGTA-TGGGGAGGTAGGAGAGG  193
      ||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TTGAACAATGGTTAGTATTTTAAGCCCTTGTATTGGGGAGGTA-GAGAGG  187

seq1  CATGGGGAAA-GGATGGATG-CCCTTGGCGTAAATAGTTAAATCCTCTCA  241
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGAAAGGGATGGATGCCCCTTGGCGTAAATAGTTAAATCCTCTCA  237

seq1  AGC-AGGTCCACAATGACAAGTGAGTCCC-TTCT-ACCCTGCCCCTCTCC  288
      ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  AGCAAGGTCCACAATGACAAGTGAGTCCCTTTCTAACCCTGCCCCTCTCC  287

seq1  AGCAGTGAAGCATACCATCCAGACTCACTTTACTTGTGAAAACAAACAAT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGAAGCATACCATCCAGACTCACTTTACTTGTGAAAACAAACAAT  337

seq1  AAACAAACAAAACCCAACTTGGTAAACAGCACAGACCTGGTCTACAAATA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAACCCAACTTGGTAAACAGCACAGACCTGGTCTACAAATA  387

seq1  CAAGGTAAATTCCAGTAGAAGGGGTGTGAACTTTGAGTTCCCTTCATTTA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAAATTCCAGTAGAAGGGGTGTGAACTTTGAGTTCCCTTCATTTA  437

seq1  ATCTGGGTGAGAAGGTCTCAGCCACTTGCAACAGGAAAGCATTTTAACCT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGTGAGAAGGTCTCAGCCACTTGCAACAGGAAAGCATTTTAACCT  487

seq1  TGGGTGTCTTCCAGGCTTGTAAAGAAGATGGGCCTCCCAGCTACATTCCA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTCTTCCAGGCTTGTAAAGAAGATGGGCCTCCCAGCTACATTCCA  537

seq1  GTTCTGTCTCTCACTAGTTGAACAAGATAACTTATCTTTTTATCTTGATT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTCTCTCACTAGTTGAACAAGATAACTTATCTTTTTATCTTGATT  587

seq1  TTTTATATATAAAAGAGAACGAAAACATCAACTTTACACGATTATTGTGA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATATAAAAGAGAACGAAAACATCAACTTTACACGATTATTGTGA  637

seq1  GGCTTAGCAGTATCTTGTAAAAATCTTGGCACAGACTTTGTGCTTAATAA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGCAGTATCTTGTAAAAATCTTGGCACAGACTTTGTGCTTAATAA  687

seq1  ATTTCAGGCATCTCTGTGCCTTTCAGACATTTCTTCTGAGTTAGCCAGCA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGCATCTCTGTGCCTTTCAGACATTTCTTCTGAGTTAGCCAGCA  737

seq1  TCCCAGAACTTCCACATGTCTATAGTCAACTTTACTTACTGCCTCACGAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAACTTCCACATGTCTATAGTCAACTTTACTTACTGCCTCACGAA  787

seq1  TGAGGCGTTCCCCCCCTGATTTTCCCTTTGGAATCCTTATGTTTATAGTT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCGTTCCCCCCCTGATTTTCCCTTTGGAATCCTTATGTTTATAGTT  837

seq1  TCCATCTAGCTTTTAGAGGGACTTTTGAGTTTTGATTCTCTTTCTTTTAG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTAGCTTTTAGAGGGACTTTTGAGTTTTGATTCTCTTTCTTTTAG  887

seq1  CTCTTTCAATTATTTCATTGTCTATAGCCAAAACCAACTGGTCTACCTTC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCAATTATTTCATTGTCTATAGCCAAAACCAACTGGTCTACCTTC  937

seq1  ACTGTATCATTGACACATATAGATGGTTGTGAATTTTCCAAAGCCTCAGT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCATTGACACATATAGATGGTTGTGAATTTTCCAAAGCCTCAGT  987

seq1  TCATACAGCTTCAGGAAAAGCACACCTTTAACTCTAAGAGTGCCAAGCTA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGCTTCAGGAAAAGCACACCTTTAACTCTAAGAGTGCCAAGCTA  1037

seq1  GGAAGATTGCTGAGAAAATGGTAATATTAGTTTAGAGACTTAGAAGAAAA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATTGCTGAGAAAATGGTAATATTAGTTTAGAGACTTAGAAGAAAA  1087

seq1  TAAAATAACATTTGAGCCCATCAAAGAATGAAATAAAGTCAAACCCCCAG  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACATTTGAGCCCATCAAAGAATGAAATAAAGTCAAACCCCCAG  1137

seq1  AAACCCTGAAAGAGAGTTGACTAATGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGAAAGAGAGTTGACTAATGAATTC  1168


seq1: chr12_27998930_27999975
seq2: B6Ng01-250D01.g_72_1122

seq1  GAATTCTTAATTCTTAATATTTGGTTGAGTCACAGCGTTACCTGGGAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATTCTTAATATTTGGTTGAGTCACAGCGTTACCTGGGAAGC  50

seq1  CTACTGCCTCTAAATTCACACAATCCTCTAGTCTGGGCCCCTAACCCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCCTCTAAATTCACACAATCCTCTAGTCTGGGCCCCTAACCCTGT  100

seq1  TGCTATAGCCATACTGTTTGGAAGTAGATGGTGATGGAATATCTAATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGCCATACTGTTTGGAAGTAGATGGTGATGGAATATCTAATCTG  150

seq1  TCCTCTACTTCAAATTTGGAGCTTTTGGTTACTGCTGCACATGGAAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTACTTCAAATTTGGAGCTTTTGGTTACTGCTGCACATGGAAGGAC  200

seq1  TGATTCTTAAATGCATGAGTTAATTAATGAATGAATACACACATGCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTAAATGCATGAGTTAATTAATGAATGAATACACACATGCATGT  250

seq1  ATATCAATGCATGCATGAGTGAATTTATTTCAAAATAAAACACATAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAATGCATGCATGAGTGAATTTATTTCAAAATAAAACACATAGAGT  300

seq1  TTGTTACAGAGGCTTAAGCCTGTAATCCTAGCCCTTGGAAAGTAGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACAGAGGCTTAAGCCTGTAATCCTAGCCCTTGGAAAGTAGGGATG  350

seq1  ATACTATTGGGTTTGAGGCCAGCATGGGCCATATAGAGAAATCTGGCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATTGGGTTTGAGGCCAGCATGGGCCATATAGAGAAATCTGGCCTC  400

seq1  ATAAAATAAATGAAAGCATAAATAAAATACTAAAAATTCAGTAAAAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAATGAAAGCATAAATAAAATACTAAAAATTCAGTAAAAGTAA  450

seq1  AAATTGTATGAATATTCCCATTCTGATGCACTCCTATAGCTCATGAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATGAATATTCCCATTCTGATGCACTCCTATAGCTCATGAGGAA  500

seq1  AGGTCCTTTCTGGTGAATAAGGAACTTGAGCAAATCTTAAAACATGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTTCTGGTGAATAAGGAACTTGAGCAAATCTTAAAACATGGACA  550

seq1  AAAGATAAACAACAAAGACTGGCACTTAAGACAAGATCTCAAAGACTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAACAACAAAGACTGGCACTTAAGACAAGATCTCAAAGACTTTA  600

seq1  CATCTCCCTGTCAGACAACAAAATGCTGGACTAACTGGTTATTTTCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCTGTCAGACAACAAAATGCTGGACTAACTGGTTATTTTCCTTT  650

seq1  TCCTTCTTCATAATATGTATGAGAC-TAGCTGAGTAGCCACAAGGACAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTCATAATATGTATGAGACTTAGCTGAGTAGCCACAAGGACAAA  700

seq1  AATAAACAAATGATTTCTCACCCAACTCGAAGGACAAATTCCACCTAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACAAATGATTTCTCACCCAACTCGAAGGACAAATTCCACCTAAAT  750

seq1  CAGAGATTTCAATTATATGTCC-TGCAACAGTTTGCTTTCTGTAATTGAG  798
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTCAATTATATGTCCTTGCAACAGTTTGCTTTCTGTAATTGAG  800

seq1  ACAAA-TGCCATGACCACAAGCATCGCATCTT-GTAGACCAAAGGGTGTA  846
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGCCATGACCACAAGCATCGCATCTTGGTAGACCAAAGGGTGTA  850

seq1  TTCAGCTTACAGCTTACAGTTCATCATCAAGA-GGGGCCATGGCAGAAAC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTACAGCTTACAGTTCATCATCAAGAGGGGGCCATGGCAGAAAC  900

seq1  ACAGAGCAGGAGCCTGAAGCAGAACCC-AATAGAGGAA-CTCTGCTTTCC  943
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGAGCA-GAGCCTGAAGCAGAACCCAAATAGAGGAACCTCTGCTTTCC  949

seq1  AGCTTTCTCACATTCAGCAGCTATTTTTATGACACAGCCCAGGCCCACCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTCACATTCAGCAGCTATTTTTATGACACAGCCCAGGCCCACCT  999

seq1  GCCCAGGGGTTGAGCTGCCCCCAGTGAGGTTGGTTATTGAGC-ATCAATT  1042
      ||||| ||||||||||||||| |  |||||| |||||||||| |||||||
seq2  GCCCA-GGGTTGAGCTGCCCCAATGGAGGTT-GTTATTGAGCAATCAATT  1047

seq1  AGCA  1046
      ||||
seq2  AGCA  1051


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |