BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254F02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,277,531 - 118,286,992
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprn2
Upstream geneZfp386, Vipr2, LOC676058, Wdr60, LOC100042963, D12Ertd551e, D430020J02Rik, Ncapg2, Rnu7-ps1, LOC627375
Downstream geneLOC432713, LOC100042461, Rapgef5, A930023M06Rik, Cdca7l, Dnahc11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254F02.bB6Ng01-254F02.g
ACCGA060814GA060815
length1,1501,019
definitionB6Ng01-254F02.b B6Ng01-254F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,277,531 - 118,278,674)(118,285,989 - 118,286,992)
sequence
gaattctgatgtgtgtggtgtagaaatcatgttacagtaccatgtccata
catctgtccatgcaaaagtgtgtgcacatgtgggtatgcatgtggatatg
caaatgaatgtttgagcatagcacttgcaaaccctgtatctgttatgcat
ccacttgcacatctgtccacataaatgtgtagctgtgtgcttatgtgtgc
acacatgtggatactgtgtcatttcctgtttcctaattcttaattttctg
aaacaaagttgcagcaggctctgagtggagttcaagctttagctcatcat
cagactccatcacaattaacactttctctgcagttataaatcccttacga
cgtcacacatgttactcacagaaaaggaaatgcagtaacaaaaagggtgc
gtttgacttccattttccagcatctgctccaagtgcattcatgcagacag
agaaggaccttgctctaaggctgagaatactgtcaagggctgtcagaggc
agtgttggagagggccaaagctaacagcatctgtcactcccaaactcaca
gggggcggagggactctgtactgggagcctttgttatgttaaccgccttc
ctcaccacaccccattgtctgctccccaccaaaggttcctgaggcttcta
gaggccatgtagagatggtagccaagctggactggctatggcccatgctg
tccagttcagtgtttctgactcacagacaatacaacccagagccacaggc
caatcttgcacatggaggccactggcagatgtgagcaaggctgcatgaac
ataaacactataaacatgagaagctctccccagtacctaacatgttctcc
aggaaaccaggcctcctcgtgctgctaaatctcatatgaaaggattcaaa
acagttataccaaccttcctgagattggttaggcctcatataggtctctc
ttcttacaaaacaacagcctttatcaacctctgaccttgaagggccaaaa
acaaatattccctgagattcttaggggaagagtctgcagatgccctaatg
atgtccactggttgtgaactcaaatatgggggagtagggaccagctacac
atattggatccaaagtcagattatggctcgaagtcaaggtcacaagcagt

cggaattgaccataaaaacaaactctgtgggaaaggagtgtgtgtgtgtg
tgtgtgcatgtgtgtttatgcgtgtgtgttaaaaacaaatctcggatttt
tcaaacttgttcctgctgtctcttttgcagcagctgtttccagtctgctc
atcattacagggcctgagttaggattagattcagcatatgaaattcaagc
aagctcaagcccttgatgcaaaggcagtgtctccctctagaagggctatt
cctccagcaccaaggggggagcaccctcccaaatctcctgtcttcgtggg
tgactgccagcagtagggactatggtagtcttttctgtgtttcctcaagg
tctgagtgtggctgcctgctgatcctctgatgaagatggctgtaactagg
ggggactgtgtagctgggacaaagcatgatctggcggaggagtgggggaa
ggggcttaagttgatgattgcaaggatttcacactccagcacttaaacca
aggtcagacacaaaggatactgtgaattgaggtatttgtgggtggagagg
aagccaaacaaaagcaaacagcttctctggatttaaacccattccctgtg
tttgctggcttttctccctggccaggaaatcctgatctcaggcagctctg
agagctgccttgatgtatagagggctctgaagccttgcttgctgacatca
tcatgctaatttgagttgtatcttgtccctcatgaataaatcactactct
agagccgagctgtgcactgccctcccaccccaggaactaattaagggtgg
ttttaatattgttattcacaagatagtttgctttttcatttactaaccaa
gggtggggcagaaggtcttggggacaatgggctccagatgcccctcttgt
ctaccttgaggatggggtaaggaaaagaagccagacttgtcctgtgggtt
ctgtacctttcctctgaaacacttcattagtatggacctacttgagtacc
tctcagtttgggttgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118277531_118278674
seq2: B6Ng01-254F02.b_50_1199

seq1  GAATTCTGATGTGTGTGGTGTAGAAATCATGTTACAGTACCATGTCCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATGTGTGTGGTGTAGAAATCATGTTACAGTACCATGTCCATA  50

seq1  CATCTGTCCATGCAAAAGTGTGTGCACATGTGGGTATGCATGTGGATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTCCATGCAAAAGTGTGTGCACATGTGGGTATGCATGTGGATATG  100

seq1  CAAATGAATGTTTGAGCATAGCACTTGCAAACCCTGTATCTGTTATGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAATGTTTGAGCATAGCACTTGCAAACCCTGTATCTGTTATGCAT  150

seq1  CCACTTGCACATCTGTCCACATAAATGTGTAGCTGTGTGCTTATGTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGCACATCTGTCCACATAAATGTGTAGCTGTGTGCTTATGTGTGC  200

seq1  ACACATGTGGATACTGTGTCATTTCCTGTTTCCTAATTCTTAATTTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGGATACTGTGTCATTTCCTGTTTCCTAATTCTTAATTTTCTG  250

seq1  AAACAAAGTTGCAGCAGGCTCTGAGTGGAGTTCAAGCTTTAGCTCATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGTTGCAGCAGGCTCTGAGTGGAGTTCAAGCTTTAGCTCATCAT  300

seq1  CAGACTCCATCACAATTAACACTTTCTCTGCAGTTATAAATCCCTTACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCCATCACAATTAACACTTTCTCTGCAGTTATAAATCCCTTACGA  350

seq1  CGTCACACATGTTACTCACAGAAAAGGAAATGCAGTAACAAAAAGGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACACATGTTACTCACAGAAAAGGAAATGCAGTAACAAAAAGGGTGC  400

seq1  GTTTGACTTCCATTTTCCAGCATCTGCTCCAAGTGCATTCATGCAGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTTCCATTTTCCAGCATCTGCTCCAAGTGCATTCATGCAGACAG  450

seq1  AGAAGGACCTTGCTCTAAGGCTGAGAATACTGTCAAGGGCTGTCAGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACCTTGCTCTAAGGCTGAGAATACTGTCAAGGGCTGTCAGAGGC  500

seq1  AGTGTTGGAGAGGGCCAAAGCTAACAGCATCTGTCACTCCCAAACTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGGAGAGGGCCAAAGCTAACAGCATCTGTCACTCCCAAACTCACA  550

seq1  GGGGGCGGAGGGACTCTGTACTGGGAGCCTTTGTTATGTTAACCGCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCGGAGGGACTCTGTACTGGGAGCCTTTGTTATGTTAACCGCCTTC  600

seq1  CTCACCACACCCCATTGTCTGCTCCCCACCAAAGGTTCCTGAGGCTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCACACCCCATTGTCTGCTCCCCACCAAAGGTTCCTGAGGCTTCTA  650

seq1  GAGGCCATGTAGAGATGGTAGCCAAGCTGGACTGGCTATGGCCCATGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCATGTAGAGATGGTAGCCAAGCTGGACTGGCTATGGCCCATGCTG  700

seq1  TCCAGTTCAGTGTTTCTGACTCACAGACAATACAACCCAGAGCCACAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCAGTGTTTCTGACTCACAGACAATACAACCCAGAGCCACAGGC  750

seq1  CAATCTTGCACATGGAGGCCACTGGCAGATGTGAGCAAGGCTGCATGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTGCACATGGAGGCCACTGGCAGATGTGAGCAAGGCTGCATGAAC  800

seq1  ATAAACACTATAAACATGAGAAGCTCTCCCCAGTACCTAACATGTTCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACTATAAACATGAGAAGCTCTCCCCAGTACCTAACATGTTCTCC  850

seq1  AGGAAACCAGGCCTCCTCGTGCTGCTAAATCTCATATG-AAGGATTCAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGAAACCAGGCCTCCTCGTGCTGCTAAATCTCATATGAAAGGATTCAAA  900

seq1  ACAGTTATACCAACCTTCCTGAGATTGGTTAGGCCTCATATAGGTCTCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATACCAACCTTCCTGAGATTGGTTAGGCCTCATATAGGTCTCTC  950

seq1  TTCTTACAAAAC-ACAGCCTTTATCAACCTCTGACCTTGAAGGGCCAAAA  998
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTTACAAAACAACAGCCTTTATCAACCTCTGACCTTGAAGGGCC-AAA  999

seq1  AACAAATATT-CCTGAGAT--CTAGGGGAAGAGTCTGCAGATG-CCTAAT  1044
      |||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACAAATATTCCCTGAGATTCTTAGGGGAAGAGTCTGCAGATGCCCTAAT  1049

seq1  GATGT-CACTGGTTGTGAACTCAAATAATGGGGGAGTTAGGACCAGCTAC  1093
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||
seq2  GATGTCCACTGGTTGTGAACTCAAAT-ATGGGGGAGTAGGGACCAGCTAC  1098

seq1  ACATA-TGGATCCAAAGTCAGATAATGGCTCAGAGGTC-AGGTCACCAGC  1141
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||| |||
seq2  ACATATTGGATCCAAAGTCAGATTATGGCTC-GAAGTCAAGGTCACAAGC  1147

seq1  AGT  1144
      |||
seq2  AGT  1150

seq1: chr12_118285989_118286992
seq2: B6Ng01-254F02.g_72_1087 (reverse)

seq1  AAAAC-ACCCAAACTGTGA-GTCCTC-AGTA-GTCCATACTAATGAGTGG  46
      ||||| |||||||||| || || ||| |||| ||||||||||||||   |
seq2  AAAACAACCCAAACTGAGAGGTACTCAAGTAGGTCCATACTAATGAAGTG  50

seq1  TTTCAGAGG-AAGGTACAG-ACCCACAGGGCAAGTCTGGCT--CTTTCCT  92
      ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  TTTCAGAGGAAAGGTACAGAACCCACAGGACAAGTCTGGCTTCTTTTCCT  100

seq1  TACCCCATCCTC-AGGTAG-CCAGAGGGGCATCTGGAGCCCCTTTGTCCC  140
      |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  TACCCCATCCTCAAGGTAGACAAGAGGGGCATCTGGAG-CCCATTGTCCC  149

seq1  CAAGACCTTCTGCCCCACCCTT-GTTAGTAAATG-AAAAGC-AACTATCT  187
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CAAGACCTTCTGCCCCACCCTTGGTTAGTAAATGAAAAAGCAAACTATCT  199

seq1  TGTGAATAACAATATTAAAACCACCCTTAATTAGTTCCTGGGGTGGGAGG  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATAACAATATTAAAACCACCCTTAATTAGTTCCTGGGGTGGGAGG  249

seq1  GCAGTGCACAGCTCGGCTCTAGAGTAGTGATTTATTCATGAGGGACAAGA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCACAGCTCGGCTCTAGAGTAGTGATTTATTCATGAGGGACAAGA  299

seq1  TACAACTCAAATTAGCATGATGATGTCAGCAAGCAAGGCTTCAGAGCCCT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTCAAATTAGCATGATGATGTCAGCAAGCAAGGCTTCAGAGCCCT  349

seq1  CTATACATCAAGGCAGCTCTCAGAGCTGCCTGAGATCAGGATTTCCTGGC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACATCAAGGCAGCTCTCAGAGCTGCCTGAGATCAGGATTTCCTGGC  399

seq1  CAGGGAGAAAAGCCAGCAAACACAGGGAATGGGTTTAAATCCAGAGAAGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGAAAAGCCAGCAAACACAGGGAATGGGTTTAAATCCAGAGAAGC  449

seq1  TGTTTGCTTTTGTTTGGCTTCCTCTCCACCCACAAATACCTCAATTCACA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTTTTGTTTGGCTTCCTCTCCACCCACAAATACCTCAATTCACA  499

seq1  GTATCCTTTGTGTCTGACCTTGGTTTAAGTGCTGGAGTGTGAAATCCTTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTTTGTGTCTGACCTTGGTTTAAGTGCTGGAGTGTGAAATCCTTG  549

seq1  CAATCATCAACTTAAGCCCCTTCCCCCACTCCTCCGCCAGATCATGCTTT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATCAACTTAAGCCCCTTCCCCCACTCCTCCGCCAGATCATGCTTT  599

seq1  GTCCCAGCTACACAGTCCCCCCTAGTTACAGCCATCTTCATCAGAGGATC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGCTACACAGTCCCCCCTAGTTACAGCCATCTTCATCAGAGGATC  649

seq1  AGCAGGCAGCCACACTCAGACCTTGAGGAAACACAGAAAAGACTACCATA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCAGCCACACTCAGACCTTGAGGAAACACAGAAAAGACTACCATA  699

seq1  GTCCCTACTGCTGGCAGTCACCCACGAAGACAGGAGATTTGGGAGGGTGC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTACTGCTGGCAGTCACCCACGAAGACAGGAGATTTGGGAGGGTGC  749

seq1  TCCCCCCTTGGTGCTGGAGGAATAGCCCTTCTAGAGGGAGACACTGCCTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCTTGGTGCTGGAGGAATAGCCCTTCTAGAGGGAGACACTGCCTT  799

seq1  TGCATCAAGGGCTTGAGCTTGCTTGAATTTCATATGCTGAATCTAATCCT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAAGGGCTTGAGCTTGCTTGAATTTCATATGCTGAATCTAATCCT  849

seq1  AACTCAGGCCCTGTAATGATGAGCAGACTGGAAACAGCTGCTGCAAAAGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGCCCTGTAATGATGAGCAGACTGGAAACAGCTGCTGCAAAAGA  899

seq1  GACAGCAGGAACAAGTTTGAAAAATCCGAGATTTGTTTTTAACACACACG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGGAACAAGTTTGAAAAATCCGAGATTTGTTTTTAACACACACG  949

seq1  CATAAACACACATGCACACACACACACACACACTCCTTTCCCACAGAGTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACACACATGCACACACACACACACACACTCCTTTCCCACAGAGTT  999

seq1  TGTTTTTATGGTCAATT  1004
      |||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATGGTCAATT  1016