BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261F08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 98,340,545 - 98,483,401
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039664, EG628277
Downstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261F08.bB6Ng01-261F08.g
ACCGA066028GA066029
length1,1471,110
definitionB6Ng01-261F08.b B6Ng01-261F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,482,243 - 98,483,401)(98,340,545 - 98,341,660)
sequence
gaattctggagattttaattaaaatcctcagtcttgtgcagaaacagatt
cgtccacaaagccatctttccaaccccaaacactctcttccagtagaagg
aagaagattaagtcactggtccttactcattaggattatttttaagcttt
gctttgggtaatattatattaagtgtgtgggttctgacttctgaattact
tgtcatttttgtttccttttctgtaaaaatggatgtgcctggttactagg
ctcattacagtggcataatccatgtgagtcagttagcccaatgtttgaca
cataaactatattacattaataacttaaaatttagagagtggtaatagaa
actatgcttactttgatctgaaaatgtttatactatttactataaattag
aacttatactccaggaagttgcctagtgtttacttggctttggaccgttc
tgtcatgacaaagaatatcctcatgctgtatgtgttcaagtgtctggggc
ataagggttgatctcttggagtttcctgttggggctggtggtaaggggca
ggatgggtgctgtaaagtgctctattcaggtcatgacatggctcttggac
ccatggtctcatagttgcagtagttacctgcataggcctgtcagtcatcc
ttctatcagaagagggatggtttcataaaaccccacccctcataaaagac
cttacagggagttaaaggtgtctagggcatagtcatgtccttcagtaaaa
tggctacttgttcaagtaaatagcatgcctcctatgtttcacagaagcag
aaccatgaaagggacatgacagctgggtgtgatggctcccatctttagtc
atagtactcaggaagcaaaggcaagtctatccttgtgagttcaaggccat
ccttgactaaataatgacttccaggccagcaaaaggctacaagtaaaacc
ctatcttgaaaaagacacttgaatatatggagaaagaagtttcaggaaga
agaggtgtcgatagaaagagacatgggagtgatgtgatcaagtcatgtta
tatcagatagatttatgaaatttaaaattcgaatatattgtaagctatca
acttttgacgcattcactgacctacatccactaccttggaatgttaa

gaattcaaaagatataggaattgataatattgagatcaacaaatatctaa
gaatacttactgagcaggaagcacagaggctagagagatggctcagtgga
taggaaggttttatgatgatctgatgtcatatccacttgcccatataaaa
aacaaagtaggcacagctgtacctttaaagtcactgttgtctataaaatg
gaaagacagaatgattactcaacagttttgaataaacccccatctccacc
tccccacctaaaggttcagaaagactccatgcctcaaaagaataagatgg
agtgtgacagagaaggctttccaaagttctcctttggtcttagcatagac
aaaaatgggtgcaggtaacttcacacctatgtagacacacacacacacac
acacacttacaaactcataaaggtacctcacaaatataatcaaagagaaa
taactgtattccttggcttttagaagatgcaaaagcaaccacccctgaga
aagtaaaattggcatgttgaatgacatggagaagaaaattacaccactaa
agaatgaagtgcttcaggacagttttttcttctctaaactttacaatgct
aaaatgatcttggaactattgtgaacctgacataataaataggcaatgtt
aaaatgcaattatttcccatggtttcaatctggaaatgtcagtctggtga
ttctgtacttacttaataaaagcagtccagccgttgtactgacaggcatc
ttcagatgcaaaagcaaaaaagttctttagccactgtcaggaagaaaggg
gttgtactaactgataatgtcaatgtctattcaaatcatcttttgagcta
ctaatagatgattgcaatattgattatttcattgtatagtgtatcttttc
ttgttacttatgacaagaagatagttattcctggtagatcaaattctatg
ataatgtttcctacaactacaagaatgtggcacacatcagaactggagat
aaaacctccatttatatacaattgcacctggaaagtataaatatatgtga
taagattattcctatgcagtattcatgaaaattcttctccattataattt
aactttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_98482243_98483401
seq2: B6Ng01-261F08.b_45_1191 (reverse)

seq1  TTAACATTCCCAAGTAGTGGATGGTAGTCAGTGAAATTCCCCTCAAAAGT  50
      |||||||||| | ||||||||||   |||||||||     | ||||||||
seq2  TTAACATTCCAAGGTAGTGGATGTAGGTCAGTGAA---TGCGTCAAAAGT  47

seq1  TGAAATGCTTTACAATATATTTAATTTTTAAAATTTCATTAAATCTATCT  100
      ||| | || ||||||||||||  | |||| |||||||| |||||||||||
seq2  TGATA-GC-TTACAATATATTCGAATTTT-AAATTTCA-TAAATCTATCT  93

seq1  GTATATAACATAACTTGATCACAATCACTCCCATGTCCTCTTTCTTATTT  150
      | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  
seq2  G-ATATAACATGACTTGATCAC-ATCACTCCCATGT-CTCTTTC-TAT--  137

seq1  CCAACACCTCTTCTTCCTGAAACTTCTTTCTCC-TATATTCAAGTGTCTT  199
       | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -CGACACCTCTTCTTCCTGAAACTTCTTTCTCCATATATTCAAGTGTCTT  186

seq1  TTTCAAGATAGGGTTTTACTTGTAGCCTTTTGCTGGCCTGGAAGTCATTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGATAGGGTTTTACTTGTAGCCTTTTGCTGGCCTGGAAGTCATTA  236

seq1  TTTAGTCAAGGATGGCCTTGAACTCACAAGGATAGACTTGCCTTTGCTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCAAGGATGGCCTTGAACTCACAAGGATAGACTTGCCTTTGCTTC  286

seq1  CTGAGTACTATGACTAAAGATGGGAGCCATCACACCCAGCTGTCATGTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTACTATGACTAAAGATGGGAGCCATCACACCCAGCTGTCATGTCC  336

seq1  CTTTCATGGTTCTGCTTCTGTG-AACATAGGAGGCATGCTATTTACTTGA  398
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGGTTCTGCTTCTGTGAAACATAGGAGGCATGCTATTTACTTGA  386

seq1  ACAAGTAGCCATTTTACTGAAGGACATGACTATGCCCTAGACACCTTTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAGCCATTTTACTGAAGGACATGACTATGCCCTAGACACCTTTAA  436

seq1  CTCCCTGTAAGGTCTTTTATGAGGGGTGGGGTTTTATGAAACCATCCCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTAAGGTCTTTTATGAGGGGTGGGGTTTTATGAAACCATCCCTC  486

seq1  TTCTGATAGAAGGATGACTGACAGGCCTATGCAGGTAACTACTGCAACTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATAGAAGGATGACTGACAGGCCTATGCAGGTAACTACTGCAACTA  536

seq1  TGAGACCATGGGTCCAAGAGCCATGTCATGACCTGAATAGAGCACTTTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCATGGGTCCAAGAGCCATGTCATGACCTGAATAGAGCACTTTAC  586

seq1  AGCACCCATCCTGCCCCTTACCACCAGCCCCAACAGGAAACTCCAAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCATCCTGCCCCTTACCACCAGCCCCAACAGGAAACTCCAAGAGA  636

seq1  TCAACCCTTATGCCCCAGACACTTGAACACATACAGCATGAGGATATTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTTATGCCCCAGACACTTGAACACATACAGCATGAGGATATTCT  686

seq1  TTGTCATGACAGAACGGTCCAAAGCCAAGTAAACACTAGGCAACTTCCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGACAGAACGGTCCAAAGCCAAGTAAACACTAGGCAACTTCCTG  736

seq1  GAGTATAAGTTCTAATTTATAGTAAATAGTATAAACATTTTCAGATCAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATAAGTTCTAATTTATAGTAAATAGTATAAACATTTTCAGATCAAA  786

seq1  GTAAGCATAGTTTCTATTACCACTCTCTAAATTTTAAGTTATTAATGTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCATAGTTTCTATTACCACTCTCTAAATTTTAAGTTATTAATGTAA  836

seq1  TATAGTTTATGTGTCAAACATTGGGCTAACTGACTCACATGGATTATGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTATGTGTCAAACATTGGGCTAACTGACTCACATGGATTATGCC  886

seq1  ACTGTAATGAGCCTAGTAACCAGGCACATCCATTTTTACAGAAAAGGAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATGAGCCTAGTAACCAGGCACATCCATTTTTACAGAAAAGGAAA  936

seq1  CAAAAATGACAAGTAATTCAGAAGTCAGAACCCACACACTTAATATAATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGACAAGTAATTCAGAAGTCAGAACCCACACACTTAATATAATA  986

seq1  TTACCCAAAGCAAAGCTTAAAAATAATCCTAATGAGTAAGGACCAGTGAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAAAGCAAAGCTTAAAAATAATCCTAATGAGTAAGGACCAGTGAC  1036

seq1  TTAATCTTCTTCCTTCTACTGGAAGAGAGTGTTTGGGGTTGGAAAGATGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTCTTCCTTCTACTGGAAGAGAGTGTTTGGGGTTGGAAAGATGG  1086

seq1  CTTTGTGGACGAATCTGTTTCTGCACAAGACTGAGGATTTTAATTAAAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGACGAATCTGTTTCTGCACAAGACTGAGGATTTTAATTAAAAT  1136

seq1  CTCCAGAATTC  1159
      |||||||||||
seq2  CTCCAGAATTC  1147


seq1: chr12_98340545_98341660
seq2: B6Ng01-261F08.g_65_1174

seq1  GAATTCAAAAGATATAGGAATTGATAATATTGAGATCAACAAATATCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGATATAGGAATTGATAATATTGAGATCAACAAATATCTAA  50

seq1  GAATACTTACTGAGCAGGAAGCACAGAGGCTAGAGAGATGGCTCAGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTACTGAGCAGGAAGCACAGAGGCTAGAGAGATGGCTCAGTGGA  100

seq1  TAGGAAGGTTTTATGATGATCTGATGTCATATCCACTTGCCCATATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGTTTTATGATGATCTGATGTCATATCCACTTGCCCATATAAAA  150

seq1  AACAAAGTAGGCACAGCTGTACCTTTAAAGTCACTGTTGTCTATAAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTAGGCACAGCTGTACCTTTAAAGTCACTGTTGTCTATAAAATG  200

seq1  GAAAGACAGAATGATTACTCAACAGTTTTGAATAAACCCCCATCTCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAGAATGATTACTCAACAGTTTTGAATAAACCCCCATCTCCACC  250

seq1  TCCCCACCTAAAGGTTCAGAAAGACTCCATGCCTCAAAAGAATAAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCTAAAGGTTCAGAAAGACTCCATGCCTCAAAAGAATAAGATGG  300

seq1  AGTGTGACAGAGAAGGCTTTCCAAAGTTCTCCTTTGGTCTTAGCATAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACAGAGAAGGCTTTCCAAAGTTCTCCTTTGGTCTTAGCATAGAC  350

seq1  AAAAATGGGTGCAGGTAACTTCACACCTATGTAGACACACACACACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGGTGCAGGTAACTTCACACCTATGTAGACACACACACACACAC  400

seq1  ACACACTTACAAACTCATAAAGGTACCTCACAAATATAATCAAAGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTACAAACTCATAAAGGTACCTCACAAATATAATCAAAGAGAAA  450

seq1  TAACTGTATTCCTTGGCTTTTAGAAGATGCAAAAGCAACCACCCCTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTATTCCTTGGCTTTTAGAAGATGCAAAAGCAACCACCCCTGAGA  500

seq1  AAGTAAAATTGGCATGTTGAATGACATGGAGAAGAAAATTACACCACTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATTGGCATGTTGAATGACATGGAGAAGAAAATTACACCACTAA  550

seq1  AGAATGAAGTGCTTCAGGACAGTTTTTTCTTCTCTAAACTTTACAATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAGTGCTTCAGGACAGTTTTTTCTTCTCTAAACTTTACAATGCT  600

seq1  AAAATGATCTTGGAACTATTGTGAACCTGACATAATAAATAGGCAATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATCTTGGAACTATTGTGAACCTGACATAATAAATAGGCAATGTT  650

seq1  AAAATGCAATTATTTCCCATGGTTTCAATCTGGAAATGTCAGTCTGGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAATTATTTCCCATGGTTTCAATCTGGAAATGTCAGTCTGGTGA  700

seq1  TTCTGTACTTACTTAATAAAAGCAGTCCAGCCGTTGTACTGACAGGCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACTTACTTAATAAAAGCAGTCCAGCCGTTGTACTGACAGGCATC  750

seq1  TTCAGATGCAAAAGCAAAAAAGTTCTTTAGCCACTGTCAGGAAGAAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGCAAAAGCAAAAAAGTTCTTTAGCCACTGTCAGGAAGAAAGGG  800

seq1  GTTGTACTAACTGATAATGTCAATGTCTATTCAAATCATCTTTTGAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACTAACTGATAATGTCAATGTCTATTCAAATCATCTTTTGAGCTA  850

seq1  CTAATAGATGATTGCAATATTGATTATTTCATTGTATAGTGTATCTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAGATGATTGCAATATTGATTATTTCATTGTATAGTGTATCTTTTC  900

seq1  TTGTTACTTATGACAAGAAGATAGTTATTCCTGGTAGATCAAATTCTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTTATGACAAGAAGATAGTTATTCCTGGTAGATCAAATTCTATG  950

seq1  ATAATGTTTCCTACAACTACAAGAATGTGGCACACATCAGAACT-GAGAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATAATGTTTCCTACAACTACAAGAATGTGGCACACATCAGAACTGGAGAT  1000

seq1  AAAA-CTCCATTTATATACAATTGCACCTGAAAAGTATAAATATATGTGG  1048
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AAAACCTCCATTTATATACAATTGCACCTGGAAAGTATAAATATATGT-G  1049

seq1  ATAAAGATTATTCCTATGCAAGTATTCAATTGAAAAATTCCTTCTCCATA  1098
      || |||||||||||||||| ||||||||  ||||||  | ||||||||| 
seq2  AT-AAGATTATTCCTATGC-AGTATTCA--TGAAAA--TTCTTCTCCAT-  1092

seq1  TAAATTTAAATTTTATTT  1116
      || | || || |||||||
seq2  TATAATTTAACTTTATTT  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |