BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263H05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 119,814,452 - 119,934,211
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668611
Upstream geneRapgef5, A930023M06Rik, Cdca7l, Dnahc11, Sp4, LOC100042993
Downstream geneEG668615, LOC620665, Sp8, Abcb5, Itgb8, EG627557, LOC100043011, 4732474O15Rik, LOC668632
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263H05.bB6Ng01-263H05.g
ACCGA067616GA067617
length1,1401,120
definitionB6Ng01-263H05.b B6Ng01-263H05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,933,069 - 119,934,211)(119,814,452 - 119,815,580)
sequence
gaattctttcaacagatgtatcactcaatgttttcatgttgatagaacta
tcaaaagataaatagcattctctaattataattttaactaatttacaaga
aaaaaattatatagtggccatcttcatgggacgtctgttgtttagaagca
agttagtccaagatgattcattgtatggtggtgactgtgggcttatagct
gtttggtgatttcatgagccatggtactctatgagtaagccaggatcggc
tttattctgggacaaagtctcagttacctagaagaggcatcacctctaaa
cttcccaaacaaatacctcaagtaaaaaacagctccatgctaaagctgcc
caggcttagatttcataagtcgtgactcatttttttgtcttgatacttta
gaccttatgaaaatatttaaatatataggaattaatggtcaagagacaat
aacctactttgtgttgttgtcactaatgatttcagtgggtggaggtgttg
ttattttaaagaaactttaagattttgacaaaaaggtaaataaagatact
acaaagaatattatgattcacttcctgaatatcagagattactgaaagag
gagtagcaaactggatacctggccagggagcttatacctggaaggtgtgg
tcagacacacatcagcctttgacactgatcacctgtcagccctgctttca
gaatgggctataggttgggttttattagtcttggccttactgttggcctt
tggcctaaacaaacctttgctttgggcagctgtcctatttcctggaaagt
gttcagtggtatctctggtctctaccaaagtagatgtcagtagctccacc
cccttcctgttttctggaaactaaaaatgtgtctaggcttctcgatttcc
tggatgggagtgctgctgtcatgagcaggcctgatctagactaacctctg
gattctctttcaccattgctgagttggcttttctccgactttatatttgg
agctgcagggatagcatcctctttgcttctagtctactcttagatctgat
gataaaaagacctctttaggtcccacagttgaatagttaccacctagcca
tgtgactagcatgactgtggtacatttagccacacatcac
gaattcaaatctgtgtgcagctagcggaaagtcccatactttcttaatgg
ttagtgagcactgattcaaggggcacacagcagaaagtgatgtaaggtca
aggaggtcgacttctttgctcagcttttacttatagaatattggacattc
gagctagcagttctagagggagagagcttcacaggtacaagcaggatgat
gacaaaagcgtcccaaatgtggaatcatggttagctcatggagaacaaga
tctgtacaataagttctagagcccaagtgtgggtcaggtgttgttataga
gtcatttattcccatgtcatcagcatgaaaccaagataaagcaccaggga
aaacaaaggagagactttaaccatagactaaaggctttcaggaaggatct
actgtatatttctaagtaagtataaattaatattaataatttacagagta
attaacactaattagtaaatcgcttgctctaccagctaacttaaagaaca
ctagtcctaaaataaaggccttcctttccatgtgaggactttaagtaaat
tgggctggaaacctatccatattccatgtatggagcttgcagggtttctc
ctgtagcagtagcaattctactttagatgcataaacaaaaaaaaaaaaaa
acctccctggcttagctcttttgtagagtaatccataccatagcttccac
tctacaaaagaaaaagctttaacagaggcaccatgtcaacaggggctaat
tgcacacaatcttctctcagtttgaaagacattttatatagattgtcaaa
tgggcactgaaactttgattttgtagcaaatgttccacctgtgtaatctt
gtttacattgccctgaggagtgttccctttttattaacaaacctcaatac
tggatataataatgcaccatagagtagaaaaatctgttgcctatcccttg
acccttgaacctgctggtgtatgatatgtctgaagaagtctacagagctc
ttgttcttttcccatgaaaagagcctcagtatgatccactggataaaacc
ccacacaagcaatgcctcatgactgtatgtctgtgacaagcactctgtat
cagtaaaaggatggccatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_119933069_119934211
seq2: B6Ng01-263H05.b_41_1180 (reverse)

seq1  GTGATTGTGTGCCT-AATGTA-CACAGTCATGCTTAGTCACCATGGCTAG  48
      |||| |||||| || |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  GTGA-TGTGTGGCTAAATGTACCACAGTCATGC-TAGTCA-CATGGCTAG  47

seq1  GT-GTAACTA-TCAACTGTTGGGACTTAAAGA-GTCTTTGTATTCATCAA  95
      || ||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| || ||||| |
seq2  GTGGTAACTATTCAACTG-TGGGACCTAAAGAGGTCTTTTTA-TCATC-A  94

seq1  GATCTAAAGAGTAGACTAGAGGCAAAGAGGATGCTATCCCTGCAGCTTCC  145
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATCT-AAGAGTAGACTAGAAGCAAAGAGGATGCTATCCCTGCAGC-TCC  142

seq1  AAATATAAAGTCGGAGAAAAGCCAACCTCAGCAAT-GTGAAAGAGAATCC  194
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAATATAAAGTCGGAGAAAAGCCAA-CTCAGCAATGGTGAAAGAGAATCC  191

seq1  AGAGGTTAGTCTAGATCAGGCCTGCTCATGACAGCAGCACTCCCATCCAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTAGTCTAGATCAGGCCTGCTCATGACAGCAGCACTCCCATCCAG  241

seq1  GAAATCGAGAAGCCTAGACACATTTTTAGTTTCCAGAAAACAGGAAGGGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCGAGAAGCCTAGACACATTTTTAGTTTCCAGAAAACAGGAAGGGG  291

seq1  GTGGAGCTACTGACATCTACTTTGGTAGAGACCAGAGATACCACTGAACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCTACTGACATCTACTTTGGTAGAGACCAGAGATACCACTGAACA  341

seq1  CTTTCCAGGAAATAGGACAGCTGCCCAAAGCAAAGGTTTGTTTAGGCCAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAGGAAATAGGACAGCTGCCCAAAGCAAAGGTTTGTTTAGGCCAA  391

seq1  AGGCCAACAGTAAGGCCAAGACTAATAAAACCCAACCTATAGCCCATTCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAACAGTAAGGCCAAGACTAATAAAACCCAACCTATAGCCCATTCT  441

seq1  GAAAGCAGGGCTGACAGGTGATCAGTGTCAAAGGCTGATGTGTGTCTGAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGGGCTGACAGGTGATCAGTGTCAAAGGCTGATGTGTGTCTGAC  491

seq1  CACACCTTCCAGGTATAAGCTCCCTGGCCAGGTATCCAGTTTGCTACTCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTCCAGGTATAAGCTCCCTGGCCAGGTATCCAGTTTGCTACTCC  541

seq1  TCTTTCAGTAATCTCTGATATTCAGGAAGTGAATCATAATATTCTTTGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGTAATCTCTGATATTCAGGAAGTGAATCATAATATTCTTTGTA  591

seq1  GTATCTTTATTTACCTTTTTGTCAAAATCTTAAAGTTTCTTTAAAATAAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTTATTTACCTTTTTGTCAAAATCTTAAAGTTTCTTTAAAATAAC  641

seq1  AACACCTCCACCCACTGAAATCATTAGTGACAACAACACAAAGTAGGTTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTCCACCCACTGAAATCATTAGTGACAACAACACAAAGTAGGTTA  691

seq1  TTGTCTCTTGACCATTAATTCCTATATATTTAAATATTTTCATAAGGTCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTTGACCATTAATTCCTATATATTTAAATATTTTCATAAGGTCT  741

seq1  AAAGTATCAAGACAAAAAAATGAGTCACGACTTATGAAATCTAAGCCTGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATCAAGACAAAAAAATGAGTCACGACTTATGAAATCTAAGCCTGG  791

seq1  GCAGCTTTAGCATGGAGCTGTTTTTTACTTGAGGTATTTGTTTGGGAAGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTTAGCATGGAGCTGTTTTTTACTTGAGGTATTTGTTTGGGAAGT  841

seq1  TTAGAGGTGATGCCTCTTCTAGGTAACTGAGACTTTGTCCCAGAATAAAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGTGATGCCTCTTCTAGGTAACTGAGACTTTGTCCCAGAATAAAG  891

seq1  CCGATCCTGGCTTACTCATAGAGTACCATGGCTCATGAAATCACCAAACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATCCTGGCTTACTCATAGAGTACCATGGCTCATGAAATCACCAAACA  941

seq1  GCTATAAGCCCACAGTCACCACCATACAATGAATCATCTTGGACTAACTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAGCCCACAGTCACCACCATACAATGAATCATCTTGGACTAACTT  991

seq1  GCTTCTAAACAACAGACGTCCCATGAAGATGGCCACTATATAATTTTTTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTAAACAACAGACGTCCCATGAAGATGGCCACTATATAATTTTTTT  1041

seq1  CTTGTAAATTAGTTAAAATTATAATTAGAGAATGCTATTTATCTTTTGAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAATTAGTTAAAATTATAATTAGAGAATGCTATTTATCTTTTGAT  1091

seq1  AGTTCTATCAACATGAAAACATTGAGTGATACATCTGTTGAAAGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATCAACATGAAAACATTGAGTGATACATCTGTTGAAAGAATTC  1140

seq1: chr12_119814452_119815580
seq2: B6Ng01-263H05.g_65_1184

seq1  GAATTCAAATCTGTGTGCAGCTAGCGGAAAGTCCCATACTTTCTTAATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCTGTGTGCAGCTAGCGGAAAGTCCCATACTTTCTTAATGG  50

seq1  TTAGTGAGCACTGATTCAAGGGGCACACAGCAGAAAGTGATGTAAGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAGCACTGATTCAAGGGGCACACAGCAGAAAGTGATGTAAGGTCA  100

seq1  AGGAGGTCGACTTCTTTGCTCAGCTTTTACTTATAGAATATTGGACATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTCGACTTCTTTGCTCAGCTTTTACTTATAGAATATTGGACATTC  150

seq1  GAGCTAGCAGTTCTAGAGGGAGAGAGCTTCACAGGTACAAGCAGGATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGCAGTTCTAGAGGGAGAGAGCTTCACAGGTACAAGCAGGATGAT  200

seq1  GACAAAAGCGTCCCAAATGTGGAATCATGGTTAGCTCATGGAGAACAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAGCGTCCCAAATGTGGAATCATGGTTAGCTCATGGAGAACAAGA  250

seq1  TCTGTACAATAAGTTCTAGAGCCCAAGTGTGGGTCAGGTGTTGTTATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACAATAAGTTCTAGAGCCCAAGTGTGGGTCAGGTGTTGTTATAGA  300

seq1  GTCATTTATTCCCATGTCATCAGCATGAAACCAAGATAAAGCACCAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTATTCCCATGTCATCAGCATGAAACCAAGATAAAGCACCAGGGA  350

seq1  AAACAAAGGAGAGACTTTAACCATAGACTAAAGGCTTTCAGGAAGGATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGGAGAGACTTTAACCATAGACTAAAGGCTTTCAGGAAGGATCT  400

seq1  ACTGTATATTTCTAAGTAAGTATAAATTAATATTAATAATTTACAGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATATTTCTAAGTAAGTATAAATTAATATTAATAATTTACAGAGTA  450

seq1  ATTAACACTAATTAGTAAATCGCTTGCTCTACCAGCTAACTTAAAGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACACTAATTAGTAAATCGCTTGCTCTACCAGCTAACTTAAAGAACA  500

seq1  CTAGTCCTAAAATAAAGGCCTTCCTTTCCATGTGAGGACTTTAAGTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCCTAAAATAAAGGCCTTCCTTTCCATGTGAGGACTTTAAGTAAAT  550

seq1  TGGGCTGGAAACCTATCCATATTCCATGTATGGAGCTTGCAGGGTTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGAAACCTATCCATATTCCATGTATGGAGCTTGCAGGGTTTCTC  600

seq1  CTGTAGCAGTAGCAATTCTACTTTAGATGCATAAACAAAAAAAAAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCAGTAGCAATTCTACTTTAGATGCATAAACAAAAAAAAAAAAAA  650

seq1  ACCTCCCTGGCTTAGCTCTTTTGTAGAGTAATCCATACCATAGCTTCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTGGCTTAGCTCTTTTGTAGAGTAATCCATACCATAGCTTCCAC  700

seq1  TCTACAAAAGAAAAAGCTTTAACAGAGGCACCATGTCAACAGGGGCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAAAGAAAAAGCTTTAACAGAGGCACCATGTCAACAGGGGCTAAT  750

seq1  TGCACACAATCTTCTCTCAGTTTGAAAGACATTTTATATAGATTGTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACAATCTTCTCTCAGTTTGAAAGACATTTTATATAGATTGTCAAA  800

seq1  TGGGCACTGAAACTTTGATTTTGTAGCAAATGTTCCACCTGTGTAATCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACTGAAACTTTGATTTTGTAGCAAATGTTCCACCTGTGTAATCTT  850

seq1  GTTTACATTGCCCTGAGGAGTGTTCCC-TTTTATTAACAAACCTCAATAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATTGCCCTGAGGAGTGTTCCCTTTTTATTAACAAACCTCAATAC  900

seq1  TGGATATAATAATGCACCATAGAGTAG-AAAATCTGTTGCCTATCCCTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATAATAATGCACCATAGAGTAGAAAAATCTGTTGCCTATCCCTTG  950

seq1  ACCCTTGAACCTGCTGGTGTATGATATTGTCTGGAAGAGTCTTACAGAGC  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||
seq2  ACCCTTGAACCTGCTGGTGTATGATA-TGTCTGAAGAAGTC-TACAGAGC  998

seq1  TCTTGTTCTTTTCCCATGAAAAGAGCCTCAGTATTGAT-CACTGGGTTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |  |
seq2  TCTTGTTCTTTTCCCATGAAAAGAGCCTCAGTA-TGATCCACTGGAT--A  1045

seq1  AAACCCCAACACAAGCAATG-CTCATTGACTTGTATGTTCCTGTTGACAA  1096
      ||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||  ||| |||| |
seq2  AAACCCC-ACACAAGCAATGCCTCA-TGAC-TGTATGT--CTG-TGAC-A  1088

seq1  AGCACTCTGATTTCAGTAGAGGGATGGCAATGA  1129
      ||||||||| | |||||| | ||||||| ||||
seq2  AGCACTCTG-TATCAGTAAAAGGATGGCCATGA  1120