BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270P20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 30,680,787 - 30,852,673
singlet/doubletdoublet
Overlap genePxdn, Tpo
Upstream gene4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496
Downstream geneSntg2, Tmem18, LOC100043055, Acp1, Sh3yl1, LOC629656, 9030611O19Rik, LOC668781, LOC100043065
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270P20.bB6Ng01-270P20.g
ACCGA073188GA073189
length1,0991,127
definitionB6Ng01-270P20.b B6Ng01-270P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,851,562 - 30,852,673)(30,680,787 - 30,681,917)
sequence
gaattcctctgaacccccattgacttaaaacttagcgacacacagaactc
atgtggctatctctgctgttttaaattattcagtgtttagtgtgaaggga
ccataaaatatcagtcaactgcagccctgggtcagatctgctcctattgt
ctgtctctgtgaatctcttccctagattccagctgcatcccttcaccttt
gaatctcccagatgcctccacatcacagtgggaccaggaagatctgccta
acactatgtacctgaatatctactggcgtatgtgctaaccttgacttcca
aatgtgggcttcatcttccatttacaaagggtttccagggcagctttatg
catactactgaggagattcagagatgataacatctgaccccacctatggt
tcactatggtctgcagggaggataggtatttgatgaggagaaaatcatgc
cagtggccaggacacctcaaagagctgtattagacaccacagagagggtg
tacccagcaaaagagaggatgacaaaggagagcaatgatctggagaggta
tgcatacaccgacttcaaaagcctcttgctgggatgttaatgaaagctac
aggggttagcaggagatggagactcaaggtcttaggcaccctgcatcctc
acgccatctcatagctcaccctcctcctgcagccatctgtcctttccaca
catgtgtgtctactttccagtccaagtatcccaagttgtagaaaactcta
gctatcaccttcccctgctgctgatttcagccactatgtgatgccttccc
tggagcatccatgacaatgtccatctgctgaggactctttgttggtatgt
gtgtcattctgctaatattgtgctgtccaacaatattgaaccttaaacat
aatttatattaaacaggctatgattttgtccataagaagactttgacttt
gttgggatattcattgttctattaaacttggaaaatattttctcctggtt
tcttaaattttgaaacagcatgtgatgcctaattccaggactcagatgct
gagcagagagcacaaatttgagcagctgccattagtgagccctccctgc

gaattcacatgctgtatacagaggatcctgctgggacatgtagggacctc
actatagtcctcacagagtaccagttctcagtaccctccatctctgtcac
tgcccacttatcttctccagagtggtgcagctgtggtctgcacatgagtt
atcagttctgtctctgggtcactttctctcagggcattcctagatccctg
agccctatccaccatagctctgggcctccagtagttaccacaggtgcccc
cagttagtggaacttatctattgcacatagctctcttctcagtgaaggac
aggtgtggagaagagcttatcgaatggtgggagtttgatctgcgagagca
ctagtaagtttccttccctgggaaggtcggggcagatgtaaacatagcct
cagagaattttccatttgagccttaacagttgaccaacattcctgtctcc
cagaaaagcaacttctgttccctagtcttattgcagtctcatttttatta
ttttgctccaggatggtgttcaggtaacagaaagtggaaaatttcacatc
agccccgaaggattcttgaccatcaatgatgttggcactgccgatgcagg
tcgctatgagtgtgtagctcggaacacaattggatatgcctctgtgagca
tggtactcagtgtgaatggtaagatgtatatgccaagcccaaggcattgt
ctcagagggtttgggtgatatggcatcaggcctcttttctcatcctatga
gcatccacttagggtatgtgctagttagtttgaactgacaatgtcacacc
atctagaatcgcctaggaaaaatttatttagaaattatctagatagttgg
cttgttgacacatctatgggtaattgtcttgattgtttattaatgtaaaa
agacgaagcccactgtgggtgacaccatttccctgaataagggttcttgt
accacattaggatgaaaaggatgtgttggttttctctggttgaatgattt
gtactttaagttctgcctgacttctctgacagtgtactgtaactaattgt
aagccaaatatatttttttccttccattaagttgctttttaaccaggaca
ttttcttacagtgatacgaaaatcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30851562_30852673
seq2: B6Ng01-270P20.b_44_1142 (reverse)

seq1  GCAGGGAGGGCTTCACTAAATGGCCAAGGCTGCCTTCAAATTTGTGCTCT  50
      ||||||||||| ||||| ||||||    |||||  |||||||||||||||
seq2  GCAGGGAGGGC-TCACT-AATGGC---AGCTGC--TCAAATTTGTGCTCT  43

seq1  TCCTGCTTCAGCATTCTGAGTCCTGGAATTAGGCATCACCATGCCTGGTT  100
        |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   |||
seq2  --CTGC-TCAGCA-TCTGAGTCCTGGAATTAGGCATCA-CATGC--TGTT  86

seq1  TCAAAATTTAAGAAACCAGGAGAAAATATTTTTCCAAGTTTAATAGAACA  150
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTTAAGAAACCAGGAGAAAATA-TTTTCCAAGTTTAATAGAACA  135

seq1  ATGAATAT-CCAACAAAGTCAAAGTCTTCTTATGGACAAAATCATAGCCT  199
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATCCCAACAAAGTCAAAGTCTTCTTATGGACAAAATCATAGCCT  185

seq1  GTTTAATATAAATTATGTTTAAGGTTCAATATTGTTGGACAGCACAATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATATAAATTATGTTTAAGGTTCAATATTGTTGGACAGCACAATAT  235

seq1  TAGCAGAATGACACACATACCAACAAAGAGTCCTCAGCAGATGGACATTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAATGACACACATACCAACAAAGAGTCCTCAGCAGATGGACATTG  285

seq1  TCATGGATGCTCCAGGGAAGGCATCACATAGTGGCTGAAATCAGCAGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGATGCTCCAGGGAAGGCATCACATAGTGGCTGAAATCAGCAGCAG  335

seq1  GGGAAGGTGATAGCTAGAGTTTTCTACAACTTGGGATACTTGGACTGGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGATAGCTAGAGTTTTCTACAACTTGGGATACTTGGACTGGAA  385

seq1  AGTAGACACACATGTGTGGAAAGGACAGATGGCTGCAGGAGGAGGGTGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACACACATGTGTGGAAAGGACAGATGGCTGCAGGAGGAGGGTGAG  435

seq1  CTATGAGATGGCGTGAGGATGCAGGGTGCCTAAGACCTTGAGTCTCCATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGATGGCGTGAGGATGCAGGGTGCCTAAGACCTTGAGTCTCCATC  485

seq1  TCCTGCTAACCCCTGTAGCTTTCATTAACATCCCAGCAAGAGGCTTTTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTAACCCCTGTAGCTTTCATTAACATCCCAGCAAGAGGCTTTTGA  535

seq1  AGTCGGTGTATGCATACCTCTCCAGATCATTGCTCTCCTTTGTCATCCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGTGTATGCATACCTCTCCAGATCATTGCTCTCCTTTGTCATCCTC  585

seq1  TCTTTTGCTGGGTACACCCTCTCTGTGGTGTCTAATACAGCTCTTTGAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCTGGGTACACCCTCTCTGTGGTGTCTAATACAGCTCTTTGAGG  635

seq1  TGTCCTGGCCACTGGCATGATTTTCTCCTCATCAAATACCTATCCTCCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGCCACTGGCATGATTTTCTCCTCATCAAATACCTATCCTCCCT  685

seq1  GCAGACCATAGTGAACCATAGGTGGGGTCAGATGTTATCATCTCTGAATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCATAGTGAACCATAGGTGGGGTCAGATGTTATCATCTCTGAATC  735

seq1  TCCTCAGTAGTATGCATAAAGCTGCCCTGGAAACCCTTTGTAAATGGAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGTAGTATGCATAAAGCTGCCCTGGAAACCCTTTGTAAATGGAAG  785

seq1  ATGAAGCCCACATTTGGAAGTCAAGGTTAGCACATACGCCAGTAGATATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCCCACATTTGGAAGTCAAGGTTAGCACATACGCCAGTAGATATT  835

seq1  CAGGTACATAGTGTTAGGCAGATCTTCCTGGTCCCACTGTGATGTGGAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACATAGTGTTAGGCAGATCTTCCTGGTCCCACTGTGATGTGGAGG  885

seq1  CATCTGGGAGATTCAAAGGTGAAGGGATGCAGCTGGAATCTAGGGAAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGAGATTCAAAGGTGAAGGGATGCAGCTGGAATCTAGGGAAGAG  935

seq1  ATTCACAGAGACAGACAATAGGAGCAGATCTGACCCAGGGCTGCAGTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAGAGACAGACAATAGGAGCAGATCTGACCCAGGGCTGCAGTTGA  985

seq1  CTGATATTTTATGGTCCCTTCACACTAAACACTGAATAATTTAAAACAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATTTTATGGTCCCTTCACACTAAACACTGAATAATTTAAAACAGC  1035

seq1  AGAGATAGCCACATGAGTTCTGTGTGTC-CTAAGTTTTAAGTCAATGGGG  1098
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGCCACATGAGTTCTGTGTGTCGCTAAGTTTTAAGTCAATGGGG  1085

seq1  GTTCAGAGGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGGAATTC  1099


seq1: chr12_30680787_30681917
seq2: B6Ng01-270P20.g_65_1191

seq1  GAATTCACATGCTGTATACAGAGGATCCTGCTGGGACATGTAGGGACCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGCTGTATACAGAGGATCCTGCTGGGACATGTAGGGACCTC  50

seq1  ACTATAGTCCTCACAGAGTACCAGTTCTCAGTACCCTCCATCTCTGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGTCCTCACAGAGTACCAGTTCTCAGTACCCTCCATCTCTGTCAC  100

seq1  TGCCCACTTATCTTCTCCAGAGTGGTGCAGCTGTGGTCTGCACATGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACTTATCTTCTCCAGAGTGGTGCAGCTGTGGTCTGCACATGAGTT  150

seq1  ATCAGTTCTGTCTCTGGGTCACTTTCTCTCAGGGCATTCCTAGATCCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTCTGTCTCTGGGTCACTTTCTCTCAGGGCATTCCTAGATCCCTG  200

seq1  AGCCCTATCCACCATAGCTCTGGGCCTCCAGTAGTTACCACAGGTGCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATCCACCATAGCTCTGGGCCTCCAGTAGTTACCACAGGTGCCCC  250

seq1  CAGTTAGTGGAACTTATCTATTGCACATAGCTCTCTTCTCAGTGAAGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGTGGAACTTATCTATTGCACATAGCTCTCTTCTCAGTGAAGGAC  300

seq1  AGGTGTGGAGAAGAGCTTATCGAATGGTGGGAGTTTGATCTGCGAGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGAGAAGAGCTTATCGAATGGTGGGAGTTTGATCTGCGAGAGCA  350

seq1  CTAGTAAGTTTCCTTCCCTGGGAAGGTCGGGGCAGATGTAAACATAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAAGTTTCCTTCCCTGGGAAGGTCGGGGCAGATGTAAACATAGCCT  400

seq1  CAGAGAATTTTCCATTTGAGCCTTAACAGTTGACCAACATTCCTGTCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATTTTCCATTTGAGCCTTAACAGTTGACCAACATTCCTGTCTCC  450

seq1  CAGAAAAGCAACTTCTGTTCCCTAGTCTTATTGCAGTCTCATTTTTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGCAACTTCTGTTCCCTAGTCTTATTGCAGTCTCATTTTTATTA  500

seq1  TTTTGCTCCAGGATGGTGTTCAGGTAACAGAAAGTGGAAAATTTCACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTCCAGGATGGTGTTCAGGTAACAGAAAGTGGAAAATTTCACATC  550

seq1  AGCCCCGAAGGATTCTTGACCATCAATGATGTTGGCACTGCCGATGCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCGAAGGATTCTTGACCATCAATGATGTTGGCACTGCCGATGCAGG  600

seq1  TCGCTATGAGTGTGTAGCTCGGAACACAATTGGATATGCCTCTGTGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTATGAGTGTGTAGCTCGGAACACAATTGGATATGCCTCTGTGAGCA  650

seq1  TGGTACTCAGTGTGAATGGTAAGATGTATATGCCAAGCCCAAGGCATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTCAGTGTGAATGGTAAGATGTATATGCCAAGCCCAAGGCATTGT  700

seq1  CTCAGAGGGTTTGGGTGATATGGCATCAGGCCTCTTTTCTCATCCTATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGGTTTGGGTGATATGGCATCAGGCCTCTTTTCTCATCCTATGA  750

seq1  GCATCCACTTAGGGTATGTGCTAGTTAGTTTGAACTGACAATGTCACACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACTTAGGGTATGTGCTAGTTAGTTTGAACTGACAATGTCACACC  800

seq1  ATCTAGAATCGCCTAGGAAAAATTTATTTAGAAATTATCTAGATAGTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAATCGCCTAGGAAAAATTTATTTAGAAATTATCTAGATAGTTGG  850

seq1  CTTGTTGACACATCTATGGGTAATTGTCTTGATTGTTTATTAATGTAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGACACATCTATGGGTAATTGTCTTGATTGTTTATTAATGTAAAA  900

seq1  AGACGAAGCCCACTGTGGGTGACACCA-TTCCCTGAATAAGGGGTCTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  AGACGAAGCCCACTGTGGGTGACACCATTTCCCTGAATAAGGGTTCTTGT  950

seq1  ACCACATAAGGGATGAAAAAGGATGTGTTTGTTTTTTCTCTGGTTTTGAT  999
      ||||||| | ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||  |||| 
seq2  ACCACATTA-GGATG-AAAAGGATGTGTTGG--TTTTCTCTGG--TTGAA  994

seq1  TGGATTTGTTACTTTTAAGTTCTTGCCTGACTTCTCTGACAGTGTACTGT  1049
      | |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GATTTG-TAC-TTTAAGTTC-TGCCTGACTTCTCTGACAGTGTACTGT  1040

seq1  AACCTAAATTGTAAGCAAAATATATTTTTT--CTTCCA-TAAGTTGCTTT  1096
      |||   |||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||
seq2  AAC--TAATTGTAAGCCAAATATATTTTTTTCCTTCCATTAAGTTGCTTT  1088

seq1  TT-ACCAGGATA-TTTGTTACAGT-AT-CAGAAATCAAA  1131
      || ||||||| | ||| ||||||| || |  ||||||||
seq2  TTAACCAGGACATTTTCTTACAGTGATACGAAAATCAAA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |