BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273I06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,210,537 - 27,371,521
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700020D12Rik
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273I06.bB6Ng01-273I06.g
ACCGA075069GA075070
length1,0501,168
definitionB6Ng01-273I06.b B6Ng01-273I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,210,537 - 27,211,572)(27,370,371 - 27,371,521)
sequence
gaattcatgtacaaaatgagtttcctaaggttttgctcatggactggtgg
aaagatgaactgaaatgatgcttttaaaagcacctgcgtcaacacagaca
gattttctgctttcttggcacagagccatctcccgtcccatccttcagtg
ctcagcttggataccacgttctctcataatccattcctggctcctggtgt
ctgccatgggctctggaataagtgggagatgcttttagctgcaagtgatg
ggagggacaggaaagaagagggttgattctccagtcggttcttacaaacg
agcacacctaccactgcaacactgggcacaagagcagcagaccccccccc
acccccgggatgcatgaggaaagtgcagaaatcctatcagtctgaatccc
tcagcaatggcataaagatagaagcctgctaaaagcagcgcacggtgacc
cacgccacacgatgaatgaataagagctacagaaactgtgtcacataacc
cagagaaaggcctgtgtttcccttagggaagtggcattgataatgagcaa
tgaggaggtatgggatgaggactgagctgtgatttgaatatgagtgttct
tccaaggttcaaatattgaaccctaagcacccagagtgatagtattaggg
ggtggtgcctcagatgagaaggtcatatggctccatccccagtgacagaa
ttagtggccttaaaagaggttcccaagaaacttgtcccccagctgctact
gtgtaaggattcctagaaggcatctatgaagacagtccttttaccagaca
gctggttttgctgggtgtctcagttttaaatttccctagtctcaagaacc
atgagtaactctctgctctgaagttgttttttgtttgaagaaatactggt
tgacgaagatactgggatgatctggaatgaacgcaggacatctcagcctg
cggatgggtgtcttccgacccaacgagggggcctaggagtccttctgtgt
agattttgcatgtgtgtgtacacttggtgtattccctaggagtggatcat


gaattctttcaccacgctggtcattcttggacataactgatcagcaaatc
cctttatctgcagatccctttgttccatgacccacatggcagtgtttaaa
tatggaaatatttatgctgtccttagagcttataaagactgtgtaaccta
atctggtgtgcagatgaacttaacccttgctctgcacttctattttcctt
aaagtgtgcctttatgtttaatccagtttaatggcatcttacttggcttg
gtttactttgtgacaactttgttgattccgatcctaccatgtttccctgg
atcatcacttaaagttgattagataaaaatcatgggacaataggtggcta
gagagatgactcagcagcaatgcacacttgctgttcttgcagaggactgg
agtttggttgccagcatccatgttgggtggcttatacccactgtcaccca
tacacacaggcatacagacacacatgtatatacatgagtaaaaattaagt
ctttttttttttaatgcatggggcttggcttgatttgagactgtaaggga
acacatccccaatatcccaggctgcatcactagaggcaacatggacatct
agcctcagtggcctcatttcctatctctgaaccatcagcccatcagatta
gcagatctctagattacacttctaaagggttttctctctttgttttcctg
ctagatacaatgtcatcaaattgtgttttataacagaaaagctagcagtg
atttggggaatactttactagataaagaaattctcactagacaagcccat
aaaattcagtagagaacatattccattttcattacagacaattaggatgt
tacagttgccacagcacagtagtttcactgtctaaggagcaatagtatca
tttgggcagtgtggggccattgcttctaacccttcatacatgctccttag
tcattcaacgtaaaatttgaagaaagtagaaggccaccttagttgttagc
ttttactctgggttaataacctcttctagttcccaccctcagatgaaaca
ggatagaatgtgagaatttaaacacctcaaatggttaatttagttcaagg
aacacccaaggcatgctgctcttatgatggtataaaatcactgtgttacc
taaagaatccctttaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27210537_27211572
seq2: B6Ng01-273I06.b_43_1092

seq1  GAATTCATGTACAAAATGAGTTTCCTAAGGTTTTGCTCATGGACTGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTACAAAATGAGTTTCCTAAGGTTTTGCTCATGGACTGGTGG  50

seq1  AAAGATGAACTGAAATGATGCTTTTAAAAGCACCTGCGTCAACACAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGAACTGAAATGATGCTTTTAAAAGCACCTGCGTCAACACAGACA  100

seq1  GATTTTCTGCTTTCTTGGCACAGAGCCATCTCCCGTCCCATCCTTCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCTGCTTTCTTGGCACAGAGCCATCTCCCGTCCCATCCTTCAGTG  150

seq1  CTCAGCTTGGATACCACGTTCTCTCATAATCCATTCCTGGCTCCTGGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTGGATACCACGTTCTCTCATAATCCATTCCTGGCTCCTGGTGT  200

seq1  CTGCCATGGGCTCTGGAATAAGTGGGAGATGCTTTTAGCTGCAAGTGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGGGCTCTGGAATAAGTGGGAGATGCTTTTAGCTGCAAGTGATG  250

seq1  GGAGGGACAGGAAAGAAGAGGGTTGATTCTCCAGTCGGTTCTTACAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGACAGGAAAGAAGAGGGTTGATTCTCCAGTCGGTTCTTACAAACG  300

seq1  AGCACACCTACCACTGCAACACTGGGCACAAGAGCAGCAGACCCCCCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACCTACCACTGCAACACTGGGCACAAGAGCAGCAGACCCCCCCCC  350

seq1  ACCCCCGGGATGCATGAGGAAAGTGCAGAAATCCTATCAGTCTGAATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCGGGATGCATGAGGAAAGTGCAGAAATCCTATCAGTCTGAATCCC  400

seq1  TCAGCAATGGCATAAAGATAGAAGCCTGCTAAAAGCAGCGCACGGTGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATGGCATAAAGATAGAAGCCTGCTAAAAGCAGCGCACGGTGACC  450

seq1  CACGCCACACGATGAATGAATAAGAGCTACAGAAACTGTGTCACATAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCACACGATGAATGAATAAGAGCTACAGAAACTGTGTCACATAACC  500

seq1  CAGAGAAAGGCCTGTGTTTCCCTTAGGGAAGTGGCATTGATAATGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGGCCTGTGTTTCCCTTAGGGAAGTGGCATTGATAATGAGCAA  550

seq1  TGAGGAGGTATGGGATGAGGACTGAGCTGTGATTTGAATATGAGTGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGTATGGGATGAGGACTGAGCTGTGATTTGAATATGAGTGTTCT  600

seq1  TCCAAGGTTCAAATATTGAACCCTAAGCACCCAGAGTGATAGTATTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGTTCAAATATTGAACCCTAAGCACCCAGAGTGATAGTATTAGGG  650

seq1  GGTGGTGCCTCAGATGAGAAGGTCATATGGCTCCATCCCCAGTGACAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCCTCAGATGAGAAGGTCATATGGCTCCATCCCCAGTGACAGAA  700

seq1  TTAGTGGCCTTAAAAGAGGTTCCCAAGAAACTTGTCCCCCAGCTGCTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGCCTTAAAAGAGGTTCCCAAGAAACTTGTCCCCCAGCTGCTACT  750

seq1  GTGTAAGGATTCCTAGAAGGCATCTATGAAGACAGTCC-TTTACCAGACA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGTAAGGATTCCTAGAAGGCATCTATGAAGACAGTCCTTTTACCAGACA  800

seq1  GCTGG-TTTGCT-GGTGTCTCAGTTTTAAATTT-CCTAGTCTCAAGAACC  846
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTTGCTGGGTGTCTCAGTTTTAAATTTCCCTAGTCTCAAGAACC  850

seq1  ATGAGTAACTCTCTGCTCTGAAG-TGTTTTT--GTTGAAGAAATACTGG-  892
      ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||| 
seq2  ATGAGTAACTCTCTGCTCTGAAGTTGTTTTTTGTTTGAAGAAATACTGGT  900

seq1  TGACGAAGATACT-GGATGATCTGGAATGAACGCAGGACATCTCAG-CTG  940
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACGAAGATACTGGGATGATCTGGAATGAACGCAGGACATCTCAGCCTG  950

seq1  CGGATGGGTGTCTTCCGACACAACGAGGGGG-CTAGGAGTCCTCCTGTGT  989
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CGGATGGGTGTCTTCCGACCCAACGAGGGGGCCTAGGAGTCCTTCTGTGT  1000

seq1  AGA-TTTGCATGTGTGTGTACACTT-GTGTATT-CCTAAGAGTGGATCAT  1036
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||
seq2  AGATTTTGCATGTGTGTGTACACTTGGTGTATTCCCTAGGAGTGGATCAT  1050


seq1: chr12_27370371_27371521
seq2: B6Ng01-273I06.g_66_1233 (reverse)

seq1  ATTTAAAGGGGTTTCTTTTAAGTAACA-AGTGATTTTTAATACCCATCCT  49
      |||||||||| ||   |||| |||||| |||||||||  ||| |||| | 
seq2  ATTTAAAGGGATT--CTTTAGGTAACACAGTGATTTT--ATA-CCAT-CA  44

seq1  TAAGAGCAGCATCCCTGGTGTTTCCTTTGAACTTAATT-ACCATTTTGAG  98
      |||||||||||| ||| | || | | ||||||| |||| |||||||   |
seq2  TAAGAGCAGCATGCCTTGGGTGTTCCTTGAACTAAATTAACCATTTGAGG  94

seq1  TGTTTAA--TCTCACA-TCTAT-CTGTTTCATCTGAGGGTGTGAACTAG-  143
      |||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGTTTAAATTCTCACATTCTATCCTGTTTCATCTGAGGGTGGGAACTAGA  144

seq1  AGAGG-TAT--AACCAGAGTTAAAGCT-ACAACT-AGGTGGCCTTCTAC-  187
      ||||| |||  | ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| 
seq2  AGAGGTTATTAACCCAGAGTAAAAGCTAACAACTAAGGTGGCCTTCTACT  194

seq1  TTCTTC-AATTTTACGT--GATGACTAAGGAGCATGTATGAA-GGTTAG-  232
      |||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TTCTTCAAATTTTACGTTGAATGACTAAGGAGCATGTATGAAGGGTTAGA  244

seq1  AGCAATGG-CCCACACTG-CCAAATGATACTA-TGCTCCTTAGACAGTGA  279
      |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCAATGGCCCCACACTGCCCAAATGATACTATTGCTCCTTAGACAGTGA  294

seq1  AACTACTGTGCTGTGGCAACTGTAACATCCT-ATTGTCTGTAATGAAAAT  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACTACTGTGCTGTGGCAACTGTAACATCCTAATTGTCTGTAATGAAAAT  344

seq1  GGAATATGTTCTCTACTG-ATTTTATGGGCTTGTCTAGTGAGAATTTCTT  377
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGTTCTCTACTGAATTTTATGGGCTTGTCTAGTGAGAATTTCTT  394

seq1  TATCTAGTAAAGTATTCCCCAAATCACTGCTAGCTTTTCTGTTATAAAAC  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGTAAAGTATTCCCCAAATCACTGCTAGCTTTTCTGTTATAAAAC  444

seq1  ACAATTTGATGACATTGTATCTAGCAGGAAAACAAAGAGAGAAAACCCTT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTGATGACATTGTATCTAGCAGGAAAACAAAGAGAGAAAACCCTT  494

seq1  TAGAAGTGTAATCTAGAGATCTGCTAATCTGATGGGCTGATGGTTCAGAG  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGTAATCTAGAGATCTGCTAATCTGATGGGCTGATGGTTCAGAG  544

seq1  ATAGGAAATGAGGCCACTGAGGCTAGATGTCCATGTTGCCTCTAGTGATG  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAATGAGGCCACTGAGGCTAGATGTCCATGTTGCCTCTAGTGATG  594

seq1  CAGCCTGGGATATTGGGGATGTGTTCCCTTACAGTCTCAAATCAAGCCAA  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGGATATTGGGGATGTGTTCCCTTACAGTCTCAAATCAAGCCAA  644

seq1  GCCCCATGCATTAAAAAAAAAAAGACTTAATTTTTACTCATGTATATACA  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATGCATTAAAAAAAAAAAGACTTAATTTTTACTCATGTATATACA  694

seq1  TGTGTGTCTGTATGCCTGTGTGTATGGGTGACAGTGGGTATAAGCCACCC  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTGTATGCCTGTGTGTATGGGTGACAGTGGGTATAAGCCACCC  744

seq1  AACATGGATGCTGGCAACCAAACTCCAGTCCTCTGCAAGAACAGCAAGTG  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGATGCTGGCAACCAAACTCCAGTCCTCTGCAAGAACAGCAAGTG  794

seq1  TGCATTGCTGCTGAGTCATCTCTCTAGCCACCTATTGTCCCATGATTTTT  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGCTGCTGAGTCATCTCTCTAGCCACCTATTGTCCCATGATTTTT  844

seq1  ATCTAATCAACTTTAAGTGATGATCCAGGGAAACATGGTAGGATCGGAAT  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATCAACTTTAAGTGATGATCCAGGGAAACATGGTAGGATCGGAAT  894

seq1  CAACAAAGTTGTCACAAAGTAAACCAAGCCAAGTAAGATGCCATTAAACT  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAGTTGTCACAAAGTAAACCAAGCCAAGTAAGATGCCATTAAACT  944

seq1  GGATTAAACATAAAGGCACACTTTAAGGAAAATAGAAGTGCAGAGCAAGG  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAACATAAAGGCACACTTTAAGGAAAATAGAAGTGCAGAGCAAGG  994

seq1  GTTAAGTTCATCTGCACACCAGATTAGGTTACACAGTCTTTATAAGCTCT  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTTCATCTGCACACCAGATTAGGTTACACAGTCTTTATAAGCTCT  1044

seq1  AAGGACAGCATAAATATTTCCATATTTAAACACTGCCATGTGGGTCATGG  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGCATAAATATTTCCATATTTAAACACTGCCATGTGGGTCATGG  1094

seq1  AACAAAGGGATCTGCAGATAAAGGGATTTGCTGATCAGTTATGTCCAAGA  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGGATCTGCAGATAAAGGGATTTGCTGATCAGTTATGTCCAAGA  1144

seq1  ATGACCAGCGTGGTGAAAGAATTC  1151
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAGCGTGGTGAAAGAATTC  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |