BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279E07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,730,182 - 96,862,328
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC217786, LOC100039603
Downstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik, LOC100039664
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279E07.bB6Ng01-279E07.g
ACCGA079292GA079293
length8561,085
definitionB6Ng01-279E07.b B6Ng01-279E07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,861,473 - 96,862,328)(96,730,182 - 96,731,277)
sequence
gaattcactcattcattaaaataaaacttatctcttgtctgttgctattt
cccaagcaggaatagagtttttgtataagtaacatcaaataccctgtggt
cctatgtagaatatccgggttcccatctgcgttactgtgactgctaaaat
acagctcctcaccatgttagcacatatgtaaatatgattgcctgtctttt
gaacatattacaatttacccaaatccaaattgtgatgctggatgaagtac
ggatttgttgaaactgtaccttaaaactggcatttgaagtactgctcttc
atgtaatgggaataagaacattctgatgacatttattaaaagcgatgatt
tatttttttccttcccttcattttcctctgtttcccccacctccaacaaa
gctagtgaaccatgtctatttataatcatgtgagttctgctctttaaaaa
gtaatgattctgctaaaactgcctttgctgctggtaatagtggcttcctt
tactaagacatttttattgaatgattggcattagcaagaccttgttttgt
cttgtcattaaaaagcaaaaaaaaaatgctagttcttttgatcaatttac
aattcctgttgtttctcttggcactggtgtttaaatactcttgatgaatt
ttatatttctcaaatctccttccagtattattcttcattctcagtgtcct
ttagtccagaaaatatctgagcatggctgtcatgtgtacctgctgatgtc
ctaagccctgagttttagctagggaatggtgatactatttctaagataag
tacatgagtcataaaggaagagagggagagagagatggagagggtgagga
agaagg

gaattctagggaaagaatccttgtgggatttacacatatgagtcattagt
gaaaaagctagtgattcatatgtattcatgcccattcctgtgttaaaaag
gggatcctctctcatgtatgtattagcttttgccttaatgacagatgtac
tggctggttttgtgtgtcaacttgacaaaggctggagttataacagagaa
aggagcttcagttggggaagtgccttcatgagatccagctgtggggcttt
tttctcaattactaatcaagagcggcgggccccttgtgggtggtgccatt
cctgggctgatagtcttggcttctataagagagcaggctgagcaagccag
gggaagcaagccagtaaagaacatccctccatggcctctgcatcagctcc
tgctttctgacctgcttgagttccaatcctgacttcttgttgatgaacag
taatgtggaaatgtaagctgaataaaccctttcctccccaacttgcttct
tggtcatgatgtttgtgcaggaataaaaagacaacagagaaatatttttt
tttctcctgaaagtggattgcccctaacattgattactgtttatagtgtt
tacaatatatctcactatataattaatagatgataagtttgtctgggtag
gaatcttttcatgatgacaaacacatatagaatatgttatagaatagtag
gtttacctagaaaaacatagagtcatctaaatgtttggcagggtcatgcc
ttttatattgtgtctacatttgatggactatgacagtcactaaaaccata
gtaatttgttttctagaagtaaaagtacaataagagatgcagccttgtta
aaggaagtatcttagtggagaatcaaggcagtcctggtgcctctgttttc
ctgctgtctgtggatgcagatgtagatctctcactccttctctaacacca
tgtctgcttgcatgccacatgctctctgcaatgatgataatggactaagc
ttgaaactctaaacatgctcattaatgtttcctttatgagagtgctttcg
atcatgtgctctttcagcaatagactaaaacacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96861473_96862328
seq2: B6Ng01-279E07.b_41_896 (reverse)

seq1  CCTTCTTCCTCACCCTCTCCATCTCTCTCTCCCTCTCTTCCTTTATGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCCTCACCCTCTCCATCTCTCTCTCCCTCTCTTCCTTTATGACT  50

seq1  CATGTACTTATCTTAGAAATAGTATCACCATTCCCTAGCTAAAACTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACTTATCTTAGAAATAGTATCACCATTCCCTAGCTAAAACTCAGG  100

seq1  GCTTAGGACATCAGCAGGTACACATGACAGCCATGCTCAGATATTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGACATCAGCAGGTACACATGACAGCCATGCTCAGATATTTTCTG  150

seq1  GACTAAAGGACACTGAGAATGAAGAATAATACTGGAAGGAGATTTGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAGGACACTGAGAATGAAGAATAATACTGGAAGGAGATTTGAGAA  200

seq1  ATATAAAATTCATCAAGAGTATTTAAACACCAGTGCCAAGAGAAACAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAATTCATCAAGAGTATTTAAACACCAGTGCCAAGAGAAACAACA  250

seq1  GGAATTGTAAATTGATCAAAAGAACTAGCATTTTTTTTTTGCTTTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGTAAATTGATCAAAAGAACTAGCATTTTTTTTTTGCTTTTTAAT  300

seq1  GACAAGACAAAACAAGGTCTTGCTAATGCCAATCATTCAATAAAAATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGACAAAACAAGGTCTTGCTAATGCCAATCATTCAATAAAAATGTC  350

seq1  TTAGTAAAGGAAGCCACTATTACCAGCAGCAAAGGCAGTTTTAGCAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAAGGAAGCCACTATTACCAGCAGCAAAGGCAGTTTTAGCAGAAT  400

seq1  CATTACTTTTTAAAGAGCAGAACTCACATGATTATAAATAGACATGGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTTTTTAAAGAGCAGAACTCACATGATTATAAATAGACATGGTTC  450

seq1  ACTAGCTTTGTTGGAGGTGGGGGAAACAGAGGAAAATGAAGGGAAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTTTGTTGGAGGTGGGGGAAACAGAGGAAAATGAAGGGAAGGAAA  500

seq1  AAAATAAATCATCGCTTTTAATAAATGTCATCAGAATGTTCTTATTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATCATCGCTTTTAATAAATGTCATCAGAATGTTCTTATTCCCA  550

seq1  TTACATGAAGAGCAGTACTTCAAATGCCAGTTTTAAGGTACAGTTTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGAAGAGCAGTACTTCAAATGCCAGTTTTAAGGTACAGTTTCAAC  600

seq1  AAATCCGTACTTCATCCAGCATCACAATTTGGATTTGGGTAAATTGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCGTACTTCATCCAGCATCACAATTTGGATTTGGGTAAATTGTAAT  650

seq1  ATGTTCAAAAGACAGGCAATCATATTTACATATGTGCTAACATGGTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAAAAGACAGGCAATCATATTTACATATGTGCTAACATGGTGAGG  700

seq1  AGCTGTATTTTAGCAGTCACAGTAACGCAGATGGGAACCCGGATATTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTATTTTAGCAGTCACAGTAACGCAGATGGGAACCCGGATATTCTA  750

seq1  CATAGGACCACAGGGTATTTGATGTTACTTATACAAAAACTCTATTCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGACCACAGGGTATTTGATGTTACTTATACAAAAACTCTATTCCTG  800

seq1  CTTGGGAAATAGCAACAGACAAGAGATAAGTTTTATTTTAATGAATGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAATAGCAACAGACAAGAGATAAGTTTTATTTTAATGAATGAGT  850

seq1  GAATTC  856
      ||||||
seq2  GAATTC  856


seq1: chr12_96730182_96731277
seq2: B6Ng01-279E07.g_62_1146

seq1  GAATTCTAGGGAAAGAATCCTTGTGGGATTTACACATATGAGTCATTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGAAAGAATCCTTGTGGGATTTACACATATGAGTCATTAGT  50

seq1  GAAAAAGCTAGTGATTCATATGTATTCATGCCCATTCCTGTGTTAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCTAGTGATTCATATGTATTCATGCCCATTCCTGTGTTAAAAAG  100

seq1  GGGATCCTCTCTCATGTATGTATTAGCTTTTGCCTTAATGACAGATGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCTCTCTCATGTATGTATTAGCTTTTGCCTTAATGACAGATGTAC  150

seq1  TGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACAAAGGCTGGAGTTATAACAGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACAAAGGCTGGAGTTATAACAGAGAA  200

seq1  AGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCTTCATGAGATCCAGCTGTGGGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCTTCATGAGATCCAGCTGTGGGGCTTT  250

seq1  TTTCTCAATTACTAATCAAGAGCGGCGGGCCCCTTGTGGGTGGTGCCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAATTACTAATCAAGAGCGGCGGGCCCCTTGTGGGTGGTGCCATT  300

seq1  CCTGGGCTGATAGTCTTGGCTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTGATAGTCTTGGCTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAG  350

seq1  GGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCC  400

seq1  TGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAATCCTGACTTCTTGTTGATGAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAATCCTGACTTCTTGTTGATGAACAG  450

seq1  TAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  500

seq1  TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAAAAAGACAACAGAGAAATATTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAAAAAGACAACAGAGAAATATTTTTT  550

seq1  TTTCTCCTGAAAGTGGATTGCCCCTAACATTGATTACTGTTTATAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTGAAAGTGGATTGCCCCTAACATTGATTACTGTTTATAGTGTT  600

seq1  TACAATATATCTCACTATATAATTAATAGATGATAAGTTTGTCTGGGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATATCTCACTATATAATTAATAGATGATAAGTTTGTCTGGGTAG  650

seq1  GAATCTTTTCATGATGACAAACACATATAGAATATGTTATAGAATAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTTTCATGATGACAAACACATATAGAATATGTTATAGAATAGTAG  700

seq1  GTTTACCTAGAAAAACATAGAGTCATCTAAATGTTTGGCAGGGTCATGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCTAGAAAAACATAGAGTCATCTAAATGTTTGGCAGGGTCATGCC  750

seq1  TTTTATATTGTGTCTACATTTGATGGACTATGACAGTCACTAAAACCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTGTGTCTACATTTGATGGACTATGACAGTCACTAAAACCATA  800

seq1  GTAATTTGTTTTCTAGAAGTAAAAGTACAATAAGAGATGCAGCCTTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTTTTCTAGAAGTAAAAGTACAATAAGAGATGCAGCCTTGTTA  850

seq1  AAGGAAGTATCTTAGTGGAGAATCAAGGCAGTCCTGGTGCCTCTGTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTATCTTAGTGGAGAATCAAGGCAGTCCTGGTGCCTCTGTTTTC  900

seq1  CTGCTGTCTGTGGATGCAGATGTAGATCTCTCACCTCCTTCTCTAACACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCTGTGGATGCAGATGTAGATCTCTCA-CTCCTTCTCTAACACC  949

seq1  ATGTCTGCTTGCATGCCACCATGCTCTCTGCAATGATGATAATGGACTAA  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCTTGCATGCCA-CATGCTCTCTGCAATGATGATAATGGACTAA  998

seq1  GCTTTGAAACTCTAAACAATGCTCAATTAAATGTTTCCCTTTATGAGAGT  1050
      || |||||||||||||| |||||||  | ||||||| |||||||||||||
seq2  GC-TTGAAACTCTAAAC-ATGCTCA--TTAATGTTT-CCTTTATGAGAGT  1043

seq1  GCTTTATGATCATGGTGCCTCTTTTCAGCAATAGACTAAAACACAG  1096
      |||||  |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTT-CGATCAT-GTG-CTC-TTTCAGCAATAGACTAAAACACAG  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |