BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280L21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 91,137,915 - 91,258,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039498, LOC100039287, Dio2, LOC100039295, 4930544I03Rik, 4930534B04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280L21.bB6Ng01-280L21.g
ACCGA080394GA080395
length1,0491,028
definitionB6Ng01-280L21.b B6Ng01-280L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,137,915 - 91,138,971)(91,257,196 - 91,258,228)
sequence
gaattctctattatcaccagaaaaacagtagcttccaggtctttgctcct
cagtcacagaactttgactctatttgctatctagtctctgtcttttatgc
ttctttttctctggaaaatatagacctgggatgcctttcattacccctga
aaaaatgggagttttccattctttgtgtcttggaatctatgaataattca
acttaagctgctatagaaatccctttacttaagtgtgcaaaggtttgtac
cctcccttcctgttggtaatttcgcaacataagaggaataaataacaaga
aaatataggtattcaataacctactgtggttatcataaccctaaatgcaa
aaacaaatggtgttgtatcatgtcaacatgcttccatgtgacatacagca
tgaagtactgagaaaatgacataatgcaccaggaagttggtggcatctgc
tctaatgtttgtccatgatgattaagaactcatatattatgtctttgcat
aatacactcatgttttcatattctgtactctacaaatacttttattacca
cctgcatacttattacttaccctttatattgtaaaacaccatcagctaga
cattattagtgggttataattttggtctcatatttaactgtttggcttct
ttgtgcctcagtttcctcctctgtaataatcactgagctattgtaagaat
taaatgagtacatatatgtaaagtacagaatatccctacattatcaatcc
tcataaaattttattggaataatggagagagactatctctgaaaggatgc
ataggctactggttgctatcacagcctctgtaaaactgtaggagggaatg
gaaacctgcaagataagcttaaaggaggatacagagtcacatttccttgt
ccaggaatttatattgttaaatatttaagattcatgtctttcccaattaa
taaaggaataaagcaatccagctataacctttcttcttttgtaaatgaga
ctagtttcactttaccatactttctatctgacatggaaagatagcgaaa
gaattcaattacctgaaaatttaatcaaacaagcaatggatctaatggcc
agaacactgaggcgatgataaaacagaagtctgggtttttttttttttaa
atcccttttgaataaaattgaagagtaatgggtatgtctcctgaaagtga
gttatcattttataaagaatagataggattcatttcttattaaaatatcc
ctagatgaccatgaagctgatgtcgtggaagtcatgggatattgcagtgt
gtaagagtaataatggctatcgtaatagcttacatttacagagggaacag
tgggtaccaagtccagccttgaatacttcacatacattacttcattaaca
cctgctggcagccagatgaattagataagatcagttccatataatagagt
ataaagatggagtgtggagacatttttcctcactttgctcaaagtcataa
agttccaaagtgacacacacagaccaaaagcaagctcaaacagggttgac
tttaaatccagggctcttaattaattcctaagacaagtggatgggaaagc
atttacttatttcagtgctgtttgacaaaagataagaatcagaaacgaag
tgattatgagtgagcccaggtaccctaatagtgggagaatgaggaatcag
tcaagggatcacacttgctttgttactactctataataccatctgcctgc
tggtctgctactttttggaatgaaactctgggtatcatgtgcagaaggca
tattgtgctctaccaccaaacaaagactcaatcttccaatccaatgatgc
agagcacccctagggcatggtgtggagttttagctgaaccaaggtcagct
aaagtcgttgaagtcgcagaagttgtgtagttggataccagaaggagaag
gttctgcctaattagaagatcctcatctcgcattgtattaaggaagaatg
gccatgttctattcatagaacagtctgcctctccttctagtctttgtgag
aggactatattttagccagacttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_91137915_91138971
seq2: B6Ng01-280L21.b_43_1091

seq1  GAATTCTCTATTATCACCAGAAAAACAGTAGCTTCCAGGTCTTTGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATTATCACCAGAAAAACAGTAGCTTCCAGGTCTTTGCTCCT  50

seq1  CAGTCACAGAACTTTGACTCTATTTGCTATCTAGTCTCTGTCTTTTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACAGAACTTTGACTCTATTTGCTATCTAGTCTCTGTCTTTTATGC  100

seq1  TTCTTTTTCTCTGGAAAATATAGACCTGGGATGCCTTTCATTACCCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCTCTGGAAAATATAGACCTGGGATGCCTTTCATTACCCCTGA  150

seq1  AAAAATGGGAGTTTTCCATTCTTTGTGTCTTGGAATCTATGAATAATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGGAGTTTTCCATTCTTTGTGTCTTGGAATCTATGAATAATTCA  200

seq1  ACTTAAGCTGCTATAGAAATCCCTTTACTTAAGTGTGCAAAGGTTTGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGCTGCTATAGAAATCCCTTTACTTAAGTGTGCAAAGGTTTGTAC  250

seq1  CCTCCCTTCCTGTTGGTAATTTCGCAACATAAGAGGAATAAATAACAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTCCTGTTGGTAATTTCGCAACATAAGAGGAATAAATAACAAGA  300

seq1  AAATATAGGTATTCAATAACCTACTGTGGTTATCATAACCCTAAATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGGTATTCAATAACCTACTGTGGTTATCATAACCCTAAATGCAA  350

seq1  AAACAAATGGTGTTGTATCATGTCAACATGCTTCCATGTGACATACAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATGGTGTTGTATCATGTCAACATGCTTCCATGTGACATACAGCA  400

seq1  TGAAGTACTGAGAAAATGACATAATGCACCAGGAAGTTGGTGGCATCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTACTGAGAAAATGACATAATGCACCAGGAAGTTGGTGGCATCTGC  450

seq1  TCTAATGTTTGTCCATGATGATTAAGAACTCATATATTATGTCTTTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTTTGTCCATGATGATTAAGAACTCATATATTATGTCTTTGCAT  500

seq1  AATACACTCATGTTTTCATATTCTGTACTCTACAAATACTTTTATTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACTCATGTTTTCATATTCTGTACTCTACAAATACTTTTATTACCA  550

seq1  CCTGCATACTTATTACTTACCCTTTATATTGTAAAACACCATCAGCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATACTTATTACTTACCCTTTATATTGTAAAACACCATCAGCTAGA  600

seq1  CATTATTAGTGGGTTATAATTTTGGTCTCATATTTAACTGTTTGGCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTAGTGGGTTATAATTTTGGTCTCATATTTAACTGTTTGGCTTCT  650

seq1  TTGTGCCTCAGTTTCCTCCTCTGTAATAATCACTGAGCTATTGTAAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCTCAGTTTCCTCCTCTGTAATAATCACTGAGCTATTGTAAGAAT  700

seq1  TAAATGAGTACATATATGTAAAGTACAGAATATCCCTACATTATCAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGTACATATATGTAAAGTACAGAATATCCCTACATTATCAATCC  750

seq1  TCATAAAATTTTATTGGAATAATGGAGAGAGACTATCTCTGAAAGGATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAATTTTATTGGAATAATGGAGAGAGACTATCTCTGAAAGGATGC  800

seq1  ATAGGCTACTGGTTGCTATCACAGCCTCTGTAAAACTGTAGGAGGGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTACTGGTTGCTATCACAGCCTCTGTAAAACTGTAGGAGGGAATG  850

seq1  GAAACCTGCAAGATAAGCTTAAAGGAGGATACAGAGTCACATTTCCTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTGCAAGATAAGCTTAAAGGAGGATACAGAGTCACATTTCCTTGT  900

seq1  CCAGGAATTTATATTGTTAAATATTTAAGATTCATGTCTTTCCCAATTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATTTATATTGTTAAATATTTAAGATTCATGTCTTTCCCAATTAA  950

seq1  TAAAGGAATAAAGCAATCCAGCTATAACCTTTC-TCTTTTGTAAATGAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  
seq2  TAAAGGAATAAAGCAATCCAGCTATAACCTTTCTTCTTTTGTAAATGA--  998

seq1  AACTAGTTTCAACTTTACCATTAACTTTCTTATCTGACATTGGGAAAAGA  1049
       ||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||   | |||||
seq2  GACTAGTTTC-ACTTTACCAT--ACTTTC-TATCTGACAT---GGAAAGA  1041

seq1  TAGCGAAA  1057
      ||||||||
seq2  TAGCGAAA  1049

seq1: chr12_91257196_91258228
seq2: B6Ng01-280L21.g_68_1095 (reverse)

seq1  AAAAAAAGTCTGGGCTAAAAATATAGTTCCTCTCACAAAGACCTTAGAAG  50
      ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||
seq2  AAAAAAAGTCT-GGCT-AAAATATAG-TCCTCTCACAAAGAC--TAGAAG  45

seq1  GAGAGGCAGACTGTTTCTATGAATAG-ACATGGCCATTCTTCCTTTAATA  99
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGAGGCAGACTG-TTCTATGAATAGAACATGGCCATTCTTCC-TTAATA  93

seq1  CAATGCGAGATGAGGATCTTCTAATTAGGCAG-ACCTTCTCCTTCTGGTA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAATGCGAGATGAGGATCTTCTAATTAGGCAGAACCTTCTCCTTCTGGTA  143

seq1  TCCAACTACACAACTTCTGCGACTTCAACGACTTTAGCTGACCTTGGTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTACACAACTTCTGCGACTTCAACGACTTTAGCTGACCTTGGTTC  193

seq1  AGCTAAAACTCCACACCATGCCCTAGGGGTGCTCTGCATCATTGGATTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAACTCCACACCATGCCCTAGGGGTGCTCTGCATCATTGGATTGG  243

seq1  AAGATTGAGTCTTTGTTTGGTGGTAGAGCACAATATGCCTTCTGCACATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGAGTCTTTGTTTGGTGGTAGAGCACAATATGCCTTCTGCACATG  293

seq1  ATACCCAGAGTTTCATTCCAAAAAGTAGCAGACCAGCAGGCAGATGGTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAGAGTTTCATTCCAAAAAGTAGCAGACCAGCAGGCAGATGGTAT  343

seq1  TATAGAGTAGTAACAAAGCAAGTGTGATCCCTTGACTGATTCCTCATTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGTAGTAACAAAGCAAGTGTGATCCCTTGACTGATTCCTCATTCT  393

seq1  CCCACTATTAGGGTACCTGGGCTCACTCATAATCACTTCGTTTCTGATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTATTAGGGTACCTGGGCTCACTCATAATCACTTCGTTTCTGATTC  443

seq1  TTATCTTTTGTCAAACAGCACTGAAATAAGTAAATGCTTTCCCATCCACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTTGTCAAACAGCACTGAAATAAGTAAATGCTTTCCCATCCACT  493

seq1  TGTCTTAGGAATTAATTAAGAGCCCTGGATTTAAAGTCAACCCTGTTTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGGAATTAATTAAGAGCCCTGGATTTAAAGTCAACCCTGTTTGA  543

seq1  GCTTGCTTTTGGTCTGTGTGTGTCACTTTGGAACTTTATGACTTTGAGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTTTGGTCTGTGTGTGTCACTTTGGAACTTTATGACTTTGAGCA  593

seq1  AAGTGAGGAAAAATGTCTCCACACTCCATCTTTATACTCTATTATATGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGGAAAAATGTCTCCACACTCCATCTTTATACTCTATTATATGGA  643

seq1  ACTGATCTTATCTAATTCATCTGGCTGCCAGCAGGTGTTAATGAAGTAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCTTATCTAATTCATCTGGCTGCCAGCAGGTGTTAATGAAGTAAT  693

seq1  GTATGTGAAGTATTCAAGGCTGGACTTGGTACCCACTGTTCCCTCTGTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGAAGTATTCAAGGCTGGACTTGGTACCCACTGTTCCCTCTGTAA  743

seq1  ATGTAAGCTATTACGATAGCCATTATTACTCTTACACACTGCAATATCCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGCTATTACGATAGCCATTATTACTCTTACACACTGCAATATCCC  793

seq1  ATGACTTCCACGACATCAGCTTCATGGTCATCTAGGGATATTTTAATAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTCCACGACATCAGCTTCATGGTCATCTAGGGATATTTTAATAAG  843

seq1  AAATGAATCCTATCTATTCTTTATAAAATGATAACTCACTTTCAGGAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATCCTATCTATTCTTTATAAAATGATAACTCACTTTCAGGAGAC  893

seq1  ATACCCATTACTCTTCAATTTTATTCAAAAGGGATTTAAAAAAAAAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCATTACTCTTCAATTTTATTCAAAAGGGATTTAAAAAAAAAAAAA  943

seq1  CCCAGACTTCTGTTTTATCATCGCCTCAGTGTTCTGGCCATTAGATCCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACTTCTGTTTTATCATCGCCTCAGTGTTCTGGCCATTAGATCCAT  993

seq1  TGCTTGTTTGATTAAATTTTCAGGTAATTGAATTC  1033
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTTTGATTAAATTTTCAGGTAATTGAATTC  1028