BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280N06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,457,302 - 29,595,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTssc1
Upstream geneLOC669327, 1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15
Downstream gene4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280N06.bB6Ng01-280N06.g
ACCGA080459GA080460
length1,1001,148
definitionB6Ng01-280N06.b B6Ng01-280N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,457,302 - 29,458,416)(29,594,709 - 29,595,858)
sequence
gaattcaggacctcacacatgtgaggcaaatcttgttccttttgagctgc
gtccccagcccttgtactgatgactccttaaggagcatgtgcccctatga
gcaaaggggagatatttccatagtagacagcacacagaacttgtgagtac
ttagcacatggtatcaaattgctggtggggcctgaggacagtggtgacaa
ataacaggtcttgattgtttgctcatcctaaaagtggtgttattgccatc
tggaaaaagttcagtcactcaagtaaaggcagtgatgatatgcactcaca
gatttcactgcctttggtctgccagacctttttgtagtctgtctttctca
aaatatgttttcggtagacttttaagccttacgaggattttgcctcttgg
gctgccttcatgttcacttacaaggttcatgtccatcacaaggtccatat
ccatcccaaggtccatatccatcacaaggtccatgtccatcacagattca
tgtccatcacaggttcatgtccatcacaaggtccatgcccatgacaaggt
tcatgtccatcacaaggtccatgtccatcataaggttcatgttcatcaca
ggtccatgttcatcacaaggtccatgtccatcacaaggttcatgtccatc
acaaggtccatgtccatcacaaggctcatgcccatcacaaggcccatgtt
catcacaaggtccgtgctcatcacaaggtccatgtccatcacaaggtcca
tgtccatcacaaggctcatgcccatcacaaggcccatgttcatcacaagg
tccatcacaagatccatgtccatcacaaggttcatgttcatcacaggtcc
atgtccatcacaaggtccgtgttcaccacaaggtccgtgctcatcacaag
gtccatgtccatcacaaggtccatgtccatcacaaggtccatgtccatca
caggtccatgtccatcacaaggtctgtgtccatcacaagtccgtgtccat
cacagtcatgtccatcacagtctgtgtcatcaccagtccgtgtcatcaca
gtttcatacagtcacagaaagcaagccacacatggcagttgaaaagactt

gaattccactgaccccaacccaacacacacacacacacacacacacacac
acacaccatgccgctcacaggacagatcagcagagccccaagcaccacca
tgcactgctgtctgtggccaggatttaccagaagccgttgtctcctcctt
tatgacagaaacagtgccagaagctgcagtcgtagctcagtgtggccctg
aggctgccgcagagtgtcacgcctgtgccaccattccagatggctaacag
acgtggcctccacaggcaggggccagcttaccaaactacccaacatcctg
aacaaagtgcactgggcttcctcccaggacggagccgaggactgctgggt
cataaagccatccttagacacagcagctctgtcatagtcagggacactta
cagggaggggaaacagcttcacaaagaagtgtgccagccactgctgatct
ttgtccgtctctgtgacagatgctgaagtgccagctagtcaaaacgatgc
tttggggctgacagctgccactgtgcccattactgctatcccatacacgt
gtgagcacattcacacagacatgtgcatagcatggaatgtgtacactctg
taacccatcttctctaggcattctctttagagcccatgtttcttcttaac
tgtggtcactttacctccctacagaatgagcttcgcatctgtatcttccc
atctgcatctgtatcttcccatctgcatctaccggacaggcatctctccc
aggaggaagagtactagttccaaggagtggtactacgtgctgctcggaaa
ggccaaaccatctgctcgcctctcatccacagagactgtatgggctgcca
gatgttacactgtccctgaatgtcctccctgctgaacagccacaggcaga
accagagaaagagatgccctgtggagttgaaaggctggtggcgttgagca
gcaccccacaatgaagaatacccaggtgcagctcagagccaggcctgctg
ggcagttctcagtgccatgctctactgttccaggaccgagccaccatgca
cctccaggtttgcagtctcagcctccagaaagacgattcatccaatatta
gtcatctaacacagaccactatggccacatgccagcagaatttgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29457302_29458416
seq2: B6Ng01-280N06.b_45_1144

seq1  GAATTCAGGACCTCACACATGTGAGGCAAATCTTGTTCCTTTTGAGCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTCACACATGTGAGGCAAATCTTGTTCCTTTTGAGCTGC  50

seq1  GTCCCCAGCCCTTGTACTGATGACTCCTTAAGGAGCATGTGCCCCTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAGCCCTTGTACTGATGACTCCTTAAGGAGCATGTGCCCCTATGA  100

seq1  GCAAAGGGGAGATATTTCCATAGTAGACAGCACACAGAACTTGTGAGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGGGAGATATTTCCATAGTAGACAGCACACAGAACTTGTGAGTAC  150

seq1  TTAGCACATGGTATCAAATTGCTGGTGGGGCCTGAGGACAGTGGTGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACATGGTATCAAATTGCTGGTGGGGCCTGAGGACAGTGGTGACAA  200

seq1  ATAACAGGTCTTGATTGTTTGCTCATCCTAAAAGTGGTGTTATTGCCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGGTCTTGATTGTTTGCTCATCCTAAAAGTGGTGTTATTGCCATC  250

seq1  TGGAAAAAGTTCAGTCACTCAAGTAAAGGCAGTGATGATATGCACTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAAGTTCAGTCACTCAAGTAAAGGCAGTGATGATATGCACTCACA  300

seq1  GATTTCACTGCCTTTGGTCTGCCAGACCTTTTTGTAGTCTGTCTTTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCACTGCCTTTGGTCTGCCAGACCTTTTTGTAGTCTGTCTTTCTCA  350

seq1  AAATATGTTTTCGGTAGACTTTTAAGCCTTACGAGGATTTTGCCTCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTTTTCGGTAGACTTTTAAGCCTTACGAGGATTTTGCCTCTTGG  400

seq1  GCTGCCTTCATGTTCACTTACAAGGTTCATGTCCATCACAAGGTCCATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTCATGTTCACTTACAAGGTTCATGTCCATCACAAGGTCCATAT  450

seq1  CCATCCCAAGGTCCATATCCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAGATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCAAGGTCCATATCCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAGATTCA  500

seq1  TGTCCATCACAGGTTCATGTCCATCACAAGGTCCATGCCCATGACAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATCACAGGTTCATGTCCATCACAAGGTCCATGCCCATGACAAGGT  550

seq1  TCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCATAAGGTTCATGTTCATCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCATAAGGTTCATGTTCATCACA  600

seq1  GGTCCATGTTCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTTCATGTCCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATGTTCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTTCATGTCCATC  650

seq1  ACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGCTCATGCCCATCACAAGGCCCATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGCTCATGCCCATCACAAGGCCCATGTT  700

seq1  CATCACAAGGTCCGTGCTCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAAGGTCCGTGCTCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTCCA  750

seq1  TGTCCATCACAAGGCTCATGCCCATCACAAGGCCCATGTTCATCACAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATCACAAGGCTCATGCCCATCACAAGGCCCATGTTCATCACAAGG  800

seq1  TCCATCACAAGATCCATGTCCATCACAAGGTTCATGTTCATCACAGGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACAAGATCCATGTCCATCACAAGGTTCATGTTCATCACAGGTCC  850

seq1  ATGTCCATCACAAGGTCCGTGTTCACCACAAGGTCCGTGCTCATCACAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCATCACAAGGTCCGTGTTCACCACAAGGTCCGTGCTCATCACAAG  900

seq1  GTCCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTCCATGTCCATCA  950

seq1  CAAGGTCCATGTCCATCACAAGGTCTGTGTCCATCACAAGGTCCGTGTCC  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  C-AGGTCCATGTCCATCACAAGGTCTGTGTCCATCACAA-GTCCGTGTCC  998

seq1  ATCACAAGGTTCATGTCCATCACAAGGTCTGTGTCCATCACAAGGTCCGT  1050
      ||||||    ||||||||||||||  |||||||| |||||| | ||||||
seq2  ATCACA---GTCATGTCCATCACA--GTCTGTGT-CATCACCA-GTCCGT  1041

seq1  GTCCATCACAAGGTTTTCATACAGTTCACAGGAGAAGGAAAGCACACATG  1100
      || |||||||    |||||||||| ||||||   ||| ||  ||||||||
seq2  GT-CATCACA---GTTTCATACAG-TCACAG--AAAGCAAGCCACACATG  1084

seq1  CCAG-TGAAAAGACTT  1115
       ||| |||||||||||
seq2  GCAGTTGAAAAGACTT  1100

seq1: chr12_29594709_29595858
seq2: B6Ng01-280N06.g_65_1212 (reverse)

seq1  TCAGCAAAATCTTGCTGGCATGT-GCAATAGT-GTCTGTGTTTGATGACT  48
      |||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||
seq2  TCAGCAAATTC-TGCTGGCATGTGGCCATAGTGGTCTGTGTTAGATGACT  49

seq1  AATTATGGGATGGATCTGTCTTTCCTTGGAGGCTGAGAACTGCAAACCTT  98
      || ||| ||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||||||||| |
seq2  AA-TATTGGATGAATC-GTCTTTC--TGGAGGCTGAG-ACTGCAAACC-T  93

seq1  GGAGGTGCATGGTGGCTCGGTCCCTGGACAGTAGAGCATGGCACTGAGAA  148
      |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGCATGGTGGCTCGGTCCTGGAACAGTAGAGCATGGCACTGAGAA  143

seq1  CTGCCCAGCAGGCCTGGCTCTGAGCTGCACCTGGGTA-TCTTCATTGT-G  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CTGCCCAGCAGGCCTGGCTCTGAGCTGCACCTGGGTATTCTTCATTGTGG  193

seq1  GGTGCTGCTCCACGCCACCAGCCTTTCAACTCCACAGGGCATCTC-TTCT  245
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGTGCTGCTCAACGCCACCAGCCTTTCAACTCCACAGGGCATCTCTTTCT  243

seq1  CTGGTTCTGCCTGTGGCTGTTCAGCAGGGAGGACATTCAGGGACAGTGTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCTGCCTGTGGCTGTTCAGCAGGGAGGACATTCAGGGACAGTGTA  293

seq1  ACATCTGGCAGCCCATACAGTCTCTGTGGATGAGAGGCGAGCAGATGGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGGCAGCCCATACAGTCTCTGTGGATGAGAGGCGAGCAGATGGTT  343

seq1  TGGCCTTTCCGAGCAGCACGTAGTACCACTCCTTGGAACTAGTACTCTTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTTCCGAGCAGCACGTAGTACCACTCCTTGGAACTAGTACTCTTC  393

seq1  CTCCTGGGAGAGATGCCTGTCCGGTAGATGCAGATGGGAAGATACAGATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGAGAGATGCCTGTCCGGTAGATGCAGATGGGAAGATACAGATG  443

seq1  CAGATGGGAAGATACAGATGCGAAGCTCATTCTGTAGGGAGGTAAAGTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGAAGATACAGATGCGAAGCTCATTCTGTAGGGAGGTAAAGTGA  493

seq1  CCACAGTTAAGAAGAAACATGGGCTCTAAAGAGAATGCCTAGAGAAGATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTTAAGAAGAAACATGGGCTCTAAAGAGAATGCCTAGAGAAGATG  543

seq1  GGTTACAGAGTGTACACATTCCATGCTATGCACATGTCTGTGTGAATGTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAGAGTGTACACATTCCATGCTATGCACATGTCTGTGTGAATGTG  593

seq1  CTCACACGTGTATGGGATAGCAGTAATGGGCACAGTGGCAGCTGTCAGCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACGTGTATGGGATAGCAGTAATGGGCACAGTGGCAGCTGTCAGCC  643

seq1  CCAAAGCATCGTTTTGACTAGCTGGCACTTCAGCATCTGTCACAGAGACG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCATCGTTTTGACTAGCTGGCACTTCAGCATCTGTCACAGAGACG  693

seq1  GACAAAGATCAGCAGTGGCTGGCACACTTCTTTGTGAAGCTGTTTCCCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGATCAGCAGTGGCTGGCACACTTCTTTGTGAAGCTGTTTCCCCT  743

seq1  CCCTGTAAGTGTCCCTGACTATGACAGAGCTGCTGTGTCTAAGGATGGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAAGTGTCCCTGACTATGACAGAGCTGCTGTGTCTAAGGATGGCT  793

seq1  TTATGACCCAGCAGTCCTCGGCTCCGTCCTGGGAGGAAGCCCAGTGCACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACCCAGCAGTCCTCGGCTCCGTCCTGGGAGGAAGCCCAGTGCACT  843

seq1  TTGTTCAGGATGTTGGGTAGTTTGGTAAGCTGGCCCCTGCCTGTGGAGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGGATGTTGGGTAGTTTGGTAAGCTGGCCCCTGCCTGTGGAGGC  893

seq1  CACGTCTGTTAGCCATCTGGAATGGTGGCACAGGCGTGACACTCTGCGGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTGTTAGCCATCTGGAATGGTGGCACAGGCGTGACACTCTGCGGC  943

seq1  AGCCTCAGGGCCACACTGAGCTACGACTGCAGCTTCTGGCACTGTTTCTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGGGCCACACTGAGCTACGACTGCAGCTTCTGGCACTGTTTCTG  993

seq1  TCATAAAGGAGGAGACAACGGCTTCTGGTAAATCCTGGCCACAGACAGCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGGAGGAGACAACGGCTTCTGGTAAATCCTGGCCACAGACAGCA  1043

seq1  GTGCATGGTGGTGCTTGGGGCTCTGCTGATCTGTCCTGTGAGCGGCATGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGTGGTGCTTGGGGCTCTGCTGATCTGTCCTGTGAGCGGCATGG  1093

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGTTGGGGTCAGTGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGTTGGGGTCAGTGG  1143

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1148