BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289A11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,970,379 - 30,150,904
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC629608
Upstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik
Downstream geneMyt1l, LOC100043496, Pxdn, Tpo, Sntg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289A11.bB6Ng01-289A11.g
ACCGA086538GA086539
length3101,020
definitionB6Ng01-289A11.b B6Ng01-289A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,150,595 - 30,150,904)(29,970,379 - 29,971,390)
sequence
tcttagtcttccacactggctggattcacccacttctggcttgcccagaa
ctaaagggatgctgacttcttgccaaagtctctaaaaaacataattgtac
caaattcccagaaaagagtctctaaaagtacagagaaaatagtagctgcc
attaagctcaagaaactttcctaccttataaggtctgggagaaaacatgc
aagagtatgcgtatgtgtgcatgcatgtgtgtgtgtttgtgcatttgtgc
atgtatacatgtgtgtatgagagacagagagagggagagagagggggagg
gagtgaggga

gaattccaacaacagctgtgtcactttgcttggcagtcatcttcatcaga
aatctctaagtgggacaggaaggtgacacaggcttgcgtttatagaactt
gaggggttgtgttgaggcaacccttgaggtggcaaggtggagggaggcag
tagagttatggttagttaggaatgctgtcagtggactgtaaactgtacct
gatggactatgagtctgaggttccacatcttaggtggggcacttgcagca
atgaggatgtccagatatcccaggtcagctgccaacagctcattcgatct
tttcccctccaaaaccatacctgggacttgtttgatacaaacatggaaga
gcaagatacctcaccaagaacatatagagtaagtccaatgaaatgttcat
ctgaagacaccagagagctgcccaggcattccaagattgaaggaagccct
cccagacagagactcactggggttctttctcttagtgctagaggaaacaa
gcctgcaagttggactgagccacacagggcagaaaagtcaatgccaatcc
taaggcttagacctcaaaagcacacaggaaaggaagatacacggtatctt
ggtcatctcaggataccatggcagaatgtcactgacagggtaccttatag
attgctacttcttcacagtcctggcagtggaaagcctgaggttgaacttc
agtaatggtcaagtctagatgaggctctgcctagctgtagacattgcttt
ctcatgggtagcactctagtggcctgcacctctttacaagggcattaact
gtagtgtgatgaccgccccccccatggctttgttaagcctaatttttctc
ctagatcaccttcaaatatcaatatattgcttttccaaagaaggaaagaa
ggaaaaacttgaattgttaacacaatataagtatgtcacctgcctttctg
ccattgcagcaaacaccttgaagtaatttaaaggaagactcattctggta
ttagaactagaggtttcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30150595_30150904
seq2: B6Ng01-289A11.b_53_362 (reverse)

seq1  TCCCTCACTCCCTCCCCCTCTCTCTCCCTCTCTCTGTCTCTCATACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCACTCCCTCCCCCTCTCTCTCCCTCTCTCTGTCTCTCATACACAC  50

seq1  ATGTATACATGCACAAATGCACAAACACACACACATGCATGCACACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACATGCACAAATGCACAAACACACACACATGCATGCACACATAC  100

seq1  GCATACTCTTGCATGTTTTCTCCCAGACCTTATAAGGTAGGAAAGTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTCTTGCATGTTTTCTCCCAGACCTTATAAGGTAGGAAAGTTTCT  150

seq1  TGAGCTTAATGGCAGCTACTATTTTCTCTGTACTTTTAGAGACTCTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTAATGGCAGCTACTATTTTCTCTGTACTTTTAGAGACTCTTTTC  200

seq1  TGGGAATTTGGTACAATTATGTTTTTTAGAGACTTTGGCAAGAAGTCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTTGGTACAATTATGTTTTTTAGAGACTTTGGCAAGAAGTCAGC  250

seq1  ATCCCTTTAGTTCTGGGCAAGCCAGAAGTGGGTGAATCCAGCCAGTGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTAGTTCTGGGCAAGCCAGAAGTGGGTGAATCCAGCCAGTGTGG  300

seq1  AAGACTAAGA  310
      ||||||||||
seq2  AAGACTAAGA  310


seq1: chr12_29970379_29971390
seq2: B6Ng01-289A11.g_67_1086

seq1  GAATTCCAACAACAGCTGTGTCACTTTGCTTGGCAGTCATCTTCATCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAACAGCTGTGTCACTTTGCTTGGCAGTCATCTTCATCAGA  50

seq1  AATCTCTAAGTGGGACAGGAAGGTGACACAGGCTTGCGTTTATAGAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAAGTGGGACAGGAAGGTGACACAGGCTTGCGTTTATAGAACTT  100

seq1  GAGGGGTTGTGTTGAGGCAACCCTTGAGGTGGCAAGGTGGAGGGAGGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTTGTGTTGAGGCAACCCTTGAGGTGGCAAGGTGGAGGGAGGCAG  150

seq1  TAGAGTTATGGTTAGTTAGGAATGCTGTCAGTGGACTGTAAACTGTACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTATGGTTAGTTAGGAATGCTGTCAGTGGACTGTAAACTGTACCT  200

seq1  GATGGACTATGAGTCTGAGGTTCCACATCTTAGGTGGGGCACTTGCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACTATGAGTCTGAGGTTCCACATCTTAGGTGGGGCACTTGCAGCA  250

seq1  ATGAGGATGTCCAGATATCCCAGGTCAGCTGCCAACAGCTCATTCGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGATGTCCAGATATCCCAGGTCAGCTGCCAACAGCTCATTCGATCT  300

seq1  TTTCCCCTCCAAAACCATACCTGGGACTTGTTTGATACAAACATGGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTCCAAAACCATACCTGGGACTTGTTTGATACAAACATGGAAGA  350

seq1  GCAAGATACCTCACCAAGAACATATAGAGTAAGTCCAATGAAATGTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATACCTCACCAAGAACATATAGAGTAAGTCCAATGAAATGTTCAT  400

seq1  CTGAAGACACCAGAGAGCTGCCCAGGCATTCCAAGATTGAAGGAAGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACACCAGAGAGCTGCCCAGGCATTCCAAGATTGAAGGAAGCCCT  450

seq1  CCCAGACAGAGACTCACTGGGGTTCTTTCTCTTAGTGCTAGAGGAAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACAGAGACTCACTGGGGTTCTTTCTCTTAGTGCTAGAGGAAACAA  500

seq1  GCCTGCAAGTTGGACTGAGCCACACAGGGCAGAAAAGTCAATGCCAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCAAGTTGGACTGAGCCACACAGGGCAGAAAAGTCAATGCCAATCC  550

seq1  TAAGGCTTAGACCTCAAAAGCACACAGGAAAGGAAGATACACGGTATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTAGACCTCAAAAGCACACAGGAAAGGAAGATACACGGTATCTT  600

seq1  GGTCATCTCAGGATACCATGGCAGAATGTCACTGACAGGGTACCTTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCTCAGGATACCATGGCAGAATGTCACTGACAGGGTACCTTATAG  650

seq1  ATTGCTACTTCTTCACAGTCCTGGCAGTGGAAAGCCTGAGGTTGAACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTACTTCTTCACAGTCCTGGCAGTGGAAAGCCTGAGGTTGAACTTC  700

seq1  AGTAATGGTCAAGTCTAGATGAGGCTCTGCCTAGCTGTAGACATTGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTCAAGTCTAGATGAGGCTCTGCCTAGCTGTAGACATTGCTTT  750

seq1  CTCATGGGTAGCACTCTAGTGGCCTGCACCTC-TTACAAGGGCATTAACT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCATGGGTAGCACTCTAGTGGCCTGCACCTCTTTACAAGGGCATTAACT  800

seq1  GTAGTGTGATGACCGCCCCCCCCATGGCTTTGTTAAGCCTAA-TTTTCTC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTAGTGTGATGACCGCCCCCCCCATGGCTTTGTTAAGCCTAATTTTTCTC  850

seq1  CTAGATCACCTTCAAATATCAATATATTGC-TTTCCCAAGGAGGAA--GA  895
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||   |
seq2  CTAGATCACCTTCAAATATCAATATATTGCTTTTCCAAAGAAGGAAAGAA  900

seq1  GGAAAAACTTGAA-TGTTAACACAATATAAGTATG-CACCTGCC-TTCTG  942
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GGAAAAACTTGAATTGTTAACACAATATAAGTATGTCACCTGCCTTTCTG  950

seq1  CCATTGCAGCAAAACACC-TGAAGTAATTTAAAGGAAGACTCATTCTGGT  991
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCAGC-AAACACCTTGAAGTAATTTAAAGGAAGACTCATTCTGGT  999

seq1  ATAAGAACTAGAGGTTTCATT  1012
      || ||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAACTAGAGGTTTCATT  1020


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |