BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290E13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,027,015 - 108,157,733
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC673604
Upstream genePapola, Vrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451
Downstream geneLOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290E13.bB6Ng01-290E13.g
ACCGA087462GA087463
length1,0581,074
definitionB6Ng01-290E13.b B6Ng01-290E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,027,015 - 108,028,077)(108,156,656 - 108,157,733)
sequence
gaattccaaggctctttggtgacagagctgctgccccactcctggcaaaa
tcgccaagatggctttacttcaaccctttactctcaagatcattgccagc
acttccacgccatgtgcacatcaggggaagttttactcctatgcaatatt
tttaattgtgacttttaccttgaacagaacataaacggcgtttattcttc
ctaatttgctttatttttgacggtttcacatgtgtaaacaatgcacgggc
tgtcacccccacccccacccccaccccccatcctgctcattccttcccct
cacaccaactccactctccttggctttcaggtccccgctgctttcccctg
ttctttggtgggggctgagtgtgaagcaggtctcgtacatgtggtcatgg
ctactgtgtgatctgattgtcagagccatgtcatgtccaatagactgccc
ccacagaccccaccccaaccccatcttctgtctcccatcttctgggctaa
tggagggagtaacatacaagctccacatagaaataactactcaacagtta
tttagtctaagcactctgacctatggaaattccctaccctgagcaccaca
cattgtcaaagggggccttcctgtcaagccggactctgcagcaggtctgt
gggtataaatacaagcaattagaaggcagtgtgaacgcatgttgatggaa
tttttctttgtctgaaatatgtacataagtaagcttcctccccgcttggg
gagacgactcagaggttaagaacacttgtgctctcccagagcacctaggc
ttggttcccagcacccatactgagcagctcatcactccattgtaacttct
gtcccaaaggagccaataccctcttctggattctgtgagaacccacatat
ggcctacacacacacaaatacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacatagtaaatttctcccaagtgcggtgatgcacatctttagtcc
cagcacttgggaagcaagacaagaagatgtaaagtcaagccagccggatc
ttcctagt

gaattctgttcccctgattaatatgagtattcttatggatacaggggttg
accctaaaactttttataatgaaaactaagaaataggtatccaaagaact
gtataaaactttggccctaaaacatgtgatgaaagaacgaatccaacagg
accaactagaagatggaatcaagaaaaccatgatgaaagattgaaaattc
aacttaaagaaacctggagagcagaggggacagtctcagatggaagagcc
ccaccttctctctctctctcaatctctctctctctctctctctcacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagccga
gaaaacaacagacaaaatatgtctagatacaagaaaatctcttaggaata
aaacacatagcaccttcatttgaaatccagtccttctccaggcagtgggc
actatgtcagcacagagccagggcatcaggtcctgttagctccaaatctc
aaaataaacacagcattctttagacacggagaaggaaagcattcacgttt
cacattcactccagggcagtaaagctctgagtagagaccctgagagctga
gaaccaggccaacggtgactttgtcccacgaagagaaaatggcgcttggt
gtaaaatgctatcagtaaaccaaatgtgaaaatgaattaaatacattttc
agacatgttcagtttttacatatgtatatctcataaatgggtaacgaagg
aagcttctagaatgttccctctaatgcgataaggtgctagggcactacca
gagaagatggacagctgctaacaagagaataaagaagaatgaagagactc
agactaagagggaagtcaaatgttctcaagtcaaactggagcagccagcc
tgtgaggctgagaaaaccaggaggggagctcctctgagtaccacgtgcca
gtgtttggtgtgagtcatcttacattgttcaaaaattaaagaatttttaa
aaatgagtcagcagtaactatataggaatttagcaaaccatttacattat
attaatactccaggggaaataact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108027015_108028077
seq2: B6Ng01-290E13.b_48_1105

seq1  GAATTCCAAGGCTCTTTGGTGACAGAGCTGCTGCCCCACTCCTGGCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGCTCTTTGGTGACAGAGCTGCTGCCCCACTCCTGGCAAAA  50

seq1  TCGCCAAGATGGCTTTACTTCAACCCTTTACTCTCAAGATCATTGCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCAAGATGGCTTTACTTCAACCCTTTACTCTCAAGATCATTGCCAGC  100

seq1  ACTTCCACGCCATGTGCACATCAGGGGAAGTTTTACTCCTATGCAATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCACGCCATGTGCACATCAGGGGAAGTTTTACTCCTATGCAATATT  150

seq1  TTTAATTGTGACTTTTACCTTGAACAGAACATAAACGGCGTTTATTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGTGACTTTTACCTTGAACAGAACATAAACGGCGTTTATTCTTC  200

seq1  CTAATTTGCTTTATTTTTGACGGTTTCACATGTGTAAACAATGCACGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTGCTTTATTTTTGACGGTTTCACATGTGTAAACAATGCACGGGC  250

seq1  TGTCACCCCCACCCCCACCCCCACCCCCCATCCTGCTCATTCCTTCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCCCACCCCCACCCCCACCCCCCATCCTGCTCATTCCTTCCCCT  300

seq1  CACACCAACTCCACTCTCCTTGGCTTTCAGGTCCCCGCTGCTTTCCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAACTCCACTCTCCTTGGCTTTCAGGTCCCCGCTGCTTTCCCCTG  350

seq1  TTCTTTGGTGGGGGCTGAGTGTGAAGCAGGTCTCGTACATGTGGTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGTGGGGGCTGAGTGTGAAGCAGGTCTCGTACATGTGGTCATGG  400

seq1  CTACTGTGTGATCTGATTGTCAGAGCCATGTCATGTCCAATAGACTGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGTGATCTGATTGTCAGAGCCATGTCATGTCCAATAGACTGCCC  450

seq1  CCACAGACCCCACCCCAACCCCATCTTCTGTCTCCCATCTTCTGGGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGACCCCACCCCAACCCCATCTTCTGTCTCCCATCTTCTGGGCTAA  500

seq1  TGGAGGGAGTAACATACAAGCTCCACATAGAAATAACTACTCAACAGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGAGTAACATACAAGCTCCACATAGAAATAACTACTCAACAGTTA  550

seq1  TTTAGTCTAAGCACTCTGACCTATGGAAATTCCCTACCCTGAGCACCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCTAAGCACTCTGACCTATGGAAATTCCCTACCCTGAGCACCACA  600

seq1  CATTGTCAAAGGGGGCCTTCCTGTCAAGCCGGACTCTGCAGCAGGTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCAAAGGGGGCCTTCCTGTCAAGCCGGACTCTGCAGCAGGTCTGT  650

seq1  GGGTATAAATACAAGCAATTAGAAGGCAGTGTGAACGCATGTTGATGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAAATACAAGCAATTAGAAGGCAGTGTGAACGCATGTTGATGGAA  700

seq1  TTTTTCTTTGTCTGAAATATGTACATAAGTAAGCTTCCTCCCCGCTTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTGTCTGAAATATGTACATAAGTAAGCTTCCTCCCCGCTTGGG  750

seq1  GAGACGACTCAGAGGTTAAGAACACTTGTGCTCTCCCAGAGCACCTAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGACTCAGAGGTTAAGAACACTTGTGCTCTCCCAGAGCACCTAGGC  800

seq1  TTGGTTCCCAGCACCCATACTGAGCAGCTCATCACTCCATTGTAACTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCCCAGCACCCATACTGAGCAGCTCATCACTCCATTGTAACTTCT  850

seq1  GTCCCAAAGGAGCCAATACCCTCTTCTGGATTCTGTGAGAACCCACATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAAAGGAGCCAATACCCTCTTCTGGATTCTGTGAGAACCCACATAT  900

seq1  GGCCTACACACACACAAATACACACACACACACACACACACACACACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTACACACACACAAATACACACACACACACACACACACACACACACA  950

seq1  CACACACATAAGTAAATTTCTCCCAAGTGCGGTGATGCACATCTTTAGTC  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAT-AGTAAATTTCTCCCAAGTGCGGTGATGCACATCTTTAGTC  999

seq1  CCAGCACTTGGGAAGCAAGGACAAGAAGATGTAAAAGTTCAAAGCCAGCC  1050
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||||||||
seq2  CCAGCACTTGGGAAGCAA-GACAAGAAGATGT-AAAGT--CAAGCCAGCC  1045

seq1  CGATCTTCCTAGT  1063
       ||||||||||||
seq2  GGATCTTCCTAGT  1058


seq1: chr12_108156656_108157733
seq2: B6Ng01-290E13.g_70_1143 (reverse)

seq1  AGTTATTTCCCCTGGAGTTAATAATTATTATTGTTAATTGGTTTGCTTAA  50
      ||||||||||||||||||  || | ||| ||   ||| |||||||| |||
seq2  AGTTATTTCCCCTGGAGT--ATTAATATAAT--GTAAATGGTTTGC-TAA  45

seq1  TTTTCTATATAGTTACTGCTGACTCATTTTTAAAAATTCTTTAATTTTTG  100
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATATAGTTACTGCTGACTCATTTTTAAAAATTCTTTAATTTTTG  95

seq1  AACAATTGTAAGATGACTCACACCAAACACTGGCACGTGGTACTCAGAGG  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAA-TGTAAGATGACTCACACCAAACACTGGCACGTGGTACTCAGAGG  144

seq1  AGCT-CCCTCCTGG-TTTCTCAGCCTCACAGGCTGGCTGCTCCAGTTTGA  198
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCCTCCTGGTTTTCTCAGCCTCACAGGCTGGCTGCTCCAGTTTGA  194

seq1  CTTGAGAACATTTGACTTCCCTCTTAGTCTGAGTCTCTTCATTCTTCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAACATTTGACTTCCCTCTTAGTCTGAGTCTCTTCATTCTTCTTT  244

seq1  ATTCTCTTGTTAGCAGCTGTCCATCTTCTCTGGTAGTGCCCTAGCACCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTGTTAGCAGCTGTCCATCTTCTCTGGTAGTGCCCTAGCACCTT  294

seq1  ATCGCATTAGAGGGAACATTCTAGAAGCTTCCTTCGTTACCCATTTATGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCATTAGAGGGAACATTCTAGAAGCTTCCTTCGTTACCCATTTATGA  344

seq1  GATATACATATGTAAAAACTGAACATGTCTGAAAATGTATTTAATTCATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACATATGTAAAAACTGAACATGTCTGAAAATGTATTTAATTCATT  394

seq1  TTCACATTTGGTTTACTGATAGCATTTTACACCAAGCGCCATTTTCTCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTTGGTTTACTGATAGCATTTTACACCAAGCGCCATTTTCTCTT  444

seq1  CGTGGGACAAAGTCACCGTTGGCCTGGTTCTCAGCTCTCAGGGTCTCTAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGACAAAGTCACCGTTGGCCTGGTTCTCAGCTCTCAGGGTCTCTAC  494

seq1  TCAGAGCTTTACTGCCCTGGAGTGAATGTGAAACGTGAATGCTTTCCTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTTTACTGCCCTGGAGTGAATGTGAAACGTGAATGCTTTCCTTC  544

seq1  TCCGTGTCTAAAGAATGCTGTGTTTATTTTGAGATTTGGAGCTAACAGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGTCTAAAGAATGCTGTGTTTATTTTGAGATTTGGAGCTAACAGGA  594

seq1  CCTGATGCCCTGGCTCTGTGCTGACATAGTGCCCACTGCCTGGAGAAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCCCTGGCTCTGTGCTGACATAGTGCCCACTGCCTGGAGAAGGA  644

seq1  CTGGATTTCAAATGAAGGTGCTATGTGTTTTATTCCTAAGAGATTTTCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTTCAAATGAAGGTGCTATGTGTTTTATTCCTAAGAGATTTTCTT  694

seq1  GTATCTAGACATATTTTGTCTGTTGTTTTCTCGGCTCTGTGTGTGTGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAGACATATTTTGTCTGTTGTTTTCTCGGCTCTGTGTGTGTGTGT  744

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGA  794

seq1  GAGAGAGATTGAGAGAGAGAGAGAAGGTGGGGCTCTTCCATCTGAGACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGATTGAGAGAGAGAGAGAAGGTGGGGCTCTTCCATCTGAGACTG  844

seq1  TCCCCTCTGCTCTCCAGGTTTCTTTAAGTTGAATTTTCAATCTTTCATCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTGCTCTCCAGGTTTCTTTAAGTTGAATTTTCAATCTTTCATCA  894

seq1  TGGTTTTCTTGATTCCATCTTCTAGTTGGTCCTGTTGGATTCGTTCTTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCTTGATTCCATCTTCTAGTTGGTCCTGTTGGATTCGTTCTTTC  944

seq1  ATCACATGTTTTAGGGCCAAAGTTTTATACAGTTCTTTGGATACCTATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATGTTTTAGGGCCAAAGTTTTATACAGTTCTTTGGATACCTATTT  994

seq1  CTTAGTTTTCATTATAAAAAGTTTTAGGGTCAACCCCTGTATCCATAAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTTCATTATAAAAAGTTTTAGGGTCAACCCCTGTATCCATAAGA  1044

seq1  ATACTCATATTAATCAGGGGAACAGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCATATTAATCAGGGGAACAGAATTC  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |