BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291H03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 112,011,938 - 112,113,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr20a, Rage, 2810455K09Rik, LOC100041649, 2810452K22Rik
Upstream geneLOC675987, LOC100041509, LOC100040746, 3110009F21Rik, Dio3as, Dio3, EG629595, EG668245, LOC100040799, Ppp2r5c, 9430024F10Rik, Dync1h1, 1700001K19Rik, Hsp90aa1
Downstream gene4930573I19Rik, Ankrd9, 6030440G07Rik, Rcor1, 4930595D18Rik, Traf3, Amn, Cdc42bpb, A230065H16Rik, 1200009I06Rik, Tnfaip2, Gm266, Eif5, Mark3, Ckb, 6720458F09Rik, Bag5, 2810002N01Rik, Klc1, Xrcc3, Zfyve21, Ppp1r13b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291H03.bB6Ng01-291H03.g
ACCGA088327GA088328
length1,1831,156
definitionB6Ng01-291H03.b B6Ng01-291H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,111,944 - 112,113,125)(112,011,938 - 112,013,114)
sequence
gaattcactctgtagaccaacctggtctcagatcctcagaaaaccacctg
ccaagtgctggaactaaaggtgtgagccatcaccacccagctcagtttgg
tttttttaaataaagatttgctttaattatttgtatgtgtgtgggtatgt
gcacatacatgaagataggtgccctggaagaccggaggtgctgtgtcccc
ctggagctggagtgatatggatttgtgagctcctggtatgggtgctggaa
attgaacccagctcccctggaagaacgttcagtgctcttaatttctagcc
catctctccagtcccctatttatttcctttttcaaacagtcttagtatgt
atcctaggctgacctggcccaagcaggcctcaaactcgtagccatcccct
gcttcagtcccccaagactcctgagtctggatgaagtggctgatcatgac
aagtatgcaagggctgtgtggcctcgtgcgtcctatcatttaaccatcca
actagactggaccggcttggcccttctttatcccagtgctgttctgatgt
gtttttaagttttctgttgcccaggtcatccttctgcctctgcctgtgct
tcaacttccaagagctgggtcccaagcattcaccaccacaccgtgtatgg
gcactggggattagacctagggcttcatgcatgctgggcaagcaccctac
caggggagtcccactgccagcactgattctggcttgagctaaggacagtg
ctttctcacgcagccgtggtgtctgttctgctgcagatgaggtctcccgc
cggctctctgaagcatacaagaaggagctccttttgaagcacaccattgg
cgcagagctggcccatactgcagatcgcaacctcagcctgacctacctgt
ccatgtggctgcaccagccctacatagagagcaacagcaagctgcagctg
gagagcatgctgctcgagacaggtcaccggccctgtgactgcctgtgacc
acagcttggagctccaggccactggctggacagtcagtcccttgggtgga
acctgtgtgctcaaagccagaatactttggagggtcctgggatcactctt
cccgctgcctgcagctcctcaagaacacaaggcactgcctgaagctgtct
cccgcatgctccggtttcatgaagctccactga
gaattccctgaaacgggagttacagatgtgtttagccatcatgtggacta
acccaggtcctctgctagagcagctaacactctttgtttgtttgttttga
gacagggtttctttgtatagccttggctgtcctggaactcactttgtaga
ccaggctgacctcaaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccgagtgc
tgggattaaaggtgtgcgccaccacagcccgactcctcttgagttttaaa
ggattggtcctctcactgtttagctctttgtgtttttgtttgattgttga
tgcctcccaagtgcttgcaagtgtgtacacccaagctgttgggttcattt
tgcatttgtttctttttgatacggggtttcacactatacagattagactg
gcctggaatttgtcaatctcttgcctcagcctggattaaaagatcttggt
ttgggtttgggttttctgtagtttgagacaggccaggcctcatacggcat
aagttagcctctggctttgaattttgttgttgttttgtgacaggatctca
ttttacccaggctgacctccagctcattttataaccaaggataaccttga
ctctttggtctttttgcctctactctcaagcactaggatctctggtctgg
catgcctggcaaatatgcatttttaaagcattacttaaaatgtttactga
ggtgaggactaatgaatatgatgagattaataactccatatgcagaactc
ttaattcatacacactttttttttaaagatttatttattttatgtagaga
gtacactatagctgtcttcagacacacctgaagaagacatcccattacag
atggttgtgagcccccatgtggttgttggcaaatgaactcaaggttctct
ggaagagcagccagtgttcataaccactgagccatctctccagtcctcat
atacacttttaacattgaaacaatcagaatagtaaatgtagttcttcagt
atttctgtcagtaaatatgagtgttgtgtaaggtggatgcctctattgag
cagaaccaacatgacttgattttaaactgtagaagtctagaaactgctcc
tggtcacatctgttaaaggttcaaattgatgacgtctgatgcaagccatg
tagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_112111944_112113125
seq2: B6Ng01-291H03.b_44_1226 (reverse)

seq1  TCAGTGGAGCTTCATGACACCCGGGAAGCA-GCGGGAGGACAGC-TCA-G  47
      ||||||||||||||||| |||   | |||| |||||| |||||| ||| |
seq2  TCAGTGGAGCTTCATGAAACC---GGAGCATGCGGGA-GACAGCTTCAGG  46

seq1  CAGTGCC-TGTG-TCTGGAGAGGCTGCA-GCAGCGGGAAGAGTGATCCCA  94
      ||||||| |||| ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTTGTGTTCTTGAGGAGCTGCAGGCAGCGGGAAGAGTGATCCCA  96

seq1  GGACCCT-CAAAGTA-TCTGGCCTTGAGGCACAACAGGTTCCACCCAAGG  142
      ||||||| ||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||||
seq2  GGACCCTCCAAAGTATTCTGGCTTTGA-GCAC-ACAGGTTCCACCCAAGG  144

seq1  GACTGACTGTCCAGCCAGTGGCCTGGAGCTCCAAGCTGTGGTCACAGGCA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACTGTCCAGCCAGTGGCCTGGAGCTCCAAGCTGTGGTCACAGGCA  194

seq1  GTCACAGGGCCCGGTGACCTGTCTCGAGCAGCATGCTCTCCAGCTGCAGC  242
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGG-CCGGTGACCTGTCTCGAGCAGCATGCTCTCCAGCTGCAGC  243

seq1  TTGCTGTTGCTCTCTATGTAGGGCTGGTGCAGCCACATGGACAGGTAGGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTGCTCTCTATGTAGGGCTGGTGCAGCCACATGGACAGGTAGGT  293

seq1  CAGGCTGAGGTTGCGATCTGCAGTATGGGCCAGCTCTGCGCCAATGGTGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGAGGTTGCGATCTGCAGTATGGGCCAGCTCTGCGCCAATGGTGT  343

seq1  GCTTCAAAAGGAGCTCCTTCTTGTATGCTTCAGAGAGCCGGCGGGAGACC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAAAGGAGCTCCTTCTTGTATGCTTCAGAGAGCCGGCGGGAGACC  393

seq1  TCATCTGCAGCAGAACAGACACCACGGCTGCGTGAGAAAGCACTGTCCTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGCAGCAGAACAGACACCACGGCTGCGTGAGAAAGCACTGTCCTT  443

seq1  AGCTCAAGCCAGAATCAGTGCTGGCAGTGGGACTCCCCTGGTAGGGTGCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGCCAGAATCAGTGCTGGCAGTGGGACTCCCCTGGTAGGGTGCT  493

seq1  TGCCCAGCATGCATGAAGCCCTAGGTCTAATCCCCAGTGCCCATACACGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCATGCATGAAGCCCTAGGTCTAATCCCCAGTGCCCATACACGG  543

seq1  TGTGGTGGTGAATGCTTGGGACCCAGCTCTTGGAAGTTGAAGCACAGGCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGTGAATGCTTGGGACCCAGCTCTTGGAAGTTGAAGCACAGGCA  593

seq1  GAGGCAGAAGGATGACCTGGGCAACAGAAAACTTAAAAACACATCAGAAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAAGGATGACCTGGGCAACAGAAAACTTAAAAACACATCAGAAC  643

seq1  AGCACTGGGATAAAGAAGGGCCAAGCCGGTCCAGTCTAGTTGGATGGTTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGGATAAAGAAGGGCCAAGCCGGTCCAGTCTAGTTGGATGGTTA  693

seq1  AATGATAGGACGCACGAGGCCACACAGCCCTTGCATACTTGTCATGATCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAGGACGCACGAGGCCACACAGCCCTTGCATACTTGTCATGATCA  743

seq1  GCCACTTCATCCAGACTCAGGAGTCTTGGGGGACTGAAGCAGGGGATGGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTCATCCAGACTCAGGAGTCTTGGGGGACTGAAGCAGGGGATGGC  793

seq1  TACGAGTTTGAGGCCTGCTTGGGCCAGGTCAGCCTAGGATACATACTAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGTTTGAGGCCTGCTTGGGCCAGGTCAGCCTAGGATACATACTAAG  843

seq1  ACTGTTTGAAAAAGGAAATAAATAGGGGACTGGAGAGATGGGCTAGAAAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTGAAAAAGGAAATAAATAGGGGACTGGAGAGATGGGCTAGAAAT  893

seq1  TAAGAGCACTGAACGTTCTTCCAGGGGAGCTGGGTTCAATTTCCAGCACC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCACTGAACGTTCTTCCAGGGGAGCTGGGTTCAATTTCCAGCACC  943

seq1  CATACCAGGAGCTCACAAATCCATATCACTCCAGCTCCAGGGGGACACAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGGAGCTCACAAATCCATATCACTCCAGCTCCAGGGGGACACAG  993

seq1  CACCTCCGGTCTTCCAGGGCACCTATCTTCATGTATGTGCACATACCCAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCGGTCTTCCAGGGCACCTATCTTCATGTATGTGCACATACCCAC  1043

seq1  ACACATACAAATAATTAAAGCAAATCTTTATTTAAAAAAACCAAACTGAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATACAAATAATTAAAGCAAATCTTTATTTAAAAAAACCAAACTGAG  1093

seq1  CTGGGTGGTGATGGCTCACACCTTTAGTTCCAGCACTTGGCAGGTGGTTT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGGTGATGGCTCACACCTTTAGTTCCAGCACTTGGCAGGTGGTTT  1143

seq1  TCTGAGGATCTGAGACCAGGTTGGTCTACAGAGTGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGATCTGAGACCAGGTTGGTCTACAGAGTGAATTC  1183

seq1: chr12_112011938_112013114
seq2: B6Ng01-291H03.g_65_1220

seq1  GAATTCCCTGAAACGGGAGTTACAGATGTGTTTAGCCATCATGTGGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGAAACGGGAGTTACAGATGTGTTTAGCCATCATGTGGACTA  50

seq1  ACCCAGGTCCTCTGCTAGAGCAGCTAACACTCTTTGTTTGTTTGTTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGTCCTCTGCTAGAGCAGCTAACACTCTTTGTTTGTTTGTTTTGA  100

seq1  GACAGGGTTTCTTTGTATAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTTTCTTTGTATAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGA  150

seq1  CCAGGCTGACCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGACCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGC  200

seq1  TGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACAGCCCGACTCCTCTTGAGTTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACAGCCCGACTCCTCTTGAGTTTTAAA  250

seq1  GGATTGGTCCTCTCACTGTTTAGCTCTTTGTGTTTTTGTTTGATTGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGTCCTCTCACTGTTTAGCTCTTTGTGTTTTTGTTTGATTGTTGA  300

seq1  TGCCTCCCAAGTGCTTGCAAGTGTGTACACCCAAGCTGTTGGGTTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCAAGTGCTTGCAAGTGTGTACACCCAAGCTGTTGGGTTCATTT  350

seq1  TGCATTTGTTTCTTTTTGATACGGGGTTTCACACTATACAGATTAGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTGTTTCTTTTTGATACGGGGTTTCACACTATACAGATTAGACTG  400

seq1  GCCTGGAATTTGTCAATCTCTTGCCTCAGCCTGGATTAAAAGATCTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAATTTGTCAATCTCTTGCCTCAGCCTGGATTAAAAGATCTTGGT  450

seq1  TTGGGTTTGGGTTTTCTGTAGTTTGAGACAGGCCAGGCCTCATACGGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTGGGTTTTCTGTAGTTTGAGACAGGCCAGGCCTCATACGGCAT  500

seq1  AAGTTAGCCTCTGGCTTTGAATTTTGTTGTTGTTTTGTGACAGGATCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCCTCTGGCTTTGAATTTTGTTGTTGTTTTGTGACAGGATCTCA  550

seq1  TTTTACCCAGGCTGACCTCCAGCTCATTTTATAACCAAGGATAACCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCCAGGCTGACCTCCAGCTCATTTTATAACCAAGGATAACCTTGA  600

seq1  CTCTTTGGTCTTTTTGCCTCTACTCTCAAGCACTAGGATCTCTGGTCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGGTCTTTTTGCCTCTACTCTCAAGCACTAGGATCTCTGGTCTGG  650

seq1  CATGCCTGGCAAATATGCATTTTTAAAGCATTACTTAAAATGTTTACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGGCAAATATGCATTTTTAAAGCATTACTTAAAATGTTTACTGA  700

seq1  GGTGAGGACTAATGAATATGATGAGATTAATAACTCCATATGCAGAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGACTAATGAATATGATGAGATTAATAACTCCATATGCAGAACTC  750

seq1  TTAATTCATACACAC-TTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTAGAGA  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCATACACACTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTAGAGA  800

seq1  GTACACTATAGCTGTCTTCAGACACACCTGAAGAAGACATCCCATTACAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTATAGCTGTCTTCAGACACACCTGAAGAAGACATCCCATTACAG  850

seq1  ATGGTTGTGAGCCCCCATGTGGTTGTTGGCAAATGAACTC-AGGTTCTCT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGTTGTGAGCCCCCATGTGGTTGTTGGCAAATGAACTCAAGGTTCTCT  900

seq1  GGAAGAGCAGCCAGTGTTCATAACCACTGAGCCATCTCTCCAGTCCTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGCCAGTGTTCATAACCACTGAGCCATCTCTCCAGTCCTCAT  950

seq1  ATACACTTTTAACATTGAAAACAATCAAGAATAGTAAATGTAGTTTCTTC  998
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ATACACTTTTAACATTG-AAACAATC-AGAATAGTAAATGTAG-TTCTTC  997

seq1  AGTATTTCTGTCAGTAAATATTGAGTGTTTGTGGTAAGGTGGATG-CTCT  1047
      |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||
seq2  AGTATTTCTGTCAGTAAATA-TGAGTG-TTGT-GTAAGGTGGATGCCTCT  1044

seq1  ATTGAGGCTAGAAACCAAATATGACTTGATTTTTAAAACTGGTAAGAAGT  1097
      ||||||   ||||  | || |||||||||||||  ||||||   ||||||
seq2  ATTGAG--CAGAA--CCAACATGACTTGATTTT--AAACTG--TAGAAGT  1086

seq1  CTAAAGAAACTGGCTCTGTTACAAATTCATGTTTAAAAGAGTTCAGATGA  1147
      ||  ||||||||   ||| | ||    ||| | | |||| ||||| ||  
seq2  CT--AGAAACTGCTCCTGGT-CA----CATCTGTTAAAG-GTTCAAATTG  1128

seq1  TTGACAGTTCTGATGCAAAGCATGTAGAAG  1177
       ||||   ||||||||||  ||||||||||
seq2  ATGAC--GTCTGATGCAAGCCATGTAGAAG  1156