BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291K20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 76,905,601 - 77,003,092
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyne2
Upstream geneKcnh5, Rhoj, Gphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1
Downstream geneEsr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3, Spnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291K20.bB6Ng01-291K20.g
ACCGA088503GA088504
length9871,083
definitionB6Ng01-291K20.b B6Ng01-291K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,002,110 - 77,003,092)(76,905,601 - 76,906,692)
sequence
gaattctataatgaactcaataaattcatttaaaaatcatttaatggggg
gctttagaggtgtcatactgctcttacaaaggacccaattagattcccag
tgccatttacctaggatggcttactactgtctgcaactcaggctccagga
catctgacatctactggcctctgtgagaactgcactcacatgcataaaca
cacagatacagatagatgcgcgcgcgcacacacacatatacacacagaga
caaatacataaacataaaaataaaatgtttcattaaaaaacattagcggc
cgggcagtggtggggcacacctttaatcccagcactcgggaggcggaggc
aggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacagagtgagctccag
gacagccagggctacacagagaaaccctgtcttgaaaaacaaacaaacaa
acaaacaaacaaacaaacattagcggtgctgaggagaggagggttcagtg
ggcgagagcacgtgatctacaagcatgggaacctaaattcaaccctctgg
cacccccacaaaagggcatggctgcacatgtctatacctccagcattgga
ggagagcatccgaaaatcccaaagctcactatctcgctagccaaacgagc
caaaaaggcaagcttctagctcagagagagatgcaaaggcgggaaaacag
aaagcatagaaaagataatgttattctttagcctccaaatgggctcgtgc
atctgcccactcatgcggacatgctacaaacacatacatgtgcagcacat
aacacattcacagacagacatacaaccatttcattcttcatttaaaatgg
gtaaagcataagatgtgtaagtcaaatattaataagattaatttttaaaa
ataaacatgtttagacatcaaggaaaatgaagccattactgtgttatgtt
atcagtaagagttgtagggggtgggggggtgggttaa
gaattcttttttcctttttaaccacccccctcccttcccctttagcagag
tctcatgtagttccggccagcctgggactcacttgctatctagctggaca
ggaccttgaatttctgatccctccatctttaactctcaagttctgagact
ctgccagtctagtggtttaaatgagaatgtctcctataggcccatgcatc
caaatacttggcccctagcttgtcactattggaggaggctaagaaggtgt
ggccttgttggaggaagtacgtcactggaggcgggctttgagagtttaaa
gacagggtcattctcagctacttcctcagcgtcatgcttactgtctgaga
tgtgaactcctgccaggtttcctcaccattaatggattcatccctttttc
ataaacttcttcacaggttgtcttgtcatagtattctgtcatgtactttg
ttaaagtgaatatcatttcaagcgacttccttaagataatgaagatgaca
cacaaaactggagaaaatatttacatgtcatatgcagagtaagaaacttt
gcatccacaatgatttaattttttttttcagttcagtaaaaacaaacaat
ccaatgggggatgggggagacatccacctagacatttctccaaggaagat
attcagatggtcaaaaatcacccaaatggagccgggcatggtggcgcacg
cctttgatcccagcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttca
aggccagcctggtctaaaaagtgagttccaggacagccagggctacacag
agaaaccctgtctcgaaaaacaaaaacaaaacaaaacaaaaaccagaaaa
aaaacaaaaacaaaacaaaaaaaaccaacccaccaccaccaccaacaaca
acacaaaaaatcacccaatggtctcagtgtcacttgttcagaagaagacg
gcaaatcaaaacccttataggtacaacatcacacgcatgggtatggagtc
cactttggattctgtgctgtggtaaataacatgaccccagcacttggggg
agaaagggttaattggcttacaggtgtcttagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_77002110_77003092
seq2: B6Ng01-291K20.b_47_1033 (reverse)

seq1  TTAA-CCACCC-----CACCCTACAACTCCTTACCTGATAACATAACACA  44
      |||| ||||||     | |||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TTAACCCACCCCCCCACCCCCTACAACT-CTTA-CTGATAACATAACACA  48

seq1  GTAATGGCTTCATTTTCCTTGATGTCTAAACATGTTTATTTTTAAAAATT  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGCTTCATTTTCCTTGATGTCTAAACATGTTTATTTTTAAAAATT  98

seq1  AATCTTATTAATATTTGACTTACACATCTTATGCTTTACCCATTTTAAAT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTATTAATATTTGACTTACACATCTTATGCTTTACCCATTTTAAAT  148

seq1  GAAGAATGAAATGGTTGTATGTCTGTCTGTGAATGTGTTATGTGCTGCAC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGAAATGGTTGTATGTCTGTCTGTGAATGTGTTATGTGCTGCAC  198

seq1  ATGTATGTGTTTGTAGCATGTCCGCATGAGTGGGCAGATGCACGAGCCCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTTTGTAGCATGTCCGCATGAGTGGGCAGATGCACGAGCCCA  248

seq1  TTTGGAGGCTAAAGAATAACATTATCTTTTCTATGCTTTCTGTTTTCCCG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGCTAAAGAATAACATTATCTTTTCTATGCTTTCTGTTTTCCCG  298

seq1  CCTTTGCATCTCTCTCTGAGCTAGAAGCTTGCCTTTTTGGCTCGTTTGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCATCTCTCTCTGAGCTAGAAGCTTGCCTTTTTGGCTCGTTTGGC  348

seq1  TAGCGAGATAGTGAGCTTTGGGATTTTCGGATGCTCTCCTCCAATGCTGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGAGATAGTGAGCTTTGGGATTTTCGGATGCTCTCCTCCAATGCTGG  398

seq1  AGGTATAGACATGTGCAGCCATGCCCTTTTGTGGGGGTGCCAGAGGGTTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAGACATGTGCAGCCATGCCCTTTTGTGGGGGTGCCAGAGGGTTG  448

seq1  AATTTAGGTTCCCATGCTTGTAGATCACGTGCTCTCGCCCACTGAACCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGGTTCCCATGCTTGTAGATCACGTGCTCTCGCCCACTGAACCCT  498

seq1  CCTCTCCTCAGCACCGCTAATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTCAGCACCGCTAATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG  548

seq1  TTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCAC  598

seq1  TCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCCGCCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCCGCCTC  648

seq1  CCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCCCCACCACTGCCCGGCCGCTAATGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCCCCACCACTGCCCGGCCGCTAATGT  698

seq1  TTTTTAATGAAACATTTTATTTTTATGTTTATGTATTTGTCTCTGTGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGAAACATTTTATTTTTATGTTTATGTATTTGTCTCTGTGTGT  748

seq1  ATATGTGTGTGTGCGCGCGCGCATCTATCTGTATCTGTGTGTTTATGCAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGTGTGCGCGCGCGCATCTATCTGTATCTGTGTGTTTATGCAT  798

seq1  GTGAGTGCAGTTCTCACAGAGGCCAGTAGATGTCAGATGTCCTGGAGCCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGCAGTTCTCACAGAGGCCAGTAGATGTCAGATGTCCTGGAGCCT  848

seq1  GAGTTGCAGACAGTAGTAAGCCATCCTAGGTAAATGGCACTGGGAATCTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCAGACAGTAGTAAGCCATCCTAGGTAAATGGCACTGGGAATCTA  898

seq1  ATTGGGTCCTTTGTAAGAGCAGTATGACACCTCTAAAGCCCCCCATTAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTCCTTTGTAAGAGCAGTATGACACCTCTAAAGCCCCCCATTAAA  948

seq1  TGATTTTTAAATGAATTTATTGAGTTCATTATAGAATTC  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTAAATGAATTTATTGAGTTCATTATAGAATTC  987

seq1: chr12_76905601_76906692
seq2: B6Ng01-291K20.g_67_1149

seq1  GAATTCTTTTTTCCTTTTTAACCACCCCCCTCCCTTCCCCTTTAGCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTCCTTTTTAACCACCCCCCTCCCTTCCCCTTTAGCAGAG  50

seq1  TCTCATGTAGTTCCGGCCAGCCTGGGACTCACTTGCTATCTAGCTGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTAGTTCCGGCCAGCCTGGGACTCACTTGCTATCTAGCTGGACA  100

seq1  GGACCTTGAATTTCTGATCCCTCCATCTTTAACTCTCAAGTTCTGAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGAATTTCTGATCCCTCCATCTTTAACTCTCAAGTTCTGAGACT  150

seq1  CTGCCAGTCTAGTGGTTTAAATGAGAATGTCTCCTATAGGCCCATGCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGTCTAGTGGTTTAAATGAGAATGTCTCCTATAGGCCCATGCATC  200

seq1  CAAATACTTGGCCCCTAGCTTGTCACTATTGGAGGAGGCTAAGAAGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTTGGCCCCTAGCTTGTCACTATTGGAGGAGGCTAAGAAGGTGT  250

seq1  GGCCTTGTTGGAGGAAGTACGTCACTGGAGGCGGGCTTTGAGAGTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTTGGAGGAAGTACGTCACTGGAGGCGGGCTTTGAGAGTTTAAA  300

seq1  GACAGGGTCATTCTCAGCTACTTCCTCAGCGTCATGCTTACTGTCTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTCATTCTCAGCTACTTCCTCAGCGTCATGCTTACTGTCTGAGA  350

seq1  TGTGAACTCCTGCCAGGTTTCCTCACCATTAATGGATTCATCCCTTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTCCTGCCAGGTTTCCTCACCATTAATGGATTCATCCCTTTTTC  400

seq1  ATAAACTTCTTCACAGGTTGTCTTGTCATAGTATTCTGTCATGTACTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTTCTTCACAGGTTGTCTTGTCATAGTATTCTGTCATGTACTTTG  450

seq1  TTAAAGTGAATATCATTTCAAGCGACTTCCTTAAGATAATGAAGATGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGAATATCATTTCAAGCGACTTCCTTAAGATAATGAAGATGACA  500

seq1  CACAAAACTGGAGAAAATATTTACATGTCATATGCAGAGTAAGAAACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACTGGAGAAAATATTTACATGTCATATGCAGAGTAAGAAACTTT  550

seq1  GCATCCACAATGATTTAATTTTTTTTTTCAGTTCAGTAAAAACAAACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACAATGATTTAATTTTTTTTTTCAGTTCAGTAAAAACAAACAAT  600

seq1  CCAATGGGGGATGGGGGAGACATCCACCTAGACATTTCTCCAAGGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGGGGATGGGGGAGACATCCACCTAGACATTTCTCCAAGGAAGAT  650

seq1  ATTCAGATGGTCAAAAATCACCCAAATGGAGCCGGGCATGGTGGCGCACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGATGGTCAAAAATCACCCAAATGGAGCCGGGCATGGTGGCGCACG  700

seq1  CCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCA  750

seq1  AGGCCAGCCTGGTCTAAAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTGGTCTAAAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG  800

seq1  AGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAACCAGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAACCAGAAAA  850

seq1  AAAACAAAAACAAAAACAAAAAAAACCAAACCCACCACCACCACCAACAA  900
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAAC-AAAACAAAAAAAACC-AACCCACCACCACCACCAACAA  898

seq1  CAACAACAAAAAATCACCCAAATGGTCTCAGTGTCAC-TGTTCAGAAGAA  949
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAC-ACAAAAAATCACCC-AATGGTCTCAGTGTCACTTGTTCAGAAGAA  946

seq1  GACAGCAAATCAAAACCTTAATAGGTACAACATCACACGCATTGGTATGG  999
      ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACGGCAAATCAAAACCCTTATAGGTACAACATCACACGCATGGGTATGG  996

seq1  AGTCCACTTTGGTTTTCTGTGGCTGTGTTAAATAACATGACCCCCAGCAA  1049
      ||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |
seq2  AGTCCACTTTGG-ATTCTGT-GCTGTGGTAAATAACATGA-CCCCAGC-A  1042

seq1  CTTGGGGAGGAAAGGGTTAATTTGGCTTACAGGTTGTCTTAGT  1092
      |||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CTTGGGGGAGAAAGGGTTAA-TTGGCTTACAGG-TGTCTTAGT  1083