BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296G24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,050,605 - 27,146,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf144, Rsad2
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726
Downstream geneTyki, LOC668731, 1700020D12Rik, Sox11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296G24.bB6Ng01-296G24.g
ACCGA092050GA092051
length1,1281,056
definitionB6Ng01-296G24.b B6Ng01-296G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,145,289 - 27,146,412)(27,050,605 - 27,051,651)
sequence
gaattcctgttggctcagggtatgatgggagatggtagggaaggcacaca
ggcaggtgatgaggggctggtcccactgtgtccacagtcaggaagcagag
agagaggaatctggtgctcaactcctctttccagtgttattcagtctggg
ctgcagcctacgggtgccactcacatccatagaaggtcttccctcctcag
ttaagctccctggaaacatctgaatatgaaaacacagagatattccatcg
tgacactgaatccagtcaagttgacaataaccatcacatttatattttac
tcacaattgttcatatttttatatgacaatttcatacaggaatctcaatc
aatgcacatcaaagaaaaggaagatgagaaactgaagtttgtctgagtac
ctgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgatgaatgattgcaagaaac
caacctgcacagagaactcttaccaagaagatgagtaatgctattatgga
agtcagttatgaagcagtgtagccagtgtttaaaccctgactgagacctt
gctccctgagtgagataagtgtcctaagctgtgaatcagcaagcaaactg
cagcacagggccaggctctgaagcagagaagacatccctcactctaccat
ggcaagctctgcccttagtgcttaacctgcaccagaccccttgatatcac
aatgccatgagtgagttaggcatgactatccatgtttatcagatataaca
cagggtcaggcagacaaggggctaggtatagaactaagatgcaactccct
gcgtaaacacagaaaacagacgtccccaaatatgatactgaaatcaagtc
aacttgacaatcacatttatatttcattcacacttgatgaaattggtaca
tggcagtttcccatgaccatctcaatcagtaagcctcaaagaaaagaaaa
cagcttggagagaagcatgcccgaatagaggaatgaatgacacactcaaa
aataatctcatgcaggtatccaaatctaccccaaagttggtgatttcaaa
cttagccgggactacacagaaaatatttttctcctcacacttaaagctcg
acatcatagctatggtgaaccttcagaa
gaattcaacttttatccaccaataccacacagttcctgggcctcttggat
gctgctgctgggcttctgtcacatcatcattgggtgaggactttggctgg
actaaccagctgtccatataacatgtgtcctgcaaaaatgctttcccata
tctgcagggaggtgctgctgggaggctgggcctgggtacaaccacaaaac
agaagccagtccatagtctcaatagcacttttgaccagaaggggacacaa
ctatgaaccatagctggcaaccacagtcccaagaaacaagtacaacaagc
agccactttcacagatgactgatatacattctgaggactggagagggaag
gaggagtgaagtcagccactttcacagatgactcatccacattctgagga
ctagagagggaaggagcagagaagtctaggaagtaccaagaggtacttca
accctgaagttcaaccctcgcaaccctgattctagccctaggaattgaga
atcagctaaaacaaggaacagcccatctgggattgtgttcctacatggaa
ggccatgctaaaagtgaaaactacattatcaacactacaagcctcgtgaa
ctatgaagggtgcatggggctaaggataagaaattatgtaattttaattt
catttgccagcaacaagaaaggttggctgcccaagtttaccaggtgaacc
gagtgccttggcatttaccatgtcactcagcctgagatgcacccaggcag
ctgagggaacctgcccacagtcccaaactcagagtgacgaggtggcagag
aagaggaggtggactctcatcaaggttggaatccacttcactcttggctt
ttgctgaggcttcagaggtgggagggctccgggggcatcttgcataatgc
tacaggactgataggagccgtaaggaggagcaattcaccttccaggcttg
tatagaaaaaaaaaggacctccttccccaagcttctgtgcttataaacca
acctgcaagttcctgtgcctttgccaaaccagcatggtaatcaaacaaac
aaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27145289_27146412
seq2: B6Ng01-296G24.b_45_1172 (reverse)

seq1  TTCTGAAAGGTCA-CATAGCTATGATGTCGAGCTTT-AGTGTGA-GAG-A  46
      ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  TTCTGAAGGTTCACCATAGCTATGATGTCGAGCTTTAAGTGTGAGGAGAA  50

seq1  AAATA-TTTCTGTGGTAGGTCCCGGCTAAG-TTGGAATCACAAACTTTGG  94
      ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||
seq2  AAATATTTTCTGT-GTA-GTCCCGGCTAAGTTTGAAATCACCAACTTTGG  98

seq1  GGTAGATTTGGATACCTGCATGAGATTTATTTTTGAGTGTGTCATTCATT  144
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATTTGGATACCTGCATGAGA-TTATTTTTGAGTGTGTCATTCATT  147

seq1  CCTCTATTCGGGCATGCTTCTCT-CAAGCTGTTTTCCTTTTCTTTGAGGC  193
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTCTATTCGGGCATGCTTCTCTCCAAGCTGTTTT-CTTTTCTTTGAGGC  196

seq1  TTACTGATTGAGATGGTCATGGGAAACTGCCATGTACCAATTTCATCAAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGATTGAGATGGTCATGGGAAACTGCCATGTACCAATTTCATCAAG  246

seq1  TGTGAATGAAATATAAATGTGATTGTCAAGTTGACTTGA-TTCAGTATCA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGAATGAAATATAAATGTGATTGTCAAGTTGACTTGATTTCAGTATCA  296

seq1  TATTTGGGGACGTCTGTTTTCTGTGTTTACGCAGGGAGTTGCATCTTAGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGGGACGTCTGTTTTCTGTGTTTACGCAGGGAGTTGCATCTTAGT  346

seq1  TCTATACCTAGCCCCTTGTCTGCCTGACCCTGTGTTATATCTGATAAACA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACCTAGCCCCTTGTCTGCCTGACCCTGTGTTATATCTGATAAACA  396

seq1  TGGATAGTCATGCCTAACTCACTCATGGCATTGTGATATCAAGGGGTCTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGTCATGCCTAACTCACTCATGGCATTGTGATATCAAGGGGTCTG  446

seq1  GTGCAGGTTAAGCACTAAGGGCAGAGCTTGCCATGGTAGAGTGAGGGATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTTAAGCACTAAGGGCAGAGCTTGCCATGGTAGAGTGAGGGATG  496

seq1  TCTTCTCTGCTTCAGAGCCTGGCCCTGTGCTGCAGTTTGCTTGCTGATTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTGCTTCAGAGCCTGGCCCTGTGCTGCAGTTTGCTTGCTGATTC  546

seq1  ACAGCTTAGGACACTTATCTCACTCAGGGAGCAAGGTCTCAGTCAGGGTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTAGGACACTTATCTCACTCAGGGAGCAAGGTCTCAGTCAGGGTT  596

seq1  TAAACACTGGCTACACTGCTTCATAACTGACTTCCATAATAGCATTACTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACTGGCTACACTGCTTCATAACTGACTTCCATAATAGCATTACTC  646

seq1  ATCTTCTTGGTAAGAGTTCTCTGTGCAGGTTGGTTTCTTGCAATCATTCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTTGGTAAGAGTTCTCTGTGCAGGTTGGTTTCTTGCAATCATTCA  696

seq1  TCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAGGTACTCAGACAAACTTCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAGGTACTCAGACAAACTTCA  746

seq1  GTTTCTCATCTTCCTTTTCTTTGATGTGCATTGATTGAGATTCCTGTATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCATCTTCCTTTTCTTTGATGTGCATTGATTGAGATTCCTGTATG  796

seq1  AAATTGTCATATAAAAATATGAACAATTGTGAGTAAAATATAAATGTGAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCATATAAAAATATGAACAATTGTGAGTAAAATATAAATGTGAT  846

seq1  GGTTATTGTCAACTTGACTGGATTCAGTGTCACGATGGAATATCTCTGTG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGTCAACTTGACTGGATTCAGTGTCACGATGGAATATCTCTGTG  896

seq1  TTTTCATATTCAGATGTTTCCAGGGAGCTTAACTGAGGAGGGAAGACCTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATATTCAGATGTTTCCAGGGAGCTTAACTGAGGAGGGAAGACCTT  946

seq1  CTATGGATGTGAGTGGCACCCGTAGGCTGCAGCCCAGACTGAATAACACT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGATGTGAGTGGCACCCGTAGGCTGCAGCCCAGACTGAATAACACT  996

seq1  GGAAAGAGGAGTTGAGCACCAGATTCCTCTCTCTCTGCTTCCTGACTGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAGGAGTTGAGCACCAGATTCCTCTCTCTCTGCTTCCTGACTGTG  1046

seq1  GACACAGTGGGACCAGCCCCTCATCACCTGCCTGTGTGCCTTCCCTACCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTGGGACCAGCCCCTCATCACCTGCCTGTGTGCCTTCCCTACCA  1096

seq1  TCTCCCATCATACCCTGAGCCAACAGGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATCATACCCTGAGCCAACAGGAATTC  1128

seq1: chr12_27050605_27051651
seq2: B6Ng01-296G24.g_67_1122

seq1  GAATTCAACTTTTATCCACCAATACCACACAGTTCCTGGGCCTCTTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTTTTATCCACCAATACCACACAGTTCCTGGGCCTCTTGGAT  50

seq1  GCTGCTGCTGGGCTTCTGTCACATCATCATTGGGTGAGGACTTTGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGGGCTTCTGTCACATCATCATTGGGTGAGGACTTTGGCTGG  100

seq1  ACTAACCAGCTGTCCATATAACATGTGTCCTGCAAAAATGCTTTCCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAGCTGTCCATATAACATGTGTCCTGCAAAAATGCTTTCCCATA  150

seq1  TCTGCAGGGAGGTGCTGCTGGGAGGCTGGGCCTGGGTACAACCACAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGGGAGGTGCTGCTGGGAGGCTGGGCCTGGGTACAACCACAAAAC  200

seq1  AGAAGCCAGTCCATAGTCTCAATAGCACTTTTGACCAGAAGGGGACACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAGTCCATAGTCTCAATAGCACTTTTGACCAGAAGGGGACACAA  250

seq1  CTATGAACCATAGCTGGCAACCACAGTCCCAAGAAACAAGTACAACAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAACCATAGCTGGCAACCACAGTCCCAAGAAACAAGTACAACAAGC  300

seq1  AGCCACTTTCACAGATGACTGATATACATTCTGAGGACTGGAGAGGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTTCACAGATGACTGATATACATTCTGAGGACTGGAGAGGGAAG  350

seq1  GAGGAGTGAAGTCAGCCACTTTCACAGATGACTCATCCACATTCTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTGAAGTCAGCCACTTTCACAGATGACTCATCCACATTCTGAGGA  400

seq1  CTAGAGAGGGAAGGAGCAGAGAAGTCTAGGAAGTACCAAGAGGTACTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAGGGAAGGAGCAGAGAAGTCTAGGAAGTACCAAGAGGTACTTCA  450

seq1  ACCCTGAAGTTCAACCCTCGCAACCCTGATTCTAGCCCTAGGAATTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAAGTTCAACCCTCGCAACCCTGATTCTAGCCCTAGGAATTGAGA  500

seq1  ATCAGCTAAAACAAGGAACAGCCCATCTGGGATTGTGTTCCTACATGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTAAAACAAGGAACAGCCCATCTGGGATTGTGTTCCTACATGGAA  550

seq1  GGCCATGCTAAAAGTGAAAACTACATTATCAACACTACAAGCCTCGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGCTAAAAGTGAAAACTACATTATCAACACTACAAGCCTCGTGAA  600

seq1  CTATGAAGGGTGCATGGGGCTAAGGATAAGAAATTATGTAATTTTAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAGGGTGCATGGGGCTAAGGATAAGAAATTATGTAATTTTAATTT  650

seq1  CATTTGCCAGCAACAAGAAAGGTTGGCTGCCCAAGTTTACCAGGTGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCCAGCAACAAGAAAGGTTGGCTGCCCAAGTTTACCAGGTGAACC  700

seq1  GAGTGCCTTGGCATTTACCATGTCACTCAGCCTGAGATGCACCCAGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCTTGGCATTTACCATGTCACTCAGCCTGAGATGCACCCAGGCAG  750

seq1  CTGAGGGAACCTGCCCACAGTCCCAAACTCAGAGTGACGAGGTGGCAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGAACCTGCCCACAGTCCCAAACTCAGAGTGACGAGGTGGCAGAG  800

seq1  AAGAGGAGGTGGACTCTCATCAAGGTTGGAATCCACTTCACTCTTGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAGGTGGACTCTCATCAAGGTTGGAATCCACTTCACTCTTGGCTT  850

seq1  TTGCTGAGGCTTCAAGAGGTGGGAGGGCTCCGGGGGCATCTTGCATAATG  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGGCTTC-AGAGGTGGGAGGGCTCCGGGGGCATCTTGCATAATG  899

seq1  CTACAGGACTGATAGGAGCCGTAAGGAGGGAGCAATTCACC-TCCAGGC-  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTACAGGACTGATAGGAGCCGTAAGGA-GGAGCAATTCACCTTCCAGGCT  948

seq1  TGTATAGAAAAAAAAAGGA-CTCCTTCCCCAAGCTTCTGTGCTTATAAAC  997
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGAAAAAAAAAGGACCTCCTTCCCCAAGCTTCTGTGCTTATAAAC  998

seq1  CAACCTGC-AGTTCCTGTG-CTTTG-CAAACCAGCAAGG-----AAACAA  1039
      |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||     ||||||
seq2  CAACCTGCAAGTTCCTGTGCCTTTGCCAAACCAGCATGGTAATCAAACAA  1048

seq1  ACAAACAA  1047
      ||||||||
seq2  ACAAACAA  1056