BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303C05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 54,604,426 - 54,696,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneArhgap5, Akap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303C05.bB6Ng01-303C05.g
ACCGA097012GA097013
length1,1661,104
definitionB6Ng01-303C05.b B6Ng01-303C05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,604,426 - 54,605,580)(54,695,421 - 54,696,533)
sequence
gaattcactcagccctactctcaccaacacacacccaaagtacccctcat
gggtaggatgtcaacatgacaaaaactgaacacacattcctgttggctgt
tctgccttggagaatgtagattatcaacttgctgacataggaatgcatgt
cctagataccagcgtaaccctgaaatttcacaaaagatttgtatataatt
ctagtgcatgtgtgttggataaattgtttactctagttcaggcatgatta
tttttatgtttcatccatacaatgtaaaaggaactgataagtttgttgag
tcaggaactacacagcataaaactatattatttaattttatataaattga
tagactggacttatatttatttacttagcacaactataatttgcttctgt
tttgaatgagtttaaaacagaaaaggctctcttggtagggatggcagccc
aaatagacaaaagaatgatggatcttgctcattctgttcttgtatgatga
aacagcgtaggtttggaactatggtctttttcagatgtgtacttttagat
catatagaaatattgacttattttacacagataagagatgagtttgcagt
ggactcatataacagatctaagaccagagttagtgctataaacaacgttc
attttgtgtcataattatcaaacattccaggtgagaattttgtcaggcat
agactgtaactactaattgatttttcactgtgtggctttcagtcagttca
gctctgtaattacctgttatgattaagatgggtaggaagatagagcatgg
tcacatcccccatgtgtgtcacagtctatgccagggtgcgaggtatcact
catggcagcaggaaaggctgggatggttgctgaggagactacaaagagat
aacacatcttagttaatgattgtggtccagcatggaaattgatacatgtt
tcactgttagtaaactttcgatagacgagagctgaagatgcaagctcagt
gactccatcctgtctacactggctctccagtgtctctgggatgcaggatc
actttcttacaagctggcacctgggtgttagaatatgcaccacagcttta
ttgctttaatttctagctcttttaatgcaaactgcctactcaatcgatca
atatgtctatgaaaca

gaattcaatgcctattaatgtcacagcgcctggtagcatgtgcagaggtt
ggtttttataacacctcctcgtggttttaaatttgcaggacaagcgcatt
tgtcccccagcaaccagcatggtgtggatgaggagtgagatggacatttc
atttacaaagtccaccgctggggattgcactccagtgaggctccctgaaa
gctggtatctaaatacttattctgactggtttccctcttagcagatcgct
ttagatggcactgtgattcaataaaccaactgggagacagcattaactct
cagtgtgtcagagcttgaatatccattcatattacaatcagggaattcaa
atgatagattgtttctggatcagagtttctctagtcacgaatatttttat
ctgatgagaatgactattttgactttgagatataaaacccatagagatac
taattcaaatacatttaatctgatctccatgcatcctggcacttcactgc
tacatcctagctattctttataggggaaaacttattgtactgccaaaata
ccccctgccacctcgtatgacaagagcattcatgcatttttatgagctca
tttgaggacaggaagagcaagttccacaattctccacaaacactttaaga
tgctatagtattcaaaaaggaattgtaattaaagaaacaaccatcctaat
cctaaaatttagagaccagtgacaggaacacataatctaaaagactctaa
ggaggttatgaataccttccctgctttccctcaaagttgtgtacaactct
atatagtatgcatgcattaattttatggcttttactttccatttggtttt
gtttcagtcatcctacaacatatgtgaaaaatgctaatttcttccatatt
cactcgagtaaagggtttcccttcaagactctaagaatcaagaaaaatat
acttgtcaacctgttatataatgtgcattacctattgaaaaacacaaatg
gagacacatgaaataatttgagctcagatatttctatgggccaagatcct
tacagtaaaatacccacctcacctgaatgcagttttgatccaaacagaac
tgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_54604426_54605580
seq2: B6Ng01-303C05.b_47_1212

seq1  GAATTCACTCAGCCCTACTCTCACCAACACACACCCAAAGTACCCCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGCCCTACTCTCACCAACACACACCCAAAGTACCCCTCAT  50

seq1  GGGTAGGATGTCAACATGACAAAAACTGAACACACATTCCTGTTGGCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGATGTCAACATGACAAAAACTGAACACACATTCCTGTTGGCTGT  100

seq1  TCTGCCTTGGAGAATGTAGATTATCAACTTGCTGACATAGGAATGCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTGGAGAATGTAGATTATCAACTTGCTGACATAGGAATGCATGT  150

seq1  CCTAGATACCAGCGTAACCCTGAAATTTCACAAAAGATTTGTATATAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATACCAGCGTAACCCTGAAATTTCACAAAAGATTTGTATATAATT  200

seq1  CTAGTGCATGTGTGTTGGATAAATTGTTTACTCTAGTTCAGGCATGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCATGTGTGTTGGATAAATTGTTTACTCTAGTTCAGGCATGATTA  250

seq1  TTTTTATGTTTCATCCATACAATGTAAAAGGAACTGATAAGTTTGTTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTTTCATCCATACAATGTAAAAGGAACTGATAAGTTTGTTGAG  300

seq1  TCAGGAACTACACAGCATAAAACTATATTATTTAATTTTATATAAATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACTACACAGCATAAAACTATATTATTTAATTTTATATAAATTGA  350

seq1  TAGACTGGACTTATATTTATTTACTTAGCACAACTATAATTTGCTTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGACTTATATTTATTTACTTAGCACAACTATAATTTGCTTCTGT  400

seq1  TTTGAATGAGTTTAAAACAGAAAAGGCTCTCTTGGTAGGGATGGCAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGAGTTTAAAACAGAAAAGGCTCTCTTGGTAGGGATGGCAGCCC  450

seq1  AAATAGACAAAAGAATGATGGATCTTGCTCATTCTGTTCTTGTATGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGACAAAAGAATGATGGATCTTGCTCATTCTGTTCTTGTATGATGA  500

seq1  AACAGCGTAGGTTTGGAACTATGGTCTTTTTCAGATGTGTACTTTTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCGTAGGTTTGGAACTATGGTCTTTTTCAGATGTGTACTTTTAGAT  550

seq1  CATATAGAAATATTGACTTATTTTACACAGATAAGAGATGAGTTTGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGAAATATTGACTTATTTTACACAGATAAGAGATGAGTTTGCAGT  600

seq1  GGACTCATATAACAGATCTAAGACCAGAGTTAGTGCTATAAACAACGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCATATAACAGATCTAAGACCAGAGTTAGTGCTATAAACAACGTTC  650

seq1  ATTTTGTGTCATAATTATCAAACATTCCAGGTGAGAATTTTGTCAGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGTCATAATTATCAAACATTCCAGGTGAGAATTTTGTCAGGCAT  700

seq1  AGACTGTAACTACTAATTGATTTTTCACTGTGTGGCTTTCAGTCAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTAACTACTAATTGATTTTTCACTGTGTGGCTTTCAGTCAGTTCA  750

seq1  GCTCTGTAATTACCTGTTATGATTAAGATGGGTAGGAAGATAGAGCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTAATTACCTGTTATGATTAAGATGGGTAGGAAGATAGAGCATGG  800

seq1  TCACATCCCCCATGTGTGTCACAGTCTATGCCAGGGTGCGAGGTATCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCCCCCATGTGTGTCACAGTCTATGCCAGGGTGCGAGGTATCACT  850

seq1  CATGGCAGCAGG-AAGGCTGGGATGGTTGCTGAGGAGACTACAAAGAGAT  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCAGGAAAGGCTGGGATGGTTGCTGAGGAGACTACAAAGAGAT  900

seq1  AACACATCTTAGTTAATGATTGTGGTCCAGCATGGAAATTGATACATG-T  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACACATCTTAGTTAATGATTGTGGTCCAGCATGGAAATTGATACATGTT  950

seq1  TCACTGTTAGTAAACTTTCGATAGACGAGAGCTGAAGATGCAAGCTCAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTAGTAAACTTTCGATAGACGAGAGCTGAAGATGCAAGCTCAGT  1000

seq1  GACTCCATCCTGTCTACACTGGCTCTCCAGTGTCTCTGGGATGCAGGATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATCCTGTCTACACTGGCTCTCCAGTGTCTCTGGGATGCAGGATC  1050

seq1  AC-TTCCTACAAGCTGGCAC--TGGTG-TAGAATATGCA-CACAGC-TTA  1092
      || ||| |||||||||||||   |||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  ACTTTCTTACAAGCTGGCACCTGGGTGTTAGAATATGCACCACAGCTTTA  1100

seq1  TTGCTTTA--TTCTAGCTC-TTTAATGCAAAACTG-CTACTCATTTCGAT  1138
      ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||||  |||||
seq2  TTGCTTTAATTTCTAGCTCTTTTAATGC-AAACTGCCTACTCA-ATCGAT  1148

seq1  CAAATAGTC-ATGAAACA  1155
      |||   ||| ||||||||
seq2  CAATATGTCTATGAAACA  1166


seq1: chr12_54695421_54696533
seq2: B6Ng01-303C05.g_68_1171 (reverse)

seq1  TCCAGTTTCTGTTTGGATTCCAAAATTGCA-TCA-GTGA-GTGGGTATTT  47
      ||||| ||||||||||||  ||||| |||| ||| |||| ||||||| ||
seq2  TCCAG-TTCTGTTTGGAT--CAAAACTGCATTCAGGTGAGGTGGGTA-TT  46

seq1  TTACTGGTTAAAGATCTTGG-CCATAGAAATTATTCCTTGAAGCTTCAAA  96
      ||||||  ||| |||||||| ||||||||| |||  ||   ||| |||||
seq2  TTACTG--TAAGGATCTTGGCCCATAGAAA-TAT--CT--GAGC-TCAAA  88

seq1  TTATTTCATTGTGTCTTCCATTT-TGTGTTTTCATAGGTATTGCACATTA  145
      |||||||| |||||| ||||||| ||| |||  ||||||| |||||||||
seq2  TTATTTCA-TGTGTC-TCCATTTGTGTTTTTCAATAGGTAATGCACATTA  136

seq1  TATAACAGGTTGACAAGTATATTTTTCTTGATTCTTAGAGTCTTTGAAGG  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATAACAGGTTGACAAGTATATTTTTCTTGATTCTTAGAGTC-TTGAAGG  185

seq1  GAAACCCTTTACTCGAGTGAATATGGAAG-AATTAGCATTTTTCACATAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCTTTACTCGAGTGAATATGGAAGAAATTAGCATTTTTCACATAT  235

seq1  GTTGTAGGATGACTGAAACAAAACCAAATGGAAAGTAAAAGCCATAAAAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGGATGACTGAAACAAAACCAAATGGAAAGTAAAAGCCATAAAAT  285

seq1  TAATGCATGCATACTATATAGAGTTGTACACAACTTTGAGGGAAAGCAGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCATGCATACTATATAGAGTTGTACACAACTTTGAGGGAAAGCAGG  335

seq1  GAAGGTATTCATAACCTCCTTAGAGTCTTTTAGATTATGTGTTCCTGTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTATTCATAACCTCCTTAGAGTCTTTTAGATTATGTGTTCCTGTCA  385

seq1  CTGGTCTCTAAATTTTAGGATTAGGATGGTTGTTTCTTTAATTACAATTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCTAAATTTTAGGATTAGGATGGTTGTTTCTTTAATTACAATTC  435

seq1  CTTTTTGAATACTATAGCATCTTAAAGTGTTTGTGGAGAATTGTGGAACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAATACTATAGCATCTTAAAGTGTTTGTGGAGAATTGTGGAACT  485

seq1  TGCTCTTCCTGTCCTCAAATGAGCTCATAAAAATGCATGAATGCTCTTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCCTGTCCTCAAATGAGCTCATAAAAATGCATGAATGCTCTTGT  535

seq1  CATACGAGGTGGCAGGGGGTATTTTGGCAGTACAATAAGTTTTCCCCTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGAGGTGGCAGGGGGTATTTTGGCAGTACAATAAGTTTTCCCCTAT  585

seq1  AAAGAATAGCTAGGATGTAGCAGTGAAGTGCCAGGATGCATGGAGATCAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATAGCTAGGATGTAGCAGTGAAGTGCCAGGATGCATGGAGATCAG  635

seq1  ATTAAATGTATTTGAATTAGTATCTCTATGGGTTTTATATCTCAAAGTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGTATTTGAATTAGTATCTCTATGGGTTTTATATCTCAAAGTCA  685

seq1  AAATAGTCATTCTCATCAGATAAAAATATTCGTGACTAGAGAAACTCTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTCATTCTCATCAGATAAAAATATTCGTGACTAGAGAAACTCTGA  735

seq1  TCCAGAAACAATCTATCATTTGAATTCCCTGATTGTAATATGAATGGATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAACAATCTATCATTTGAATTCCCTGATTGTAATATGAATGGATA  785

seq1  TTCAAGCTCTGACACACTGAGAGTTAATGCTGTCTCCCAGTTGGTTTATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTCTGACACACTGAGAGTTAATGCTGTCTCCCAGTTGGTTTATT  835

seq1  GAATCACAGTGCCATCTAAAGCGATCTGCTAAGAGGGAAACCAGTCAGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACAGTGCCATCTAAAGCGATCTGCTAAGAGGGAAACCAGTCAGAA  885

seq1  TAAGTATTTAGATACCAGCTTTCAGGGAGCCTCACTGGAGTGCAATCCCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATTTAGATACCAGCTTTCAGGGAGCCTCACTGGAGTGCAATCCCC  935

seq1  AGCGGTGGACTTTGTAAATGAAATGTCCATCTCACTCCTCATCCACACCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTGGACTTTGTAAATGAAATGTCCATCTCACTCCTCATCCACACCA  985

seq1  TGCTGGTTGCTGGGGGACAAATGCGCTTGTCCTGCAAATTTAAAACCACG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTTGCTGGGGGACAAATGCGCTTGTCCTGCAAATTTAAAACCACG  1035

seq1  AGGAGGTGTTATAAAAACCAACCTCTGCACATGCTACCAGGCGCTGTGAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTGTTATAAAAACCAACCTCTGCACATGCTACCAGGCGCTGTGAC  1085

seq1  ATTAATAGGCATTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAGGCATTGAATTC  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |