BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312A13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,683,894 - 29,842,604
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833405L11Rik
Upstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
Downstream geneLOC629608, Myt1l, LOC100043496, Pxdn, Tpo
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312A13.bB6Ng01-312A13.g
ACCGA103603GA103604
length1,1351,115
definitionB6Ng01-312A13.b B6Ng01-312A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,683,894 - 29,685,013)(29,841,150 - 29,842,604)
sequence
gaattccagtgcctgcctgacttcaagcctttctgccccatccacacact
ccatcgttcctgtgtccttctgtgctgattctggtgcctgcttcacacca
gatgttagagttatcatcttatgagttcctttaaggtaaactccatgtat
gttaatatctgaattcaggcactatgggcaggggacagcgtggcacttat
tcttgatcagcaaggcagtgcagacaagctgtgctatgtggaaatctgtt
tagggagagggtcaggcctaggccctgttttgcactggtcacagcgttta
gagctgggatggaacttggcaaacccatgtgtacagcaagggagggtctg
ctgccatccctggctggtacccacatatgcttatagagcatggtgccatc
agtgagatcatgggtgcaatgactacagctgtcagctatgaaaggtttat
gcaacatccacgaatgacagggagacagcatttttaacaaaaagagattt
ctttttcagctccttggctgataggagtgagaagttgatggcctatagta
tctgggaagactaatcagcaaatagtctgtgtatagcaccacaggctggg
gcagagaagtcacttagccccaagaccccaagattccattttctggtaag
agaattatagctcagaaataagacgaagactatagaacttctggctcctg
agcaagtgtgtttctcaggacaccgtctaagagggagacacagctagttc
tgttctaacctgggatcttaatgctggtagggtttacagttgggccactg
tggtggccttcagttaaagtgattcttggggctcatgctgcaccaggctc
ttctcttgtgtttggtttatagaggaactgagattcaggggtatgcctca
tataacctcacttggcagagcagcactctgtgttccttcatgttggacca
cagaccttatgctctcaaattttccagtgcacatgtggcatgcctgcaca
tgcgcaaggtgggctttcctatgcccgtgtaatttacggactggctccac
agaagttgaaccacacatggaacttctgccttttatctttattcaatgtc
aggtcttaagatttgaaaggtgaacctttgtcttg

gaattcttatttgtgttactatgctcataatattgttcagatataaagag
agggctggagagacagctcaggcagtcatgtgattgccttaggtcagggt
ttaaatatgaaaccctatccccataggctcgcgtgtttgaacccttggtc
actgtgacgctgtttggggagcttatggaacctataggaggtgaagactt
gctggaggaagtctacctctggaggcagggtttgaggtttgattgacctg
actcacctcctgtgtcctttgtctgcttgctgatctcatctgcctgactg
ccatggcagcctcacactgctgctgccaggtctcccccgccctgatggat
tgtatgtaacctctctggaactacaggccaaaataagccctttcctcttt
aacttgctgctctggtttgaatggcaaggacccctatagcctcatatgtg
aaaatacttagtcccaactaggtagaaccatttggaaaggattaggaggt
atgcccttactgcaagaggcagtcactagggtaggcttggaggtttcaga
agctcacaccattcccagtgtcaatctgcctcttgcttgtgcctcttgcg
ctcactcaggaatttctgctctcatgcctttgatctgccattatagactc
taaccctctgaacccttaagtccaattaaatgctttcctatataagttgc
cttggtcatggtgttttactacagcaacagagaagtcattaagacaccag
tgatgcaccaagacctgaggccaatttccagaatccatgtaacaaagagc
tgggtgtggtgatccatatttgtcaccccagcacaggaaaatgtagtcag
gaagatccctgggagtcactggccagtgagactagcctactgaaagagtt
ccaggccagagagagactcggtttttttttgggggggggggaggtacatc
aagttctaaaatataacaacctagatttgtctctggatgccatacatatg
taacacatgtaagtatagaacatactcatggaatgtactaagcagcacac
aggatcattccacactaagttaatgtgctaatctacttgctcctgataac
ttacattctaaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29683894_29685013
seq2: B6Ng01-312A13.b_46_1180

seq1  GAATTCCAGTGCCTGCCTGACTTCAAGCCTTTCTGCCCCATCCACACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCCTGCCTGACTTCAAGCCTTTCTGCCCCATCCACACACT  50

seq1  CCATCGTTCCTGTGTCCTTCTGTGCTGATTCTGGTGCCTGCTTCACACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGTTCCTGTGTCCTTCTGTGCTGATTCTGGTGCCTGCTTCACACCA  100

seq1  GATGTTAGAGTTATCATCTTATGAGTTCCTTTAAGGTAAACTCCATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAGAGTTATCATCTTATGAGTTCCTTTAAGGTAAACTCCATGTAT  150

seq1  GTTAATATCTGAATTCAGGCACTATGGGCAGGGGACAGCGTGGCACTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATATCTGAATTCAGGCACTATGGGCAGGGGACAGCGTGGCACTTAT  200

seq1  TCTTGATCAGCAAGGCAGTGCAGACAAGCTGTGCTATGTGGAAATCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCAGCAAGGCAGTGCAGACAAGCTGTGCTATGTGGAAATCTGTT  250

seq1  TAGGGAGAGGGTCAGGCCTAGGCCCTGTTTTGCACTGGTCACAGCGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGAGGGTCAGGCCTAGGCCCTGTTTTGCACTGGTCACAGCGTTTA  300

seq1  GAGCTGGGATGGAACTTGGCAAACCCATGTGTACAGCAAGGGAGGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGATGGAACTTGGCAAACCCATGTGTACAGCAAGGGAGGGTCTG  350

seq1  CTGCCATCCCTGGCTGGTACCCACATATGCTTATAGAGCATGGTGCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATCCCTGGCTGGTACCCACATATGCTTATAGAGCATGGTGCCATC  400

seq1  AGTGAGATCATGGGTGCAATGACTACAGCTGTCAGCTATGAAAGGTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATCATGGGTGCAATGACTACAGCTGTCAGCTATGAAAGGTTTAT  450

seq1  GCAACATCCACGAATGACAGGGAGACAGCATTTTTAACAAAAAGAGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATCCACGAATGACAGGGAGACAGCATTTTTAACAAAAAGAGATTT  500

seq1  CTTTTTCAGCTCCTTGGCTGATAGGAGTGAGAAGTTGATGGCCTATAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAGCTCCTTGGCTGATAGGAGTGAGAAGTTGATGGCCTATAGTA  550

seq1  TCTGGGAAGACTAATCAGCAAATAGTCTGTGTATAGCACCACAGGCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAAGACTAATCAGCAAATAGTCTGTGTATAGCACCACAGGCTGGG  600

seq1  GCAGAGAAGTCACTTAGCCCCAAGACCCCAAGATTCCATTTTCTGGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAGTCACTTAGCCCCAAGACCCCAAGATTCCATTTTCTGGTAAG  650

seq1  AGAATTATAGCTCAGAAATAAGACGAAGACTATAGAACTTCTGGCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATAGCTCAGAAATAAGACGAAGACTATAGAACTTCTGGCTCCTG  700

seq1  AGCAAGTGTGTTTCTCAGGACACCGTCTAAGAGGGAGACACAGCTAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGTGTTTCTCAGGACACCGTCTAAGAGGGAGACACAGCTAGTTC  750

seq1  TGTTCTAACCTGGGATCTTAATGCTGGTAGGGTTTACAGTTGGGCCACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAACCTGGGATCTTAATGCTGGTAGGGTTTACAGTTGGGCCACTG  800

seq1  TGGTGGCCTTCAGTTAAAGTGATTCTTGGGGCTCATGCTGCACCAGGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCCTTCAGTTAAAGTGATTCTTGGGGCTCATGCTGCACCAGGCTC  850

seq1  TTCTCTTGTGTTTGGTTTATAGAGGAACTGAGATTCAGGGGTATGCCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGTGTTTGGTTTATAGAGGAACTGAGATTCAGGGGTATGCCTCA  900

seq1  TATAAACCTCACTTGGCAGAGCAGCACTCTGTGTTCCTTCATGTTGGACC  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAT-AACCTCACTTGGCAGAGCAGCACTCTGTGTTCCTTCATGTTGGACC  949

seq1  ACAGACCTTATGCTCTCAAATTTTCCAGTGCACATGTGGCATGCCTGCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCTTATGCTCTCAAATTTTCCAGTGCACATGTGGCATGCCTGCAC  999

seq1  ATGCGCAA-GTGGGC-TTCCTATGCACGTGT-ATTTACGGACTGGCTCCA  1047
      |||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCAAGGTGGGCTTTCCTATGCCCGTGTAATTTACGGACTGGCTCCA  1049

seq1  CAG-AGTGGAA-CACACATTGAAC-TCTGC--TTTATCTT--ATCAATGT  1090
      ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||||||||   |||||||
seq2  CAGAAGTTGAACCACACATGGAACTTCTGCCTTTTATCTTTATTCAATGT  1099

seq1  CGAGTCTT-AGATTTGAA--GTGA---CTTGTCTTG  1120
      |  ||||| |||||||||  ||||    ||||||||
seq2  CAGGTCTTAAGATTTGAAAGGTGAACCTTTGTCTTG  1135


seq1: chr12_29841150_29842604
seq2: B6Ng01-312A13.g_66_1180 (reverse)

seq1  TGGGTTAGAATGATAGAAGACCATTTCAAGACCTTATGTGCTGTCTGTTT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GCTCACATCAACATGCTGCTCTGCTATGTGACTGCCTCAAAGCTGACCCA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGATGATGGCTTTCCCTTGGAGGGTTTGGAGGGACAGCATATGGGTGAGA  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AACACAAAATGTTAAGCTACAAAATCCGCTCACTGTTGATGTGCTCTGTG  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TTAGAGAAGCCATCAGGCCCAGCCTATCCAGAAGGCCAGGGAAGCATGGT  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GGACGCAGACACTAGAACTGCGGAAAGTGACCAAAACCAGACCTTCAGAG  300
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GTATCCACTGCAGTTGAGAGCTAGGACTATAATAACTTGTTCTTAGCCTG  350
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGGGTAAGAA-GTGAG-TATCAGAAGCAAGTAGATTAGCACATTTACTTA  398
      ||||| |||| || || |||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGTTAGAATGTAAGTTATCAGGAGCAAGTAGATTAGCACATTAACTTA  50

seq1  GTGT-GAATGTTCTTGTGTG-TGC-TAGTACATT-CATGAGTATG-TCTA  443
      |||| ||||| || |||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GTGTGGAATGATCCTGTGTGCTGCTTAGTACATTCCATGAGTATGTTCTA  100

seq1  TACTTACATGTG-TACATATGTATGGCATCCAGAGAC-AATCTAGGGTGT  491
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TACTTACATGTGTTACATATGTATGGCATCCAGAGACAAATCTAGGTTGT  150

seq1  TATATTTTAG-ACTTGATGTACCTCCCCCCCCCCAAAAAAAAAACCGAGT  540
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATATTTTAGAACTTGATGTACCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACCGAGT  200

seq1  CTCTCTCTGGCCTGGAACTCTTTCAGTAGGCTAGTCTCACTGGCCAGTGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTGGCCTGGAACTCTTTCAGTAGGCTAGTCTCACTGGCCAGTGA  250

seq1  CTCCCAGGGATCTTCCTGACTACATTTTCCTGTGCTGGGGTGACAAATAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGGATCTTCCTGACTACATTTTCCTGTGCTGGGGTGACAAATAT  300

seq1  GGATCACCACACCCAGCTCTTTGTTACATGGATTCTGGAAATTGGCCTCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACCACACCCAGCTCTTTGTTACATGGATTCTGGAAATTGGCCTCA  350

seq1  GGTCTTGGTGCATCACTGGTGTCTTAATGACTTCTCTGTTGCTGTAGTAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGTGCATCACTGGTGTCTTAATGACTTCTCTGTTGCTGTAGTAA  400

seq1  AACACCATGACCAAGGCAACTTATATAGGAAAGCATTTAATTGGACTTAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATGACCAAGGCAACTTATATAGGAAAGCATTTAATTGGACTTAA  450

seq1  GGGTTCAGAGGGTTAGAGTCTATAATGGCAGATCAAAGGCATGAGAGCAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGAGGGTTAGAGTCTATAATGGCAGATCAAAGGCATGAGAGCAG  500

seq1  AAATTCCTGAGTGAGCGCAAGAGGCACAAGCAAGAGGCAGATTGACACTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTGAGTGAGCGCAAGAGGCACAAGCAAGAGGCAGATTGACACTG  550

seq1  GGAATGGTGTGAGCTTCTGAAACCTCCAAGCCTACCCTAGTGACTGCCTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTGTGAGCTTCTGAAACCTCCAAGCCTACCCTAGTGACTGCCTC  600

seq1  TTGCAGTAAGGGCATACCTCCTAATCCTTTCCAAATGGTTCTACCTAGTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTAAGGGCATACCTCCTAATCCTTTCCAAATGGTTCTACCTAGTT  650

seq1  GGGACTAAGTATTTTCACATATGAGGCTATAGGGGTCCTTGCCATTCAAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAAGTATTTTCACATATGAGGCTATAGGGGTCCTTGCCATTCAAA  700

seq1  CCAGAGCAGCAAGTTAAAGAGGAAAGGGCTTATTTTGGCCTGTAGTTCCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCAGCAAGTTAAAGAGGAAAGGGCTTATTTTGGCCTGTAGTTCCA  750

seq1  GAGAGGTTACATACAATCCATCAGGGCGGGGGAGACCTGGCAGCAGCAGT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTTACATACAATCCATCAGGGCGGGGGAGACCTGGCAGCAGCAGT  800

seq1  GTGAGGCTGCCATGGCAGTCAGGCAGATGAGATCAGCAAGCAGACAAAGG  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTGCCATGGCAGTCAGGCAGATGAGATCAGCAAGCAGACAAAGG  850

seq1  ACACAGGAGGTGAGTCAGGTCAATCAAACCTCAAACCCTGCCTCCAGAGG  1240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGAGGTGAGTCAGGTCAATCAAACCTCAAACCCTGCCTCCAGAGG  900

seq1  TAGACTTCCTCCAGCAAGTCTTCACCTCCTATAGGTTCCATAAGCTCCCC  1290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTCCTCCAGCAAGTCTTCACCTCCTATAGGTTCCATAAGCTCCCC  950

seq1  AAACAGCGTCACAGTGACCAAGGGTTCAAACACGCGAGCCTATGGGGATA  1340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCGTCACAGTGACCAAGGGTTCAAACACGCGAGCCTATGGGGATA  1000

seq1  GGGTTTCATATTTAAACCCTGACCTAAGGCAATCACATGACTGCCTGAGC  1390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCATATTTAAACCCTGACCTAAGGCAATCACATGACTGCCTGAGC  1050

seq1  TGTCTCTCCAGCCCTCTCTTTATATCTGAACAATATTATGAGCATAGTAA  1440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCCAGCCCTCTCTTTATATCTGAACAATATTATGAGCATAGTAA  1100

seq1  CACAAATAAGAATTC  1455
      |||||||||||||||
seq2  CACAAATAAGAATTC  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |