BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313G14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,210,415 - 27,388,747
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700020D12Rik
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313G14.bB6Ng01-313G14.g
ACCGA104632GA104633
length1,2021,110
definitionB6Ng01-313G14.b B6Ng01-313G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,387,545 - 27,388,747)(27,210,415 - 27,211,517)
sequence
gaattccactgagtccatgtagtcatgcctatatgtgtacatggtaggac
tggtaatttgtttccctatttccaaggagacagatcagttcttcagaagg
gaagcacatataatgtgacattgcacaccaggctctttcttcgtgggaac
tctctactggatgtctgcatatgttgctgttaaaacagccaccagaggga
tgaacttgggatggaggaaatggaaaaaggaggatggagcatggaagatt
ttctgcaacagattcttgctttcttctacacgcaatctcccagatgatga
cccccattaaaagaaacaagataggcacagggacactcaaataaattcct
gcctggagctctcttggactcattttctgggctctctgtagtaggataaa
aacgtaggtctggagatgatctccaggaaaataatcataactgactttaa
accattttgatgctaaagaaaaaaaccaagactgtgggaaagcagatgct
attccagaatgttctccaaaagagttaccatagcaagataaactctaatg
gtgcaaaaacagcactcatctgttggttgtaggcaacagctatgtaactt
gaacttatagttcactctacaggagggaaatcatttcaggtactggaaac
ttggggctcgtgagatagtgagtcttacaggaaaacctacaaccaccact
ttacttaaccagtctaatatctaacaatattctaaatacttattcttata
tctaagataagtatagttctcacttctcatcaaagatgcttctctctata
tcagatagagactattagagaaaactacaactggtacagagcacaactca
tcaatggatacaactatttaaaatgatctttgaaccaaaggtattttcaa
atggtttccccaaaatgctaaaatccaccctcagggcattttggggaaag
gcagctagggaatctgtggtttcagatactcagcctgcagcttcagcaag
tggtacaatctaatcagtaccaccagggtgagagtgcactttcctgagtc
ttccagccctgcagctgcagaaggttccctgaacagcagagggaatgcat
gagataccaccaccactgtcagggaagcagagagccagcccacatctctg
caaatgttgcctgaattatggacgtctaagtagaaatctcttgtcctaag
aa
gaattcttcctggggactaagagccagacaggcaccatgcaggagagcag
tgctgagtgatatcataatagctacaaaagctgcctaactttctgtgggg
tccttgacagctcaggcggtctgaattcatgtacaaaatgagtttcctaa
ggttttgctcatggactggtggaaagatgaactgaaatgatgcttttaaa
agcacctgcgtcaacacagacagattttctgctttcttggcacagagcca
tctcccgtcccatccttcagtgctcagcttggataccacgttctctcata
atccattcctggctcctggtgtctgccatgggctctggaataagtgggag
atgcttttagctgcaagtgatgggagggacaggaaagaagagggttgatt
ctccagtcggttcttacaaacgagcacacctaccactgcaacactgggca
caagagcagcagacccccccccacccccgggatgcatgaggaaagtgcag
aaatcctatcagtctgaatccctcagcaatggcataaagatagaagcctg
ctaaaagcagcgcacggtgacccacgccacacgatgaatgaataagagct
acagaaactgtgtcacataacccagagaaaggcctgtgtttcccttaggg
aagtggcattgataatgagcaatgaggaggtatgggatgaggactgagct
gtgattttgaatatgagtgttcttccaaggttcaaatattgaaccctaag
cacccagagtgatagtattaggggggtggtgcctcagatgagaaaggtca
tatggcttcatccccagtgacagaatttagtggcctttaaaagaggttcc
aaagaaacttgtcccccagctgctactgtgtaaggattcctagaaggcat
ctatgaagacagtccctttaccagacagcttggttttgctggtggtctca
gttttaaatttcctagtcctcagaaaccatgaattacttctctgcttctg
aatggttttgtgagaaatactggtgacaaaaatctggattgatcttggaa
tgacgcaggacatctcatctgcggatgggtgtcttccgacacgtaggggg
ctaggagtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27387545_27388747
seq2: B6Ng01-313G14.b_49_1250 (reverse)

seq1  TTCTTAG--CAAGAGATTTCTACTAGCACGTGCCAGATAAACTCCAG--C  46
      |||||||  |||||||||||||||   |||| |   ||||  | |||   
seq2  TTCTTAGGACAAGAGATTTCTACTTAGACGTCC---ATAA--TTCAGGCA  45

seq1  ACATTTGCAGAGATGTGGGCCTGCTCTCTGCTTCCCTGACAGT-GTGGTG  95
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACATTTGCAGAGATGTGGGCTGGCTCTCTGCTTCCCTGACAGTGGTGGTG  95

seq1  GTATCTCATTCCATCCCTCTGGCTG-TCAGGGAACTTCCTGCAGGCTGCA  144
      ||||||||| |  ||||||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||
seq2  GTATCTCATGCATTCCCTCT-GCTGTTCAGGGAACCTTCTGCA-GCTGCA  143

seq1  GGGCTGGAAGACTCAGGAAAGTGCACTCTCACCCTGGTGGTACTGATTAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGAAGACTCAGGAAAGTGCACTCTCACCCTGGTGGTACTGATTAG  193

seq1  ATTGTACCACTTGCTGAAGCTGCAGGCTGAGTATCTGAAACCACAGATTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACCACTTGCTGAAGCTGCAGGCTGAGTATCTGAAACCACAGATTC  243

seq1  CCTAGCTGCC-TTCCCCAAAATGCCCTGAGGGTGGATTTTTAGCATTTTG  293
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTAGCTGCCTTTCCCCAAAATGCCCTGAGGGTGGA-TTTTAGCATTTTG  292

seq1  GGGAAACCATTTGAAAATACCTTTGGTTCAAAGATCATTTTAAATAGTTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACCATTTGAAAATACCTTTGGTTCAAAGATCATTTTAAATAGTTG  342

seq1  TATCCATTGATGAGTTGTGCTCTGTACCAGTTGTAGTTTTCTCTAATAGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTGATGAGTTGTGCTCTGTACCAGTTGTAGTTTTCTCTAATAGT  392

seq1  CTCTATCTGATATAGAGAGAAGCATCTTTGATGAGAAGTGAGAACTATAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTGATATAGAGAGAAGCATCTTTGATGAGAAGTGAGAACTATAC  442

seq1  TTATCTTAGATATAAGAATAAGTATTTAGAATATTGTTAGATATTAGACT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTAGATATAAGAATAAGTATTTAGAATATTGTTAGATATTAGACT  492

seq1  GGTTAAGTAAAGTGGTGGTTGTAGGTTTTCCTGTAAGACTCACTATCTCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGTAAAGTGGTGGTTGTAGGTTTTCCTGTAAGACTCACTATCTCA  542

seq1  CGAGCCCCAAGTTTCCAGTACCTGAAATGATTTCCCTCCTGTAGAGTGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCCCAAGTTTCCAGTACCTGAAATGATTTCCCTCCTGTAGAGTGAA  592

seq1  CTATAAGTTCAAGTTACATAGCTGTTGCCTACAACCAACAGATGAGTGCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGTTCAAGTTACATAGCTGTTGCCTACAACCAACAGATGAGTGCT  642

seq1  GTTTTTGCACCATTAGAGTTTATCTTGCTATGGTAACTCTTTTGGAGAAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGCACCATTAGAGTTTATCTTGCTATGGTAACTCTTTTGGAGAAC  692

seq1  ATTCTGGAATAGCATCTGCTTTCCCACAGTCTTGGTTTTTTTCTTTAGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGAATAGCATCTGCTTTCCCACAGTCTTGGTTTTTTTCTTTAGCA  742

seq1  TCAAAATGGTTTAAAGTCAGTTATGATTATTTTCCTGGAGATCATCTCCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGGTTTAAAGTCAGTTATGATTATTTTCCTGGAGATCATCTCCA  792

seq1  GACCTACGTTTTTATCCTACTACAGAGAGCCCAGAAAATGAGTCCAAGAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACGTTTTTATCCTACTACAGAGAGCCCAGAAAATGAGTCCAAGAG  842

seq1  AGCTCCAGGCAGGAATTTATTTGAGTGTCCCTGTGCCTATCTTGTTTCTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGGCAGGAATTTATTTGAGTGTCCCTGTGCCTATCTTGTTTCTT  892

seq1  TTAATGGGGGTCATCATCTGGGAGATTGCGTGTAGAAGAAAGCAAGAATC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGGGGTCATCATCTGGGAGATTGCGTGTAGAAGAAAGCAAGAATC  942

seq1  TGTTGCAGAAAATCTTCCATGCTCCATCCTCCTTTTTCCATTTCCTCCAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCAGAAAATCTTCCATGCTCCATCCTCCTTTTTCCATTTCCTCCAT  992

seq1  CCCAAGTTCATCCCTCTGGTGGCTGTTTTAACAGCAACATATGCAGACAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTTCATCCCTCTGGTGGCTGTTTTAACAGCAACATATGCAGACAT  1042

seq1  CCAGTAGAGAGTTCCCACGAAGAAAGAGCCTGGTGTGCAATGTCACATTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGAGAGTTCCCACGAAGAAAGAGCCTGGTGTGCAATGTCACATTA  1092

seq1  TATGTGCTTCCCTTCTGAAGAACTGATCTGTCTCCTTGGAAATAGGGAAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTTCCCTTCTGAAGAACTGATCTGTCTCCTTGGAAATAGGGAAA  1142

seq1  CAAATTACCAGTCCTACCATGTACACATATAGGCATGACTACATGGACTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACCAGTCCTACCATGTACACATATAGGCATGACTACATGGACTC  1192

seq1  AGTGGAATTC  1203
      ||||||||||
seq2  AGTGGAATTC  1202

seq1: chr12_27210415_27211517
seq2: B6Ng01-313G14.g_66_1175

seq1  GAATTCTTCCTGGGGACTAAGAGCCAGACAGGCACCATGCAGGAGAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGGGACTAAGAGCCAGACAGGCACCATGCAGGAGAGCAG  50

seq1  TGCTGAGTGATATCATAATAGCTACAAAAGCTGCCTAACTTTCTGTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGTGATATCATAATAGCTACAAAAGCTGCCTAACTTTCTGTGGGG  100

seq1  TCCTTGACAGCTCAGGCGGTCTGAATTCATGTACAAAATGAGTTTCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGACAGCTCAGGCGGTCTGAATTCATGTACAAAATGAGTTTCCTAA  150

seq1  GGTTTTGCTCATGGACTGGTGGAAAGATGAACTGAAATGATGCTTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGCTCATGGACTGGTGGAAAGATGAACTGAAATGATGCTTTTAAA  200

seq1  AGCACCTGCGTCAACACAGACAGATTTTCTGCTTTCTTGGCACAGAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGCGTCAACACAGACAGATTTTCTGCTTTCTTGGCACAGAGCCA  250

seq1  TCTCCCGTCCCATCCTTCAGTGCTCAGCTTGGATACCACGTTCTCTCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCGTCCCATCCTTCAGTGCTCAGCTTGGATACCACGTTCTCTCATA  300

seq1  ATCCATTCCTGGCTCCTGGTGTCTGCCATGGGCTCTGGAATAAGTGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCCTGGCTCCTGGTGTCTGCCATGGGCTCTGGAATAAGTGGGAG  350

seq1  ATGCTTTTAGCTGCAAGTGATGGGAGGGACAGGAAAGAAGAGGGTTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTAGCTGCAAGTGATGGGAGGGACAGGAAAGAAGAGGGTTGATT  400

seq1  CTCCAGTCGGTTCTTACAAACGAGCACACCTACCACTGCAACACTGGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTCGGTTCTTACAAACGAGCACACCTACCACTGCAACACTGGGCA  450

seq1  CAAGAGCAGCAGACCCCCCCCCACCCCCGGGATGCATGAGGAAAGTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAGCAGACCCCCCCCCACCCCCGGGATGCATGAGGAAAGTGCAG  500

seq1  AAATCCTATCAGTCTGAATCCCTCAGCAATGGCATAAAGATAGAAGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTATCAGTCTGAATCCCTCAGCAATGGCATAAAGATAGAAGCCTG  550

seq1  CTAAAAGCAGCGCACGGTGACCCACGCCACACGATGAATGAATAAGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGCAGCGCACGGTGACCCACGCCACACGATGAATGAATAAGAGCT  600

seq1  ACAGAAACTGTGTCACATAACCCAGAGAAAGGCCTGTGTTTCCCTTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACTGTGTCACATAACCCAGAGAAAGGCCTGTGTTTCCCTTAGGG  650

seq1  AAGTGGCATTGATAATGAGCAATGAGGAGGTATGGGATGAGGACTGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCATTGATAATGAGCAATGAGGAGGTATGGGATGAGGACTGAGCT  700

seq1  GTGA-TTTGAATATGAGTGTTCTTCCAAGGTTCAAATATTGAACCCTAAG  749
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTTGAATATGAGTGTTCTTCCAAGGTTCAAATATTGAACCCTAAG  750

seq1  CACCCAGAGTGATAGTATTA-GGGGGTGGTGCCTCAGATGAG-AAGGTCA  797
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACCCAGAGTGATAGTATTAGGGGGGTGGTGCCTCAGATGAGAAAGGTCA  800

seq1  TATGGCTCCATCCCCAGTGACAGAA-TTAGTGGCC-TTAAAAGAGGTTCC  845
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGGCTTCATCCCCAGTGACAGAATTTAGTGGCCTTTAAAAGAGGTTCC  850

seq1  CAAGAAACTTGTCCCCCAGCTGCTACTGTGTAAGGATTCCTAGAAGGCAT  895
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACTTGTCCCCCAGCTGCTACTGTGTAAGGATTCCTAGAAGGCAT  900

seq1  CTATGAAGACAGT-CCTTTACCAGACAGCT--GGTTTGCTGGT-GTCTCA  941
      ||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||
seq2  CTATGAAGACAGTCCCTTTACCAGACAGCTTGGTTTTGCTGGTGGTCTCA  950

seq1  GTTTTAAATTTCCTAGT-CTCAAGAACCATGAGTAAC-TCTCTGC-TCTG  988
      ||||||||||||||||| ||||  |||||||| | || ||||||| ||||
seq2  GTTTTAAATTTCCTAGTCCTCAGAAACCATGAATTACTTCTCTGCTTCTG  1000

seq1  AAGTGTTTTTGTTGAAGAAATACTGGTGACGAAGATACTGGA-TGATC-T  1036
      || || ||||||   ||||||||||||||| || || ||||| ||||| |
seq2  AA-TGGTTTTGT--GAGAAATACTGGTGACAAAAAT-CTGGATTGATCTT  1046

seq1  GGAATGAACGCAGGACATCTCAGCTGCGGATGGGTGTCTTCCGACACAAC  1086
      |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   
seq2  GGAATG-ACGCAGGACATCTCATCTGCGGATGGGTGTCTTCCGACAC--G  1093

seq1  GAGGGGGCTAGGAGTCC  1103
       ||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCTAGGAGTCC  1110