BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327A06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 112,175,266 - 112,300,523
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930573I19Rik, Ankrd9, 6030440G07Rik, Rcor1
Upstream geneLOC100040746, 3110009F21Rik, Dio3as, Dio3, EG629595, EG668245, LOC100040799, Ppp2r5c, 9430024F10Rik, Dync1h1, 1700001K19Rik, Hsp90aa1, Wdr20a, Rage, 2810455K09Rik, LOC100041649, 2810452K22Rik
Downstream gene4930595D18Rik, Traf3, Amn, Cdc42bpb, A230065H16Rik, 1200009I06Rik, Tnfaip2, Gm266, Eif5, Mark3, Ckb, 6720458F09Rik, Bag5, 2810002N01Rik, Klc1, Xrcc3, Zfyve21, Ppp1r13b, LOC100041886, 2010107E04Rik, BC048943, Tdrd9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327A06.bB6Ng01-327A06.g
ACCGA114672GA114673
length1,1431,146
definitionB6Ng01-327A06.b B6Ng01-327A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,175,266 - 112,176,413)(112,299,366 - 112,300,523)
sequence
gaattcactgtggagttctggctggcctcagactgggtcctcctgcctca
gcctcccaagagctgggcttataggcataaccccactatacttcattcgc
attttcctaatgctagatatgtgcttatctcttttgaagcagtgggcatc
gtggaggagaaacaaaagaaagggcattcttgttaaagtattagtttatt
agttgtttgctcactttctttcagtttgcttgacacttattttcccctgg
agactgggtgagataatagcccactccattagctggtgttgtataattgt
atatcttcatttttttcctgtttctgtcacatacttttaagcccatcctt
ctagccatttagaagtgttgattctctgctgattgtattaattacttttt
atttttccaactattccttggctgctgtggttggagctgtctgtctgtct
gtctctgtgagatcatctttctcagctgagacccacacatctttggatgc
ctcgggccctgtggtgttgcagggcagggctaggggagaagcttgtacat
gacttctcggaggcctccggtagctcagtgcattcattctttggtatcct
ctcctggcctaatgccttagcctccactcacagtgcctctggcctgctgc
ccaccttcctcatttcctttatccattcctcagaattttaaatgaaaaca
tgactcacatacacataagtgatccaaaaaaggcccttcccaaggtcccc
aaagttagttttgggcactaattgtgccttatgtgtcagtaggcacgtac
ctaatgaaatgtcagctctctctcccgacatgagtgagtgactgccttgt
gcccaccctgtgctatgtggtgcatcccctcttacatctagcctttagat
cagttctaaaagtggaaatgacccacctttcagttgagaaaagtgagact
tagatacatttcatatgttgacacatagagctggtgggtttaaactctgg
catggtgggctcttcctgaggtggaagcacagatgtattatagaaagctg
cccctctcaggctgagatggagtgtttgttgtaagggaatctcatgtttg
ttgacagtgagttgaaagtttttctctagggacttcttctctg
gaattcaggagcttacatatgaattctgatccaacaattccactctgcag
aaaagtcaacccaagtgagtacaggacttgtgatttagattagtagaacc
agaaaatgctcatctgtagggtcaggggtcaggggtcaggggtcaggtca
gattatggttctacccaaacaaacactatgctgtcaatatacacaagcac
agagcatacactctacggtgggcactaccctaagaaggcagagagactgg
ttccatccccagaccaaagaaggaaaaaaagaaagatgggcctggtaagt
tgattcgacaagtaaagtacttcccaagcaagcttgatgccctgagatca
accccagaactcagagcaggggggaagaaaccaaatcctgagagctagcc
tctgagcccatgtcaccagcgcacaagctcacactcacaccctcattgat
taatacatataatagtgatcaataaaactttgaaaattaaaaatacagct
agtattagctcgtttctttagtgcgctcccgctctctctctatctatcta
tctatctatttcattgctttaaattagcttccatcaagagacttctatct
atctatctatctatctatctatctatcattgctttaaattagcgtccatc
aagagacttctatctatctatctatctatctatctcattgctttaaatta
gcttccatcaagagactttaggagaaatgggacagagcagacaatttaga
aattagaaacattcgaaccataagcaaaacaactcaaatatttggctgaa
cacatgtagtagccaaataattaaaaggcaacaatctgagaatatgtatt
tgcagccaatgacagggatctagtatttcaaactggttagaaagccaaag
gtgctctctttagtgggaaaaggacagaaagatgtatcataaaagaaaag
taccctacctgccacctctagaacctagaaaatacatataacagacttat
gcaaatgagctctcctactgtcagcagactcacaggggacgaacaacctg
tacacatgattgggggactggggcacaaaagaagatccagttccagttac
ataaccgagttctgcagcactgtctgctggttaagcacactacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_112175266_112176413
seq2: B6Ng01-327A06.b_48_1190

seq1  GAATTCACTGTGGAGTTCTGGCTGGCCTCAGACTGGGTCCTCCTGCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGGAGTTCTGGCTGGCCTCAGACTGGGTCCTCCTGCCTCA  50

seq1  GCCTCCCAAGAGCTGGGCTTATAGGCATAACCCCACTATACTTCATTCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCAAGAGCTGGGCTTATAGGCATAACCCCACTATACTTCATTCGC  100

seq1  ATTTTCCTAATGCTAGATATGTGCTTATCTCTTTTGAAGCAGTGGGCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTAATGCTAGATATGTGCTTATCTCTTTTGAAGCAGTGGGCATC  150

seq1  GTGGAGGAGAAACAAAAGAAAGGGCATTCTTGTTAAAGTATTAGTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGAGAAACAAAAGAAAGGGCATTCTTGTTAAAGTATTAGTTTATT  200

seq1  AGTTGTTTGCTCACTTTCTTTCAGTTTGCTTGACACTTATTTTCCCCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTTGCTCACTTTCTTTCAGTTTGCTTGACACTTATTTTCCCCTGG  250

seq1  AGACTGGGTGAGATAATAGCCCACTCCATTAGCTGGTGTTGTATAATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGTGAGATAATAGCCCACTCCATTAGCTGGTGTTGTATAATTGT  300

seq1  ATATCTTCATTTTTTTCCTGTTTCTGTCACATACTTTTAAGCCCATCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTCATTTTTTTCCTGTTTCTGTCACATACTTTTAAGCCCATCCTT  350

seq1  CTAGCCATTTAGAAGTGTTGATTCTCTGCTGATTGTATTAATTACTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCATTTAGAAGTGTTGATTCTCTGCTGATTGTATTAATTACTTTTT  400

seq1  ATTTTTCCAACTATTCCTTGGCTGCTGTGGTTGGAGCTGTCTGTCTGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCAACTATTCCTTGGCTGCTGTGGTTGGAGCTGTCTGTCTGTCT  450

seq1  GTCTCTGTGAGATCATCTTTCTCAGCTGAGACCCACACATCTTTGGATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTGAGATCATCTTTCTCAGCTGAGACCCACACATCTTTGGATGC  500

seq1  CTCGGGCCCTGTGGTGTTGCAGGGCAGGGCTAGGGGAGAAGCTTGTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCCCTGTGGTGTTGCAGGGCAGGGCTAGGGGAGAAGCTTGTACAT  550

seq1  GACTTCTCGGAGGCCTCCGGTAGCTCAGTGCATTCATTCTTTGGTATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCGGAGGCCTCCGGTAGCTCAGTGCATTCATTCTTTGGTATCCT  600

seq1  CTCCTGGCCTAATGCCTTAGCCTCCACTCACAGTGCCTCTGGCCTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCCTAATGCCTTAGCCTCCACTCACAGTGCCTCTGGCCTGCTGC  650

seq1  CCACCTTCCTCATTTCCTTTATCCATTCCTCAGAATTTTAAATGAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTCCTCATTTCCTTTATCCATTCCTCAGAATTTTAAATGAAAACA  700

seq1  TGACTCACATACACATAAGTGATCCAAAAAAGGCCCTTCCCAAGGTCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCACATACACATAAGTGATCCAAAAAAGGCCCTTCCCAAGGTCCCC  750

seq1  AAAGTTAGTTTTGGGCACTAATTGTGCCTTATGTGTCAGTAGGCACGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAGTTTTGGGCACTAATTGTGCCTTATGTGTCAGTAGGCACGTAC  800

seq1  CTAATGAAATGTCAGCTCTCTCTCCCGACATGAGTGAGTGACTGCCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAAATGTCAGCTCTCTCTCCCGACATGAGTGAGTGACTGCCTTGT  850

seq1  GCCCACCCTGTGCTATGTGGTGCATCCCCTCTTACATCTAGCCTTTAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCCTGTGCTATGTGGTGCATCCCCTCTTACATCTAGCCTTTAGAT  900

seq1  CAGTTCTAAAAGGTGGAAATGACCCACCTTTCAGTTGAGAAAAGTGAGAC  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTAAAA-GTGGAAATGACCCACCTTTCAGTTGAGAAAAGTGAGAC  949

seq1  TTAGATACA-TTCATATGTTGACAACATAGAGCTGGTGGGTTTAAACTCT  999
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATACATTTCATATGTTGAC-ACATAGAGCTGGTGGGTTTAAACTCT  998

seq1  GGCATGGTGGGCTCTTCCTGAGGTGGAAGCAACAAGATGTATTATAGAAA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  GGCATGGTGGGCTCTTCCTGAGGTGGAAGCA--CAGATGTATTATAGAAA  1046

seq1  GCTGCCCCTCTCAGGGCTGAGAATGGAGTGTTTG-TGTAGGGGAATCTCA  1098
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  GCTGCCCCTCTCA-GGCTGAG-ATGGAGTGTTTGTTGTAAGGGAATCTCA  1094

seq1  TGTTTGTTGAACAGTGAGTAGAGTTTTTTTCTCCTAGGGGC-TCTTCTCT  1147
      ||||||||| ||||||||| ||   ||||||| |||||| | ||||||||
seq2  TGTTTGTTG-ACAGTGAGTTGAAAGTTTTTCT-CTAGGGACTTCTTCTCT  1142

seq1  G  1148
      |
seq2  G  1143

seq1: chr12_112299366_112300523
seq2: B6Ng01-327A06.g_67_1212 (reverse)

seq1  GTTGTAGTGTGCTTTCCCAGCAGCAGTGTGTTGCAGGACATCGTGTATGT  50
      ||||||||||||||  ||||||| |  ||| ||||| || |||  |||||
seq2  GTTGTAGTGTGCTTAACCAGCAG-ACAGTGCTGCAGAAC-TCGGTTATGT  48

seq1  ACTTGGACTGGGATCCTCTTTTGTGCCCCAGTCCCCCAAATCCTGTGTTA  100
      |  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||
seq2  AACTGGAACTGGATCTTCTTTTGTGCCCCAGTCCCCC-AATCATGTG-TA  96

seq1  CAGGTTTGTTCTGTCCCCTTGTGTGTCCTGCTGACAGTAGGAGAAGCTCA  150
      |||| |||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGG-TTGTTC-GTCCCC-TGTGAGT-CTGCTGACAGTAGGAG-AGCTCA  141

seq1  TTTGCATAAGTCTTGTTATTATGTATTTTTCTAGGTTCTAGAGGTGGCAG  200
      |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATAAGTC-TGTTA-TATGTA-TTTTCTAGGTTCTAGAGGTGGCAG  188

seq1  GTAGGGTACTTTTCTTTTATGATACATCTTTCTGTCCTTTTCCCACTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTACTTTTCTTTTATGATACATCTTTCTGTCCTTTTCCCACTAAA  238

seq1  GAGAGCACCTTTGGCTTTCTAACCAGTTTGAAATACTAGATCCCTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCACCTTTGGCTTTCTAACCAGTTTGAAATACTAGATCCCTGTCAT  288

seq1  TGGCTGCAAATACATATTCTCAGATTGTTGCCTTTTAATTATTTGGCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCAAATACATATTCTCAGATTGTTGCCTTTTAATTATTTGGCTAC  338

seq1  TACATGTGTTCAGCCAAATATTTGAGTTGTTTTGCTTATGGTTCGAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGTTCAGCCAAATATTTGAGTTGTTTTGCTTATGGTTCGAATGT  388

seq1  TTCTAATTTCTAAATTGTCTGCTCTGTCCCATTTCTCCTAAAGTCTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTTCTAAATTGTCTGCTCTGTCCCATTTCTCCTAAAGTCTCTTG  438

seq1  ATGGAAGCTAATTTAAAGCAATGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGCTAATTTAAAGCAATGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  488

seq1  AGTCTCTTGATGGACGCTAATTTAAAGCAATGATAGATAGATAGATAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTGATGGACGCTAATTTAAAGCAATGATAGATAGATAGATAGAT  538

seq1  AGATAGATAGATAGAAGTCTCTTGATGGAAGCTAATTTAAAGCAATGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGAAGTCTCTTGATGGAAGCTAATTTAAAGCAATGAAA  588

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGAGAGAGAGCGGGAGCGCACTAAAGAAACGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGAGAGAGAGCGGGAGCGCACTAAAGAAACGAG  638

seq1  CTAATACTAGCTGTATTTTTAATTTTCAAAGTTTTATTGATCACTATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACTAGCTGTATTTTTAATTTTCAAAGTTTTATTGATCACTATTAT  688

seq1  ATGTATTAATCAATGAGGGTGTGAGTGTGAGCTTGTGCGCTGGTGACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTAATCAATGAGGGTGTGAGTGTGAGCTTGTGCGCTGGTGACATG  738

seq1  GGCTCAGAGGCTAGCTCTCAGGATTTGGTTTCTTCCCCCCTGCTCTGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGAGGCTAGCTCTCAGGATTTGGTTTCTTCCCCCCTGCTCTGAGT  788

seq1  TCTGGGGTTGATCTCAGGGCATCAAGCTTGCTTGGGAAGTACTTTACTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTTGATCTCAGGGCATCAAGCTTGCTTGGGAAGTACTTTACTTG  838

seq1  TCGAATCAACTTACCAGGCCCATCTTTCTTTTTTTCCTTCTTTGGTCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATCAACTTACCAGGCCCATCTTTCTTTTTTTCCTTCTTTGGTCTGG  888

seq1  GGATGGAACCAGTCTCTCTGCCTTCTTAGGGTAGTGCCCACCGTAGAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAACCAGTCTCTCTGCCTTCTTAGGGTAGTGCCCACCGTAGAGTG  938

seq1  TATGCTCTGTGCTTGTGTATATTGACAGCATAGTGTTTGTTTGGGTAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCTGTGCTTGTGTATATTGACAGCATAGTGTTTGTTTGGGTAGAA  988

seq1  CCATAATCTGACCTGACCCCTGACCCCTGACCCCTGACCCTACAGATGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATCTGACCTGACCCCTGACCCCTGACCCCTGACCCTACAGATGAG  1038

seq1  CATTTTCTGGTTCTACTAATCTAAATCACAAGTCCTGTACTCACTTGGGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTGGTTCTACTAATCTAAATCACAAGTCCTGTACTCACTTGGGT  1088

seq1  TGACTTTTCTGCAGAGTGGAATTGTTGGATCAGAATTCATATGTAAGCTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTCTGCAGAGTGGAATTGTTGGATCAGAATTCATATGTAAGCTC  1138

seq1  CTGAATTC  1158
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1146