BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330F15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 85,423,790 - 85,561,154
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666963, Acot6, Dnalc1, Pnma1, C130039O16Rik
Upstream geneDpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950, Rbm25, Psen1, Papln, Numb, LOC100042325, 2410016O06Rik, Acot2, Acot1, Acot4, Acot3, Acot5
Downstream geneEG432676, Zadh1, Zfp410, 9830169C18Rik, Coq6, Entpd5, 2900006K08Rik, Rnf113a2, Aldh6a1, Lin52, Chx10, Abcd4, 7420416P09Rik, Tmem90a, Npc2, Isca2, Ltbp2, 1110018G07Rik, Fcf1, Ylpm1, Prox2, Dlst, Rps6kl1, LOC100042021, Pgf, Eif2b2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330F15.bB6Ng01-330F15.g
ACCGA117053GA117054
length1,194396
definitionB6Ng01-330F15.b B6Ng01-330F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,423,790 - 85,424,983)(85,560,753 - 85,561,154)
sequence
gaattctccagcctaggggcctgggctgctcttccctatgtagtccaaat
attttagttacctgctcactctggttgctgcacctggttcttctctctcc
ccatcttctttcccctcaccccctcctcacatggaccaatgaagtctggt
catggctactctggactctcaaggatgtctgtgccttggctatgctctcc
catatatttatactaaactgtccccccccccaccatacctagaagcacca
ggttcctttcctttttgtttcttttttgcattcagtagcatctagagata
ggctgttatctgttcgtgctttgaaggggattttgaggacccttggagta
aggtctgcagcaggagttgggcatgtgtgtccttggactctatggagctt
tcacgtgaccagcatgcaataatggaattctgtgcccacctggggcctgc
ctagggagccaatctctgtagggaaacaaagactcagcatacagtcgctt
tggtgatctgcattgaggagcccaggcctgtgaacagggctaatataaag
tctgtcataataataaaaaattaaaaaaaggttggagctatccccgtgct
aatgtgagcaagagtatacttgtaaatcccaagggtggggaatactctta
gaccagggtggacctcagtgggatctgattgtctttttggtacatcactg
gttctcaacctgtaggtcttgacccctattcgggatcacctaagaccatc
aaaaatatcaaacatcaagattacgatttcataacagtagcaaaattaca
gttatgaagtagcaacaaattagttctatggtcaccaggagtgtcagaac
ccagagcatggtcaaaagaatgacacagtaaaatgcttatggctaagact
gggcatagaggtgtatgcctttaatcccaacattctttgtacgtgttagg
agacagaggcaggcagatctctgtgagtttacgtaaacatggtctacata
gaaagttccaggacagtctacacagtgagatgggattttgctagaccact
tcatactttctctacaaatgacgtttgcacttctttctgtagggaggaat
ttgcacaccacgggacagcttcttcaacttacacacaacttagtttgttg
gctctctgagtttaacttcaaggctaatcacccaacatttgctg
acgctgccaggagagcttgggtcagggtctacatgcttctcatctttggg
tgagcctgtggcttctcttgaggtattaagcagacttggggtgagggtat
ccccacatgttgttttccattaatcttacatcacctttgacacaaaacct
gtactcaagcagagggctttctgggcttcaatgaggagatgggaggtctg
ggagatattatcaggccaatgtgttagtaggagtagtttggaagtgggaa
agggaaaattttgtccagcttaagtggacgtctctgaatggccttttatg
ggtccctgttttccagagcaagcttctgcctcactaaacgtttctgttag
gaaaaccttgccctgcagttttggctgtctcctccccccccccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_85423790_85424983
seq2: B6Ng01-330F15.b_47_1240

seq1  GAATTCTCCAGCCTAGGGGCCTGGGCTGCTCTTCCCTATGTAGTCCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGCCTAGGGGCCTGGGCTGCTCTTCCCTATGTAGTCCAAAT  50

seq1  ATTTTAGTTACCTGCTCACTCTGGTTGCTGCACCTGGTTCTTCTCTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTTACCTGCTCACTCTGGTTGCTGCACCTGGTTCTTCTCTCTCC  100

seq1  CCATCTTCTTTCCCCTCACCCCCTCCTCACATGGACCAATGAAGTCTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCTTTCCCCTCACCCCCTCCTCACATGGACCAATGAAGTCTGGT  150

seq1  CATGGCTACTCTGGACTCTCAAGGATGTCTGTGCCTTGGCTATGCTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTACTCTGGACTCTCAAGGATGTCTGTGCCTTGGCTATGCTCTCC  200

seq1  CATATATTTATACTAAACTGTCCCCCCCCCCACCATACCTAGAAGCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTTATACTAAACTGTCCCCCCCCCCACCATACCTAGAAGCACCA  250

seq1  GGTTCCTTTCCTTTTTGTTTCTTTTTTGCATTCAGTAGCATCTAGAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTTTCCTTTTTGTTTCTTTTTTGCATTCAGTAGCATCTAGAGATA  300

seq1  GGCTGTTATCTGTTCGTGCTTTGAAGGGGATTTTGAGGACCCTTGGAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTATCTGTTCGTGCTTTGAAGGGGATTTTGAGGACCCTTGGAGTA  350

seq1  AGGTCTGCAGCAGGAGTTGGGCATGTGTGTCCTTGGACTCTATGGAGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGCAGCAGGAGTTGGGCATGTGTGTCCTTGGACTCTATGGAGCTT  400

seq1  TCACGTGACCAGCATGCAATAATGGAATTCTGTGCCCACCTGGGGCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTGACCAGCATGCAATAATGGAATTCTGTGCCCACCTGGGGCCTGC  450

seq1  CTAGGGAGCCAATCTCTGTAGGGAAACAAAGACTCAGCATACAGTCGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAGCCAATCTCTGTAGGGAAACAAAGACTCAGCATACAGTCGCTT  500

seq1  TGGTGATCTGCATTGAGGAGCCCAGGCCTGTGAACAGGGCTAATATAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATCTGCATTGAGGAGCCCAGGCCTGTGAACAGGGCTAATATAAAG  550

seq1  TCTGTCATAATAATAAAAAATTAAAAAAAGGTTGGAGCTATCCCCGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATAATAATAAAAAATTAAAAAAAGGTTGGAGCTATCCCCGTGCT  600

seq1  AATGTGAGCAAGAGTATACTTGTAAATCCCAAGGGTGGGGAATACTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGCAAGAGTATACTTGTAAATCCCAAGGGTGGGGAATACTCTTA  650

seq1  GACCAGGGTGGACCTCAGTGGGATCTGATTGTCTTTTTGGTACATCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGGTGGACCTCAGTGGGATCTGATTGTCTTTTTGGTACATCACTG  700

seq1  GTTCTCAACCTGTAGGTCTTGACCCCTATTCGGGATCACCTAAGACCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAACCTGTAGGTCTTGACCCCTATTCGGGATCACCTAAGACCATC  750

seq1  AAAAATATCAAACATCAAGATTACGA-TTCATAACAGTAGCAAAATTACA  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATCAAACATCAAGATTACGATTTCATAACAGTAGCAAAATTACA  800

seq1  GTTATGAAGTAGCAACAAATTAGTTCTATGGTCACCAGGAGTGTCAGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGAAGTAGCAACAAATTAGTTCTATGGTCACCAGGAGTGTCAGAAC  850

seq1  CCAGAGCATGGTCAAAAGAATGACACAGTAAAATGCTTATGGCTAAGACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCATGGTCAAAAGAATGACACAGTAAAATGCTTATGGCTAAGACT  900

seq1  GGGCATAGAGGTGTATGCCTTTAATCCCAACATTCTTTGTACGTGTTAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATAGAGGTGTATGCCTTTAATCCCAACATTCTTTGTACGTGTTAGG  950

seq1  AGACAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTTAACGTAAACATGGTCTACAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTT-ACGTAAACATGGTCTACAT  999

seq1  AGAAAGTTCCAGGACAGTCTACACAGTGAGATGGGATTTTTGCTAGA-CA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AGAAAGTTCCAGGACAGTCTACACAGTGAGATGGGA-TTTTGCTAGACCA  1048

seq1  CTTCATACTTTCTCCTACAAATGACGTTTGCACTTCTTTCTGTAGGGAGG  1098
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATACTTTCT-CTACAAATGACGTTTGCACTTCTTTCTGTAGGGAGG  1097

seq1  GATTTGCACACCCACGGGACAGC-TCTTCAAC-TACACACAGCTGAAGGT  1146
       ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| || |  ||
seq2  AATTTGCACA-CCACGGGACAGCTTCTTCAACTTACACACAACTTA--GT  1144

seq1  TTGTTGG--CTCTGAG-TTAACCTCAAGGCTAATCACCCACACATTTGCT  1193
      |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGTTGGCTCTCTGAGTTTAACTTCAAGGCTAATCACCCA-ACATTTGCT  1193

seq1  G  1194
      |
seq2  G  1194

seq1: chr12_85560753_85561154
seq2: B6Ng01-330F15.g_73_474 (reverse)

seq1  GGGGGGGGGGGGGAGGAGACAGCCAAAACTGCAGGGCAAGGTTTTCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGGAGGAGACAGCCAAAACTGCAGGGCAAGGTTTTCCTAA  50

seq1  CAGAAACGTTTAGTGAGGCAGAAGCTTGCTCTGGAAAACAGGGACCCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACGTTTAGTGAGGCAGAAGCTTGCTCTGGAAAACAGGGACCCATA  100

seq1  AAAGGCCATTCAGAGACGTCCACTTAAGCTGGACAAAATTTTCCCTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCATTCAGAGACGTCCACTTAAGCTGGACAAAATTTTCCCTTTCC  150

seq1  CACTTCCAAACTACTCCTACTAACACATTGGCCTGATAATATCTCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCAAACTACTCCTACTAACACATTGGCCTGATAATATCTCCCAGA  200

seq1  CCTCCCATCTCCTCATTGAAGCCCAGAAAGCCCTCTGCTTGAGTACAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCATCTCCTCATTGAAGCCCAGAAAGCCCTCTGCTTGAGTACAGGT  250

seq1  TTTGTGTCAAAGGTGATGTAAGATTAATGGAAAACAACATGTGGGGATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCAAAGGTGATGTAAGATTAATGGAAAACAACATGTGGGGATAC  300

seq1  CCTCACCCCAAGTCTGCTTAATACCTCAAGAGAAGCCACAGGCTCACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCCAAGTCTGCTTAATACCTCAAGAGAAGCCACAGGCTCACCCA  350

seq1  AAGATGAGAAGCATGTAGACCCTGACCCAAGCTCTCCTGGCAGCGTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGAAGCATGTAGACCCTGACCCAAGCTCTCCTGGCAGCGTGAAT  400

seq1  TC  402
      ||
seq2  TC  402