BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335I10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 60,757,563 - 60,854,111
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040183, Sec23a, Sip1, Trappc6b, Pnn, EG544872, Mia2, Mgea6, Fbxo33, LOC665628, LOC238199, LOC665639, LOC665644
Downstream geneEG622488, LOC665665, Ppia-ps12_475.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335I10.bB6Ng01-335I10.g
ACCGA120725GA120726
length1,146507
definitionB6Ng01-335I10.b B6Ng01-335I10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,757,563 - 60,758,711)(60,853,599 - 60,854,111)
sequence
gaattcctgctataacattgccaaattctgtgtactggctctgaaaacac
ccctagaaatgactcttcttttgatttttgaagtcattcataatttgatt
tctcagcacgccaagtactttgtaaaagactctttcttgctaggtcttca
aatacatgcaatagtgttttatacctttctcctatctcccctttttggtt
tttggaaacaagtgagcatacttttgaaggtcctgattagtgtatatcac
agcatttgcttttgatttacaagaaagaatgcaattagcattattcaaat
tttatctttgtctaaacattcttaggactaaatgtaagttcccaatagtt
tggtacattgaaaataatgcttctaatcccacgaatgtattggaaacatt
agtctaaaattgttttgtattttccactggacacaaagcataactttctt
gaagggttgggtttcacatatgctcagatatttactacctgtggcagact
gcattgatgataaatagttaagcatcatttaaaaatgtatggctgaaggc
agaaaataaagtgcttattggttcattaaacaattcaatcccaaaccata
aaaagtcaagtttaatcctgcctgaagcctggtagatcttgccgtaaaca
ctttcataagccttctacttaaacctggtcttgcaggtctattaatttag
caataattcaaagcgacaccctcatgtggcaatgtaaacctataagatag
atatcacaaagcataaaccacgcgaaagccacagagaattgtagaaaaaa
gggcaggtttcagttacgcatatctttctgaatggcttcttttgctttgg
ctgacagatgtgtggaccaccacgtgctcaatgtgtgcacatgcatgaaa
acaatgtaggtactcattgattcaagtagttcttgaatttggaggcccta
tttcttaaattcggatcagtttatcaaagacctgcatctgctacccttta
aatgtcctaggaagattcctctgctgtgcggttgcgtgacatttttagca
tgagacttgacagccttgctgattattctctagacatatgtagactagta
ccactagtagcctcagaaattcgaataaagtccaggccgttcactt

tttaatcaagaatctgatgatttttttttaaacagagaagtgacctaaat
aaaaactaattacataggaccaagtacactgatgaggacaactgaatttg
attattaatttgaaatgttgatgttttgttataagctttcaagttatata
ggctcagaacttatttttccacttatatttcttggcctcactatattatt
ttaagctaatgtctgattctcagtgagctctgagtattcactgacgttta
ctgatcctctttgacttgacattaagcattttcagggatttaacaaatta
gctttgttcttggatggatatcattgaataaatcaactttacttccaaga
ccattccaggagtgtcatacttgagaataaatctgtttgattatgtacaa
tttcaccattagcaacaacacccaaaaagtcatcccaatagatagataga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataggtagggt
aggtagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_60757563_60758711
seq2: B6Ng01-335I10.b_47_1192

seq1  GAATTCCTGCTATAACATTGCCAAATTCTGTGTACTGGCTCTGAAAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTATAACATTGCCAAATTCTGTGTACTGGCTCTGAAAACAC  50

seq1  CCCTAGAAATGACTCTTCTTTTGATTTTTGAAGTCATTCATAATTTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGAAATGACTCTTCTTTTGATTTTTGAAGTCATTCATAATTTGATT  100

seq1  TCTCAGCACGCCAAGTACTTTGTAAAAGACTCTTTCTTGCTAGGTCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCACGCCAAGTACTTTGTAAAAGACTCTTTCTTGCTAGGTCTTCA  150

seq1  AATACATGCAATAGTGTTTTATACCTTTCTCCTATCTCCCCTTTTTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATGCAATAGTGTTTTATACCTTTCTCCTATCTCCCCTTTTTGGTT  200

seq1  TTTGGAAACAAGTGAGCATACTTTTGAAGGTCCTGATTAGTGTATATCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAACAAGTGAGCATACTTTTGAAGGTCCTGATTAGTGTATATCAC  250

seq1  AGCATTTGCTTTTGATTTACAAGAAAGAATGCAATTAGCATTATTCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGCTTTTGATTTACAAGAAAGAATGCAATTAGCATTATTCAAAT  300

seq1  TTTATCTTTGTCTAAACATTCTTAGGACTAAATGTAAGTTCCCAATAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTTGTCTAAACATTCTTAGGACTAAATGTAAGTTCCCAATAGTT  350

seq1  TGGTACATTGAAAATAATGCTTCTAATCCCACGAATGTATTGGAAACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACATTGAAAATAATGCTTCTAATCCCACGAATGTATTGGAAACATT  400

seq1  AGTCTAAAATTGTTTTGTATTTTCCACTGGACACAAAGCATAACTTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAATTGTTTTGTATTTTCCACTGGACACAAAGCATAACTTTCTT  450

seq1  GAAGGGTTGGGTTTCACATATGCTCAGATATTTACTACCTGTGGCAGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTGGGTTTCACATATGCTCAGATATTTACTACCTGTGGCAGACT  500

seq1  GCATTGATGATAAATAGTTAAGCATCATTTAAAAATGTATGGCTGAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGATGATAAATAGTTAAGCATCATTTAAAAATGTATGGCTGAAGGC  550

seq1  AGAAAATAAAGTGCTTATTGGTTCATTAAACAATTCAATCCCAAACCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAAAGTGCTTATTGGTTCATTAAACAATTCAATCCCAAACCATA  600

seq1  AAAAGTCAAGTTTAATCCTGCCTGAAGCCTGGTAGATCTTGCCGTAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAAGTTTAATCCTGCCTGAAGCCTGGTAGATCTTGCCGTAAACA  650

seq1  CTTTCATAAGCCTTCTACTTAAACCTGGTCTTGCAGGTCTATTAATTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATAAGCCTTCTACTTAAACCTGGTCTTGCAGGTCTATTAATTTAG  700

seq1  CAATAATTCAAAGCGACACCCTCATGTGGCAATGTAAACCTATAAGATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTCAAAGCGACACCCTCATGTGGCAATGTAAACCTATAAGATAG  750

seq1  ATATCACAAAGCATAAACCACGCGAAAGCCACAGAGAATTGTAGAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACAAAGCATAAACCACGCGAAAGCCACAGAGAATTGTAGAAAAAA  800

seq1  GGGCAGGTTTCAGTTACGCATATCTTTCTGAATGGCTTCTTTTGCTTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGTTTCAGTTACGCATATCTTTCTGAATGGCTTCTTTTGCTTTGG  850

seq1  CTGACAGATGTGTGGACCACCACGTGCTCAATGTGTGCACATGCATGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGATGTGTGGACCACCACGTGCTCAATGTGTGCACATGCATGAAA  900

seq1  ACAATGTAGGTACTCATTGATTCAAGTAGTTCTTGAATTTGGAGGCCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTAGGTACTCATTGATTCAAGTAGTTCTTGAATTTGGAGGCCCTA  950

seq1  TTTCTTAAATTCGGATCAGTTTATCAAAGACCTGCATCTGCTACCC-TTA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCTTAAATTCGGATCAGTTTATCAAAGACCTGCATCTGCTACCCTTTA  1000

seq1  AATGTCCTAGGAAGATTCCTCTGCTGTGCGGTTGCGTGACATTTTTAGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCTAGGAAGATTCCTCTGCTGTGCGGTTGCGTGACATTTTTAGCA  1050

seq1  TGAGAACTTGACAGCCTTGCTGA-TATTCTCTAGACATATGTAGGAACTT  1098
      |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |
seq2  TGAG-ACTTGACAGCCTTGCTGATTATTCTCTAGACATATGTAG--AC-T  1096

seq1  AGTA-CACTAGGTAAGCCTTCAGAAATTCAAATAAAGTCCAGGCCG-TCA  1146
      |||| ||||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  AGTACCACTAG--TAGCC-TCAGAAATTCGAATAAAGTCCAGGCCGTTCA  1143

seq1  CTT  1149
      |||
seq2  CTT  1146


seq1: chr12_60853599_60854111
seq2: B6Ng01-335I10.g_68_580 (reverse)

seq1  CCTACCTACCCTACCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCTACCCTACCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  50

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATTGGGATGACTTTTTGGGTGTTGTTGCTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATTGGGATGACTTTTTGGGTGTTGTTGCTAAT  100

seq1  GGTGAAATTGTACATAATCAAACAGATTTATTCTCAAGTATGACACTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAATTGTACATAATCAAACAGATTTATTCTCAAGTATGACACTCCT  150

seq1  GGAATGGTCTTGGAAGTAAAGTTGATTTATTCAATGATATCCATCCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTCTTGGAAGTAAAGTTGATTTATTCAATGATATCCATCCAAGA  200

seq1  ACAAAGCTAATTTGTTAAATCCCTGAAAATGCTTAATGTCAAGTCAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTAATTTGTTAAATCCCTGAAAATGCTTAATGTCAAGTCAAAGA  250

seq1  GGATCAGTAAACGTCAGTGAATACTCAGAGCTCACTGAGAATCAGACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGTAAACGTCAGTGAATACTCAGAGCTCACTGAGAATCAGACATT  300

seq1  AGCTTAAAATAATATAGTGAGGCCAAGAAATATAAGTGGAAAAATAAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAATAATATAGTGAGGCCAAGAAATATAAGTGGAAAAATAAGTT  350

seq1  CTGAGCCTATATAACTTGAAAGCTTATAACAAAACATCAACATTTCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTATATAACTTGAAAGCTTATAACAAAACATCAACATTTCAAAT  400

seq1  TAATAATCAAATTCAGTTGTCCTCATCAGTGTACTTGGTCCTATGTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCAAATTCAGTTGTCCTCATCAGTGTACTTGGTCCTATGTAATT  450

seq1  AGTTTTTATTTAGGTCACTTCTCTGTTTAAAAAAAAATCATCAGATTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTATTTAGGTCACTTCTCTGTTTAAAAAAAAATCATCAGATTCTT  500

seq1  GATTAAAGAATTC  513
      |||||||||||||
seq2  GATTAAAGAATTC  513


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |