BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340L04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 84,154,514 - 84,305,887
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs6
Upstream geneSipa1l1, LOC432675, EG666911
Downstream geneDpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950, Rbm25, Psen1, Papln, Numb, LOC100042325, 2410016O06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340L04.bB6Ng01-340L04.g
ACCGA124319GA124320
length578871
definitionB6Ng01-340L04.b B6Ng01-340L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,305,304 - 84,305,887)(84,154,514 - 84,155,383)
sequence
tgaccccatcacatacaagcagggttaaggcagctttcatgagcacagca
ggcagtgtaatttcagggcacaaccacagttttgattgcagaagtgtagt
tgctcatgttcagaaggctcctctgaaagggtcacagggcatcttgaagg
gagcccactggagttttggggagaggggagtcaatgactctgaggtgatt
cactgaagatgttggaaacatggtagaggagggagaggccccaggtcagg
accctgttgaagccagcagaccattattccacccccgctagagtcagaaa
ctgccctctggaagaggtattgacggctgtgctgggcagggagccagagt
ccttgcacaagatccacctgcccagagaggcaccggaatctgctcatccc
tgctgcagggctcctgggctacacaggagattcccaaaactgcaggtgaa
gagccagccttccaaaacgaaattaaatataaatacaaaataaaacctct
gagacgagccagttactgggaactcaactgagaagacaaagacaaacccc
cgagagagggagagagagagagagagag
gaattcccaggtgatagtgagacccacgagggaaggagttgatcagtaaa
tatttacttgtggtatcatttggggttttgttaccacttaagatcttctt
gcttgtttagtttgggtttaagtgggttctcttacggcactaggagggag
cccacagcctcatgtgtgctaggctacacttcagtctggttctggttcct
ttatttttgtctatgtgtatgtgcctgtttatctgtgtatgtgtaccaca
tgtgtgcagtacacatggcggccagaagagggcatcagatcctctgaagc
cagagttacaggctgtgatgagccactggatatgggtgctgggaacccat
ttgtgatccgcaggaagaagaagaacaacaacaacaacaaaaaacctctt
cactgttgagctatctctccagttcatggttctggttcttcattgaaggt
gaccagtaggtcacccaggaaacagtagaatttgaactcagatcagagtg
agttcagccccttccctttcctgctcctgtgcatgacctgcctagaggcc
ccagcaacagcatccacccactttatttgacatccttacaaccactagta
cagtctagtctgtggctctcccgaaggccaaggcactcagtaaccccaag
agcttcctccctgaagctttgcagagtgacaagagtgacaggacagcagc
tgtagctgtaggaactgactggtgggggattgtctgggagacctgcagga
tacatcaccattctgaggcacaggtttgtggaatgtaaacaggccactta
gaacagtctggatatgtaaaacaaatgaaggcttcggttaatgaggtgat
aagtcaagagggtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_84305304_84305887
seq2: B6Ng01-340L04.b_45_628 (reverse)

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCGGGGGTTTGTCTTTGTCTTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCGGGGGTTTGTCTTTGTCTTCTCA  50

seq1  GTTGAGTTCCCAGTAACTGGCTCGTCTCAGAGGTTTTATTTTGTATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTTCCCAGTAACTGGCTCGTCTCAGAGGTTTTATTTTGTATTTAT  100

seq1  ATTTAATTTCGTTTTGGAAGGCTGGCTCTTCACCTGCAGTTTTGGGAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTTCGTTTTGGAAGGCTGGCTCTTCACCTGCAGTTTTGGGAATC  150

seq1  TCCTGTGTAGCCCAGGAGCCCTGCAGCAGGGATGAGCAGATTCCGGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTAGCCCAGGAGCCCTGCAGCAGGGATGAGCAGATTCCGGTGCC  200

seq1  TCTCTGGGCAGGTGGATCTTGTGCAAGGACTCTGGCTCCCTGCCCAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGCAGGTGGATCTTGTGCAAGGACTCTGGCTCCCTGCCCAGCAC  250

seq1  AGCCGTCAATACCTCTTCCAGAGGGCAGTTTCTGACTCTAGCGGGGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTCAATACCTCTTCCAGAGGGCAGTTTCTGACTCTAGCGGGGGTGG  300

seq1  AATAATGGTCTGCTGGCTTCAACAGGGTCCTGACCTGGGGCCTCTCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGGTCTGCTGGCTTCAACAGGGTCCTGACCTGGGGCCTCTCCCTC  350

seq1  CTCTACCATGTTTCCAACATCTTCAGTGAATCACCTCAGAGTCATTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCATGTTTCCAACATCTTCAGTGAATCACCTCAGAGTCATTGACT  400

seq1  CCCCTCTCCCCAAAACTCCAGTGGGCTCCCTTCAAGATGCCCTGTGACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCCCCAAAACTCCAGTGGGCTCCCTTCAAGATGCCCTGTGACCC  450

seq1  TTTCAGAGGAGCCTTCTGAACATGAGCAACTACACTTCTGCAATCAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGGAGCCTTCTGAACATGAGCAACTACACTTCTGCAATCAAAAC  500

seq1  TGTGGTTGTGCCCTGAAATTACACTGCCTGCTGTGCTCATGAAAGCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTGTGCCCTGAAATTACACTGCCTGCTGTGCTCATGAAAGCTGCC  550

seq1  TTAACCCTGCTTGTATGTGATGGGGTCAGAATTC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTGCTTGTATGTGATGGGGTCAGAATTC  584

seq1: chr12_84154514_84155383
seq2: B6Ng01-340L04.g_66_936

seq1  GAATTCCCAGGTGATAGTGAGACCCACGAGGGAAGGAGTTGATCAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGTGATAGTGAGACCCACGAGGGAAGGAGTTGATCAGTAAA  50

seq1  TATTTACTTGTGGTATCATTTGGGGTTTTGTTACCACTTAAGATCTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTTGTGGTATCATTTGGGGTTTTGTTACCACTTAAGATCTTCTT  100

seq1  GCTTGTTTAGTTTGGGTTTAAGTGGGTTCTCTTACGGCACTAGGAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTTAGTTTGGGTTTAAGTGGGTTCTCTTACGGCACTAGGAGGGAG  150

seq1  CCCACAGCCTCATGTGTGCTAGGCTACACTTCAGTCTGGTTCTGGTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGCCTCATGTGTGCTAGGCTACACTTCAGTCTGGTTCTGGTTCCT  200

seq1  TTATTTTTGTCTATGTGTATGTGCCTGTTTATCTGTGTATGTGTACCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGTCTATGTGTATGTGCCTGTTTATCTGTGTATGTGTACCACA  250

seq1  TGTGTGCAGTACACATGGCGGCCAGAAGAGGGCATCAGATCCTCTGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCAGTACACATGGCGGCCAGAAGAGGGCATCAGATCCTCTGAAGC  300

seq1  CAGAGTTACAGGCTGTGATGAGCCACTGGATATGGGTGCTGGGAACCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTACAGGCTGTGATGAGCCACTGGATATGGGTGCTGGGAACCCAT  350

seq1  TTGTGATCCGCAGGAAGAAGAAGAACAACAACAACAACAAAAAACCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCCGCAGGAAGAAGAAGAACAACAACAACAACAAAAAACCTCTT  400

seq1  CACTGTTGAGCTATCTCTCCAGTTCATGGTTCTGGTTCTTCATTGAAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGAGCTATCTCTCCAGTTCATGGTTCTGGTTCTTCATTGAAGGT  450

seq1  GACCAGTAGGTCACCCAGGAAACAGTAGAATTTGAACTCAGATCAGAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTAGGTCACCCAGGAAACAGTAGAATTTGAACTCAGATCAGAGTG  500

seq1  AGTTCAGCCCCTTCCCTTTCCTGCTCCTGTGCATGACCTGCCTAGAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCCCCTTCCCTTTCCTGCTCCTGTGCATGACCTGCCTAGAGGCC  550

seq1  CCAGCAACAGCATCCACCCACTTTATTTGACATCCTTACAACCACTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACAGCATCCACCCACTTTATTTGACATCCTTACAACCACTAGTA  600

seq1  CAGTCTAGTCTGTGGCTCTCCCGAAGGCCAAGGCACTCAGTAACCCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTAGTCTGTGGCTCTCCCGAAGGCCAAGGCACTCAGTAACCCCAAG  650

seq1  AGCTTCCTCCCTGAAGCTTTGCAGAGTGACAAGAGTGACAGGACAGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTCCCTGAAGCTTTGCAGAGTGACAAGAGTGACAGGACAGCAGC  700

seq1  TGTAGCTGTAGGAACTGACTGGTGGGGGATTGTCTGGGAGACCTGCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGTAGGAACTGACTGGTGGGGGATTGTCTGGGAGACCTGCAGGA  750

seq1  TACATCACCATTCTGAGGCACAGGTTTGTGGAATGTAAACAGGCCACTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCACCATTCTGAGGCACAGGTTTGTGGAATGTAAACAGGCCACTTA  800

seq1  GAACAGTCTGGATATGTAAAACAAATG-AGGCTTCGGTTAATGAGGTGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTCTGGATATGTAAAACAAATGAAGGCTTCGGTTAATGAGGTGAT  850

seq1  AAGTCAAGAGGGTGTGTGTGT  870
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAGAGGGTGTGTGTGT  871