BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343H23
Chromosome9 (Build37)12 (Build37)
Map Location 56,312,390 - 56,313,23292,610,083 - 92,611,216
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneHmg20a
Upstream geneEtfa, LOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2, Pstpip1, Tspan3, C230081A13Rik, LOC100039535
Downstream geneLOC100039549, LOC640537, Lingo1, Odf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik, EG330948, Ppcdc, Scamp5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343H23.bB6Ng01-343H23.g
ACCGA126257GA126258
length8891,114
definitionB6Ng01-343H23.b B6Ng01-343H23.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,312,390 - 56,313,232)(92,610,083 - 92,611,216)
sequence
gaattctccagtacttgttagagccattccactgtaaaaaaataccttgt
cttgaagaaactgaagatgctctcaagcttctgcacatggcatgaaggcc
tgcctcctctgcctccaggcttcctgtgtgccggagttcccaagataaat
agagaagcttcttttgtcatgttcagctatggatggatcttggtctgcta
aataatacgtttagacgtgaactcaactaagacaagaaataaagcgtcag
tattagtgtttgggaattaaaccatcgagcggtgtgaatgtggggcggca
tcacctgcagctgttccgattcccccccccgcccccccccaggatgaaca
ctggctggctctggctgctgtgctggccttaatcgcccctccccagtagc
acggaggactgcccagggccgcctcagtaaaatccctccttcacatctca
attcacccactgattgccgccttctctcttgagtgctttgcagttccact
taaggggctgatgtttggggtcactattgagtgttttgtgtgaatatcac
tttcgtgatgaattggcggcggctgctgcttttaactgtatggggtgaag
ccctcggtggtaaaccttgaaagggaaaaatccttctctgtagagatatg
ctaaatgaaattactctctttgtctctttgtccttttatccttgcagtcc
gataacctcaggctcctgtgatttatatgttttcttcaattaagccgagc
tgtttgctggacgcaggtgcatgctattcgtgctgtgcgttgtggcagtg
aagtggtgcacgttttctgacctggaagtgtggtttctctgactttttga
gttagcaagatgttagtctagttgggttaatgcactcta
gaattcagaataagaaagaatggctaaaacccaggccatccagtgggaca
gccattactatacaatggaaccctacaaggggacactaaatagccaccga
aaatcctgatccaaagaacagttaatgccaaagcaaggctaaagtatgac
ttccagttttgtaataagtgttatgctttctgggtatatgcataaattac
cagcatgtaagtttagaggctcaggaaatgggaggagtaataggaaataa
attactcccccaaagtatatttaccctccaaagtatattaccaatttgta
ttcttctaagcttttatactcttatcccttatgaattttcaataatggat
gtatatcaatatataatcagaaggaaatataaatatacacttaaaaagaa
acaaagatcaccttcaagcacagcagaatgacaagctgacaacctacaaa
cgagttcaacacctttccttccaagaactctcttttccatggtggacctg
tttcctttccctgcctgatgacttcctgacacttgcctaggctagaccac
ttccatccttctcacctggcaataggctgaagaaaccagctcaggggagc
tgtctccatatttcacttcagccacagaaccatttaccatgagttatgaa
ccaaaagacactttcttgtgctgcatattctctttgtaggtatgctgaag
gacagttcttttcaaggctggcttactaaaagagacaacccaaatgccag
gatgaacacacgtcaaaggaccatttgaaagcatgaatatgcacagacat
tgtgtagtgcttgtgatgaaatgctgctttggagaacaaatcaagaatgg
ttccttgagtgacaagtaatcaacactgaaatctgaggctttttaagaag
cattaaaagctaggtatccctcaactgaaggatggataaccaaaatgtgt
acatttatacagtggagtagagtattactcagctctttaaacaacacaca
cacaacatgattttggcaggtaagatgaacgagaaaaaaatctgagtgag
tacccagaccagacacacatgttgtgtactcacttataagtagaatatag
ctatatagttaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_56312390_56313232
seq2: B6Ng01-343H23.b_44_887

seq1  GAATTCTCCAGTACTTGTTAGAGCCATTCCACTGTAAAAAAATACCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGTACTTGTTAGAGCCATTCCACTGTAAAAAAATACCTTGT  50

seq1  CTTGAAGAAACTGAAGATGCTCTCAAGCTTCTGCACATGGCATGAAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGAAACTGAAGATGCTCTCAAGCTTCTGCACATGGCATGAAGGCC  100

seq1  TGCCTCCTCTGCCTCCAGGCTTCCTGTGTGCCGGAGTTCCCAAGATAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTCTGCCTCCAGGCTTCCTGTGTGCCGGAGTTCCCAAGATAAAT  150

seq1  AGAGAAGCTTCTTTTGTCATGTTCAGCTATGGATGGATCTTGGTCTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTTCTTTTGTCATGTTCAGCTATGGATGGATCTTGGTCTGCTA  200

seq1  AATAATACGTTTAGACGTGAACTCAACTAAGACAAGAAATAAAGCGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACGTTTAGACGTGAACTCAACTAAGACAAGAAATAAAGCGTCAG  250

seq1  TATTAGTGTTTGGGAATTAAACCATCGAGCGGTGTGAATGTGGGGCGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTGTTTGGGAATTAAACCATCGAGCGGTGTGAATGTGGGGCGGCA  300

seq1  TCACCTGCAGCTGTTCCGATTCCCCCCCCCGCCCCCCCCCAGGATGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGCAGCTGTTCCGATTCCCCCCCCCGCCCCCCCCCAGGATGAACA  350

seq1  CTGGCTGGCTCTGGCTGCTGTGCTGGCCTTAATCGCCCCTCCCCAGTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGCTCTGGCTGCTGTGCTGGCCTTAATCGCCCCTCCCCAGTAGC  400

seq1  ACGGAGGACTGCCCAGGGCCGCCTCAGTAAAATCCCTCCTTCACATCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGGACTGCCCAGGGCCGCCTCAGTAAAATCCCTCCTTCACATCTCA  450

seq1  ATTCACCCACTGATTGCCGCCTTCTCTCTTGAGTGCTTTGCAGTTCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCCACTGATTGCCGCCTTCTCTCTTGAGTGCTTTGCAGTTCCACT  500

seq1  TAAGGGGCTGATGTTTGGGGTCACTATTGAGTGTTTTGTGTGAATATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGCTGATGTTTGGGGTCACTATTGAGTGTTTTGTGTGAATATCAC  550

seq1  TTTCGTGATGAATTGGCGGCGGCTGCTGCTTTTAACTGTATGGGGTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTGATGAATTGGCGGCGGCTGCTGCTTTTAACTGTATGGGGTGAAG  600

seq1  CCCTCGGTGGTAAACCTTGAAAGGGAAAAATCCTTCTCTGTAGAGATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGTGGTAAACCTTGAAAGGGAAAAATCCTTCTCTGTAGAGATATG  650

seq1  CTAAATGAAATTACTCTCTTTGTCTCTTTGTCCTTTTATCCTTGCAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGAAATTACTCTCTTTGTCTCTTTGTCCTTTTATCCTTGCAGTCC  700

seq1  GATAACCTCAGGCTCCTGTGATTTATATGTTTTCTTCAATTAAGCCGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTCAGGCTCCTGTGATTTATATGTTTTCTTCAATTAAGCCGAGC  750

seq1  TGTTTGCTGGACGCAGGTGCATGCTATTCGTGCTGTGCGTTGTGGCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTGGACGCAGGTGCATGCTATTCGTGCTGTGCGTTGTGGCAGTG  800

seq1  AAGTGGTGCACG-TTTCTGACCTGGAAGTGTGGTTTCTCTGACT  843
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTGCACGTTTTCTGACCTGGAAGTGTGGTTTCTCTGACT  844

seq1: chr12_92610083_92611216
seq2: B6Ng01-343H23.g_64_1177

seq1  GAATTCAGAATAAGAAAGAATGGCTAAAACCCAGGCCATCCAGTGGGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATAAGAAAGAATGGCTAAAACCCAGGCCATCCAGTGGGACA  50

seq1  GCCATTACTATACAATGGAACCCTACAAGGGGACACTAAATAGCCACCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTACTATACAATGGAACCCTACAAGGGGACACTAAATAGCCACCGA  100

seq1  AAATCCTGATCCAAAGAACAGTTAATGCCAAAGCAAGGCTAAAGTATGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGATCCAAAGAACAGTTAATGCCAAAGCAAGGCTAAAGTATGAC  150

seq1  TTCCAGTTTTGTAATAAGTGTTATGCTTTCTGGGTATATGCATAAATTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTTTGTAATAAGTGTTATGCTTTCTGGGTATATGCATAAATTAC  200

seq1  CAGCATGTAAGTTTAGAGGCTCAGGAAATGGGAGGAGTAATAGGAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGTAAGTTTAGAGGCTCAGGAAATGGGAGGAGTAATAGGAAATAA  250

seq1  ATTACTCCCCCAAAGTATATTTACCCTCCAAAGTATATTACCAATTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCCCCCAAAGTATATTTACCCTCCAAAGTATATTACCAATTTGTA  300

seq1  TTCTTCTAAGCTTTTATACTCTTATCCCTTATGAATTTTCAATAATGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTAAGCTTTTATACTCTTATCCCTTATGAATTTTCAATAATGGAT  350

seq1  GTATATCAATATATAATCAGAAGGAAATATAAATATACACTTAAAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATCAATATATAATCAGAAGGAAATATAAATATACACTTAAAAAGAA  400

seq1  ACAAAGATCACCTTCAAGCACAGCAGAATGACAAGCTGACAACCTACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATCACCTTCAAGCACAGCAGAATGACAAGCTGACAACCTACAAA  450

seq1  CGAGTTCAACACCTTTCCTTCCAAGAACTCTCTTTTCCATGGTGGACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTCAACACCTTTCCTTCCAAGAACTCTCTTTTCCATGGTGGACCTG  500

seq1  TTTCCTTTCCCTGCCTGATGACTTCCTGACACTTGCCTAGGCTAGACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTCCCTGCCTGATGACTTCCTGACACTTGCCTAGGCTAGACCAC  550

seq1  TTCCATCCTTCTCACCTGGCAATAGGCTGAAGAAACCAGCTCAGGGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCCTTCTCACCTGGCAATAGGCTGAAGAAACCAGCTCAGGGGAGC  600

seq1  TGTCTCCATATTTCACTTCAGCCACAGAACCATTTACCATGAGTTATGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCATATTTCACTTCAGCCACAGAACCATTTACCATGAGTTATGAA  650

seq1  CCAAAAGACACTTTCTTGTGCTGCATATTCTCTTTGTAGGTATGCTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGACACTTTCTTGTGCTGCATATTCTCTTTGTAGGTATGCTGAAG  700

seq1  GACAGTTCTTTTCAAGGCTGGCTTACTAAAAGAGACAACCCAAATGCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTCTTTTCAAGGCTGGCTTACTAAAAGAGACAACCCAAATGCCAG  750

seq1  GATGAACACACGTCAAAGGACCATTTGAAAGCATGAATATGCACAGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACACACGTCAAAGGACCATTTGAAAGCATGAATATGCACAGACAT  800

seq1  TGTGTAGTGCTTGTGATGAAATGCTGCTTTGGAGAACAAATCAAGAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGTGCTTGTGATGAAATGCTGCTTTGGAGAACAAATCAAGAATGG  850

seq1  TTCCTTGAGTGACAAGTAATCAACACTGAAATCTGAGGCTTTTTAAAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCCTTGAGTGACAAGTAATCAACACTGAAATCTGAGGCTTTTT-AAGAA  899

seq1  GCATTAAAAGCTAGGTATCCCTCAACTGAAGGATGGATAACCAAAATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATTAAAAGCTAGGTATCCCTCAACTGAAGGATGGATAACCAAAATGT-  948

seq1  GTACATTTATACAGTGGAGTAGAGTATTACTCAGCTCTTTAAAACAACAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||
seq2  GTACATTTATACAGTGGAGTAGAGTATTACTCAGCTCTTTA----AACAA  994

seq1  CAACAACAACAACATGATTTTGGCAGGTAAAAGAATGGAACGAGAAAAAA  1050
      | |||   |||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||
seq2  C-ACACACACAACATGATTTTGGCAGGTAAGA----TGAACGAGAAAAAA  1039

seq1  AATCCTGAGTGAGGTAACCCAGACACAGAAAAACAAACATGTTGTGTACT  1100
      |   |||||||||   |||||||| |||    ||| ||||||||||||||
seq2  A--TCTGAGTGAG--TACCCAGAC-CAG----ACACACATGTTGTGTACT  1080

seq1  CACTTATAAGTAGATATTAGCTATATAGGTAATC  1134
      ||||||||||||||   ||||||||||| |||||
seq2  CACTTATAAGTAGAATATAGCTATATAGTTAATC  1114