BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349K09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,640,065 - 28,742,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669327
Upstream geneSox11, LOC100043009
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349K09.bB6Ng01-349K09.g
ACCGA130577GA130578
length1,1311,033
definitionB6Ng01-349K09.b B6Ng01-349K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,640,065 - 28,641,199)(28,741,197 - 28,742,275)
sequence
gaattcaaaggatgccattttcaaacagtacctccatctaaatagattca
tatcacaggacaattgaaacagtcaagctctatgaggctttggatgtttt
gaacaaaatagactgactggaaataaattattcttaatataaatgtcaac
agtgtttctttatcttatgttagtccccaataacggtacagaaaaaccaa
gatttatttaaaactgcacctcaatagttaagcaattgaatgatctatct
ttactttctatgctaatgtgactacctctcagcgccattccatgatattt
gcatataattattggtctggcttcttcatggctccaattcctccatccta
ccagcatatctccctccttctctccttcctttcactagcggatatcccac
ctttgttgtctattctgtccagacattgggtgatcagcatttattaacaa
ggcagagaataaatgataagaactatttatacaaacttgaaacagggggt
tcttgtataaacactgcagtgccatgtcagcattgaaacaagacatgagg
gcagagaaatcagcatttgaataacccaagggtaaactttcatagcttcc
aaaacattatgcctacaactgacctatactccatcactcctcagtgagtc
cccagtggtctagctttgctggaaactcattcataactgcttaaccaaga
atcaaacattctaaaaagaaaaaaaatgccatcaggcccaataggacttg
tcaactgtcaactgcttgcagccatgtgatatagcacacatcttccacct
ggttatgcatctctgtacacctctgcctgggtggtagatgctccatacac
aggcatctggatggacagccagataagctccttgaccacagaagccctcc
ccatccctgcagagaagattccacactaactctcattgtgcagttatcaa
gcccaataactacacagcttcttgattcttactaactttataaaggtgtt
cacatttaatcacatctcacttgtttcataacaaggaaatagaaaatctg
ttgagaacagaagacactgaatatgtcatgtctaaattgataacaatctc
tttgatgctctctgaccaccctaacagatcc
gaattcatagctgggattgttacctgggccaaaaccccgtgtttctctag
ttataggccctaagaaagaactgagtattattatcctgatagctgggtat
aaaaaccaactgccttctgtagcaattcactacccataggttattcatct
ctctccccttgtcagagaagttttttttttaataccagatgatgattaat
acaaaactggtcgatatgcagagaacaggccttcctttataatatatgtg
aaaaagaatcagaagtgattactgcagtgctgcatatttgacacatagcc
actaagctgaagaacaggtaattggtttcctaagatttcccagaagacca
ataattatggaaccagaaatgagctctgagtctactttctcttagagagg
ttatcatctatctgttaataacagttttatttatgttgcaaaatattggg
tagaataataatacatacatgccatataataatatgatagtaaataatat
tattagttgtgttgctaaatgttgagcagaataataacaatatcttttta
tatcttcagatcttcaagaaatgtgtttgcctgagttatggcatgaagac
tttgaggtttctaaaggaagtggagcagggacagggttccagcacacctc
ctttcacacatactgcaagcactgtagtgggaacttccagcaaaacccag
gccctattctctatcaaagagacatttttgttctacttttaaattttatt
attaaaaaattttttgttctatttttaatttcctgaaaatactcctctcc
tctacatatagcctgatgactttaagcatagagggtgtgaaggccgccat
aacagttctttcttctaacatctgtaagacttgctgttttttttttaatc
gatctatctattataataaaaagataccacactgatacagcagtgcagta
cttgtgtaagagtcacgaagcccacacatggacctcatcagatgcaatgc
tctcctgtctcaacagatcagaaacaatgccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28640065_28641199
seq2: B6Ng01-349K09.b_47_1177

seq1  GAATTCAAAGGATGCCATTTTCAAACAGTACCTCCATCTAAATAGATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGATGCCATTTTCAAACAGTACCTCCATCTAAATAGATTCA  50

seq1  TATCACAGGACAATTGAAACAGTCAAGCTCTATGAGGCTTTGGATGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGGACAATTGAAACAGTCAAGCTCTATGAGGCTTTGGATGTTTT  100

seq1  GAACAAAATAGACTGACTGGAAATAAATTATTCTTAATATAAATGTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAATAGACTGACTGGAAATAAATTATTCTTAATATAAATGTCAAC  150

seq1  AGTGTTTCTTTATCTTATGTTAGTCCCCAATAACGGTACAGAAAAACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCTTTATCTTATGTTAGTCCCCAATAACGGTACAGAAAAACCAA  200

seq1  GATTTATTTAAAACTGCACCTCAATAGTTAAGCAATTGAATGATCTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATTTAAAACTGCACCTCAATAGTTAAGCAATTGAATGATCTATCT  250

seq1  TTACTTTCTATGCTAATGTGACTACCTCTCAGCGCCATTCCATGATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTCTATGCTAATGTGACTACCTCTCAGCGCCATTCCATGATATTT  300

seq1  GCATATAATTATTGGTCTGGCTTCTTCATGGCTCCAATTCCTCCATCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAATTATTGGTCTGGCTTCTTCATGGCTCCAATTCCTCCATCCTA  350

seq1  CCAGCATATCTCCCTCCTTCTCTCCTTCCTTTCACTAGCGGATATCCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATATCTCCCTCCTTCTCTCCTTCCTTTCACTAGCGGATATCCCAC  400

seq1  CTTTGTTGTCTATTCTGTCCAGACATTGGGTGATCAGCATTTATTAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTGTCTATTCTGTCCAGACATTGGGTGATCAGCATTTATTAACAA  450

seq1  GGCAGAGAATAAATGATAAGAACTATTTATACAAACTTGAAACAGGGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAATAAATGATAAGAACTATTTATACAAACTTGAAACAGGGGGT  500

seq1  TCTTGTATAAACACTGCAGTGCCATGTCAGCATTGAAACAAGACATGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATAAACACTGCAGTGCCATGTCAGCATTGAAACAAGACATGAGG  550

seq1  GCAGAGAAATCAGCATTTGAATAACCCAAGGGTAAACTTTCATAGCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAATCAGCATTTGAATAACCCAAGGGTAAACTTTCATAGCTTCC  600

seq1  AAAACATTATGCCTACAACTGACCTATACTCCATCACTCCTCAGTGAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTATGCCTACAACTGACCTATACTCCATCACTCCTCAGTGAGTC  650

seq1  CCCAGTGGTCTAGCTTTGCTGGAAACTCATTCATAACTGCTTAACCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGGTCTAGCTTTGCTGGAAACTCATTCATAACTGCTTAACCAAGA  700

seq1  ATCAAACATTCTAAAAAGAAAAAAAATGCCATCAGGCCCAATAGGACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACATTCTAAAAAGAAAAAAAATGCCATCAGGCCCAATAGGACTTG  750

seq1  TCAACTGTCAACTGCTTGCAGCCATGTGATATAGCACACATCTTCCACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGTCAACTGCTTGCAGCCATGTGATATAGCACACATCTTCCACCT  800

seq1  GGTTATGCATCTCTGTACACCTCTGCCTGGGTGGTAGATGCTCCATACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGCATCTCTGTACACCTCTGCCTGGGTGGTAGATGCTCCATACAC  850

seq1  AGGCATCTGGATGGACAGCCAGATAAGCTCCTTGACCACAGAAGCCCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCTGGATGGACAGCCAGATAAGCTCCTTGACCACAGAAGCCCTCC  900

seq1  CCATCCCTGCAGAGAAGATTCCACACTAACTCTCATTGTGCAGTTATCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCTGCAGAGAAGATTCCACACTAACTCTCATTGTGCAGTTATCAA  950

seq1  GCCCAATAACTACACAGCTTCTTGATTCTTACTAACTTTATTAAGGTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  GCCCAATAACTACACAGCTTCTTGATTCTTACTAACTTTATAAAGGTG-T  999

seq1  TCACATTTAATCACATCTTCACTTGTTTCATAACAAGGATATAGAAAATC  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCACATTTAATCACATC-TCACTTGTTTCATAACAAGGAAATAGAAAATC  1048

seq1  TG-TGAGAACAGAGAACACTG-ATATGTTCATGTCTAAAATGGATAACAT  1098
      || ||||||||||  |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||| 
seq2  TGTTGAGAACAGAAGACACTGAATATG-TCATGTCT-AAATTGATAACAA  1096

seq1  TCTCTTGGATGCTCTTCTGACCACCCTAACAGGATCC  1135
      |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCTTTGATGCTC-TCTGACCACCCTAACA-GATCC  1131

seq1: chr12_28741197_28742275
seq2: B6Ng01-349K09.g_68_1100 (reverse)

seq1  ATGGCATTTGTTTCTGATCCTGTTATGAAGCAAGGAGAGGACCATGCGAT  50
      |||||| ||||||||||| |||||    ||  |||||||   |||   ||
seq2  ATGGCA-TTGTTTCTGAT-CTGTT---GAGACAGGAGAG---CATTGCAT  42

seq1  CTGATGAGGTGCCCACTGTGTGTGGCTACTGCTGACTTCTTACCACAAAG  100
      ||||||||||  ||| |||||| ||||  |  |||| ||||| ||| |||
seq2  CTGATGAGGT--CCA-TGTGTG-GGCT--TCGTGAC-TCTTA-CAC-AAG  83

seq1  TACTCTGCCAAACTGCTTGGTATCAAGTGTGGTTATCTTTTTATTATTAA  150
      ||  ||||   ||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||   
seq2  TA--CTGC---ACTGCT--GTATC-AGTGTGG-TATCTTTTTATTAT---  121

seq1  AATAGATTAAGAATTTCGATTTAAAAAAAAAAAACAGGCCAAAGTC-TAC  199
      |||||||  |||   ||||||   |||||||||||||    ||||| |||
seq2  AATAGAT--AGA---TCGATT---AAAAAAAAAACAG---CAAGTCTTAC  160

seq1  AGATGTAGGAAGAAAGAAACTG-TATGGCGGCCTGTCAACACCCTCTAAT  248
      ||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||  
seq2  AGATGTTAGAAGAAAG-AACTGTTATGGCGGCCT-TC-ACACCCTCTA--  205

seq1  TGCTTAAAGTCATCAGGCTATATGTAAGAGAGA-GAGTATTTTCAGGAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||
seq2  TGCTTAAAGTCATCAGGCTATATGTAGAGGAGAGGAGTATTTTCAGGAAA  255

seq1  TTAAAAATAGAACAAAAAATTTTTTTAAATAATAAAAATTTAAAAAGTAG  347
      |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || ||||||||
seq2  TTAAAAATAGAACAAAAAATTTTTT--AATAATAAAA--TTTAAAAGTAG  301

seq1  AACAAAAATGTCTCTTTGATAGAGAATAGGGCCTGGGTTTTGCTGGAAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAATGTCTCTTTGATAGAGAATAGGGCCTGGGTTTTGCTGGAAGT  351

seq1  TCCCACTACAGTGCTTGCAGTATGTGTGAAAGGAGGTGTGCTGGAACCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTACAGTGCTTGCAGTATGTGTGAAAGGAGGTGTGCTGGAACCCT  401

seq1  GTCCCTGCTCCACTTCCTTTAGAAACCTCAAAGTCTTCATGCCATAACTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCTCCACTTCCTTTAGAAACCTCAAAGTCTTCATGCCATAACTC  451

seq1  AGGCAAACACATTTCTTGAAGATCTGAAGATATAAAAAGATATTGTTATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAACACATTTCTTGAAGATCTGAAGATATAAAAAGATATTGTTATT  501

seq1  ATTCTGCTCAACATTTAGCAACACAACTAATAATATTATTTACTATCATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTCAACATTTAGCAACACAACTAATAATATTATTTACTATCATA  551

seq1  TTATTATATGGCATGTATGTATTATTATTCTACCCAATATTTTGCAACAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATGGCATGTATGTATTATTATTCTACCCAATATTTTGCAACAT  601

seq1  AAATAAAACTGTTATTAACAGATAGATGATAACCTCTCTAAGAGAAAGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACTGTTATTAACAGATAGATGATAACCTCTCTAAGAGAAAGTA  651

seq1  GACTCAGAGCTCATTTCTGGTTCCATAATTATTGGTCTTCTGGGAAATCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGAGCTCATTTCTGGTTCCATAATTATTGGTCTTCTGGGAAATCT  701

seq1  TAGGAAACCAATTACCTGTTCTTCAGCTTAGTGGCTATGTGTCAAATATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAACCAATTACCTGTTCTTCAGCTTAGTGGCTATGTGTCAAATATG  751

seq1  CAGCACTGCAGTAATCACTTCTGATTCTTTTTCACATATATTATAAAGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGCAGTAATCACTTCTGATTCTTTTTCACATATATTATAAAGGA  801

seq1  AGGCCTGTTCTCTGCATATCGACCAGTTTTGTATTAATCATCATCTGGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGTTCTCTGCATATCGACCAGTTTTGTATTAATCATCATCTGGTA  851

seq1  TTAAAAAAAAAACTTCTCTGACAAGGGGAGAGAGATGAATAACCTATGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAACTTCTCTGACAAGGGGAGAGAGATGAATAACCTATGGG  901

seq1  TAGTGAATTGCTACAGAAGGCAGTTGGTTTTTATACCCAGCTATCAGGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAATTGCTACAGAAGGCAGTTGGTTTTTATACCCAGCTATCAGGAT  951

seq1  AATAATACTCAGTTCTTTCTTAGGGCCTATAACTAGAGAAACACGGGGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTCAGTTCTTTCTTAGGGCCTATAACTAGAGAAACACGGGGTT  1001

seq1  TTGGCCCAGGTAACAATCCCAGCTATGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCAGGTAACAATCCCAGCTATGAATTC  1033