BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003L03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 42,982,308 - 43,115,408
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhactr1
Upstream geneLOC100039272, Hivep1, Edn1, Hn1-ps4
Downstream geneTbc1d7, Gfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83, LOC100039432
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003L03.bB6Ng01-003L03.g
ACCDH841325DH841326
length1,122938
definitionDH841325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003L03, 5' end.DH841326|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,982,308 - 42,983,458)(43,114,471 - 43,115,408)
sequence
gaattcttcctgcgatgcacagcaggcatgttatctgtcaaatgggccag
ttaattctgttaccatccactatttaaaaattttgtacttagatatgcta
ttgaaaattcgtggagggttaagaattggataatttaattcacctttttc
ccttctgagcttgatttctgagaagccagcatctaggacatatagaagag
gcatagaggttaatcaccgtgtagggttggggaacagaggaagagccaat
tctaaacttcagtcaatgctcttcagagcaagagagcaggatttctgcct
cctgccctgccttaagagatactgtggaatggagatactgtggaatgaag
ccagcttgttgaactcctttaggaattgttcttggaggtggtgaggttcc
ttgggtgaattataactatgatttgtaactgcatgcacctcaggacatta
acttaaagggctttatacaacatccaattcaaccttctcatttagctctg
gaggaaatcaacacttgaaaagtatccctctagatacaatcctgcacaca
ccgatttacagacacactcttgggtgggccctgctccaagtcccatcctc
tttcccttgctccttccctagtgacttgctatgagggcttcaaagtgtac
atctcatcacaaccctggtttagcctatagggccatctcctcaccactct
ccccatgacctctgtccttcccgagaagcctagatctttcctgtctccat
ttctaacccttcactagccctggttccccaataaaagtgtgccccctcct
cgttgcacactattatacacacgggtgacccctttgctttgggggggctt
cttcatttttaaaacggttctatataccttcttgctagagcagtactggc
ccatacctaatgaggaataagagtggatgaggtcagttcatactaactcc
taatcctgtagcatctgagtccaggagaaaatgtgtgtgccagctgcaat
agcatgaacctaacaagatctgagctcaaatgtctcattgatgcatcggc
acagattattatggtattactggtatatcctagtgggcacggccgctcta
cccttgtgtcctagtagggttt
gaattccagagctgtgtggccacatcttggagctacaaatggcacaaatt
actgagctctcaaacctgagttttaagggaattaaagaaaaaaaattaga
aaagagatgttgcaaacaggtatctagaagaattaatctacttagtttaa
atttactggtgagtgccataatttcatgaagaatctgtgagattatactg
gtttgtttcccaaaccagctcactggttcagttacttatttattcaaata
tcttcagggtaagcacagagtttgctttgataacaagcacgttgcattaa
atcagtttcgagatgtatctggaaaatctattctttttttccttctgtac
ttataattaaaaaggaaaagggaacagaaccaagcagctaactctaatgc
ctctttgtttctagtctttgaaaataactttgtattacattttgagcaga
aaagagtgtcccgtgcttaattcagcagcttaatggcccacttccttgca
aatgctttccaaacatagctaagcctccataataaaacacacagtaatca
gaatcactgtgaactcaccacagggtcctgaacagacacctgctataggt
gtttgctttggggagggtcagaggtggccttgagtgtatacatgaattga
gatttgttcagaaggctgataaaccaagggcccagggataggaagacaga
ggaagaagaggctgtgatagatttaggagcctgtgagtagaccttgatct
ggcactgccaggaaaggcagagcttggcttgttgacacctgtgccagcta
gattgatgtcaacttgacccaggctatagtcatctgagacgagggaatct
agattgagaaaatgcctccatacaagcaggctgtaggcaagcctgtaggg
cattttcttaattagtgatgtattgggggtgggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_42982308_42983458
seq2: B6Ng01-003L03.b_43_1164

seq1  GAATTCTTCCTGCGATGCACAGCAGGCATGTTATCTGTCAAATGGGCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGCGATGCACAGCAGGCATGTTATCTGTCAAATGGGCCAG  50

seq1  TTAATTCTGTTACCATCCACTATTTAAAAATTTTGTACTTAGATATGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTGTTACCATCCACTATTTAAAAATTTTGTACTTAGATATGCTA  100

seq1  TTGAAAATTCGTGGAGGGTTAAGAATTGGATAATTTAATTCACCTTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATTCGTGGAGGGTTAAGAATTGGATAATTTAATTCACCTTTTTC  150

seq1  CCTTCTGAGCTTGATTTCTGAGAAGCCAGCATCTAGGACATATAGAAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAGCTTGATTTCTGAGAAGCCAGCATCTAGGACATATAGAAGAG  200

seq1  GCATAGAGGTTAATCACCGTGTAGGGTTGGGGAACAGAGGAAGAGCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGAGGTTAATCACCGTGTAGGGTTGGGGAACAGAGGAAGAGCCAAT  250

seq1  TCTAAACTTCAGTCAATGCTCTTCAGAGCAAGAGAGCAGGATTTCTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTTCAGTCAATGCTCTTCAGAGCAAGAGAGCAGGATTTCTGCCT  300

seq1  CCTGCCCTGCCTTAAGAGATACTGTGGAATGGAGATACTGTGGAATGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTGCCTTAAGAGATACTGTGGAATGGAGATACTGTGGAATGAAG  350

seq1  CCAGCTTGTTGAACTCCTTTAGGAATTGTTCTTGGAGGTGGTGAGGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTGTTGAACTCCTTTAGGAATTGTTCTTGGAGGTGGTGAGGTTCC  400

seq1  TTGGGTGAATTATAACTATGATTTGTAACTGCATGCACCTCAGGACATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGAATTATAACTATGATTTGTAACTGCATGCACCTCAGGACATTA  450

seq1  ACTTAAAGGGCTTTATACAACATCCAATTCAACCTTCTCATTTAGCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGGGCTTTATACAACATCCAATTCAACCTTCTCATTTAGCTCTG  500

seq1  GAGGAAATCAACACTTGAAAAGTATCCCTCTAGATACAATCCTGCACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATCAACACTTGAAAAGTATCCCTCTAGATACAATCCTGCACACA  550

seq1  CCGATTTACAGACACACTCTTGGGTGGGCCCTGCTCCAAGTCCCATCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATTTACAGACACACTCTTGGGTGGGCCCTGCTCCAAGTCCCATCCTC  600

seq1  TTTCCCTTGCTCCTTCCCTAGTGACTTGCTATGAGGGCTTCAAAGTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTGCTCCTTCCCTAGTGACTTGCTATGAGGGCTTCAAAGTGTAC  650

seq1  ATCTCATCACAACCCTGGTTTAGCCTATAGGGCCATCTCCTCACCACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCACAACCCTGGTTTAGCCTATAGGGCCATCTCCTCACCACTCT  700

seq1  CCCCATGACCTCTGTCCTTCCCGAGAAGCCTAGATCTTTCCTGTCTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGACCTCTGTCCTTCCCGAGAAGCCTAGATCTTTCCTGTCTCCAT  750

seq1  TTCTAACCCTTCACTAGCCCTGGTTCCCCAATAAAAGTGTGCCCCCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACCCTTCACTAGCCCTGGTTCCCCAATAAAAGTGTGCCCCCTCCT  800

seq1  CGTTGCACACTATTATACACACGGGTGACCCCTTTGCTTTGGGGGGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCACACTATTATACACACGGGTGACCCCTTTGCTTTGGGGGGGCTT  850

seq1  CTTCATTTTTAAAACGGTTCTATATACCTTCTTGCTAGAGCAGTACTGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTTAAAACGGTTCTATATACCTTCTTGCTAGAGCAGTACTGGC  900

seq1  CCATACCTAATGAGGAATAAGAGTGGAATGAGGTCAGTTTCATACTAACT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CCATACCTAATGAGGAATAAGAGTGG-ATGAGGTCAG-TTCATACTAACT  948

seq1  CCTAATCCCTGTAGCAATCTGAGTCCCAGGAGAAAAATGTGTGTGCCAAG  1000
      |||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||
seq2  CCTAAT-CCTGTAGC-ATCTGAGT-CCAGGAG-AAAATGTGTGTGCC-AG  993

seq1  CTTGCAAAATAGCCATGAAACACTAACAAGATCTGAAGCTCAAAATGTCT  1050
      | |||  ||||| ||||||   ||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  C-TGC--AATAG-CATGAA--CCTAACAAGATCTG-AGCTC-AAATGTCT  1035

seq1  CCATTTGTATTGCATCGGCAACAGAATTATTATGGTCTTTTAACTGGTAT  1100
       |||   |  ||||||||| |||| ||||||||||| ||   ||||||||
seq2  -CAT---TGATGCATCGGC-ACAG-ATTATTATGGTATT---ACTGGTAT  1076

seq1  ATTCCTAGTGGTCACTGGGCCGGCTCTACCCTTGTGTCTTAGTTAGGGTT  1150
      | ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  A-TCCTAGTGGGCAC--GGCC-GCTCTACCCTTGTGTCCTAG-TAGGGTT  1121

seq1  T  1151
      |
seq2  T  1122

seq1: chr13_43114471_43115408
seq2: B6Ng01-003L03.g_67_1004 (reverse)

seq1  CCACCCCCA-CCCCAATACATCACTAATTAAGAAAATGCCCTACAGGCTT  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCACCCCCAATACATCACTAATTAAGAAAATGCCCTACAGGCTT  50

seq1  GCCTACAGCCTGCTTGTATGGAGGCATTTTCTCAATCTAGATTCCCTCGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACAGCCTGCTTGTATGGAGGCATTTTCTCAATCTAGATTCCCTCGT  100

seq1  CTCAGATGACTATAGCCTGGGTCAAGTTGACATCAATCTAGCTGGCACAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGACTATAGCCTGGGTCAAGTTGACATCAATCTAGCTGGCACAG  150

seq1  GTTGTCAACAAGCCAAGCTCTGCCTTTCCTGGCAGTGCCAGATCAAGGTC  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGTCAACAAGCCAAGCTCTGCCTTTCCTGGCAGTGCCAGATCAAGGTC  199

seq1  TACTCACAGGCTCCTAAATCTATCACAGCCTCTTCTTCCTCTGTCTTCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACAGGCTCCTAAATCTATCACAGCCTCTTCTTCCTCTGTCTTCCT  249

seq1  ATCCCTGGGCCCTTGGTTTATCAGCCTTCTGAACAAATCTCAATTCATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGGCCCTTGGTTTATCAGCCTTCTGAACAAATCTCAATTCATGT  299

seq1  ATACACTCAAGGCCACCTCTGACCCTCCCCAAAGCAAACACCTATAGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTCAAGGCCACCTCTGACCCTCCCCAAAGCAAACACCTATAGCAG  349

seq1  GTGTCTGTTCAGGACCCTGTGGTGAGTTCACAGTGATTCTGATTACTGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTTCAGGACCCTGTGGTGAGTTCACAGTGATTCTGATTACTGTG  399

seq1  TGTTTTATTATGGAGGCTTAGCTATGTTTGGAAAGCATTTGCAAGGAAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATTATGGAGGCTTAGCTATGTTTGGAAAGCATTTGCAAGGAAGT  449

seq1  GGGCCATTAAGCTGCTGAATTAAGCACGGGACACTCTTTTCTGCTCAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATTAAGCTGCTGAATTAAGCACGGGACACTCTTTTCTGCTCAAAA  499

seq1  TGTAATACAAAGTTATTTTCAAAGACTAGAAACAAAGAGGCATTAGAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACAAAGTTATTTTCAAAGACTAGAAACAAAGAGGCATTAGAGTT  549

seq1  AGCTGCTTGGTTCTGTTCCCTTTTCCTTTTTAATTATAAGTACAGAAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTTGGTTCTGTTCCCTTTTCCTTTTTAATTATAAGTACAGAAGGA  599

seq1  AAAAAAGAATAGATTTTCCAGATACATCTCGAAACTGATTTAATGCAACG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAATAGATTTTCCAGATACATCTCGAAACTGATTTAATGCAACG  649

seq1  TGCTTGTTATCAAAGCAAACTCTGTGCTTACCCTGAAGATATTTGAATAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTTATCAAAGCAAACTCTGTGCTTACCCTGAAGATATTTGAATAA  699

seq1  ATAAGTAACTGAACCAGTGAGCTGGTTTGGGAAACAAACCAGTATAATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAACTGAACCAGTGAGCTGGTTTGGGAAACAAACCAGTATAATCT  749

seq1  CACAGATTCTTCATGAAATTATGGCACTCACCAGTAAATTTAAACTAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTCTTCATGAAATTATGGCACTCACCAGTAAATTTAAACTAAGT  799

seq1  AGATTAATTCTTCTAGATACCTGTTTGCAACATCTCTTTTCTAATTTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTCTTCTAGATACCTGTTTGCAACATCTCTTTTCTAATTTTTT  849

seq1  TTCTTTAATTCCCTTAAAACTCAGGTTTGAGAGCTCAGTAATTTGTGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAATTCCCTTAAAACTCAGGTTTGAGAGCTCAGTAATTTGTGCCA  899

seq1  TTTGTAGCTCCAAGATGTGGCCACACAGCTCTGGAATTC  938
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGCTCCAAGATGTGGCCACACAGCTCTGGAATTC  938